Ces deux grands penseurs exercèrent une influence considérable sur l'ensemble des sciences, influence inégale cependant, surtout en ce qui concerne la médecine. A cet égard, l'influence de Descartes fut plus grande. D'ailleurs, Bacon n'inventa pas la méthode d'induction dont Aristote avait parfaitement formulé les règles, et que ses contemporains, Kepler, Galilée, appliquèrent avant qu'il ne la codifiât en quelque sorte. On peut même lui reprocher d'avoir, dans les applications, attaché une importance excessive aux procédés logiques qu'il substitue volontiers à l'observation et à l'expérimentation, sans compter que trop souvent il revient aux préjugés du Moyen âge : telle son explication de la physique et d'une foule de phénomènes naturels par l'intervention d'esprits invisibles et intangibles. Si, en médecine, il donne avec raison une grande importance à l'anatomie et à la physiologie, qu'il fait reposer sur les vivisections, en thérapeutique à la chimie, en revanche, en hygiène, il poursuit la chimère de la panacée universelle, l'or potable, nécessaire selon lui pour la prolongation de la vie.

Descartes a été beaucoup plus médecin que Bacon; aussi, bien qu'il affectât quelquefois du mépris pour la méthode expérimentale, a-t-il exercé sur cette science une influence bien supérieure à celle de Bacon. La grave erreur de Descartes a été sa prétention de ramener la philosophie, par l'union des méthodes analytique et synthétique, à la certitude mathématique. D'ailleurs les règles fondamentales dans lesquelles il renferme sa célèbre Méthode se trouvent déjà dans Aristote, et souvent il a lui-même négligé de les suivre, procédant a priori là où il aurait fallu employer la déduction et n'enfantant ainsi que de vaines hypothèses. Quoi qu'il en soit, Descartes a été physiologiste et, comme tel, il a reconnu le rôle important que joue la cellule dans la formation des organismes, contribué à propager la découverte de la circulation du sang, étudié le rôle du suc gastrique dans la digestion et surtout établi la théorie de la vision; en faisant des vaisseaux capillaires le siège des principaux phénomènes de la nutrition et du cerveau le siège de toutes nos facultés intellectuelles et morales, l'organe supérieur de la pensée et du sentiment, il ne s'est pas trop éloigné de la vérité.

Malheureusement, sa conception dualiste de l'univers, dans lequel la pensée immatérielle s'oppose à la matière étendue et divisible à l'infini, l'a amené à nier la pensée chez les animaux, et à faire de ceux-ci de simples automates ou des machines biens réglées; le corps de l'humain lui-même n'est qu'une machine et, comme tous les corps matériels, soumis aux lois de la mécanique, lois nécessaires gouvernant dans le monde le mouvement dont la somme est constante. En un mot, Descartes a rendu possible « l'homme-machine » de Lamettrie, et a été bien involontairement le père du matérialisme moderne. Il est impossible, dans le système de Descartes, de comprendre le problème de l'union de l'âme et du corps, d'une substance immatérielle et non étendue avec une substance matérielle dont l'essence est d'être étendue. Aussi place-t-il entre les deux les esprits animaux qui émanent du cerveau et vont déterminer les mouvements qui s'accomplissent dans les différentes parties du corps, c.-à-d. son fonctionnement vital. 

L'âme est, il est vrai, répandue dans tout le corps pour Descartes - c'est une réminiscence du système péripatéticien - mais elle a pour organe immédiat la glande pinéale, lieu de passage obligatoire pour tous les esprits animaux émanés du sang. A part cette localisation singulière, en remplaçant le mot « esprits animaux » par celui d'« influx nerveux », on constatera que les idées de Descartes sur la fonction cérébrale ne sont pas si absurdes qu'on a bien voulu le dire. Quoi qu'il en soit, en faisant jouer un rôle si important aux mouvements des parties solides et liquides dans le fonctionnement des organismes, il a engendré les deux grands systèmes qui ont régné dans la médecine au XVII^e siècle, l'iatromécanisme et l'iatrochimisme.
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William Harvey.

La découverte de la circulation par William Harvey (1578-1658) qu'on peut considérer comme l'événement capital de l'histoire médicale au XVII^e siècle, a exercé une influence prépondérante sur les progrès de l'art de guérir. Cette influence ne se fit pas sentir immédiatement, il est vrai, car si la découverte de Harvey a eu ses partisans, tels que Descartes et Pecquet, elle a eu aussi ses adversaires, parmi lesquels le célèbre Riolan, doyen de la faculté de Paris, et Plemp, qui fit amende honorable. Les Aselli, les Pecquet, les Van Horne, les Rudbeck, les Th. Bartholin, les M. Malpighi, les Cowper, etc., vinrent compléter la découverte de Harvey par de nouvelles découvertes. En même temps, l'anatomie progresse entre les mains de Malpighi (1628-1694), de Ruysch (1638-1734), de Leeuwenhoeck (1632-1723), dont les travaux fondent l'anatomie des tissus (histologie). Parmi les grands anatomistes de cette époque noue aurions à citer encore bien des noms : Swammerdam, de Graaf, en Hollande; les Bartholin, Stenon, au Danemark; Verheyen, en Flandre; Brünner et Payer, en Allemagne; Havers, Willis et Wharton, en Angleterre; Vieussens, Littre, Méry, Duvernoy,en France; Lancisi, en Italie, etc. Enfin, Bartholin, Tulp, Wepfer, Ruysch, Payer perfectionnent l'anatomie pathologique, dont les débuts remontent au XVI^e siècle et qui devait faire la gloire de Morgagni au XVIII^e siècle.

La chirurgie est également représentée par des noms illustres tels que Cesare Magati (1597-1647), en Italie; Dionis, le médecin de Louis XIV, mort en 1718; Méry (1645-1722); Beaulieu ou Baulot (1651-1714), en France; Tulp (1593-1674), Van Horne (1621-1670), C. Van Solingen (1641-1687), Van Roonhuyzen, Van Deventer, Paltyn, etc., en Hollande; Fabrice de Hilden (1560-1634), Scultet (1595-1645), Purmann (1648-1721), en Allemagne, etc. Dans l'art obstétrical, nous relevons les noms de Louise Bourgeois (née vers 1564), de Marguerite de La Marche, de Mauriceau (mort en 1719), de Portal (mort en 1703), de Peu (mort en 1707), de Justine Siegmundin (morte en 1705), de Job. Van Hoorn (1661-1724), etc.
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Leçon d'anatomie de Willem van der Meer, par Jansz van Mierevelt (1617).

Médecine pratique. 
Les progrès de la médecine pratique furent plus lents. Le galénisme et l'esprit de routine continuèrent à régner un peu partout, mais surtout en France; qu'on se rappelle comment Molière a stigmatisé les médecins courtisans, esclaves d'un cérémonial suranné et dont l'ignorance égalait le pédantisme. Seule l'école iatromécanicienne, sous l'influence de Descartes et d'esprits positifs tels que Galilée, Newton, etc., a des visées plus élevées. Préparée par la découverte de la circulation et par les expériences précises de Sanctorius, elle embrassa avec enthousiasme les idées mécaniciennes de Descartes et crut trouver dans les lois de la mécanique l'explication des phénomènes biologiques toute la physiologie moderne a reçu la marque de cette évolution qui fut d'ailleurs le point de départ du matérialisme scientifique moderne. Florissante dès le milieu du XVII^e siècle, ardente à combattre la chimiatrie dont elle finit par triompher, elle ne tarda pas à exagérer ses tendances et à devenir un système exclusif qui régna pendant près d'un siècle et demi. Les principaux iatrophysiciens du XVII^e siècle furent des Italiens et des Anglais.

Borelli (1608-1679), plutôt philosophe et mathématicien que médecin, peut en être considéré comme le créateur; son élève Bellini (1643-1704) n'ajouta pas grand-chose au système de Borelli, qui resta entre ses mains une sorte de compromis entre la chimiatrie et l'iatromécanisme. C'est G. Baglivi (1669-1707), élève de Malpighi, qui donna à la nouvelle doctrine sa consécration et son indépendance. Bon clinicien, excellent observateur, expérimentateur à la façon hippocratique, il a su éviter en médecine les erreurs théoriques dans lesquelles il est tombé en physiologie et en anatomie. A côté de lui se place Ramazzini (1633-1706), qui fut également un habile praticien. Les iatrophysiciens anglais furent moins indépendants et firent plus de concessions à l'iatrochimisme, dont ils conservèrent les esprits vitaux et les ferments. Leur principal représentant fut Archibald Pitcairn (1652-1743) d'Edimhourg. Partout ailleurs l'iatrochimisme était prédominant; mais il ne devait pas tarder à succomber sous les coups de ses adversaires, et naturellement ce qu'il pouvait renfermer de bon disparut avec lui.
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Page de garde du De Motu Animalium de Borelli.

latrochimisme.
Le système, dont on peut faire remonter l'origine à Paracelse et, en passant par Basile Valentin, jusqu'aux Arabes, apparut avant l'iatromécanisme. Son véritable précurseur fut Van Helmont, né en 1578, chimiste éminent pour son siècle et dont les tendances néoplatoniciennes se retrouvent dans ses théories médicales. Il se livra d'ailleurs à la médecine par pur amour pour l'humanité. Sa doctrine peut se résumer en peu de mots. Les êtres ont été créés par un ordre (émanation) divin; l'âme est unie au corps par un principe vital qu'il nomme archée et qui a des archées secondaires sous ses ordres, et les archées construisent les divers organes et les régissent au moyen d'agents spéciaux, les ferments. Lorsque l'accord est rompu entre les archées, il y a maladie; c'est la maladie de l'archée, et c'est sur lui que doit agir la thérapeutique. Van Helmont a entrevu les effluves des corps que depuis Reichenbach a appelé l'od. Il a été aussi le précurseur du vitalisme.

C'est François de Le Boë ou Sylvius (1614-1672), anatomiste éminent, clinicien remarquable, qui a fait de la chimiatrie un système cohérent. L'archée de Van Helmont est remplacé par un corps subtil, mais matériel, qui dirige les réactions chimiques, les fermentations, les effervescences, etc., dont les opérations vitales sont l'expression. Le maladie consiste en des réactions anormales, dues aux âcretés alcalines ou acides des humeurs, et la thérapeutique trouve dans la chimie le moyen de calmer ces acrimonies.

L'Angleterre fit bon accueil à l'iatrochimisme, dont le principal partisan dans ce pays fut Thomas Willis (1622-1675), surtout célèbre par son Anatomie du système nerveux, mais peu heureux dans sa pratique. Dans sa pathologie, il exagéra le rôle des fermentations. En Allemagne, les principaux chimiatres furent Ettmüller (1644-1683), professeur à Leipzig; W. Wedel (1645-1741), professeur à Iéna, et Schelhammer (1649-1746), également professeur à léna; et c'est aussi dans ce pays que ce système vécut le plus longtemps. Mais en Angleterre, l'iatrochimisme eut pour ennemis le chimiste Robert Boyle et surtout le clinicien Sydenham, qui mérita le nom d'Hippocrate anglais que l'histoire a consacré. En Italie et en Hollande, il succomba sous les coups de l'iatromécanisme; en France, il eut à lutter contre le galénisme, qui réussit à proscrire l'antimoine de la thérapeutique par deux décrets du parlement. Mais l'antimoine triompha, dans une maladie de Louis XIV, en 1658, entre les mains de Guénaut, et il fut solennellement réhabilité par le parlement en 1665. Malgré ce triomphe, la chimiatrie avait vécu, comme système.

Clinique. 
La clinique était entrée dans une mauvaise voie, toute faite d'explications théoriques sans base sérieuse et de menus détails d'observation à l'infini. Ce sera l'éternel honneur de Sydenham (1624-1689), l'un des médecins les plus éminents de tous les temps, d'avoir entrepris et mené à bonne fin la réforme qui s'imposait. Son Histoire et curation des maladies aiguës se distingue par des descriptions cliniques magistrales. Parmi un grand nombre d'autres ouvrages excellents, il faut citer surtout son Traité de la goutte, resté classique et encore réimprimé en France à la fin du XIX^e siècle. On a reproché à Sydenham d'avoir été partisan de la polypharmacie; cela n'est pas exact. Attribuant la plupart des maladies à des altérations des humeurs, il a cherché les remèdes spécifiques de ces maladies et a pensé les trouver dans les végétaux, à l'exclusion des minéraux, à cause de l'hétérogénéité qu'il voyait entre eux et l'organisme humain. Il en a cependant conservé quelques-uns. D'ailleurs, l'arsenal thérapeutique de Sydenham ne comprenait guère que les vomitifs, le jalap, le calomel, quelques sels purgatifs, le fer, le quinquina, le galbanum, l'asa foetida et opium; il formula le laudanum (vin d'opium) qui porte son nom.

R. Morton (1635-1698), contemporain et émule de Sydenham, partisan comme lui de la méthode hippocratique, l'un des introducteurs du quinquina en Angleterre, fut plus érudit que Sydenham, mais se perdit davantage dans les théories. En France, deux cliniciens de Montpellier, Barbeyrac et Chirac, jouirent d'une réputation égale à celle de leurs rivaux anglais, mais ils ne la méritaient pas. Mentionnons enfin, parmi les praticiens éminents du XVII^e siècle : J.-J. Manget (1652-1742), le grand bibliographe de Genève, et Théophile Bonet (1620-1689), célèbre par son Sepulchretum (Genève, 1679), puis C. Bonnet (1617-1655), qui a publié le Theatrum tabidorum (Londres, 1656); Fr. Glisson (1597-1671), de Cambridge, célèbre par ses travaux sur le foie et sur le mouvement des animaux, ainsi que par son traité De Rhachilide (Londres, 1660), le précurseur de la théorie de l'irritabilité; R. Lister (mort en 1711), de Londres, auteur des Exercitationes; P. Tulp (1593-1678), bien connu par ses Observations medicae (Amsterdam, 1652); I. Van Diemerbroeck (1609-1647), de Nimègue, qui décrivit l'effroyable peste de 1635-1637; J. Bont (mort en 1631), célèbre par un ouvrage sur la médecine des Hindous; G. Lepois ou Piso (1611-1678), connu par sa Topographie médicale du Brésil, parue en 1658 avec l'ouvrage de Bont; enfin J.-J. Wepfer (1620-1695), de Schaghouse, dont on a un remarquable ouvrage sur l'apoplexie (1658) et à qui l'on doit une série d'expériences sur les poisons.

La thérapeutique galénique reçut, au XVIII^e siècle, des coups dont elle ne se releva pas. C'est surtout l'introduction dans la thérapeutique du quinquina qui fut fatale au galénisme; préconisé par Sydenham et par Morton, ce précieux médicament trouva des adversaires irréconciliables dans l'école de Paris, et, en Allemagne, dans Stahl. Après la publication de l'ouvrage de Torti sur les fièvres périodiques (1709), le triomphe du quinquina fut définitif. L'ipécacuanha eut également de la peine à se faire accepter; dès 1648, Piso signala l'emploi qui en était fait au Brésil; le médecin français Le Gras l'introduisit en Europe en 1672;Helvétius, le fils, en vendit le secret 1000 louis à Louis XIV, et alors seulement acquit droit de cité dans la thérapeutique. L'arsenic, l'un des arcanes des paracelsistes, devint d'un usage courant comme caustique et fut employé à l'intérieur, grâce à Fowler, mais ses nombreuses propriétés n'ont guère été étudiées qu'au XIX^e siècle.

Enfin, l'art pharmaceutique se perfectionna notablement à la suite de la publication de la Pharmacopée de J.-C. Schreeder (1600-1664), médecin de Francfort, et surtout de l'ouvrage capital, De Pharmacia moderno saeculo accomodata (Gotha, 1671), mis au jour par D. Ludwig de Weimar (1625-1680).

Sciences naturelles. 
L'Italie, peu atteinte par les guerres européennes, se trouvait encore à la tête des nations; les sociétés scientifiques, Accademia dei Lincei, Accademia di Cimente, etc., s'étaient multipliées; peu après l'Angleterre imita l'exemple de l'Italie par la fondation de la Société des sciences (Royal Society), la France par celle de l'Académie des sciences, l'Allemagne en créant l'Académie des curieux de la nature, etc. Le XVII^e siècle fut celui des héritiers de Copernic, de Kepler, de Galilée et de Newton, dont tout le monde connaît les remarquables découvertes en astronomie et en physique mécanique, de Robert Boyle, qui fonda la doctrine des affinités chimiques; de Kunkel, qui découvrit le phosphore; de Becker, le créateur de la théorie du phlogistique, etc. (Dr Liétard).