Hugues le Grand et Othon, le premier père et le second frère de Hugues Capet, avaient été ducs bénéficiaires de Bourgogne de 938 à 965, et Henri le Grand, autre frère de Hugues Capet, avait été institué par lui premier duc propriétaire de Bourgogne, 965-1002. Après sa mort, le roi Robert avait réuni ce duché à la couronne, et l'avait donné, en 1015 à son fils Henri, qui, devenu roi de France en 1031, investit, en 1032, son frère Robert le Vieux de ce duché (La Bourgogne pendant le Haut Moyen âge). 

Robert eut pour conseiller l'évêque Hugues de Chalon qui se servit du crédit dont il jouissait pour rallier à la cause de Robert tous les seigneurs bourguignons. Mais la mort de Hugues de Chalon, survenue le 4 novembre 1039, fut le signal de nouveaux troubles. Une guerre éclata entre le duc de Bourgogne et Renaud, comte de Nevers; celui-ci fut tué dans un combat à Sainte-Vertu (1040); mais son fils reprit plus tard la lutte (1057). Hugues, fils aîné du duc Robert, le duc lui-même et Thibaud, comte de Blois, son allié vinrent mettre le siège devant Auxerre qui appartenait au comte de Nevers. La lutte continua plusieurs années dans l'Auxerrois. Mais le duc Robert fut rappelé et retenu dans le Dijonnais, l'Auxois et l'Autunois par d'autres affaires et de scandaleux démêlés sur lesquels les contemporains ne nous ont laissé aucun détail. Robert était d'un caractère ardent. Il avait répudié la duchesse Hélie, fille de Dalmace, seigneur de Semur en Brionnais et assassiné son beau-père. Tous les religieux se plaignaient de ses exactions. Il fut excommunié et ses Etats mis en interdit; sa réconciliation avec l'Eglise eut lieu à Autun en 1060. Il mourut le 21 mars 1076 à Fleury-sur-Ouche. Il avait eu six enfants, à savoir : 1° Hugues, mort en 1059 ou 1060; 2° Henri, qui épousa en 1056, Sybille, fille de Renaud, comte de Bourgogne, et mourut entre 1070 et 1074; 3° Robert, qui épousa la fille de Roger, comte de Sicile; 4° Simon, qui suivit la fortune de son frère Robert; 5° Constance, qui épousa d'abord Hugues II, comte de Chalon, puis en secondes noces Alphonse VI, roi de Castille; 6° Hildegarde, mariée en 1068 à Guillaume VIII, comte de Poitiers, et qui vivait encore en 1120.

Après la mort de Robert, les seigneurs bourguignons reconnurent pour duc Hugues, son petit-fils, fils aîné de Henri de Bourgogne, mort en 1060. Sous son gouvernement la Bourgogne ne fut troublée par aucune guerre. Deux conciles se tinrent dans cette province en 1077, l'un à Dijon, l'autre à Autun. C'est dans la seconde de ces assemblées que fut déposé l'archevêque de Reims, Manassès. Vers le même temps furent fondés en Bourgogne deux monastères de femmes, l'un à Larrey et l'autre à Rougemont, près de Montbard. Hugues se montra très libéral envers les abbayes; dès son avènement il avait confirmé les privilèges de Saint-Bénigne de Dijon et avait abandonné aux religieux de ce monastère la moitié des droits et revenus de la monnaie de Dijon; il protégea l'abbaye de Cluny, dont son grand-oncle, Hugues de Semur, était abbé; il enrichit les abbayes de Molesme et Saint-Seine. Comme la Bourgogne était tranquille, les seigneurs allèrent en Espagne donner carrière à leur ardeur belliqueuse. Des relations s'étaient établies entre l'Espagne et la Bourgogne, grâce aux religieux de Cluny qui possédaient dans la péninsule de nombreux prieurés.

Hugues et ses barons aidèrent Sanche I^er, roi d'Aragon, à s'emparer du royaume de Navarre. Au retour de cette expédition le duc de Bourgogne ayant perdu sa femme, Sybille de Nevers, dont il n'avait pas d'enfant, se retira à Cluny, probablement en octobre ou novembre 1079, malgré les avis du pape qui chercha à le détourner de cette résolution. Il laissa le duché à son frère Eudes, et mourut à Cluny en 1093.

Eudes l^er, surnommé Borel, à cause de la couleur de ses cheveux qui étaient d'un roux vif, avait vingt ou vingt-quatre ans quand il devint duc de Bourgogne. Dès l'année 1080 il dut, sur l'ordre du roi de France,Philippe I^er, prendre les armes contre Hugues du Puiset. Mais bientôt les succès d'Alphonse VI, roi de Castille et de Léon, qui épousa à la fin de 1080, Constance de Bourgogne, fille de Robert I^er, attirèrent à nouveau la noblesse bourguignonne en Espagne. En 1085, le duc Eudes et son beau-frère, Raimond de Bourgogne partirent en Espagne, accompagnés de Savaric de Donzy, Humbert de Joinville et Robert de Bourgogne. Ils s'emparèrent de Tudela sur l'Ebre. Eudes Borel était encore en Espagne, à Léon, le 5 août 1087. Henri de Bourgogne ne paraît pas avoir pris part à cette expédition; mais sa tante, Constance, l'attira à sa cour; il se signala par de nombreuses victoires sur les Maures; il laissa un fils qui fut la tige des rois du Portugal. Raimond de Bourgogne, comte d'Amaous, frère de Renaud, comte de Bourgogne, épousa la fille d'Alphonse VI et fut la tige des rois de Castille et de Léon. En 1089 la Bourgogne, qui en 1077 avait été ravagée par la famine, fut désolée par la peste.

Un concile se tint à Autun le 16 octobre 1094 où l'excommunication fut renouvelée contre l'empereur Henri et le roi Philippe I^er. Mais l'événement qui à la fin du XI^e siècle domine tous les autres en Bourgogne, c'est la fondation de l'abbaye de Cîteaux. De l'abbaye de Molesme, fondée en 1075, partit le mouvement de réforme monastique dont saint Robert fut le plus ardent propagateur. Les religieux accouraient de toutes parts à Molesme. De nombreux prieurés avaient été fondés que les seigneurs se montraient jaloux d'enrichir; c'étaient les prieurés de Baigneux, Larrey, Balot, Grancey, Cerilly Sainte-Colombe, Frolois, Touillon, Saint-Brein-les-Moines, Gigny, Crisenon, Stigny, Artonnay, Saint-Moré, Senan, Vermanton, Cusy, Ancy-le-Franc et Tonnerre. Mais en même temps que les richesses venaient aux monastères, l'austérité en disparaissait. Aussi saint Robert voulut-il se retirer dans une autre solitude. Le duc de Bourgogne, de concert avec Rainard, vicomte de Beaune, céda à Robert un emplacement dans la forêt de Cîteaux. Les moines, compagnons de Robert, construisirent quelques cabanes et un oratoire qui fut consacré à la Vierge le 21 mars 1099. Tels furent les humbles commencements de l'abbaye de Cîteaux. La protection que le duc Eudes lui accorda ne l'empêcha pas d'être excommunié pour les ravages qu'il avait faits sur les terres de l'abbaye de Cluny et c'est pour obtenir son absolution qu'il prit la croix. Il se mit en route au printemps de 1101 (Les Croisades). Parmi les seigneurs bourguignons qui le suivirent, on remarquait : Geoffroy de Donzy, Hugues de Toucy, Hugues de Rougemont, Ascelin de Châtel-Censoir, Hugues et Anseau de Merry-sur-Yonne, et aussi l'évêque d'Autun, l'archevêque de Besançon et l'archevêque de Lyon. Le duc mourut outre-mer soit à Tarse, soit dans un combat terrible livré à Rama le 27 mai 1102. Son corps fut rapporté et enterré à Cîteaux. Il avait épousé Mahaut, fille de Guillaume le Grand, comte de Bourgogne, qui lui donna quatre enfants : 1° Hugues Il, son successeur; 2° Henri, moine à Cîteaux; 3° Florine qui épousa un seigneur de la Macédoine; 4° Hélie ou Alix, mariée en 1095 à Bertrand, comte de Tripoli, puis à Guillaume dit Talvas, comte d'Alençon.

Hugues II, dit la Pacifique, avait environ dix-huit ans quand il succéda à son père comme duc de Bourgogne. Il épousa, avant 1106, Mathilde, fille de Boson I^er, vicomte de Turenne. En l'année 1106, le pape Pascal II visita la Bourgogne; le 16 février 1107, il était à Dijon; de là il gagna l'abbaye de Bèze, puis Langres, revint en Bourgogne, passa par Avallon où il consacra l'église de Saint-Lazare, puis alla consacrer, le 9 mars de la même année, l'église de la Charité. Le duc de Bourgogne assista au sacre de Louis VI le Gros le 3 août 1108, et il est probable qu'il prit part à l'expédition dirigée par Louis VI contre Henri, duc de Normandie et roi d'Angleterre. Le 31 janvier 1110 le duc était de retour à Dijon. Vers ce temps une épidémie ravagea la Bourgogne, qui fit de nombreuses victimes parmi les Cisterciens. L'abbaye de Cîteaux ne prospérait pas; la sévérité de sa règle en éloignait les novices. On pouvait craindre pour l'existence du nouveau monastère quand Bernard, fils de Tecelin le Roux, seigneur de Fontaines-les-Dijon, y vint prendre l'habit religieux entraînant à sa suite une trentaine de jeunes seigneurs. L'affluence devint telle à Cîteaux qu'en moins d'un an les revenus du monastère ne suffirent plus à nourrir les moines. En 1115, douze religieux le quittèrent pour fonder à la Ferté-sur-la-Grosne la première colonie de Cîteaux. La même année, Bernard fonda Clairvaux. En 1416 fut établi le monastère de Pontigny, qui donna, en un siècle, naissance à quarante-cinq abbayes. Enfin la quatrième fille de Cîteaux fut Morimond, dont deux cent quatre-vingt-six abbayes reconnaissaient encore l'autorité au XVIII^e siècle. Les statuts de l'ordre de Cîteaux furent confirmés le 23 décembre 1119 par le pape Calixte II, dont l'élection comme souverain pontife avait eu lieu à Cluny le 1^er février précédent.

L'empereur Henri V menaça en 1124 d'envahir la France : Hugues II fut chargé du commandement d'une armée; mais la mort de Henri V fit disparaître le danger. Les dernières années du gouvernement de Hugues II furent troublées par la lutte entre les Cisterciens et les Clunisiens, les premiers reprochant aux seconds leur luxe et leur mollesse. La mort du duc Hugues II arriva en 1143, probablement au mois de février; il fut enterré à Cîteaux. La duchesse Mathilde survécut longtemps à son mari, car elle vivait encore le 28 juin 1156; elle dut mourir vers 1162. Hugues Il et Mathilde eurent dix enfants : 1° Eudes II, duc de Bourgogne; 2° Hugues dit le Roux, sire du Châtelet de Chalon; 3° Robert, évêque d'Autun en 1140, mort la même année; 4° Henri, évêque d'Autun, mort en 1170; 5° Raymond, marié à Agnès de Thiers, comtesse de Montpensier, père de Mahaut, comtesse de Nevers, d'Auxerre et de Tonnerre; 6° Gautier, archidiacre, puis évêque de Langres; 7° Sybille, femme de Roger, roi de Sicile; 8° Mathilde, femme de Guillaume de Montpellier; 9° Aigeline, mariée à Hugues de Vaudemont; 10° Aremburge, religieuse à Larrey, près de Dijon.

On est mal renseigné sur les premières années du gouvernement d'Eudes II qui succéda à son père comme duc de Bourgogne en 1143. II semble que l'évêque de Langres, Godefroy, ami de saint Bernard, ait joui auprès du duc d'une grande influence. Eudes reçut l'hommage de Thibaud, comte de Champagne, pour un certain nombre de fiefs qui relevaient du duché de Bourgogne : la garde de l'abbaye de Saint-Germain d'Auxerre, les châteaux de Maligny, d'Ervy et de Saint-Florentin, le comté et la ville de Troyes. Un grand nombre de seigneurs bourguignons se croisèrent en 1146 : le vicomte de Dijon, Hugues de Beaumont, l'évêque de Langres, Renier de la Roche, Thierry de Genlis, Richard d'Epiry, Arnaud de Chastellux, Gui, comte de Joigny, Itier de Toucy, Etienne de Seignelay, etc. Le pape Eugène III visita la Bourgogne en 1147. Le 11 décembre 1148 eut lieu la dédicace de l'église d'Aubin. Vers cette époque des désaccords s'élevèrent entre Henri de Bourgogne, évêque d'Autun, et l'abbaye de Vézelay, comme aussi entre Eudes II et l'évêque de Langres : celui-ci réclamait du duc l'hommage du fief de Saint Mametz. Cette dernière affaire se termina en 1153 par un arrêt de la cour du roi favorable à l'évêque de Langres. Le duc Eudes mourut en septembre 1162; sa femme, Marie, fille de Thibaud II, comte de Champagne, qu'il avait épousée en 1145, vécut au moins jusqu'en 1190. Eudes II avait en d'elle trois enfants: 1° Mahaut, mariée à Robert IV, comte d'Auvergne et de Clermont; 2° Alix, femme d'Archambaud, sire de Bourbon; 3° Hugues III.

Hugues III était mineur quand il succéda à son père en 1162. Sa mère prit en mains la direction des affaires. Les seigneurs bourguignons profitèrent de cette minorité pour envahir les biens des églises. C'est ainsi que l'église de Langres fut en butte aux vexations de Hugues de Broyes, qui s'empara des terres du chapitre, et de Henri le Libéral, comte de Champagne. L'abbaye de Vézelay eut tant à souffrir des attaques incessantes du comte de Nevers que les moines durent l'abandonner. En même temps, une ligue de seigneurs bourguignons se forma contre la régente; elle fut chassée de la cour, et privée de son domaine; elle eut recours au roi Louis VII, qui, après diverses injonctions restées sans résultat, menaça d'envahir la Bourgogne. Le jeune duc, que les seigneurs avaient excité contre sa mère, implora l'appui de l'empereur Frédéric Barberousse. 

Grâce à l'intervention du comte de Champagne, la paix fut rétablie entre Hugues III et sa mère, probablement en 1165. Le duc de Bourgogne épousa la nièce de l'empereur, Alix de Lorraine, fille du duc Mathieu l^er. A ce moment il prit la direction du gouvernement. La tranquillité dont jouissait alors le duché proprement dit faisait contraste avec les troubles qui agitaient les comtés de Chalon, de Mâcon et de Nevers, le Beaujolais, la Bresse le Bugey et le Forez. Girard de Mâcon soutenait des luttes contre le sire de Baugé, le comte de Forez, Humbert de Beaujeu et l'évêque de Mâcon. Le comte de Nevers continuait ses attaques contre les moines de Vézelay. Guillaume II, comte de Chalon, inquiétait l'abbaye de Cluny; en 1166, ses hommes massacrèrent les moines, sortis en procession, et les habitants de la ville. Louis VII s'avança en armes dans le Chalonnais et fit pendre tous les soudoyers de Guillaume II dont il put s'emparer. Le roi fit prononcer dans une assemblée tenue à Chalon la confiscation du comté de Chalon; il en donna la moitié au duc de Bourgogne et l'autre moitié au comte de Nevers, ne conservant pour lui que la seigneurie de Saint-Gengoux. Guillaume II fit sa soumission dans une assemblée que le roi Louis VII convoqua à Vézelay en 1168; mais il ne recouvra que la portion de ses biens assignée an comte de Nevers. Le duc de Bourgogne se croisa en 1169; il partit en 1171, accompagné d'Etienne l^er, comte de Bourgogne, d'Eudes de Champagne, sire de Champlitte, de Gérard de Fouvent, d'Eudes de Dampierre, de Hugues d'Arnay, etc. Les croisés étaient de retour à Dijon dès 1172. Pendant une tempête qui avait mis leurs jours en danger, Hugues III avait fait voeu de construire une église en l'honneur de la Vierge et de saint Jean. Il accomplit son voeu; cette église fut la Sainte-Chapelle de Dijon.

En 1174, la guerre éclata entre Hugues et Gui, comte de Nevers, qui continuait à ravager les terres de l'abbaye de Vézelay. Les troupes ducales envahirent l'Auxerrois; le comte de Nevers fut fait prisonnier et obligé de signer une paix; il promit de détruire les fortifications qu'il avait fait élever à Argenteuil, à Saint-Cyr et vers le gué de Vézelay. Ensuite le duc de Bourgogne se rendit au siège de Rouen que faisait le roi de France, En décembre 1178 fut conclu entre Hugues III et l'évêque de Langres un accord au sujet de leurs droits respectifs sur les hommes qui viendraient s'établir à Châtillon. Gérard, comte de Mâcon, s'allia avec le comte de Chalon et le sire de Beaujeu pour ravager les terres de l'abbaye de Cluny. Philippe-Auguste dut intervenir pour rétabir l'ordre. Il tint une cour à Pierre-Perthuis, près de Vézelay, où un arrêt fut rendu contre Gérard de Mâcon. Hugues III prit part aux luttes qui agitèrent les premières années du règne de Philippe-Auguste; il se ligua contre le roi avec les comtes de Flandre et de Blois. Mais il fut condamné à payer une amende à Philippe-Auguste. Ses embarras financiers le déterminèrent à concéder en 1183 une charte de commune à la ville de Dijon. C'est à ce moment que le duc répudia Alix de Lorraine pour épouser, à Saint-Gilles en Provence, Béatrix d'Albon, fille de Guigue V, dauphin de Viennois. Deux ans après, Hugues assiégea le château de Vergy dont le seigneur lui refusait l'hommage; mais Philippe-Auguste vint au secours du sire de Vergy et obligea Hugues Ill à lever le siège. En 1186, le roi de France fit une nouvelle expédition en Bourgogne, appelé par les églises qui avaient à se plaindre des vexations du duc. Beaune et Flavigny tombèrent aux mains du roi, puis la ville de Châtillon-sur-Seine défendue par Eudes, fils aîné du duc, et que le roi emmena prisonnier. Le duc et le roi firent la paix; et en 1190 Hugues III s'embarqua avec Philippe-Auguste pour la Palestine. C'est à lui que Philippe laissa le commandement des troupes quand il revint dans son royaume. Hugues III mourut à Tyr au commencement de l'année 1193. Son corps fut rapporté à Cîteaux. De son premier mariage avec Alix de Lorraine il laissa deux fils, Eudes et Alexandre; de Béatrix d'Albon, sa seconde femme, il eut un fils nommé André, qui hérita des comtés de Vienne et d'Albon, et une fille appelée Mahaut qui épousa en 1214 Jean de Chalon, fils d'Etienne II, comte d'Auxonne. De l'une de ses deux femmes Hugues eut encore une fille, Marie, qui épousa Simon, seigneur de Semur.

Eudes III avait gouverné le duché pendant le séjour de son père en Palestine, mais il ne prit le titre de duc qu'en 1193. André, son frère, réclama une part dans le duché, mais sa rébellion lui fit perdre quelques terres sises près de Beaune et de Chalon qui lui avaient été assignées sur l'héritage de son père. Eudes contraignit Guillaume V à lui faire hommage pour le comté de Mâcon. Plus tard, en 1197, il reçut l'hommage d'Etienne II, petit-fils de Guillaume le Grand, comte de Bourgogne, pour le comté d'Auxonne. En 1194, Eudes III avait épousé Mahaut, veuve de Philippe d'Alsace, comte Flandre, fille d'Alphonse I^er, roi du Portugal, qui descendait de la maison de Bourgogne par Henri, petit-fils du duc Robert I^er; mais ce mariage fut déclaré nul en 1197 et Mahaut retourna en Flandre. La querelle des ducs de Bourgogne avec les sires de Vergy se réveilla en 1196, mais elle se termina par un traité en vertu duquel Hugues, sire de Vergy, céda au duc Eudes son château en échange du château de Mirabeau et du titre de grand sénéchal de Bourgogne, et s'engagea à donner en mariage au duc sa fille Alix. Ce mariage fut conclu en 1199. Eudes III refusa en 1201 de prendre la succession de Thibaud, comte de Champagne, comme chef de la croisade. Il fut un de ceux qui engagèrent le plus Philippe-Auguste à ne pas faire la paix avec Jean, roi d'Angleterre, et il seconda puissamment son suzerain dans ses expéditions contre ce monarque. Il l'accompagna aussi en 1209 contre les Albigeois; après la prise de Carcassonne il refusa la seigneurie de cette ville. Il se distingua encore à la bataille de Bouvines (1214). Il s'apprêtait à partir en Palestine quand une maladie l'arrêta à Lyon où il mourut le 6 juillet 1218. II fut enterré à Cîteaux, Eudes eut d'Alix de Vergy un fils qui lui succéda, et trois filles : 1° Jeanne, mariée en 1222 à Raoul, comte d'Eu; 2° Béatrix, femme de Humbert III, seigneur de Thoire et de Villars en Bresse; 3° Alix, morte sans alliance en 1266.

Hugues IV n'avait que six ans quand il succéda à son père comme duc de Bourgogne. Sa mère gouverna le duché pendant sa minorité avec beaucoup de sagesse. Par acte daté de Paris au mois d'août 1218, elle avait promis sous caution au roi Philippe-Auguste de le servir envers et contre tous et de ne pas se remarier sans son consentement. André, dauphin de Viennois, qui avait été privé, par son frère le duc Eudes III, de ses domaines en Bourgogne, voulut profiter de la minorité de son neveu pour en reprendre possession. Mais Alix de Vergy obtint de lui, moyennant le paiement de 300 marcs d'argent, qu'il renonçât à ses prétentions sur le Beaunois et le Chalonnais. Au mois de juillet 1227 elle s'engagea vis-à-vis de Thibaud, comte de Champagne, à le secourir contre le comte de Nevers jusqu'à la majorité du duc son fils. Celui-ci épousa en 1229 Yolande, fille de Robert III, comte de Dreux. Peu après il entra dans la ligue formée contre le comte de Champagne; mais, apprenant que le roi saint Louis marchait contre les confédérés, il battit en retraite. 

Au mois de février de la même année 1229, Hugues reconnut tenir de l'évêque de Langres tout ce qu'il possédait à Châtillon-sur-Seine ainsi que le château de Montbard, et la mouvance de Griselles et de Larrey. En 1237 il acquit de Jean de Chalon, à qui il céda la seigneurie de Salins, les comtés de Chalon et d'Auxonne. Deux ans après il partit pour la Palestine, mais il en revint en 1241. En 1247 il se ligua avec le comte de Bretagne, la comte d'Angoulême et le comte de Saint-Pol pour résister aux entreprises du clergé sur la juridiction séculière. Il accompagna saint Louis en Egypte et fut pris à la bataille de Mansourah. Pendant sa captivité, sa mère, la duchesse Alix, mourut en 1251. Hugues IV reçut en 1265 de Baudouin, empereur de Constantinople, qui se trouvait à Paris, le royaume de Thessalonique. Il mourut vers la fin de 1272 à Vilaines-en-Duesmois, au retour d'un pèlerinage à Saint-Jacques-de-Compostelle. Il avait épousé en 1229 Yolande, fille de Robert, comte de Dreux, morte en 1255. Il eut d'elle  : 1° Eudes, qui épousa Mathilde de Bourbon, comtesse de Nevers; 2° Jean,  seigneur de Charolais, qui épousa Agnès, héritière d'Archambaud IX, sire de Bourbon; 3° Robert, qui lui succéda comme duc de Bourgogne; 4° Alix, femme de Henri III, duc de Brabant; 5° Marguerite, mariée d'abord à Guillaume de Mont-Saint-Jean, puis à Gui, vicomte de Limoges. Hugues IV épousa en secondes noces, en 1258, Béatrix, fille de Thibaud VI, comte de Champagne, morte en 1295. Il eut d'elle : 1° Hugues, vicomte d'Avallon, seigneur de Montbard, qui épousa Marguerite, dame de Montréal, fille de Jean de Chaton, sire de Salins; 2° Béatrix, mariée à Hugues XIII de Lusignan, comte de la Marche et d'Angoulême; 3° Elisabeth ou Isabelle, seconde femme de l'empereur Rodolphe I^er; 4° Marguerite, mariée à Jean de Chalon, sire d'Arlai; 5° Jeanne, religieuse.

Robert II avait été investi du duché de Bourgogne par son frère Hugues IV, qui avait, par son testament, exclu ses filles de la succession à la couronne ducale. Mais Robert III, comte de Flandre, qui avait épousé Yolande, fille aînée d'Eudes, comte de Nevers, fils aîné lui-même du duc Hugues IV, et Robert, comte de Clermont, époux de Béatrix, fille de Jean, second fils de Hugues, prétendaient au duché de Bourgogne. Robert II invoqua l'appui du roi Philippe le Hardi qui le déclara seul héritier du duché. En 1282, le duc de Bourgogne alla en Italie au secours de Charles d'Anjou, oncle de sa femme Agnès, fille de saint Louis, qu'il avait épousée en 1279. Le douaire assigné à Agnès était constitué par les châtellenies de Vergy, de Montcenis, de Beaumont, de Colomne-sur-Saône, de Bussy, de Beaune, de Nuits et de Chalon. Robert Il acquit en 1281 de Guillaume de Champlitte, seigneur de Pontailler, la vicomté de Dijon qu'il remit à la commune de la même ville, et en 1289, d'Amédée, comte de Savoie, des terres en Bresse avec les châtellenies de Cuisery et de Sagy. C'est encore lui qui augmenta de la seigneurie d'Arnay, dans l'Auxois, le domaine direct des ducs. En 1294 il reçut de Philippe le Bel la lieutenance du roi au pays de Lyon et en 1297 la garde du comté de Bourgogne. 

Le 25 mars de la même année, comme il s'apprêtait à partir pour Rome en qualité d'ambassadeur du roi de France, il fit son testament par lequel il institua son successeur au duché de Bourgogne, Hugues, son second fils, devenu l'aîné par la mort de Jean; il donna à Eudes des terres représentant quatre mille livres de rente, et à Louis, son troisième fils qu'il destinait à la cléricature, mille livres de rente; à Blanche, l'aînée de ses filles, qui épousa plus tard, en 1307, Edouard, comte de Savoie, il assigna vingt mille livres avec le château de Duesme; à Marguerite, qui épousa le roi Louis le Hutin, quinze mille livres; et à Jeanne qui, en 1313, épousa Philippe de Valois, dix-neuf mille livres. Le duc Robert fut un des plus zélés défenseurs des droits de la couronne de France contre les prétentions de Boniface VIII. Il mourut à Vernon-sur-Seine en 1305; son corps fut inhumé à Cîteaux dans la chapelle de Saint-Georges où reposaient ses ancêtres. Outre les enfants que nous avons nommés, il avait eu, après 1297, un cinquième fils, Robert, comte de Tonnerre, et une quatrième fille, Marie, mariée vers 1310 à Edouard, comte de Bar. Après la mort de Robert, le gouvernement du duché resta quelques années entre les mains de la duchesse Agnès; car le nouveau duc Hugues V était encore enfant. Il fut fiancé à Jeanne, fille de Philippe le Long. Mais il mourut en 1315, peu après le 27 avril, à Argilly, avant la célébration de son mariage. Il avait cédé son titre de roi de Thessalonique à son frère Louis.

Hugues V eut pour successeur (1315) son frère Eudes IV. Celui-ci ne put jouir tranquillement de son duché qu'après avoir assoupi les réclamations de son frère Louis en lui cédant le château de Duesme avec une rente annuelle de quatre mille livres. Après la mort du roi de France Louis X, Eudes IV défendit les droits de sa nièce Jeanne, mais il finit par s'accommoder avec Philippe le Long, dont il épousa la fille aînée le 18 juin 1318. Eudes IV devint en 1320 prince d'Achaïe et de Morée et roi de Thessalonique par la mort de son frère Louis mais l'année suivante, par acte du 6 octobre 1321, il vendit ces titres à Philippe, prince de Tarente.  Il hérita encore en 1330 des comtés de Bourgogne et d'Artois, à la mort de sa belle-mère Jeanne, veuve de Philippe le Long. Il accompagna le roi Philippe de Valois dans ses deux expéditions en Flandre, en 1328 et en 1340. C'est encore grâce aux troupes du duc Eudes IV que le comte de Savoie Amédée VI, qui avait conclu avec lui à Chalon, le 16 juin 1347, une alliance offensive et défensive, put diriger en Piémont une expédition contre le duc de Milan. Cependant le duc était occupé à repousser en Bourgogne les attaques de Jean de Chalon-Arlai, de Thibaut, sire de Neuchâtel, et de Henri de Faucogney. C'était le commencement de la lutte entre le duché de Bourgogne et la Franche-Comté. Pour cette fois le roi de France mit fin aux hostilités par un jugement arbitral rendu à Vincennes en mars 1348. Le duc Eudes IV mourut à Sens en 1350. Son corps fut enterré à Cîteaux, son coeur fut déposé à la Chartreuse de Beaune qu'il avait fondée en 1332 et ses entrailles à la Sainte-Chapelle de Dijon. De Jeanne de France, sa femme, Eudes IV avait eu deux fils, dont le second mourut encore enfant; quant à l'aîné, Philippe, il fut tué au siège d'Aiguillon le 22 septembre 1346, laissant de Jeanne, comtesse d'Auvergne et de Boulogne, un fils nommé Philippe de Rouvres, et deux filles mortes sans alliance.

Philippe de Rouvres, comte de Bourgogne et d'Artois, succéda en 1350, comme duc de Bourgogne, à son aïeul Eudes IV. Il eut pour baillistre le roi de France, Jean II, qui épousa sa mère. A la suite de la bataille de Poitiers, les Anglais se répandirent en Bourgogne : Chatillon-sur-Seine fut brûlée, Tonnerre fut pillée, les murs d'Auxerre renversés; les ennemis s'avancèrent jusqu'à Flavigny où ils pénétrèrent le 17 janvier 1360. On dut composer avec les Anglais qui, pour une somme de deux cent mille moutons d'or, consentirent à se retirer. Pendant ces troubles, le jeune duc, à peine âgé de douze ans, avait épousé Marguerite, fille et héritière de Louis de Male, comte de Flandre. En 1359, le roi de France, Charles V, déclara que les appels des sentences rendues par la cour du duc de Bourgogne seraient portés au bailliage royal de Saint-Gengoux et de là au Parlement. La reine de France, mère, de Philippe de Rouvres mourut le 29 septembre 1360; son fils fut déclaré majeur le 20 octobre suivant; mais il survécut  peu, car il mourut au mois de novembre 1361; le 21 novembre il avait fait son testament par lequel il instituait ses héritiers ceux qui devaient l'être suivant la coutume de Paris. (M. Prou).