Les réserves de glycogène sont limitées, et lorsque ces réserves sont pleines, l'excès de glucose est converti en graisse pour le stockage à plus long terme.  Dans le foie, le glycogène agit comme une réserve énergétique disponible pour être libérée dans la circulation sanguine afin de maintenir la glycémie. Lorsque les niveaux de glucose sanguin diminuent, le foie libère du glucose en dégradant le glycogène stocké. Dans les muscles, le glycogène est utilisé localement pour fournir de l'énergie pendant l'exercice.

L'entraînement physique régulier peut augmenter la capacité de stockage de glycogène dans les muscles. La synthèse de glycogène est appelée glycogenèse. Elle se produit principalement après les repas lorsque les niveaux de glucose dans le sang sont élevés. L'insuline, une hormone pancréatique, stimule la glycogenèse en favorisant l'incorporation du glucose dans les réserves de glycogène.