C'est de lui-même, c'est de sa propre nature et de son propre idéal que Nietzsche, au contact de Wagner et de Schopenhauer, avait pris conscience de plus en plus distinctement. Et lorsqu'en 1876 la maladie, le détachant de son milieu et l'affranchissant pendant un an des servitudes, toujours plus pénibles pour lui, du travail professionnel, le laissa seul en présence de sa propre pensée, lorsque les fêtes de Bayreuth lui eurent fait mesurer la distance du Wagner réel au héros de ses rêves, il aperçut clairement les irréconciliables différences qui le séparaient de ses deux éducateurs. Il essaya à la fin de 1877 de reprendre ses cours, publia en mai 1878 un livre qui est le témoignage de sa crise intellectuelle et des efforts de l'homme déjà mûr pour s'affranchir des illusions du jeune homme : Menschliches Allzumenschliches, Ein Buch für freie Geister (composé en 1876-77, en grande partie à Sorrente). Son nouvel ouvrage le brouilla définitivement avec Wagner, dont il critiquait les idées et les aspirations. 

Ses maux de tête et ses maux d'yeux ne cessant pas de s'aggraver, il se décida en 1879 à donner sa démission de l'université de Bâle, qui lui assura, par une pension de retraite, la liberté de la vie matérielle. Alors commença pour lui l'existence solitaire, sans amis, presque toujours sans livres, qu'il mena jusqu'en 1888, demeurant en hiver dans le Midi, généralement près de Gênes ou de Nice, et en été dans la haute Engadine, généralement au village de Sils-Maria. Il passa plusieurs années entre la vie et la mort. C'est de cette époque que datent trois nouveaux ouvrages : Vermischte Meinungen und Spräche (composé de 1876 à 1878, publié en mars 1879 comme continuation à Menschliches Allzumenschliches); Der Wandrer und sein Schatten (composé en 1879, publié fin 1879 avec la date de 1880, comme nouvelle suite à Menschliches Allzumenschliches; réuni en 1886 au volume précédent pour former le t. Il de Dies Menschliches Allzumenschliches); Morgenröthe (composé en 1880 et 1881, publié en 1881). Ces ouvrages sont composés d'aphorismes et de morceaux détachés; c'était la seule manière de rendre sa pensée que lui permit sa maladie; elle convenait d'ailleurs à l'expression d'une pensée en voie de développement et qui se cherchait encore elle-même; et elle était l'image la plus exacte du travail d'un esprit qui n'avançait pas par voie de déduction logique, mais par des intuitions et par des observations morales, dont la liaison et l'unité systématiques, tout incontestables qu'elles sont, n'étaient par le produit de raisonnements rigoureux. En 1881, Nietzsche concevait enfin dans ses traits essentiels, sa philosophie définitive, et en 1882 sa santé s'améliorait, sensiblement.

La « philosophie tragique » de Nietzsche avait été dirigée contre l'optimisme utilitaire et scientifique. Mais s'il considérait la nature comme une activité aveugle et fatale, dont la conscience, avec le besoin de comprendre et le désir du bonheur, n'est qu'une forme accidentelle et passagère, et si par là il s'accordait avec Schopenhauer, il doutait dès 1867 de sa métaphysique qui érige cette activité, cette « volonté », en «-chose en soi », en essence du monde, et il repoussait sa morale de renoncement pour placer au contraire le but de la vie dans la jouissance et la création artistiques et dans l'action héroïque. Si notre temps est celui du petit bourgeois qui se satisfait d'une existence médiocre, c'est aussi un âge de découragement, de fatigue, de mélancolie, et la lassitude de vivre n'était pas moins antipathique aux instincts les plus profonds de Nietzsche que la médiocrité satisfaite. Elle procède comme elle, suivant Nietzsche, d'un affaiblissement de la volonté, de l'énergie vitale; comme elle, c'est une forme de la lâcheté et lui signe de décadence. Son expression philosophique, c'est le pessimisme romantique d'un Schopenhauer et d'un Wagner. 

Dès lors, l'attitude du philosophe vis-à-vis de ses maîtres devait se trouver modifiée, il devait voir en eux des adversaires, et son attention devait se porter surtout sur ce que leurs aspirations et leur doctrine présentaient de contraire à ses tendances et à ses idées. Ce changement fut hâté par la désillusion qu'il éprouva aux fêtes de Bayreuth. A Triebschen, il avait vu Wagner seul à seul, absorbé et exalté par la création artistique, tout occupé de cet héroïque Siegfried, qui, joyeusement, sans crainte et sans calculs intéressés, accepte la vie et l'action dans leurs plus tragiques éventualités; incarnation admirable du héros comme le concevait Nietzsche, imaginé par Wagner vers 1850, sous l'influence de Bakounine et de Feuerbach, et réalisation de l'idéal de Feuerbach, pour qui l'humain doit vivre, sans peur de la mort, la vie humaine dans toute sa plénitude. 

Depuis quelques années déjà, Nietzsche s'interrogeait en silence sur la valeur réelle de la personne et de l'oeuvre de Wagner. Mais à Bayreuth il vit le maître, tournant au journaliste et au metteur en scène, accepter les conditions, dégradantes au gré du philosophe, qu'impliquait l'exécution pratique de ses projets, et, flattant les passions nationalistes, antifrancaises et antisémites de la foule de ses compatriotes, s'abaisser jusqu'à eux au lieu de les élever jusqu'à lui; à Bayreuth aussi, il reconnut que le style surchargé de cet art complexe, à la fois grossier et raffiné, art de décadence fait pour surexciter des nerfs fatigués, n'était pas l'oeuvre d'un génie spontané et n'avait rien à voir avec la saine et forte simplicité du drame grec. Le principe pessimiste et chrétien de renoncement et de pitié, c.-à-d. pour Nietzsche de décadence, le choqua plus que jamais dans le poème de Parsifal. Il avait envoyé à  Wagner, au moment même où celui-ci lui adressait son Parsifal, le nouveau livre ou le maître ne devait trouver, de la part de celui qu'il considérait comme un disciple, que des critiques de ses idées et de son oeuvre; et l'orgueil blessé d'un triomphateur autoritaire, sa colère d'une attaque Contre toutes ses convictions, qui lui parut une aberration intellectuelle, la douleur enfin d'on vieillard à l'égard de ce qui lui sembla la trahison d'un ami, rendirent la rupture entre Nietzsche et Wagner inévitable et définitive.

Autant que sa désillusion sur le compte de Wagner et sa rupture avec lui, ce qui détermina Nietzsche à combattre sans ménageaient la morale du découragement et du renoncement, ce fut la volonté de lutter contre l'influence déprimante de la maladie, qui d'année en année semblait mettre sur lui une prise plus forte. Mais cette morale du renoncement, c'est celle du christianisme et de toute religion qui, pour consoler les humains des souffrances qu'ils éprouvent en ce monde, leur enseigne à croire, en un autre monde et leur prescrit de sacrifier leur vie présente à l'espoir des béatitudes futures. Guerre donc à la religion chrétienne, guerre à toute religion et guerre à la morale de la pitié! Qu'est-ce en réalité que la pitié, sinon l'impuissance de l'humain, dont la vitalité est affaiblie, à contempler chez les autres le spectacle des douleurs qu'il se sont incapable de supporter lui-même, et la morale de la pitié, par suite, n'est-elle pas une lâcheté doublée d'une hypocrisie?

Mais toutes les métaphysiques-abstraites, en opposant à la diversité et au devenir du monde sensible, tissu bigarré d'apparences illusoires, le monde « vrai », « rationnel », « intelligible », le monde des « idées », l' « unité » immuable, la « substance », le «-noumène », la « chose en soi », « le Nirvâna », ne procèdent-elles pas de la morale pessimiste du découragement? Ne placent-elles pas derrière, le monde multiple et perpétuellement changeant des phénomènes sensibles au au-delà chimérique pour y trouver la paix, le repos, le bonheur ou du moins l'éternel anéantissement, qu'on ne saurait trouver dans le monde sensible, royaume des agitations douloureuses? Toute métaphysique n'est-elle pas l'expression d'un état morbide de l'âme et du corps? Contre les tentatives des « idéalistes », des « rationalistes » pour réduire le monde sensible à une apparence illusoire, l'instinct artistique de Nietzsche se révolte, aussi bien que son courage et sa loyauté protestent contre ce qui lui semble une lâcheté hypocrite. Guerre donc à toute métaphysique comme à toute religion! Guerre au mysticisme hindou et aux théories d'un Parménide, d'un Platon, d'un Spinoza, d'un Kant, d'un Schopenhauer, précurseurs ou continuateurs du christianisme. Plus saine et plus profonde que leurs systèmes est la doctrine d'un Héraclite, pour qui tout est devenir et lutte incessante de forces contraires.

Ce n'est: pas seulement la religion et la métaphysique, c'est tout ce qu'on appelle d'ordinaire morale que le philosophe doit combattre; dans toute la morale actuelle, il y a en effet un principe de nihilisme et d'hostilité contre la vie, car toute notre morale prescrit à l'humain de renoncer à ses désirs personnels et égoïstes, pour lui imposer l'obéissance à la loi du devoir; mais la loi morale se détruit elle-même, car elle ordonne au philosophe une sincérité sans restrictions, et cette sincérité même l'oblige à constater et à dire qu'il n'y a pas de règle universelle et immuable du bien et du mal; que la vie, la société, l'humanité n'ont pas en elles-mêmes un but, une valeur, un sens absolus; que leur valeur et leur signification, c'est pour chacun des humains celles qu'il leur donne, celles que sa nature psychologique et physiologique le force à leur donner; que la notion de but, le sentiment de la « valeur », la croyance à la loi morale sont simplement des faits psychologiques, et que pour le moraliste psychologue qui analyse et explique ces faits, pour le physiologiste qui en conçoit une explication plus profonde, il n'y a dans la croyance à une loi morale immuable nous ordonnant de vaincre nos instincts égoïstes qu'une forme particulière de ce besoin de paix et de repos, de cette tendance au découragement, de cette fatigue qui sont l'indice et l'effet d'une vitalité appauvrie, d'une décadence physiologique; ce n'est donc, comme tout sentiment, qu'une expression de nos tendances individuelles, un déguisement de notre égoïsme, mis c'est l'égoïsme hypocrite d'une âme affaiblie et d'un corps malade.

Ce n'est pas seulement la maladie qui nous explique dans quel sens Nietzsche à cette époque dirigea ses réflexions, c'est encore I'influence d'un jeune homme, moins âge que lui de quatre ans, Paul Rée, avec lequel il passa à Sorrente l'hiver de 1876-77 et qui, sans avoir une action profonde sur le développement de son esprit, contribua à orienter sa pensée vers l'observation et l'explication psychologiques des faits moraux. Paul Rée est l'auteur de deux petits livres, Observations psychologiques (1875) et Sur l'origine des sentiments moraux (1877), rédigés, le premier avant qu'il ne connut bien Nietzsche, le second pendant l'hiver que tous deux passèrent à Sorrente. Le premier de ces ouvrages, écrit dans la manière des moralistes français du XVII^e  et du XVIII^e siècle, ramène tous nos sentiments à l'égoïsme. L'intérêt que Nietzsche y prit nous fait comprendre comment il fut conduit à subir l'influence d'un Montaigne, d'un La Rochefoucauld, d'un Vauvenargues, que déjà Schopenhauer avait admirés et imités. Il leur emprunta leurs procédés d'analyse psychologique, leurs idées sur l'universalité de l'égoïsme; la forme littéraire que ces maîtres de la maxime et de l'aphorisme avaient su donner à leur pensée. C'est Rée aussi qui, sans doute, attira l'attention de Nietzsche sur les théories de l'école anglaise et spécialement de Spencer, relativement à l'origine des sentiments moraux. Il est impossible de méconnaître l'action de Spencer dans les efforts que fit Nietzsche à partir de cette époque, pour expliquer l'origine de la moralité par l'évolution biologique et sociale. La loi morale, dit-il, ne s'explique pas seulement par un affaiblissement physiologique, elle s'explique encore par l'évolution sociale qui changea en « bête de troupeau » la bête de proie primitive; et l'appauvrissement de l'énergie vitale tient en grande partie à cette transformation sociale, qui affaiblit et adoucit l'humain en diminuant les dangers auxquels il était exposé.

Les ouvrages de cette époque nous révèlent des altérations également profondes dans les procédés intellectuels de Nietzsche et dans l'atmosphère morale où baigne sa pensée. Ce n'est plus un mélange de métaphysique et d'histoire littéraire ou d'histoire de l'art: ce ne sont plus des affirmations enthousiastes, encore un peu confuses et vagues. Ce sont des analyses psychologiques, c'est, l'attitude critique et satirique d'un esprit lucide et désabusé : critique impitoyable de la religion, de la métaphysique, de ce qu'on nomme communément la morale, de la foi dans un «-idéal-» contraire à la nature et à la vie réelles, de la croyance au « génie », à l' «-inspiration », comme à des mystères inexplicables par les causes psychologiques et physiologiques par ou s'expliquent les autres faits spirituels; critique en un mot de toutes les illusions consolantes et amollissantes, qui sont un signe d'affaiblissement, qui procèdent du désir d'échapper à la vue de la dure, de la douloureuse réalité, et qui, naturelles chez la femme, compréhensibles chez le jeune homme, sont indignes d'un homme et d'un esprit libre. L'idéal de Nietzsche à ce moment, c'est « l'esprit libre », le « pessimiste intellectuel », qui, sincèrement et courageusement, sans pitié pour les souffrances que lui cause et que causera aux autres la perte de toute illusion, sait voir et sait montrer les choses comme elles sont. Si son attitude n'est plus celle de l'affirmation et de l'enthousiasme artistique, mais de la négation et de la critique intellectuelle, ce sont pourtant les mêmes sentiments, c'est la même volonté de courage et de sincérité qui, le guidant toujours, vont le conduire vers des affirmations nouvelles et vers de nouveaux enthousiasmes. (René Berthelot).