La loi du 26 février 1790 qui divisa la France en départements, forma la Haute-Saône de la partie septentrionale de la Franche-Comté.

Avant la conquête romaine, cette contrée était habitée par les Séquanais, peuple gaulois de la Celtique. Ce nom leur venait de la Seine, en latin Sequana, qui, avec le peuple des Éduens, bornait à l'ouest le pays des Séquanais. Les Séquanais étaient alliés aux Arvernes.

Ces derniers, disputant la prépondérance à la puissante confédération des Eduens, appelèrent à leur aide le Germain Arioviste qui, à la tête de ses Suèves, errait de l'autre côté du Rhin, prêt à passer le fleuve. Le chef barbare répondit à cet appel et, avec son concours, les Éduens furent vaincus. Mais les Arvernes et les Séquanais payèrent cette victoire de leur indépendance. Arioviste s'établit chez ses nouveaux amis; 120,000 Suèves, qui vinrent successivement le rejoindre, traitèrent les Gaulois avec orgueil et mépris.

Eduens, Arvernes et Séquanais, oubliant leurs ressentiments et fatigués de la domination de ces barbares, résolurent d'implorer le secours de Rome. L'Eduen Divitiac fut envoyé devant le Sénat romain pour y exposer les souffrances de son peuple et demander du secours contre les envahisseurs. Le Sénat, composé de vieillards indécis, ne promit pas un secours efficace.

Sur ces entrefaites, on apprit à Rome que les Helvètes ou Suisses, sans cesse harcelés par les Germains qui ravageaient leurs frontières, s'apprêtaient à abandonner leur pays pour traverser la Gaule et aller s'établir sur les bords de l'océan Atlantique. Le sort de la province romaine en Gaule était menacé, et le Sénat, poussé par le consul Jules César, qui fut un des plus grands génies militaires de l'Antiquité, résolut de repousser le flot des envahisseurs.

L'an de Rome 696, les Helvètes ayant quitté leur pays au nombre de 560,000, furent complètement défaits par Jules César sur la rive gauche de la Saône. Le général romain se trouva alors en face d'Arioviste auquel il proposa un accommodement; mais, le barbare ayant repoussé dédaigneusement ses offres, les deux armées en vinrent aux mains, et, après une vigoureuse résistance, les Suèves essuyèrent une défaite complète. Les Romains furent pour la Gaule des ennemis bien plus redoutables encore que les barbares; elle perdit son indépendance, et, après neuf ans de luttes acharnées, elle fut soumise par le génie et la fortune de César à l'autorité de Rome.

Les conquérants tracèrent alors un grand nombre de routes et établirent, dans la Séquanie, plusieurs camps retranchés. Dans la Haute-Saône on en retrouve aujourd'hui les traces, consistant en murs éboulés, en fossés assez profonds, en débris d'armes, de vases et de poteries; il y en avait à Noroy-lès-Jussey, au mont Châtelard, à Mantoche, à Bourguignon-lès-Morey. César fit construire, en outre, de nombreux aqueducs, et ordonna à son lieutenant Labiénus, auquel il laissa le gouvernement de la Séquanie, de réparer les thermes de Luxeuil, qui existaient déjà depuis longtemps, et qui avaient été presque entièrement détruits. Il cherchait à se concilier l'affection des vaincus, en leur faisant sentir les bienfaits de la civilisation, et cette sage et humaine administration lui réussit plus que la cruauté et la violence.

En 44 av. J.-C., le vainqueur des Gaules tomba sous le poignard de Brutus. L'année suivante, Octave, neveu de César, Antoine et Lépide établirent un triumvirat. Mais Octave et Antoine devinrent bientôt rivaux; le premier sortit triomphant de la lutte et fut proclamé empereur,, sous le nom d'Auguste. Il fit restaurer un certain nombre de villes qui existaient déjà dans la Séquanie et en fit bâtir de nouvelles. L'an 27 avant l'ère commune, il divisa la Gaule en quatre provinces : la Narbonnaise, l'Aquitaine, la Lyonnaise et la Belgique. A celles-ci s'ajoutèrent, quelque temps après, deux nouvelles provinces : la Germanie supérieure ou première et la Germanie inférieure ou deuxième. La Séquanie forma une contrée intermédiaire entre la Lyonnaise et la Germanie supérieure; on l'appelait quelquefois Germanie troisième, parce qu'elle renfermait quelques populations germaniques. A la fin du III^e siècle de l'ère commune, Dioclétien fit une nouvelle division des provinces, et la Séquanie forma une province spéciale du diocèse des Gaules, sous le nom de Maxima Sequanorum. Au IV^e siècle, elle forma la cinquième province de la Lyonnaise.

Le christianisme avait pénétré dans la Séquanie vers la fin du II^e siècle. Saint Irénée, évêque de Lyon, y avait envoyé saint Ferréol et saint Ferjeux, qui y prêchèrent la nouvelle foi; ils obtinrent, en 211, la palme du martyre.

En 413, les Burgondes, après avoir franchi le Rhin, se rendirent maîtres de la Séquanie, et leur chef, Gondicaire, fonda le royaume des Burgondes ou Bourguignons.

En 451, le hun Attila jeta ses hordes sur le royaume des Burgondes, mais, vaincu par Aétius et Mérovée, à la sanglante bataille de Châlons-en-Champagne, il fut obligé de se retirer; à son retour, il traversa la Séquanie pour se rendre en Italie, et pilla Luxeuil et Besançon. La forteresse de Saint-Loup, qui s'appelait alors Grannum, fut incendiée par ses ordres.

En 433, les Burgondes embrassèrent l'arianisme. Cette religion était ainsi nommée à cause de son fondateur, Arius, qui avait prêché la nouvelle doctrine à Alexandrie, en 312; elle combattait la Trinité et niait, la divinité de Jésus.

Le roi Gondicaire mourut en 463, laissant quatre fils, entre lesquels son royaume fut partagé. L'aîné, Gondebaud, pour augmenter sa part d'héritage, assassina de sa main son frère Chilpéric, le père de Clotilde, qui fut plus tard la femme de Clovis, roi des Francs. 

En 500, Clovis, qui venait d'abjurer le paganisme, excité par Clotilde contre Gondebaud, qui était arien, attaqua celui-ci près de Dijon, le vainquit et lui imposa un tribut.

Après la mort du roi des Francs, deux de ses fils, Thierry I^er, roi de Metz, et Clodomir, roi d'Orléans, attaquèrent Gondemar II, roi des Burgondes; mais ce prince les mit en fuite à la suite d'une sanglante bataille, où Clodomir perdit la vie. Le fruit de cette victoire ne profita guère au vainqueur. En effet, Childebert I^er, roi de Paris, et Clotaire Ier, roi de Soissons, voulant venger la mort de leur frère Clodomir, marchèrent contre les Burgondes, assiégèrent Autun et mirent en fuite Gondemar, après avoir occupé tout le pays. Ce prince fut le dernier roi de la domination bourguignonne (534). Son royaume fut partagé entre les deux princes francs et leur neveu Théodebert, fils de Thierry I^er. Le royaume des Burgondes avait duré 121 ans.

Gondebaud avait promulgué, de son vivant, la loi appelée Gombette, loi à la fois politique, administrative et judiciaire qui, pleine de modération à l'égard des vaincus, accordait aux Gallo-Romains les mêmes avantages qu'aux vainqueurs. Cette loi fut abrogée en 840 par Louis le Débonnaire, qui lui substitua les Capitulaires de Charlemagne.

En 558, Clotaire I^er, roi de Soissons, réunit le royaume de Bourgogne à ses possessions. Mais à sa mort, en 561, ses quatre fils se partagèrent ses États, et la Bourgogne échut à Gontran.

Saint Colomban fonda, en 590, à Luxeuil, une abbaye à laquelle fut attachée une université, et dont la réputation se répandit dans toute l'Europe. A côté de celle-ci s'éleva, quelque temps après (610), l'abbaye de Lure, qui devint aussi fort riche et fort célèbre.

Après une série de vicissitudes, qu'il serait trop long d'énumérer, la Bourgogne fut réunie, en 771, à la monarchie carolingienne, sous le sceptre de Charlemagne.

En 843, après divers remaniements de l'empire de Charlemagne, la Franche-Comté appartint à Lothaire I^er, empereur d'Occident et roi d'Italie. A la mort de Lothaire (855) elle échut à son fils Charles, roi de Provence; mais celui-ci la céda, en 859, à son frère Louis II.

En 869, Charles le Chauve et Louis le Germanique se firent céder la Franche-Comté par Louis II. Mais, en 879, Boson, duc de Milan et beau-frère de Charles le Chauve, s'étant fait proclamer roi d'Arles et de Provence, la Franche-Comté fut aussi réunie à sa nouvelle possession.

En 950, la Franche-Comté fut cédée par Louis III l'Aveugle, fils de Boson, à Rodolphe II, qui, depuis 912, était roi de la Bourgogne transjurane. En 937, une invasion de Hongrois désola les rives de la Saône, et la ville de Lure fut complètement détruite. Les populations, aidées de leurs seigneurs, parvinrent cependant à les repousser; et, pour éviter le retour de pareilles calamités, le pays fut couvert de châteaux-forts qui, construits d'abord dans un intérêt national, devinrent plus tard le refuge de la tyrannie et de l'oppression. En 988, Henri le Grand, duc de Bourgogne, frère de Hugues Capet, roi de France, s'empara de Vesoul.

En 1032, la contrée fut érigée en comté et réunie à l'empire d'Allemagne, par Conrad le Salique, sous le nom de Franche-Comté, ainsi nommée parce que ses habitants étaient exempts de tout impôt permanent. Cette annexion dura jusqu'en 1316, époque à laquelle la Franche-Comté fut réunie au royaume de France, par Philippe le Long. Les seigneurs du pays prirent une part aux croisades de la chrétienté contre l'islam. En 1289, Rodolphe de Habsbourg, empereur d'Allemagne, punit la Franche-Comté, qui méconnaissait ses droits, en s'emparant de Luxeuil qu'il livra au pillage.

Philippe le Long, deuxième fils de Philippe le Bel, avait épousé, en 1307, Jeanne de Bourgogne, héritière de Ia Franche-Comté. Lorsque ce prince monta sur le trône, en 1316, la Franche-Comté fut réunie à la France, pour en être séparée, en 1330, par le testament de Jeanne, et retourner au duché de Bourgogne. En 1361, la Franche-Comté revient, par héritage, à Marguerite, fille roi Philippe le Long et de la reine Jeanne, la plus proche héritière de Philippe de Rouvre, son petit neveu. Philippe le Hardi, duc de Bourgogne et quatrième fils de Jean le Bon, roi de France, épouse Marguerite II, fille de Cour de l'abbaye de Luxeuil.

Louis III de Maie, qui lui apporte en dot la Franche-Comté, et cette province est de nouveau réunie à la Bourgogne. Cet état de choses dure jusqu'à la mort de Charles le Téméraire, dernier duc de Bourgogne (1477).

Louis XI profite de la mort de son rival, et, dans le dessein de s'emparer de ses états, il fait occuper la Franche-Comté par des troupes françaises.

Son successeur, Charles VIII, continue cette occupation jusqu'au traité de Senlis (1493), par lequel cette province rentre dans l'Empire jusqu'en 1504, époque à laquelle Philippe le Beau, fils de Maximilien, empereur d'Allemagne, par suite de son mariage avec Jeanne la Folle, fille de Ferdinand et d'Isabelle, devint roi d'Espagne.

Philippe le Beau meurt en 1506, laissant un fils, qui devait être plus tard Charles-Quint. L'administration de la Franche-Comté est confiée alors, par Maximilien, à sa fille Marguerite. Charles-Quint, roi d'Espagne depuis 1516, est élu empereur d'Allemagne en 1520. Ce prince se montre plein de mansuétude à l'égard des Francs-Comtois et leur, accorde de nombreuses Iibertés; en 1548, il fait incorporer la Franche-Comté à l'Empire par la diète d'Augsbourg.

Charles-Quint meurt en 1558 et Philippe II lui succède comme roi d'Espagne et souverain des Pays-Bas et de la Franche-Comté. Vers cette époque, commencèrent à éclater les guerres de religion. En 1558, un parti luthérien de 12,000 Allemands vint assiéger Vesoul, mais il en fut chassé par une inondation.

En 1569, les soldats de l'empereur d'Allemagne, qui soutenaient les luthériens, pillèrent Luxeuil, Conflans, Baudoncourt et plusieurs autres villes de la Franche-Comté. L'abbaye de Cherlieu fut complètement dévastée. En 1571, la peste ajouta ses ravages à ceux de la guerre, et, en 1586, elle fit à Vesoul un si grand nombre de victimes, que la plupart des habitants quittèrent leur ville.

En 1595, Henri IV envoya en Franche-Comté 6000 soldats lorrains, qui s'emparèrent d'un grand nombre de villes. Mais ils en furent expulsés, quelque temps après, par 10,000 Espagnols, sous la conduite de don Fernando de Vélasco. Henri IV, vainqueur au combat de Fontaine-Française, revint la même année en Franche-Comté, et s'empara de Besançon. En 1596, un traité de neutralité rendit la province aux Espagnols.

Sous le règne de Louis XIII, la Franche-Comté n'eut pas à souffrir de la guerre pendant les premières années. Mais, en 1655, Richelieu jeta 20,000 hommes sur la  Franche-Comté, et alors commença une guerre de destruction, qui ne se termina qu'au traité de Westphalie, et dans laquelle les Francs-Comtois résistèrent aux Français avec la plus vive énergie.

Louis XIV s'empara de la Franche-Comté en 1668, et fut obligé de la rendre à l'Espagne par le traité d'Aix-la-Chapelle de la même année. Mais il la reprit en 1674, et la paix de Nimègue, de 1678, incorpora définitivement cette province au royaume de France. Depuis ce moment, la Franche-Comté a été une province française.

Lors de la division de la France en départements, en 1790, la Franche-Comté a formé trois départements : la Haute-Saône, le Doubs et le Jura. Elle se divisait jusque là en bailliage d'Amont, chef-lieu. Vesoul; bailliage du Milieu, chef-lieu Besançon; bailliage d'Aval, chef-lieu Lons-le-Saunier; c'est du bailliage d'Amont, qui était le plus vaste des trois, que se forma le département de la Haute-Saône pas de tout ce bailliage cependant, car le pays de Baume-les-Dames et de Montbéliard revint au département du Doubs.

Le bataillon de la Haute-Saône se distingua dans les brillantes campagnes de 1792. En 1814, au moment où l'Europe entière s'abattit sur la France, pour la punir de ses nombreuses exactions, les enfants de la Haute-Saône, envoyés à la défense d'Huningue, contribuèrent à la résistance qui a rendus célèbres cette petite ville et ses défenseurs.

Dans la fatale campagne de 1870-1871, les populations de la Haute-Saône eurent à souffrir tous les excès auxquels se livrèrent les envahisseurs. Ce département fut en partie le théâtre des opérations de l'armée de l'Est. Le 9 janvier 1871, l'avant-garde du corps du général Bourbaki rencontra les avant-postes prussiens au bois d'Esprels, sur la route de Montbozon à Villersexel, et un combat de tirailleurs s'engagea. Au bout d'une heure, les soldats français enlevaient à la baïonnette les positions ennemies en avant du village d'Esprels et occupaient le village même. Ils marchèrent alors sur Villersexel, où les Prussiens étaient retranchés dans les maisons et le château. L'artillerie française fit taire en partie le feu terrible dirigé sur elle de ces positions, d'où l'infanterie française délogea les Prussiens à la baïonnette. Pris une fois, le château fut repris par les Prussiens. Ceux-ci en furent chassés une deuxième fois, et y mirent le feu en l'abandonnant. A ce moment, une division française vint prendre l'ennemi à revers et décida du succès de la journée. Cet épisode devait être suivi, quelques jours après, de la plus désastreuse, des retraites. (A. Joanne).