Après la mort de Charles le Téméraire, le roi de France, Louis XI, chercha à s'emparer de son héritage et à dépouiller sa fille unique, Marie. Le roi, instruit de l'inimitié qui existait entre le feu duc et son rival Jean de Chalon, prince d'Orange, gagna celui-ci à sa cause en lui faisant espérer le gouvernement des deux Bourgognes. Les Etats du duché de Bourgogne s'étant réunis, le prince d'Orange détermina la noblesse à mettre le duché entre les mains du roi en attendant la conclusion du mariage de Marie avec le Dauphin. A ce moment, Louis Xl n'osait pas encore démasquer ses projets; il déclarait dans des lettres adressées en janvier 1477 aux Etats qu'il voulait garder le droit de la princesse Marie et il s'engageait à maintenir les habitants du duché dans toutes leurs franchises et libertés. Les Etats se décidèrent donc à remettre le duché au roi de France; celui-ci y envoya une armée et y établit comme lieutenant Georges de la Trémoille, sire de Craon. Au mois de mars suivant, fut établi le Parlement de Dijon qui remplaça les Grands Jours. L'annexion du duché de Bourgogne au domaine royal fut ainsi consommée, La fille de Charles le Téméraire, crut encore quelque temps à la bonne foi de Louis XI et entama avec lui des négociations au sujet de son mariage avec le Dauphin. Quand elle se vit jouée, elle donna sa main à l'archiduc Maximilien d'Autriche (août 1477). Le roi oublia également les promesses qu'il avait faites au prince d'Orange. Celui-ci offrit ses services à l'archiduchesse Marie et provoqua un soulèvement à Beaune et à Semur. 

La ville de Chalon, restée fidèle à Marie de Bourgogne, fut saccagée par le sire de Craon. Le prince d'Orange, entouré des plus nobles seigneurs bourguignons, se retira en Franche-Comté où Craon le poursuivit et le vainquit. Ce fut au tour des bourgeois à se révolter contre l'autorité royale et les Dijonnais mirent à mort Jean Jouard, que Louis XI avait établi premier président du Parlement. Craon revint de Franche-Comté pour apaiser la sédition; puis il retourna mettre le siège devant  Dôle où il échoua. Son avarice et sa cruauté avaient exaspéré les Bourguignons; Louis XI le remplaça par Charles d'Amboise, seigneur de Chaumont. Déjà les troupes de L'archiduc avaient envahi le duché. Le nouveau gouverneur les chassa, puis il reprit les places révoltées, Montsaujon, Beaune, Verdun, Semur en Auxois. Louis XI fit construire un château à Dijon; il vint dans la ville en juillet 1479 et jura solennellement de conserver les libertés des bourgeois. Après la mort de Marie de Bourgogne (25 mars 1482) un traité fut conclu entre le roi et l'archiduc Maximilien. On n'y parla pas du duché. Mais on convint du mariage de Marguerite, fille de Maximilien et de Marie de Bourgogne, avec le Dauphin; elle apportait en dot les comtés d'Artois, de Bourgogne, de Mâcon, d'Auxerre, de Bar-sur-Seine et de Noyers. Le Dauphin entra en possession de ces seigneuries aussitôt après la célébration des fiançailles en juin 1483. Charles d'Amboise étant mort à Tours le 21 février 1481, son frère, Jean d'Amboise, évêque de Langres, le remplaça comme gouverneur de Bourgogne; il ne tarda pas à se démettre du gouvernement en faveur de Jean de Baudricourt, seigneur de Choiseul, maréchal de France, qui fit publier la paix dArras en décembre 1482. Il eut pour successeur Engelbert de Clèves. 

Charles VIII se rendant en Italie traversa la Bourgogne où il prit possession du duché par l'anneau ducal que l'abbé de Saint-Bénigne lui mit au doigt. Par lettres du 29 août 1494, le Parlement  de Bourgogne, créé d'abord pour le duché et le comté de Bourgogne, fut déclaré fixe à Dijon. En juillet 1494, la ville de Dijon fut ravagée par la peste; la Chambre des comptes dut siéger à Talant. Le fléau sévit encore plus cruellement à Chalon, où les magistrats décidèrent de faire jouer le Mystère du glorieux ami de Dieu, monseigneur Saint-Sébastien pour obtenir la cessation de cette terrible épidémie. La peste désola de nouveau la Bourgogne en l'année 1500. Après la mort d'Engelbert de Clèves, survenue en 1506, le roi donna le gouvernement de la Bourgogne à Louis de la Trémoille. C'est Louis XII qui fit commencer, en 1511, la construction d'un palais pour le Parlement; cet édifice ne fut achevé qu'en 1571. Les Suisses, à qui Louis XII. avait refusé une augmentation de salaire, firent une tentative sur la Bourgogne. Ils vinrent assiéger Dijon en 1513. La Trémoille, qui était accouru d'Italie pour organiser la défense dans sa province, traita avec les Suisses quand ils se disposaient à donner l'assaut. Il leur promit, à eux et aux seigneurs qui s'étaient joints à eux, une somme de deux cent mille écus. Comme on ne put trouver l'argent, les Suisses se retirèrent emmenant comme otage le propre neveu du gouverneur. 

Quand la guerre éclata entre François I^er et Charles-Quint, des aventuriers, venus d'Italie, ravagèrent la Bourgogne et spécialement l'Auxois; on dut convoquer le ban et l'arrière-ban pour les repousser. Marguerite d'Autriche, tante de Charles-Quint, qui avait le comté en apanage et la Bresse pour douaire, après avoir vainement essayé de réconcilier le roi de France et l'empereur, voulut du moins garantir ses possessions et à cet effet négocia et fit conclure entre les deux provinces de Bourgogne un traité de neutralité, signé à Saint-Jean-de-Losne le 8 juillet 1522, à l'abri duquel le duché et le comté jouirent de la paix pendant plus d'un siècle. La Bourgogne se distingua entre les autres provinces de France par la somme d'argent qu'elle offrit pour la rançon de François I^er. Launoi, vice-roi de Naples, vint demander la ratification du traité de Madrid, par lequel le duché de Bourgogne devait être cédé à Charles-Quint; les Etats convoqués refusèrent de souscrire à la promesse du souverain et s'opposèrent à son exécution. Louis de la Trémoille ayant été tué à Pavie en 1525, il fut remplacé comme gouverneur par Philippe Chabot Brion, comte de Charny, nommé par lettres royaux du 1^er juillet 1526. Il eut pour successeurs Antoine de Lorraine, duc de Guise, établi par lettres du 3 juin 1543, puis Claude de Lorraine, duc d'Aumale, fils du précédent, établi par lettres du 16 juin 1550, tué au siège de La Rochelle en 1573.

C'est sous ce dernier gouverneur que le protestantisme se développa en Bourgogne. Mais il fut vivement combattu par son lieutenant-général, Gaspard de Saulx, comte de Tavannes, qui s'opposa à ce que l'édit de janvier, qui défendait d'inquiéter les religionnaires quand ils s'assembleraient en dehors des villes, fût publié en Bourgogne; ce fut la cause de plusieurs émeutes, spécialement à Chalon. La noblesse bourguignonne était d'ailleurs dans les mêmes sentiments que le lieutenant, Les huguenots de Chalon et de Mâcon appelèrent à leur secours les calvinistes du Midi. Ils livrèrent ces deux villes à Montbrun (mai 1562). Ponsenac, chef des calvinistes du Bourbonnais, ravagea le Mâconnais et la Bresse; les bourgs de Saint Albain, Saint-Genoux, Paray et Marcigny éprouvèrent ses violences; mais il essuya un échec sous les murs de Louhans. Tavannes convoqua la noblesse, reprit Chalon et Tournus et après d'assez longs efforts finit par s'emparer de Mâcon le 19 août 1562; puis il fit rentrer dans l'ordre les calvinistes d'Autun qui avaient bravé son autorité. Il s'opposa à l'exécution de l'édit de pacification du 19 mars 1563, ce qui provoqua à Chalon et dans l'Auxerrois quelques émeutes sans importance. L'année suivante (1564), Charles IX vint en Bourgogne et visita Dijon et Chalon. La Bourgogne souffrit de la peste; puis, en 1566 les vignes gelèrent. Enfin, en 1567, les huguenots reprirent les armes; ceux de Beaune et de Dijon, après une tentative infructueuse sur Chalon, unis aux huguenots de cette dernière ville, surprirent Auxerre et Mâcon. Dès ce moment se formèrent en Bourgogne, sous le nom de confréries du Saint-Esprit, des ligues catholiques, dont l'intervention ne fit que porter la guerre civile à son comble. En 1569, une armée de reitres, commandée par le duc des Deux-Ponts et le prince Casimir, vint au secours des huguenots et dévasta les environs de Dijon. En même temps Coligny, battu à Moncontour (9 octobre 1569), traversa la Bourgogne, ravagea Cluny, brûla les villages des environs de Chalon, battit le maréchal de Cossé près d'Arnay-le-Duc et ravagea l'Autunois. La paix de Saint-Germain (août 1570) mit fin à ces troubles.

Les années 1571 et 1572 furent employées à réparer les maux causés par la guerre. Charles IX envoya à Dijon le maréchal de Vieuville avec mission de réconcilier les partis. Tavannes, devenu maréchal, céda sa charge de lieutenant de Bourgogne à Chabot, comte de Charoy. Dijon échappa, ainsi que la plupart des villes de la province, aux massacres de la Saint-Barthélemy (24 août 1572), grâce à l'intervention du président Jeannin, alors avocat, qui représenta à Chabot-Charny que le roi n'avait pu donner des ordres si sanglants après une maire délibération, et qu'il recevrait bientôt contre-ordre. Gabriel de la Guiche préserva aussi Mâcon de ces massacres. La guerre recommença en 1576. Le prince de Condé et le duc Casimir, avec six mille reitres, s'avancèrent jusque sous les murs de Châtillon, qui fut sauvé par le comte de Tavannes, fils du maréchal, passèrent près de Langres et descendirent sur Dijon, dont ils n'osèrent entreprendre le siège.

Ils ne purent que s'emparer de la ville de Nuits, qui fut livrée au pillage pendant trois jours. De là ils gagnèrent le Charolais : les villages de Paray, Anzy et Marcigny furent saccagés. Les reitres séjournèrent à Semur-en-Brionnais (février 1576).

La Ligue, qui se forma à la suite de l'indignation que la paix de Loches (14 mai 1576) avait causée dans le parti catholique, rencontra de nombreux adhérents en Bourgogne. Cette province était depuis 1573 gouvernée par le duc de Mayenne. La Ligue s'empara de Dijon en 1585 et de plusieurs autres villes de Bourgogne. La partie occidentale de la Bourgogne, où se faisait sentir l'influence du comte de Tavannes, resta fidèle au roi Flavigny, Semur, Montcenis, Bourbon-Lancy et Saint-Jean-de-Losne. Mais Dijon, Chalon, Mâcon, Beaune, Tournus, Seurre, Auxonne, Châtillon et Auxerre obéissaient à Mayenne. Dans quelques villes, Montbard, Avallon, Saulieu, Autun, les royalistes et les ligueurs étaient en nombre égal. Outre le comte de Tavannes, le roi avait parmi ses partisans le président Fremyot, Clugny, Ragny, Cypierre et Jaucourt. Le maréchal d'Aumont, envoyé par Henri IV comme gouverneur de la Bourgogne, échoua devant Autun (mai-juin 1591). Une tentative dirigée contre Chalon ne fut pas plus heureuse. En 1592, Claude de Bauffremont, baron de Sennecey, lieutenant de Mayenne, ayant fait sa soumission à Henri IV, Mayenne le remplaça par le vicomte Jean de Saulx-Tavannes, qui se trouva en présence de son frère aîné, qui commandait au nom du roi. En 1593, après qu'Henri IV eut abjuré (25 juillet), Mâcon le reconnut pour roi. Le duc de Mayenne se fortifia à Chalon. Mais les villes de la Bourgogne l'abandonnaient les unes après les autres. Auxerre, Avallon, Beaune et Autun firent leur soumission à Henri IV. La dernière armée de Mayenne fut écrasée par Henri IV à Fontaine-Française (juin 1595). Le roi fit son entrée à Dijon le 6 juin.

Le maréchal de Biron remplaça le duc de Mayenne comme gouverneur de la Bourgogne. On sait qu'il se ligua plus tard avec l'Espagne et fut décapité le 31 juillet 1602. C'est alors qu'Henri IV donna le titre de gouverneur de Bourgogne au Dauphin et nomma le duc de Bellegarde lieutenant-général. Celui-ci fut remplacé dans le gouvernement de la Bourgogne par Henri de Bourbon, prince de Condé, qui fit son entrée à Dijon le 26 mars 1626. Dès lors, la charge de gouverneur de Bourgogne devint héréditaire dans la famille des Condé. La peste ravagea la Bourgogne de 1626 à 1629. En 1632, Gaston d'Orléans, révolté, se présenta devant Dijon, puis, de là, gagna le Languedoc. Les Francs-Comtois ayant soutenu Gaston d'Orléans, le prince de Condé investit Dôle le 28 mai 1636; mais il dut lever le siège. Les Comtois unis aux Impériaux entrèrent en Bourgogne, brûlèrent Chaussin et tous les villages au delà de la Saône, s'emparèrent de Verdun, puis ils se joignirent à Gallas qui s'avançait à la tête de 60 000 hommes. Mirebeau fut prise. Mais l'armée impériale vint échouer devant Saint-Jean-de-Losne.

Les troubles de la Fronde se firent à peine sentir en Bourgogne. Cependant, après l'arrestation de Condé (18 janvier 1650), le gouvernement de Bourgogne fut donné au duc de Vendôme. Deux partis se formèrent à Dijon, celui du prince et celui de la cour. Les partisans de Condé étaient dits Albions ou Principions; ceux qui suivaient le parti contraire furent appelés Mazarins ou Frondeurs. Ceux-ci avaient à leur tête le marquis de Tavannes, lieutenant général de la province, et l'avocat général Millotet. Celui-ci surprit des lettres de Turenne qui invitaient le comte de Tavannes, partisan du prince, à venir le joindre à Stenay; les lettres furent remises à Mazarin. Le 28 février 1650 le marquis de Tavannes fut battu à Arc-sur-Tille par le comte de Tavannes qui alla échouer devant le château de Dijon. L'arrivée du duc de Vendôme mit fin à ces troubles. Le roi vint à Dijon le 6 mars 1650 et le cardinal alla diriger le siège de Saint-Jean-de-Losne. La ville de Seurre, où s'était retranchée une partie des troupes de Condé, capitula le 24 avril 1650. Condé, une fois sorti de Vincennes (1651), échangea le gouvernement de Bourgogne, contre celui de Guyenne que tenait le duc d'Epernon. Celui-ci ne put se faire reconnaître gouverneur de la Bourgogne qu'après s'être emparé du château de Dijon (8 décembre 1651).

La paix des Pyrénées (1659) rendit le gouvernement de Bourgogne à Condé. Le président Brulard fut remis à la tête du Parlement. Ce n'est que grâce à l'intervention du prince de Condé, pour lequel les Bourguignons avaient un attachement particulier, que les Etats de la province, convoqués en 1662, accordèrent au roi la somme énorme d'un million cinquante mille livres qu'il réclamait. Le chiffre des subsides réclamé par Louis XIV alla toujours croissant. L'exécution de l'édit sur les francs-fiefs et nouveaux acquêts, rencontra en Bourgogne une vive opposition; les Etats firent des remontrances au roi et obtinrent, en 1660, qu'il fit surseoir à l'exécution de l'édit. La Chambre des francs-fiefs fut supprimée et les élus furent investis de la juridiction relative aux francs-fiefs. Le titre de duc de Bourgogne fut rétabli en 1682 par le roi Louis XIV en faveur de son petit-fils qui le porta dès sa naissance. Les impôts exigés par Louis XIV avaient épuisé la province. En 1694, les élus écrivaient à M. de Pontchartrain, contrôleur général des finances : 

« Jugez, monseigneur, de la misère où sont réduits les peuples de la province : ils meurent déjà communément de pure faim et principalement dans le Charolais et l'Autunois, où il y a deux mois qu'ils ne vivent, pour la plupart, que de la seule racine de fougère. Ils sont attroupés dans les bois d'où ils volent tout ce qu'ils peuvent attraper; ils mettent le feu la nuit dans les métairies afin que le bétail se trouvant accablé dans les incendies, ils puissent en dévorer les restes. »

Henri-Jules de Bourbon, fils du grand Condé, mourut le 1^er avril 1709. La douleur de la Bourgogne fut extrême. L'administration du duché fut confiée à son fils Louis-Henri qui fit son entrée à Dijon au mois de novembre 1710. A ce moment l'état de la Bourgogne était lamentable. Toutes les récoltes avaient été gelées pendant l'hiver de 1709; les inondations des années suivantes, la mortalité qui frappa les bestiaux, la rareté de l'argent, les impositions et particulièrement l'impôt du dixième achevèrent de ruiner la province. Cependant les affaires se relevèrent à la faveur de la paix. En 1720, la récolte des vignes fut si abondante que beaucoup de propriétaires furent tentés d'abandonner les fruits, prévoyant que la vente des vins ne couvrirait pas les frais de la récolte. Cette abondance venait de ce que depuis trente ans on avait planté de la vigne dans des terres qui auraient pu produire des céréales. Les Etats cherchèrent en vain à s'opposer à cet envahissement de la plaine par les vignes. Le 6 juillet 1722, Louis XV, à la prière des Etats, autorisa la création d'une Université à Dijon qui, sur les remontrances des professeurs de la Sorbonne et de l'Université de Besançon, fut restreinte, en 1723, à une Faculté de droit.

Louis-Henri de Bourbon, prince de Condé, étant mort en 1740, son fils Louis-Joseph lui succéda dans le gouvernement de la Bourgogne. Ce fut le dernier gouverneur de cette province. Le second duc de Bourgogne, issu de la maison royale, fut Joseph-Xavier de France, petit-fils de Louis XV, né en 1751, mort en 1761. De grand, travaux furent accomplis en Bourgogne pendant les dernières années du XVIII^e siècle. Les Etats de Bourgogne furent chargés, en 1782, par lettres patentes da roi, de faire creuser le canal du centre qui réunit la Saône à la Loire. Ce fut encore le temps de la fondation du Creusot, qui fut d'abord exploité par M. François de la Chaise, puis par une société du nom de Saint-James qui eut Louis XVI pour principal actionnaire.

Aucun trouble ne signala en Bourgogne les approches de la Révolution. Cependant les nobles cherchèrent à s'unir pour défendre leurs privilèges. A la même époque où le roi convoquait les Etats généraux, le président de l'ordre de la noblesse aux Etats de Bourgogne, M. de Vienne, adressa à chacun des députés nobles à ces Etats une lettre, datée du 27 janvier 1789, les priant de se rendre à Dijon le 14 février suivant pour y assister à une assemblée générale qui se tiendrait le lendemain. Une autre assemblée - celle-ci officielle - et comprenant les représentants des trois Etats du Dijonnais, c.-à-d. des bailliages de Dijon, Beaune, Nuits, Auxonne et Saint-Jean-de-Losne, se réunit à Dijon le 28 mars 1789 pour la nomination des députés aux Etats généraux. La réunion fut ouverte par un discours de Frérot de Saint-Edme, lieutenant général du bailliage de Dijon. L'évêque de Dijon président du clergé, M. de Vienne, président de la noblesse, et Me Durand, avocat, député au tiers état, prononcèrent chacun un discours. Les divers ordres délibérèrent séparément.

Le clergé déclara au tiers état qu'il lui offrait « volontairement et librement de supporter toutes les impositions présentes et à venir dans une égalité parfaite et proportionnelle à la fortune de chacun ». La noblesse fit une semblable déclaration. Les nobles auraient voulu qu'on convoquât les Etats de la province avant la tenue des Etats généraux. Le tiers état, pensant que cette convocation ne pouvait avoir que des conséquences dangereuses, décida d'écrire à Necker pour le supplier de représenter au roi l'inutilité et les dangers de cette convocation des Etats provinciaux. La clôture de délibération de cette assemblée eut lieu le 16 avril, jour ou les députés prêtèrent serment.

En vertu du décret de la Constituante du 15 janvier 1790 la province de Bourgogne fut supprimée et son territoire réparti entre quatre départements : Côte-d'Or, Saône-et-Loire, Ain et Yonne. (M. Prou).