Les types d'organites et leur abondance peuvent varier selon le type de cellule (eucaryotes animale, végétale, procaryote). On ne listera ici que les principaux organites.

Organites principaux, présents dans la plupart des cellules eucaryotes.
Noyau.
Le noyau cellulaire est le centre de contrôle de la cellule. Il contient l'ADN (matériel génétique) sous forme de chromatine ou de chromosomes, et est entouré d'une enveloppe à double membrane percée de pores. À l'intérieur du noyau, on trouve souvent le nucléole qui est impliqué dans la production des ribosomes.

Membrane plasmique.
La membrane plasmique est une structure semi-perméable qui délimite la cellule et régule les échanges avec l'environnement. Elle est constituée d'une bicouche lipidique et de protéines membranaires.

Mitochondries.
Les mitochondries sont les "centrales énergétiques" de la cellule. Elles sont responsables de la respiration cellulaire, un processus qui produit de l'ATP (adénosine triphosphate), la principale source d'énergie pour la cellule. Elles ont une double membrane, la membrane interne étant repliée en crêtes.

Ribosomes.
Les ribosomes sont les "usines à protéines" de la cellule. Ils sont responsables de la synthèse des protéines à partir de l'ARN messager. Ils peuvent être libres dans le cytoplasme ou attachés au réticulum endoplasmique rugueux.

Réticulum Endoplasmique.
Le réticulum endoplasmique (RE) est un réseau étendu de membranes interconnectées qui s'étend à travers le cytoplasme. Il en existe deux types principaux :

• Réticulum endoplasmique rugueux (RER). - Recouvert de ribosomes, il est impliqué dans la synthèse et la modification des protéines destinées à être sécrétées ou intégrées dans les membranes.

• Réticulum endoplasmique lisse (REL). - Sans ribosomes, il est impliqué dans la synthèse des lipides, des stéroïdes, la détoxification et le stockage du calcium.

Lysosomes.
Les lysosomes sont les "centres de recyclage" de la cellule. Ils contiennent des enzymes digestives qui dégradent les déchets cellulaires, les organites endommagés, et les substances étrangères.

Endosomes.
Les endosomes sont des compartiments intracellulaires impliqués dans le trafic des molécules au sein de la cellule. Ils jouent un rôle clé dans l'endocytose, processus par lequel la cellule absorbe des substances de son environnement. Après l'internalisation, les vésicules d'endocytose fusionnent avec les endosomes précoces, qui trient les molécules pour les envoyer soit vers les lysosomes pour dégradation, soit vers la membrane plasmique pour être recyclées. Les endosomes tardifs sont des structures plus avancées dans ce processus et servent de transition avant la fusion avec les lysosomes.

Peroxysomes.
Les peroxysomes sont impliqués dans diverses réactions métaboliques, notamment la détoxification cellulaire en dégradant les peroxydes et en métabolisant les lipides. Ils contiennent des enzymes comme la catalase, qui neutralise le peroxyde d'hydrogène.

Vacuoles.
Les vacuoles sont des sacs membraneux qui servent au stockage de l'eau, des nutriments, des déchets et peuvent jouer un rôle dans la turgescence cellulaire (surtout dans les cellules végétales). Les cellules animales ont des vacuoles plus petites et moins nombreuses que les cellules végétales.

Cytosquelette.
Le cytosquelette est un réseau de filaments protéiques (microtubules, microfilaments, filaments intermédiaires) qui donne sa forme à la cellule, assure son soutien mécanique, permet le mouvement cellulaire et le transport intracellulaire.

Organites spécifiques à certains types de cellules eucaryotes.
Chloroplastes.

Paroi cellulaire.
La paroi cellulaire (dans les cellules végétales, champignons, bactéries, algues) est une  couche rigide et externe à la membrane plasmique qui donne une forme et un soutien structurel à la cellule. La composition de la paroi varie selon le type de cellule (cellulose pour les plantes, chitine pour les champignons, peptidoglycane pour les bactéries, etc.).

Centrioles et Centrosomes.
Les centrioles et centrosomes, dans les cellules animales, sont impliqués dans l'organisation du cytosquelette et la formation du fuseau mitotique lors de la division cellulaire. Les cellules végétales n'ont généralement pas de centrioles mais ont des centrosomes fonctionnels.

Platides.
Les plastides sont des organites présents uniquement dans les cellules végétales et certaines algues. Ils sont impliqués dans divers processus métaboliques et peuvent se différencier en plusieurs types :

• Chloroplastes. - Responsables de la photosynthèse, le processus qui utilise l'énergie lumineuse pour convertir le dioxyde de carbone et l'eau en glucose (sucre) et oxygène. Ils contiennent de la chlorophylle, le pigment qui capture l'énergie lumineuse. 

• Leucoplastes. - Dépourvus de pigments, ils stockent des substances comme l'amidon (amyloplastes), les lipides (oléoplastes) ou les protéines (protéinoplastes).

• Chromoplastes. - Riches en pigments caroténoïdes, ils donnent leur couleur aux fruits et aux fleurs.

• Les filaments fins (actine).

• Les filaments épais (myosine). 

• Un nucléoïde. - Une région du cytoplasme où se trouve l'ADN bactérien, généralement sous forme d'un chromosome circulaire unique. Ce n'est pas un noyau délimité par une membrane.

• Des ribosomes. - Pour la synthèse des protéines, mais ils sont différents des ribosomes eucaryotes.

• Une membrane plasmique. - La limite extérieure de la cellule.

• Une paroi cellulaire. - Présente chez la plupart des procaryotes, elle offre un soutien structurel. a paroi cellulaire est une structure rigide située à l'extérieur de la membrane plasmique. Elle est composée principalement de peptidoglycane chez les bactéries (absent chez les archées). Elle protège la cellule contre les variations osmotiques et maintient sa forme. Bien que les champignons eucaryotes aient également une paroi cellulaire, celle-ci est chimiquement différente (composée de chitine). Chez les plantes eucaryotes, la paroi est constituée de cellulose, ce qui la distingue encore davantage.

• Des inclusions cytoplasmiques. - Ce sont des granules présents dans le cytoplasme des bactéries, servant à stocker des réserves nutritives ou des substances spécifiques (comme le glycogène, les phosphates ou les lipides). Elles permettent à la cellule de survivre dans des environnements défavorables en stockant des nutriments ou des molécules essentielles. Les eucaryotes peuvent également stocker des réserves (par exemple, sous forme de vacuoles), mais les inclusions procaryotes ne sont pas entourées de membranes. 

• Des plasmides. - Petits fragments d'ADN circulaires supplémentaires.  Ils portent souvent des gènes conférant des avantages sélectifs, comme la résistance aux antibiotiques ou la capacité à métaboliser des substrats spécifiques. Bien que certains eucaryotes possèdent des éléments génétiques mobiles similaires (comme les transposons), les plasmides sont une caractéristique typique des procaryotes.

• Des vacuoles à gaz. - Présentes uniquement chez certaines bactéries aquatiques, ces structures permettent à la cellule de flotter vers des zones riches en lumière ou en nutriments. Aucune structure équivalente n'existe chez les eucaryotes.

• Des carboxysomes et autres microcompartiments. - Les carboxysomes sont des microcompartiments protéiques contenant des enzymes spécifiques, comme la ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygénase (RuBisCO), impliquée dans la fixation du carbone lors de la photosynthèse. ls optimisent les réactions enzymatiques en concentrant les substrats et en isolant les enzymes de l'environnement cytoplasmique. Ces structures sont absentes chez les eucaryotes, où les processus similaires ont lieu dans des organites membranaires comme les chloroplastes.

• Des chromatophores. - Chez certaines bactéries photosynthétiques, les chromatophores sont des invaginations de la membrane plasmique contenant des pigments photosynthétiques. Ils capturent l'énergie lumineuse pour produire de l'ATP. (Chez les eucaryotes, la photosynthèse se déroule dans les chloroplastes, des organites membranaires absents chez les procaryotes).