L'introduction de l'agriculture marque le début du Néolithique. Les peuples de la culture des vases à entonnoir (environ 4000-2800 av. JC) ont construit des monuments mégalithiques (dolmens et tumulus), encore visibles aujourd'hui. La culture des haches de combat (environ 2800-2400 av. JC) et la culture de la céramique cordée ont également laissé leur empreinte sur la société néolithique danoise, avec des pratiques agricoles plus avancées et des échanges commerciaux.

La culture nordique de l'Âge du bronze (environ 1700-500 av. JC) est connue pour ses objets en bronze (lames, bijoux et outils) de grande qualité, retrouvés dans des tombes ou des dépôts rituels. Le char solaire de Trundholm est un exemple emblématique de cette période.

L'Âge du fer préromain (d'environ 500 av. JC jusqu'au début de l'ère commune) a vu l'introduction du fer, utilisé pour fabriquer des armes et des outils plus efficaces que ceux en bronze. Les découvertes archéologiques, telles que des restes de villages et des objets métalliques, montrent une société agricole organisée avec des échanges commerciaux étendus. Pendant la période de La Tène et l'Âge du fer romain (environ début de l'ère commune - III^e siècle ap. JC), bien que le Danemark n'ait pas fait pas partie de l'Empire romain, les contacts avec les Romains ont eu une influence significative, notamment à travers le commerce. Les artefacts romains trouvés au Danemark (pièces de monnaie, objets en verre et armes), témoignent de ces échanges. Les premiers siècles de l'ère commune ont vu l'émergence de la culture des Dejbjerg, caractérisée par des rituels religieux et des dépôts votifs, tels que des chars et des armes sacrifiées dans les marais.

Le Danemark a longtemps eu pour rois des princes goths, qui se prétendaient issus d'Odin, et qu'on nomme Skjoldungien, du nom de Skjold, que les mythes font régner le premier. Ce que l'on sait de façon plus certaine c'est que le Danemark a connu un courant d'immigration de peuples germaniques antérieur au II^e siècle av. J.-C, qui a amené dans la péninsule Cimbrique les Saxons, les Angles, les Jutes; dans les îles, les Danes; en Scanie, les Goths. La découverte de nombreuses monnaies et objets d'art romains prouve que l'influence romaine se fit alors sentir dans tout le pays; mais, sauf quelques obscures mentions des géographes anciens et quelques inscriptions en caractères runiques, nous ne possédons aucun document écrit sur cette époque. Les relations avec le monde romain subissent ensuite, à cause du grand bouleversement de l'Europe centrale, un arrêt jusqu'au VI^e siècle : les Danois prennent part aux expéditions des Vikings, recrutés dans toute la Scandinavie. Sur les petits royaumes qui se divisaient alors le pays, nous ne connaissons que les légendes recueillies dans les sagas islandaises des XI^e et XII^e siècles, et les chroniques du Danois Saxo, qui vivait vers la fin du XI^e siècle. 

Du V^e au X^e siècle, la civilisation scandinave se modifie beaucoup, par suite des relations guerrières ou pacifiques avec l'Europe méridionale et orientale; les tombes des IX^e et X^e siècles renferment quantité de bijoux et de monnaies byzantines et asiatiques la religion d'Odin (La mythologie nordique), commune à tous le peuples du Nord, se transforme, au Danemark, sous la double influence des mythes finnois et du christianisme, apporté par des Vikings convertis. Les premiers renseignements vraiment historiques sont contemporains de l'apparition du christianisme et des premières luttes contre les Francs : ceux-ci imposèrent des tributs à des chefs danois alliés de Witikind. Louis le Pieux envoya au Danemark plusieurs missions chrétiennes, et enfin, les moines Autbert et Anskar (saint Anschaire) qui furent les apôtres de la Scandinavie (826).

Les Danois commencèrent à s'intéresser à l'Angleterre en 832. Ils s'établirent en 911, sous leur chef Rollon, sur les côtes de France, dans la province appelée depuis Normandie, occupèrent les Feroe, les îles Shetland, les Orcades, l'Islande, une partie de l'Irlande, et poussèrent leurs incursions jusqu'en Espagne, en Italie et en Sicile. Dan Mykillati, c. à d. le Magnifique, réunit le Seeland et les autres îles danoises à la Scanie, et en forma sous le nom de Danemark un Etat séparé du reste des peuples scandinaves. Gorm le Vieux acheva, par la conquête du Jutland en 865, de constituer la monarchie danoise. La grandeur du Danemark unifié s'affirma avec son petit-fils Suénon (Sven) I^er, (à la barbe fourchue) qui impose le danegeld au roi anglo-saxon Ethelred, et son neveu Canut (Knut II), qui soumit l'Angleterre, se rendit maître aussi d'une partie de l'Écosse, et acheva la conversion de son peuple et domine la Suède et la Norvège; à la mort de Canut (1035), son empire se disloqua; en 1042, l'Angleterre s'affranchit, et, avec le petit-fils de Canut, Magnus de Norvège, s'éteignit (1047) la dynastie que se disait l'héritière des Skjoldungen. 

Avec Suénon (Sven) II, dit Estritson, du nom de sa mère, soeur de Canut le Grand, commença en 1047 une nouvelle dynastie, sous laquelle les règnes  de Waldemar le Grand, de Canut VI, et de Waldemar II, étendirent la domination danoise sur tout le littoral méridional de la Baltique, et l'élevèrent à son apogée. Mais la perte de la majeure partie des conquêtes de ces trois rois marque la fin du règne du dernier, et la puissance royale s'affaiblit bientôt au profit de la féodalité, au point que Christophe II fut obligé de signer, en montant sur le trône, en 1320, une capitulation qui restreignait ses droits et étendait ceux de l'aristocratie. Il fut déposé en 1326, et le Danemark demeura plongé dans l'anarchie jusqu'à l'avènement de son fils, Waldemar III, en 1340. Avec ce prince s'éteignit en 1375 la dynastie de Suénon Estritson. 

La fille de Suénon II, Marguerite, veuve de Haakon, roi de Norvège, réunit les couronnes de Norvège et de Danemark, et bientôt celle de Suède (Union de Kalmar, (1397). Cette union fut très instable (Le Danemark au Moyen âge).: les Suédois se soulèvent avec Engelbrekt contre Erik (1412-1439) et élisent un président, Charles Knutsson. L'union refaite par Cristophe de Bavière, rompue en 1448 par l'élection de Charles Knutsson au trône de Suède, rétablie par Christian I^er (1448-1481), est de nouveau brisée par la victoire de Sten Sture, élu président à la mort de Knutsson. Après des succès alternés des Danois et des Suédois, l'union fut enfin définitivement compromise par les cruautés de Christian II, et abolie en 1523, date de l'élection de Gustave Vasa au trône de Suède. 

Sous Frédéric I^er (1523-1533), le trône perdit encore de ses droits au profit de la noblesse. Le roi autorisa en 1527 la libre introduction du luthéranisme au Danemark, et en favorisa la propagation. Son fils, Christian III, y abolit la religion catholique. Christian IV intervint à son détriment dans la guerre de Trente Ans, comme chef des protestants. La supériorité que la Suède acquit sur le Danemark, sous son successeur Frédéric III, engagea la bourgeoisie, secondée par le clergé, à renverser le pouvoir de la noblesse, en investissant le roi, en 1660, de l'autorité absolue et en rendant héréditaire le trône, auparavant électif. Cette nouvelle loi fondamentale, dite loi royale, fut promulguée en 1665. 

A la suite de sa neutralité pendant les guerres de la Révolution française, et de son alliance avec Napoléon I^er, le Danemark fut forcé, par le traité de Kiel, en 1814, d'abandonner à la Suède la Norvège, qu'il possédait depuis 1450, et l'île de Helgoland à l'Angleterre. Il reçut en dédomnagement, cette même année, la Poméranie suédoise et l'île de Rügen, qu'il échangea avec la Prusse, en 1816, contre le duché de Lauenbourg. Une loi constitutionnelle, promulguée en 1834 par Frédérick VI, établit des états provinciaux. En 1848, les duchés de Schleswig et de Holstein se soulevèrent, et le parlement de Francfort appuya la demande du Schleswig d'être réuni à la Confédération germanique. La guerre éclata à ce sujet entre le Danemark et la Prusse; elle fut suspendue par la convention de Malmö, et terminée par un traité en 1850.
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Armoiries du Royaume du Danemark.

Le roi Frédéric VII promit une nouvelle constitution en 1848, et l'accorda en 1849. Une autre constitution, donnée en 1855 par ce même roi, a institué un conseil d'État pour toutes les parties de la monarchie, composé de membres, les uns nommés par le roi et les autres élus par la diète du royaume du Danemark, et par les états provinciaux des duchés de Schleswig, de Holstein et de Lauenbourg. Mais ces duchés tendaient à se soustraire aux obligations que leur imposait la Constitution danoise. Frederik VII soumit les duchés révoltés, et la succession du Danemark et des duchés fut attribuée par les puissances européennes à Christian de Glüksbourg (conférence de Londres, 1852). Le conflit persista cependant : l'avènement de Christian IX de Glüksbourg (1863) et la promulgation de la constitution de 1863 provoquèrent un soulèvement des duchés, et bientôt, une guerre avec la Prusse et l'Autriche (1864), qui enlevèrent les duchés au Danemark. Aussitôt après la paix, le gouvernement prépara et fit enfin voter (1866) la constitution du Danemark, qui instituait deux Chambres : le Folkething, élu par un système de suffrage très étendu, et le Landthing, élu au suffrage restreint. 

L'opposition de la gauche, et surtout de la gauche démocratique (Amis des paysans), qui demandait une réduction des dépenses, grandit rapidement dans le Folkething, et aboutit à un conflit constitutionnel, le roi soutenant ses ministres en s'appuyant sur le Landthing. Le ministère de combat Estrup (1875-1894), après avoir dissous plusieurs fois (1876, 1878, mai 1881, juillet 1881) inutilement le Folkething, gouverné à l'aide de lois provisoires de finances décrétées par le roi, et imposé à la nation un régime d'exception analogue à un état de siège, découragea enfin la résistance, obtint la majorité en 1894 et se retira avec les remerciements du roi. L'année suivante, la gauche reconquit la majorité, mais elle cessa de s'intéresser aux luttes constitutionnelles pour faire triompher un programme de réformes sociales. Un autre conflit entre le gouvernement danois et la Chambre islandaise (Althing) élue en vertu de la constitution spéciale de 1874 se termina en 1893; l'Althing comprit désormais deux Chambres; l'Islande reçut une administration autonome, et ne participa plus aux dépenses du Danemark. 

Frédérik VIII, successeur en 1906 de Christian IX, montra plus de souplesse et une intelligence plus éclairée. Se voulant un roi constitutionnel, il se posa utilement en arbitre entre les radicaux et les socialistes (socio-démocrates). Christian X devint roi en 1912. Quand éclata la Première Guerre mondiale deux ans plus tard, le Danemark réussit à maintenir sa neutralité. Il fit même progresser sa démocratie. En 1915, les deux assemblées furent mises au même niveau. En 1918, le suffrage universel sera accordé.  Au cours des années suivantes, le progrès de l'économie fut au centre des préoccupations des gouvernements qui se succédèrent. A partir de 1929, malgré l'impact de la crise économique mondiale qui affecta aussi le Danemark, les socio-démocrates au pouvoir instaurèrent un système très avancé de lois sociales. 

Le Danemark espéra pouvoir encore rester neutre à l'approche de la Seconde Guerre mondiale. Un pacte de non agression fut même signé avec l'Allemagne hitlérienne en 1939. Mais il ne fut pas respecté. Le 9 avril 1940, Hitler fit envahir le Danemark. Le gouvernement resta en place, après être parvenu à faire accepter par l'occupant le maintien de son autorité sur les affaires intérieures. Cela permit à la résistance de s'organiser et de devenir suffisamment redoutable pour qu'en 1943, les Nazis prennent le contrôle complet du pays. Le roi Christian X se retrouva, de fait, assigné à résidence dans son palais. Le Danemark retrouva son indépendance en 1945, à la reddition de l'Allemagne. Il dut aussi reconnaître l'indépendance que l'Islande avait proclamée dès l'année précédente, et accorder en 1948, une autonomie de gouvernement aux îles Féroé. Entre-temps, le 20 avril 1947, le roi Frederik IX, avait succédé sur le trône à son père Christian X.

Au cours des quinze années qui suivirent le conflit mondial, le Danemark opéra des transformations au sein de ses institutions, et fut également porté à redéfinir ses relations avec le monde extérieur, tant politiques qu'économiques. Ainsi, en 1949, le Danemark commença par renoncer à sa politique de neutralité en adhérant à l'OTAN. Une nouvelle constitution, promulguée en juin 1953, supprima le Landsting. Seuls, désormais, le roi et le Folketing disposaient du pouvoir législatif. Le pouvoir exécutif restant du ressort des ministres. La même année une loi successorale avait ouvert aux femmes le droit à la couronne. Le Groenland devint aussi à partir de cette date une province du Danemark. Deux ans plus tard, en 1955, les îles Féroé renoncèrent à leur gouvernement séparé, et bénéficièrent du même statut d'intégration. En 1959, au moment où deux grands espaces économiques prenaient forme en Europe, la CEE (Communauté économique européenne) et l'AELE (Association européenne de libre échange), le Danemark choisit de se joindre au second groupe de pays, parmi lesquels figuraient ses principaux partenaires économiques (Royaume-Uni, pays scandinaves).

Le roi Frederik IX mourut en 1972 et sa fille Margrethe II lui succéda, le 14 janvier. L'année suivante, le Danemark, suivant une fois encore le Royaume-Uni, adhéra à la CEE, mais n'allait jamais montrer beaucoup d'enthousiasme dans ce nouveau partenariat. Le rejet, lors d'un référendum, du Traité de Maastricht fondant l'Union européenne (UE), en 1992, a été un exemple de cette réticence (le traité fut adopté finalement l'année suivante, mais seulement après que le Danemark ait obtenu certaines garanties); le pays refusa également d'intégrer la zone euro en 2000. Quant au Groenland, devenu autonome dès 1979, il avait aussi fait partie quelque temps du club européen, mais s'en était retiré en 1985.

Sur le plan de la politique intérieure, on doit signaler, au cours des dernières décennies, du retour au gouvernement des conservateurs en 1982. Ce gouvernement tomba en 1993, à la suite d'un scandale qui éclaboussa le premier ministre Poul Schlüter. Les sociaux-démocrates conduits par Poul Nyrup Rasmussen revinrent au pouvoir. Rasmussen fut reconduit dans ses fonctions après les élections de 1994, puis après celles de 1998, avant d'être battu par un homonyme de la droite libérale, Anders Fogh Rasmussen, en novembre 2001, à la suite d'élections qui se signalèrent également par une poussée de l'extrême droite. Le Parti libéral, à l'origine de lois durcissant les conditions d'immigration, a de nouveau gagné les élections de février 2005. Quelques mois plus tard, le pays a été plongé dans la tourmente suscitée dans certains pays musulmans après la publication par un journal de caricatures de Mahomet. La polémique a atteint son apogée au début 2006, et semble s'être calmée depuis.

A. F. Rasmussen est resté premier ministre jusqu'en 2009. En 2009, Rasmussen a quitté son poste pour devenir secrétaire général de l'OTAN. Lars Løkke Rasmussen lui a succéd en tant que Premier ministre. Son gouvernement a continué les politiques de son prédécesseur, mais a également dû faire face à des défis économiques dus à la crise financière mondiale de 2008.

En 2011, Helle Thorning-Schmidt est devenue la première femme Premier ministre du Danemark. Elle a dirigé une coalition de centre-gauche. Son gouvernement a mis en oeuvre des réformes économiques et sociales, notamment en augmentant les dépenses publiques pour stimuler la croissance et en renforçant les politiques de l'État-providence.

Lars Løkke Rasmussen est redevenu Premier ministre après les élections de 2015. Son gouvernement a été caractérisé par une politique d'austérité, des réformes du marché du travail et une approche stricte en matière d'immigration. Mette Frederiksen, cheffe du Parti social-démocrate, lui a succédé en  2019. Son gouvernement a adopté des politiques progressistes, notamment en matière de climat, de politique sociale et d'immigration. La gestion de la pandémie de covid-19 a également été un défi majeur de son mandat.