Depuis Linné, nombre d'essais ont été tentés pour distinguer et classer les Diptères. Mais la première classification digne de ce nom est due à Macquart. Elle a paru en 1834 dans les Suites à Buffon. Cette classification, suivie pendant longtemps par la plupart des entomologistes, a été remplacée ensuite par la classification proposée par R. Schiner. Cet auteur partageait l'ordre en deux divisions primordiales, selon que les insectes parfaits sortent de la nymphe ou de la pupe par une fente longitudinale ou bien par un trou arrondi. Les Diptères sortis par une incision droite sont des Orthorapha, ceux qui sortent par une incision circulaire sont des Cyclorapha. Les premiers sont scindés en Nematocera (c.-à-d. à antennes longues) et en Brachycera (antennes courtes). 

La classification que l'on suivra ici dérive de celle de Schiner. L'ordre des Diptères y est divisé en trois sous-ordres : Les Nématocères, qui comprennent notamment la familles des Culicidés  (Moustiques); les Brachycères, dans lesquels on range la famille des Muscinés (Mouches); les Orthoraphes, dont les familles principales sont celles des Tabanidés (Taons) et des Oestridés. Le tableau suivant résume les principales divisions de cette ordre en sous-ordres, en familles et en genres :
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Nématocères.

Les Culicidés (Moustiques).
Les Culicidés comprennent les Moustiques dont les espèces sont nombreuses portent de longues antennes : les mâles se contentent d'un régime végétarien tandis les femelles piquent la peau des Humains et des autres Mammifères pour aspirer le sang nécessaire à la nutrition de leurs oeufs.  Leur trompe comprend : 

1°une gaine formée par la lèvre inférieure allongée en forme gouttière et renfermant cinq stylets (deux mandibules, deux mâchoires et I'hypo-pharynx); 

2° une aiguille effilée rigide et creuse (lèvre supérieure) occupant les bords de la gaine, communiquant directement à sa base avec I'oesophage et qui s'enfonce dans la peau en même temps que les stylets, tandis que la gaine, plus molle, reste en dehors.

a) Le Moustique commun (Culex pipiens), qui ne propage pas de maladies, mais est seulement désagrable par ses piqûres; les mâles se reconnaissent à leurs antennes plus longues et plumeuses; les femelles ont le corps bossu au repos.

b) Les Stegomyia, dont il existe une trentaine d'espèces dans les régions chaudes et tempérées. L'espèce la plus répandue est le Stegomyia calopus qui est l'agent de transmission de la fièvre jaune aux Antilles, au Mexique, etc.; mais il ne pique que si la température dépasse 23 °C et ne s'infecte qu'à la condition de piquer le malade pendant les trois premiers jours de la maladie; et ce n'est qu'une huitaine de jours après s'être
infecté lui-même que ses piqûres sont contagieuses. Certaines espèces transmettent également la Filaire de Bancroft.

c) Les Anophélinés, dont il existe une douzaine de genres réparti; dans les diverses parties du globe et dont les piqûres transmettent le paludisme; certaines espèces transmettent également la filariose aux Antilles, au Brésil, en Amérique du Nord et au Japon. Les Anophèles gardent leur corps rectiligne au repos tandis que celui du Moustique commun est bossu.

Brachycères.

Les Muscinés.
Les Muscinés comprennent les différentes sortes de Mouches, dont les antennes sont toujours courtes comparativement à celles des Moustiques. Leurs larves ou asticots sont apodes et acéphalées, c'est-à-dire dépourvues de tête et par conséquent de pièces buccales; elles ont seulement une ou deux paires de crochets chitineux au tour de la bouche. Au moment de se transformer en nymphes, leur chitine se durcit et enveloppe tout le corps qui prend la forme d'un petit tonnelet.

Il existe de nombreuses espèces de Mouches : la mouche domestique (Musca domestica) qui se tient la tête en bas sur les murs; la grosse mouche bleue de la viande ou Calliphore; la mouche des étables ou Stomoxis qui est commune dans les cours des fermes et se tient la tête en haut sur les murs; ses larves vivent dans le crottin de cheval; les mouches tsé-tsé ou Glossines qui vivent habituellement dans les régions humides de l'Afrique centrale, où elles font l'effroi des animaux domestiques par leur bourdonnement particulier; elles ont comme caractères de posséder une trompe horizontale repliée à sa base et deux ailes qui, au repos, s'entrecroisent sur le dos comme deux lames de ciseaux. Leurs oeufs se développent en larves dans une poche spéciale de la femelle : une fois pondues, elles deviennent des adultes au bout de six semaines environ, sans avoir pris de nourriture.

Les piqûres de plusieurs espèces de ces Glossines sont mortelles pour les animaux domestiques et particulièrement pour le cheval, le boeuf et le chien, auxquels elles inoculent la maladie du nagana, dont les germes sont des Trypanosomes spéciaux voisins de ceux qui causent la maladie du sommeil chez les Humains et qu'elles prennent sur des animaux sauvages tels que les buffles et les antilopes. Une espèce d'Afrique centrale, la Glossina palpalis, transmet non seulement les Trypanosomes aux Mammifères, mais communique aux humains le Trypanosome gambieuse de la maladie du sommeil (Maladies infectieusestrypanosomiase).

Les oestridés.
Les OEstridés sont de grosses mouches velues, à petits yeux et dont les larves se développent sous la peau ou dans le tube digestif des Mammifères. Les deux principales sont l'Oestre du cheval et l'Oestre du boeuf.

a) L'Oestre du cheval pond ses oeufs sur les poils; les larves apodes qui en sortent sont couvertes de petites épines et sont avalées par l'animal en se léchant; elles achèvent leur développement dans l'estomac, puis sont rejetées au dehors par les excréments; la nymphe puis l'insecte parfait se forment à l'air, mais celui-ci a une vie très courte par suite de l'atrophie de son appareil buccal.
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Oestre de boeuf.
(Hypoderma bovis).

b) L'Oestre du boeuf (Hypoderma bovis) est une mouche noire très velue, répandue en Europe, en Asie et en Afrique et qui pond également ses oeufs sur les poils; l'animal en se léchant prend les larves épineuses qui se fixent d'abord sur l'oesophage, puis le traversent pour émigrer sous la peau où elles déterminent des abcès; elles s'en échappent quand elles sont développées et tombent sur le sol, où elles achèvent leur évolution.

Les Tabanidés.
Les Tabanidés comprennent les Taons qui piquent les boeufs et les chevaux; les femelles du Taon des tropiques transmettent des Tryanosomes tout comme les Glossines et provoquent de graves épizooties en Asie du Sud-Est et aux Philippines, etc.

Des cousins des Cousins...

Siphonaptères (Aphaniptéroïdes).

Les Pullicidés.
Les Pulicidés comprennent plus de 400 espèces de Puces vivant toutes sur des Vertébrés à sang chaud; elles possèdent de grandes pattes postérieures
au saut et sont dépourvues d'ailes. Les oeufs, pondus sur le sol ou dans les fentes des parquets, donnent des larves apodes, céphalées, qui ne mettent pas plus d'une dizaine de jours pour se transformer en une nymphe enveloppée dans un cocon qu'elles ont filé; cette dernière phase dure une douzaine de jours. 

Les Puces sont les agents de transmission d'un certain nombre de maladies infectieuses et particulièrement la peste; après avoir sucé le sang de rats pestiférés, dans lequel abondent les bacilles de Yercin, vecteurs de la maladie, elles les communiquent à l'Humain ou à d'autres rats par leurs piqûres. (A. Pizon).