Le cotonnier (Gossypium) est un genre de plante dicotylédone de la famille des Malvacées (Les Malvales), la même que l'hibiscus, l'okra ou le cacaoyer, et il constitue aujourd'hui la principale source de fibre naturelle utilisée par l'humanité. Ce genre, qui rassemble une cinquantaine d'espèces réparties dans les régions arides à semi-arides des zones tropicales et subtropicales de l'Ancien et du Nouveau Mondes, présente une diversité morphologique considérable, qui va de plantes herbacées vivaces adaptées au feu en Australie à des arbres au Mexique, en passant par les arbustes cultivés. Sur le plan cytogénétique, le genre se caractérise par une dualité fondamentale : la majorité des espèces sont diploïdes, avec un nombre chromosomique de base n = 13 (soit 2n = 26), tandis qu'un groupe de cinq espèces américaines et pacifiques sont allotétraploïdes (2n = 52), issues d'un événement unique d'hybridation survenu il y a environ 1,1 à 1,9 million d'années entre un génome de type A, d'origine eurasiatique, et un génome de type D, d'origine américaine. Les analyses cytogénétiques ont montré que ce génome allotétraploïde résulte de la réunion d'un ancêtre proche de G. herbaceum ou G. arboreum pour le génome A et d'une espèce apparentée à G. raimondii pour le génome D, et que cette polyploïdisation a été suivie d'une diversification rapide ayant donné naissance aux cinq espèces tétraploïdes actuelles : G. hirsutum, G. barbadense, G. tomentosum, G. mustelinum et G. darwinii.

Les cotonniers cultivés se présentent la plupart du temps comme des arbustes pérennes, mais ils sont généralement conduits comme des plantes annuelles dans les systèmes agricoles modernes, qui atteignent une hauteur de un à deux mètres, tandis que les formes traditionnelles pluriannuelles, aujourd'hui en voie de disparition, pouvaient être plus élevées. Les feuilles sont larges et lobées, et comptent le plus souvent de trois à cinq lobes, parfois sept. Les fleurs, de type Malvacée, sont solitaires et éphémères, et après fécondation, l'ovaire se développe en une capsule dont l'ouverture à maturité libère les graines entourées de fibres. La particularité anatomique la plus remarquable réside dans ces fibres, qui sont des trichomes unicellulaires issus de l'épiderme de la graine. Chez les espèces tétraploïdes cultivées, environ 30 % des cellules épidermiques du tégument séminal se différencient en fibres enrichies en cellulose : après une phase d'élongation qui, chez les espèces tétraploïdes, peut atteindre 2,5 à 6,0 cm de longueur, la cellule entame une synthèse intensive de cellulose destinée à la paroi secondaire, si bien qu'à maturité la fibre est constituée d'environ 94 % de cellulose et que sa cavité centrale est presque oblitérée. Il existe en réalité deux types de fibres : le lint, long et destiné à la filature, dont le dépôt de cellulose reste moins important et qui se tortille en séchant, et le fuzz ou "duvet", plus court, dont la paroi est plus épaisse; ce sont les torsions et convolutions du lint qui confèrent à la fibre son aptitude au filage en permettant l'accrochage mutuel des fibres. Les graines elles-mêmes, en plus de porter ces fibres, synthétisent des huiles et des protéines qui font du cotonnier une culture oléagineuse et protéagineuse de première importance, la teneur en huile de la graine étant d'environ 17 % et celle en protéines de 24 %. La graine a ainsi une valeur économique presque comparable à celle de la fibre.

La domestication du cotonnier s'est pas produite en plusieurs lieux ni à divers moments : elle implique quatre espèces distinctes, domestiquées indépendamment sur trois continents, ce qui en fait un cas d'école de la convergence évolutive sous sélection anthropique. Dans l'Ancien Monde, deux espèces diploïdes ont été domestiquées : G. arboreum, le coton arborescent, cultivé pendant des millénaires comme un arbre de longue durée dans le sous-continent indien, et G. herbaceum, le coton herbacé, probablement domestiqué en Afrique et cultivé comme arbuste sur plusieurs années. Les plus anciennes traces connues de tissus de coton proviennent de la civilisation de l'Indus, à Mohenjo-Daro, et sont datées d'environ 3000 avant notre ère, ce qui fait de la vallée de l'Indus le foyer de domestication et de diffusion du coton le plus anciennement documenté. Les données archéobotaniques indiquent que l'usage textile du coton était établi au Baloutchistan dès 5000-4300 avant notre ère, et que la production de tissus standardisés, teints et destinés à l'exportation s'est pleinement développée dans la région de l'Indus à partir du III^e millénaire avant notre ère. En Amérique, ce sont les espèces allotétraploïdes qui ont été domestiquées : G. hirsutum, le coton des hautes terres d'Amérique centrale et du Mexique, dont la domestication remonte à environ 6000 ans, et G. barbadense, le coton de Pima ou d'Égypte, originaire d'Amérique du Sud, probablement du Pérou. Aujourd'hui, ces deux espèces tétraploïdes assurent à elles seules plus de 99 % de l'approvisionnement mondial en coton destiné à l'industrie, G. hirsutum représentant à lui seul environ 90 % de la production mondiale, tandis que les cotons diploïdes de l'Ancien Monde ne subsistent que marginalement dans certaines régions d'Afrique et d'Asie.

L'histoire de l'usage du coton par les sociétés humaines engage des dimensions symboliques, rituelles et cosmologiques profondes. Bien avant que la fibre ne devienne la matière première dominante de l'industrie textile mondiale, les fleurs et les fibres de cotonnier ont été utilisées comme offrandes et amulettes dans des contextes funéraires et rituels, il y a environ 7000 ans. En Amérique du Nord, chez les Hopi (Les Pueblos), le coton est considéré comme indispensable à la fois à la vie matérielle et à la vie religieuse : des fils de coton servent à attacher les bâtons sacrés, et des flocons de coton représentent les nuages dans diverses cérémonies. Dans les sociétés andines, le coton servait non seulement à la fabrication de vêtements quotidiens et somptuaires, mais aussi à celle d'objets rituels et de réseaux d'échange, et ses feuilles étaient employées en infusion contre les convulsions tandis que la fleur soulageait les douleurs d'oreilles. Chez les populations Lafu, une population du nord de la Thaïlande, le coton (Gossypium spp.) est requis lors des rituels animistes, ce qui conduit ces populations à le cultiver et à le maintenir en permanence dans les lieux de prière du village. Cette polysémie du coton (fibre utilitaire, support de croyance, marqueur d'identité) explique en partie la profondeur historique de son intégration dans les systèmes sociaux bien avant l'émergence du capitalisme industriel.

C'est précisément cette intégration millénaire qui a fourni les bases matérielles et techniques à la transformation radicale des sociétés européennes à partir du XVII^e siècle. Jusqu'à la révolution industrielle, l'Asie produisait de grandes quantités de cotonnades imprimées et colorées qui étaient exportées jusqu'au Japon, en Afrique de l'Ouest et en Europe, et l'Inde demeurait le centre manufacturier et commercial du coton à l'échelle mondiale. La mode des cotonnades déferla sur l'Europe au XVII^e siècle et y déclencha un processus d'industrialisation dont le coton fut le fer de lance : en Angleterre, la demande de cotonnades indiennes stimula l'innovation technique, de la navette volante de Kay (1733) à la jenny de Hargreaves (1764), à la machine à filer hydraulique d'Arkwright (1769) et à la mule-jenny de Crompton (1779), qui permirent d'accroître considérablement la productivité de la filature et du tissage. Le coton fut ainsi au coeur de la première phase de la révolution industrielle, et Marx et Engels en firent le symbole même du capitalisme industriel dans le Manifeste du Parti communiste. Mais cette révolution industrielle s'est accompagnée d'une violence sociale et coloniale d'une ampleur inouïe : l'essor des plantations de coton dans le Sud des États-Unis s'est appuyé sur l'esclavage de centaines de milliers de personnes, l'invention de l'égreneuse à coton (cotton gin) par Eli Whitney en 1793 ayant paradoxalement renforcé l'institution esclavagiste en rendant rentable la culture du coton à grande échelle dans les terres de l'intérieur. Les historiens de l'économie ont montré que l'expansion du capitalisme industriel britannique a été structurellement liée à l'esclavage, le coton constituant avec les armes et le sucre l'un des trois piliers de l'économie atlantique de l'exploitation. Le coton a ainsi été l'un des vecteurs majeurs de la mondialisation des échanges, mais aussi de la traite humaine et de la destruction d'écosystèmes entiers, depuis les champs de Louisiane jusqu'à l'assèchement de la mer d'Aral provoqué par la culture intensive du coton en Asie centrale soviétique.

Aujourd'hui, le coton demeure une culture d'une importance économique mondiale considérable : il fournit environ 40 % des matières premières de l'industrie textile et sert de matière première à plus de vingt-cinq industries, ce qui lui a valu le surnom d'or blanc. Les principaux pays producteurs sont l'Inde, la Chine, les États-Unis, le Pakistan et le Brésil, et la production mondiale de coton-graine s'élève à plusieurs dizaines de millions de tonnes par an. Toutefois, les modes de production contemporains soulèvent des questions environnementales et sociales majeures. Environ 75 % de la surface cotonnière mondiale est plantée de variétés génétiquement modifiées, résistantes aux insectes ou aux herbicides, et la culture conventionnelle nécessite des quantités importantes d'intrants chimiques (de l'ordre de trois kilos d'intrants par kilo de coton produit) ainsi qu'une consommation d'eau considérable, estimée à 2700 litres pour la fabrication d'un seul tee-shirt. 

Le coton biologique, promu comme une alternative plus durable, ne représente encore qu'une fraction marginale de la production mondiale, de l'ordre de 0,1 %, malgré une expansion rapide. La question de la durabilité de la culture cotonnière est d'ailleurs ancienne : les travaux archéobotaniques montrent que, dans certaines régions désertiques de l'Ancien Monde, le coton a pu être cultivé pendant des millénaires selon des modalités qui n'étaient pas caractérisés par des impacts écologiques et sociétaux majeurs, ce qui invite à considérer l'histoire longue de la plante comme une source d'enseignements pour repenser les filières contemporaines.