Ce terme est souvent utilisé pour désigner les organismes dont les cellules ont une organisation cellulaire complexe, par opposition aux procaryotes, qui sont des organismes dont les cellules ne possèdent pas de noyau bien différencié ou d'organites membranaires. Les cellules eucaryotes sont généralement plus grandes et plus complexes que les cellules procaryotes.

Les Eucaryotes comprennent une grande variété d'organismes, notamment des animaux, des plantes, des champignons et des protistes. Ces organismes peuvent être unicellulaires, comme certaines espèces de levures ou d'amibes, ou multicellulaires, comme les arbres, les animaux et de nombreux types de champignons. 

Les eucaryotes sont présents dans presque tous les environnements de la Terre, et ils jouent des rôles essentiels dans les écosystèmes en tant que producteurs primaires, consommateurs, décomposeurs et symbiotes. 

Caractéristiques clés des eucaryotes.
Présence d'un noyau membranaire.
Le matériel génétique (ADN) est enfermé dans un noyau entouré d'une enveloppe nucléaire (double membrane perforée de pores). L'ADN des eucaryotes est linéaire et associé à des protéines appelées histones, formant des chromosomes (plusieurs chromosomes par cellule). Le noyau contient un noyoloïde (région où les ribosomes sont synthétisés).

Organites membranaires spécialisés.
Les eucaryotes possèdent des organites entourés de membranes, chacun ayant une fonction spécifique :  mitochondries pour la production d'énergie (ATP); chloroplastes (chez les plantes et certains protistes) :pour la photosynthèse; réticulum endoplasmique (RE) pour la synthèse de protéines et lipides; appareil de Golgi pour le tri et la modification des protéines; lysosomes (chez les animaux) pour la digestion des déchets; peroxisomes pour la neutralisation des toxines.

Compartmentalisation fonctionnelle.
La présence d'organites exprime une spécialisation des fonctions (ex. : photosynthèse dans les chloroplastes, énergie dans les mitochondries), optimisant l'efficacité des processus cellulaires. Cela permet une complexité biologique supérieure aux procaryotes, souvent unicellulaires et moins organisés.

Cytosquelette et structure cellulaire.
Un réseau de fibres (actine, tubuline, interfibrilles) forme le cytosquelette, essentiel pour maintenir la forme de la cellule, faciliter les mouvements cellulaires (ex. : déplacement des amibes, transport intracellulaire), et organiser les organites dans l'espace cellulaire.

Taille cellulaire.
Les cellules eucaryotes sont plus grandes que les procaryotes (10 à 100 fois plus volumineuses en moyenne).  Exemple : une cellule animale mesure typiquement 10 à 30 micromètres, contre 1 à 5 micromètres pour une bactérie.

Génétique complexe.
Les gènes sont organisés en chromosomes, avec des régions non codantes (ARN non codant, régulateurs). La transcription et la traduction sont séparées (noyau vs. cytoplasme). L'ARN messager (mARN) transporte l'information génétique hors du noyau vers les ribosomes.

Mécanismes de réplication et division.
Les eucaryotes utilisent des télomères pour protéger les extrémités de leurs chromosomes. La division se fait par mitose (reproduction) ou méiose (reproduction sexuée). La division cellulaire est contrôlée par un système de cycline et des points de contrôle (checkpoints) pour éviter les erreurs.

Multicellularité et différenciation.
a plupart des eucaryotes (plantes, animaux, champignons) sont multicellulaires, avec des cellules spécialisées (ex. : neurones, muscles, chloroplastes). Les protistes (unicellulaires) montrent aussi une complexité interne grâce à leurs organites.

Origine évolutive (théorie de l'endosymbiose).
Les eucaryotes sont apparus il y a environ 2 milliards d'années. Leur origine est liée à l'hypothèse de l'endosymbiose : une bactérie aurait été intégrée dans une cellule procaryote, devenant ultérieurement une mitochondrie. Chez les plantes, les chloroplastes proviendraient également d'une cyanobactérie. Cette évolution a permis des mécanismes complexes de vie et la diversité des organismes multicellulaires.