La largeur du courant varie considérablement. Elle peut aller de quelques dizaines à plus de deux cents kilomètres selon les secteurs et les saisons. Sa vitesse est modérée, généralement inférieure à un mètre par seconde, avec des fluctuations saisonnières marquées. L'intensité de l'upwelling est maximale pendant l'hiver austral et au printemps, tandis qu'elle diminue en été. Ce système d'upwelling de Benguela est l'un des quatre grands écosystèmes d'upwelling de bord est de la planète, avec ceux de Humboldt, des Canaries et de Californie. La productivité biologique y est exceptionnellement élevée : les nitrates, phosphates et silicates remontés des profondeurs alimentent un phytoplancton abondant, qui soutient à son tour un réseau trophique très riche comprenant du zooplancton, des petits poissons pélagiques comme la sardine, l'anchois et le chinchard, des calmars, des oiseaux marins, des otaries à fourrure, des manchots du Cap et de grands prédateurs pélagiques. Cette richesse a longtemps fait de la région l'une des zones de pêche les plus productives du monde.

Le courant de Benguela influence fortement le climat côtier de la Namibie et du nord-ouest de l'Afrique du Sud. Les eaux froides refroidissent l'air marin, ce qui stabilise la basse atmosphère, réduit la convection et favorise la formation de brouillards côtiers fréquents, en particulier le long du désert du Namib, l'un des déserts côtiers les plus arides et les plus anciens du monde. L'humidité apportée par ces brouillards est essentielle pour la faune et la flore locales, notamment pour certains insectes comme les coléoptères ténébrionidés qui collectent l'eau de condensation, et pour la végétation lichénique. Ce brouillard réduit aussi fortement l'insolation et maintient des températures côtières relativement basses par rapport à l'intérieur des terres, ce qui contraste vivement avec les températures élevées du plateau namibien ou du Kalahari.

Le courant de Benguela présente une variabilité interannuelle liée à des phénomènes océan-atmosphère régionaux, parfois appelés événements de type Benguela Niño ou Niña, analogues à ceux du Pacifique (ENSO) mais de moindre amplitude. Lors d'un Benguela Niño, les eaux chaudes d'origine tropicale pénètrent vers le sud le long de la côte angolaise et namibienne, réduisent l'upwelling, la productivité et modifient les captures de pêche. À l'inverse, lors d'une phase froide, l'upwelling est renforcé.

La circulation est également caractérisée par des tourbillons, des filaments et des jets méso-échelles qui exportent les eaux riches vers le large. Des cellules de recirculation existent au sud, près du banc des Aiguilles, où des anneaux d'eau chaude qui provient du courant des Aiguilles peuvent pénétrer dans l'Atlantique Sud-Est et interagir avec les eaux froides du Benguela, ce qui modifie localement les gradients thermiques et la dynamique des masses d'eau.

Les sédiments marins sous la zone d'influence du courant sont très riches en matière organique en raison de la forte production biologique. Dans certaines zones, en particulier au large de la Namibie, la décomposition de cette matière organique dans des conditions de faible oxygénation conduit à des émissions de sulfure d'hydrogène, avec des épisodes spectaculaires d'eaux anoxiques et des mortalités massives de poissons et d'invertébrés, ainsi que des remontées de boues gazeuses. Ces écosystèmes benthiques subissent donc des alternances entre des phases très productives et des phases hypoxiques ou anoxiques sévères.

Le courant de Benguela joue aussi un rôle dans le transport des larves et des oeufs de nombreuses espèces marines le long de la côte, dans la dispersion de polluants et dans le contrôle de la température de surface de la mer, ce qui module les précipitations sur le littoral. Il contribue au transport de chaleur vers l'équateur, participant ainsi à l'équilibre thermique global de l'Atlantique Sud. Enfin, son influence s'étend bien au-delà de la côte, car les eaux froides et riches en nutriments qu'il exporte vers le large alimentent la production dans les gyres subtropicaux et interagissent avec le courant sud-équatorial, bouclant ainsi la circulation régionale à grande échelle.