Le premier contact durable avec les Européens fut espagnol. Après les voyages de Christophe Colomb dans les Caraïbes, les explorateurs ibériques remontèrent rapidement vers le nord. Juan Ponce de León explora la Floride en 1513. Quelques décennies plus tard, la quête de fabuleuses richesses poussa des expéditions dévastatrices à travers le continent. Celle d'Hernando de Soto, de 1539 à 1542, traversa le Sud-Est depuis la Floride jusqu'au-delà du Mississippi, semant violence et épidémies, désorganisant de nombreuses chefferies autochtones. Simultanément, Francisco Vásquez de Coronado, cherchant les mythiques Sept Cités d'Or de Cibola, remonta du Mexique jusqu'au Kansas actuel, traversant les territoires des Pueblos et des tribus des Plaines. Ne trouvant pas d'or, l'Espagne se désintéressa un temps de ces marges. Cependant, pour protéger la route de ses galions chargés d'argent qui longeaient la Floride par le Gulf Stream, elle fonda en 1565 le poste fortifié de San Agustín, Saint Augustine, la plus ancienne cité d'origine européenne occupée de façon continue sur le territoire actuel des États-Unis. Plus tard, au début du XVII^e siècle, des missionnaires et des colons établirent un chapelet de missions et de villages fortifiés au Nouveau-Mexique, imposant le christianisme et le travail forcé aux Pueblos, non sans résistances sanglantes.

Cependant, le coeur de l'histoire coloniale qui allait donner naissance aux États-Unis prit racine sur la côte atlantique, sous l'impulsion de l'Angleterre. La première tentative anglaise fut un échec : la mystérieuse colonie de Roanoke, établie en 1587 sur une île de la côte de l'actuelle Caroline du Nord, disparut sans laisser de traces, abandonnée dans les limbes des énigmes historiques. Au début du XVII^e siècle, le contexte avait changé. L'Angleterre élisabéthaine avait défait l'Invincible Armada espagnole, et l'idée de contester le monopole ibérique sur les Amériques gagnait du terrain. L'entreprise coloniale ne fut pas menée par l'État, mais par des compagnies privées, des sociétés par actions auxquelles la Couronne accordait des chartes. En 1607, la Virginia Company fonda un fort sur une île marécageuse de la rivière James, qu'elle nomma Jamestown. Ce fut le début d'un véritable calvaire. Les colons, pour beaucoup des gentlemen peu habitués aux travaux manuels, cherchaient de l'or au lieu de cultiver la terre. La famine, le paludisme et les conflits avec la puissante confédération Powhatan, dirigée par le chef éponyme, faillirent anéantir la colonie à plusieurs reprises, comme lors du terrible temps de la faim de l'hiver 1609-1610.

Le salut  vint d'une plante, le tabac. Introduit par John Rolfe en Virginie, son succès commercial en Europe fut fulgurant et structura toute la société coloniale. La culture du tabac était vorace en terres et en main-d'oeuvre. Ce besoin insatiable de bras façonna un système social dual. D'un côté, le système des engagés : de jeunes Européens, principalement anglais, qui vendaient leur liberté de travail pour une durée de quatre à sept ans en échange de la traversée de l'Atlantique. Leur condition était rude et beaucoup mouraient avant la fin de leur contrat. De l'autre côté, l'esclavage. En 1619, un navire corsaire hollandais débarqua une vingtaine d'Africains volés à un négrier portugais. Bien que leur statut initial fût ambigu, proche de celui d'engagés, les décennies suivantes virent la lente et terrible cristallisation d'un système d'esclavage raciste héréditaire, défini par la loi. La frontière entre servitude et esclavage se durcit, la couleur de la peau devenant le marqueur indélébile de la servitude perpétuelle. L'expansion des plantations de tabac le long des rivières de la baie de Chesapeake repoussa sans cesse la frontière, alimentant des guerres sporadiques avec les Powhatans, dont la grande offensive de 1622 décima un tiers des colons anglais, entraînant en retour des représailles d'une férocité sans limite.

Plus au nord, une tout autre vision coloniale émergeait. En 1620, un groupe de séparatistes religieux anglais, que l'Histoire appellera les Pères pèlerins, traversa l'Atlantique à bord du Mayflower. Ils ne visaient pas la Virginie, mais atterrirent bien plus au nord, sur la côte rocheuse du cap Cod, où ils allaient bientôt fonder la ville de Plymouth. Avant de débarquer, les hommes rédigèrent et signèrent un pacte fondamental, le Mayflower Compact, où ils s'entendaient pour former un "corps politique civil" et se soumettre à des lois justes. Ce document, bien que pragmatique et circonstanciel, incarna l'idée d'un gouvernement basé sur le consentement des gouvernés. Leur première année fut marquée par une mortalité effroyable, mais l'aide décisive d'un autochtone nommé Squanto, qui avait lui-même vécu l'enlèvement et l'esclavage en Europe, leur apprit à cultiver le maïs et à pêcher. La légende de Thanksgiving se fonde sur la récolte d'automne 1621, partagée avec les Wampanoags, un moment de coexistence fragile qui ne survivrait pas aux décennies suivantes.

La colonie de Plymouth resta modeste, mais elle fut bientôt éclipsée par la Grande Migration puritaine qui fonda la colonie de la baie du Massachusetts. Les puritains n'étaient pas des séparatistes comme les Pèlerins; ils voulaient purifier l'Église anglicane de l'intérieur. Mais sous la pression des persécutions du roi Charles I^er, des milliers d'entre eux, souvent des familles entières appartenant à la classe moyenne instruite, choisirent l'exil. Sous la direction de John Winthrop, ils fondèrent Boston en 1630. Winthrop, à bord de l'Arbella, prononça un sermon où il imaginait leur nouvelle société comme une "Cité sur une colline", observée par le monde entier. La société puritaine était une théocratie intolérante, centrée sur la congrégation et un respect strict du dogme calviniste. La dissidence n'y était pas admise. Roger Williams, qui prônait la séparation de l'Église et de l'État et le respect des terres indiennes, fut banni en 1636; il s'enfuit et fonda la colonie de Rhode Island, qui devint un havre de tolérance religieuse. Anne Hutchinson, une théologienne charismatique qui contestait l'autorité des ministres, fut excommuniée et bannie pour hérésie, et dut s'exiler dans le Rhode Island puis à New York, où elle périt avec les siens lors d'un raid autochtone. L'orthodoxie puritaine était la loi, et sa transgression menait à l'exclusion, comme en témoignent les procès des sorcières de Salem en 1692, ultime spasme d'une théocratie déclinante, où la peur de l'invisible et les tensions sociales conduisirent à l'emprisonnement et à l'exécution de vingt personnes, accusées de sorcellerie sur la foi de témoignages imaginaires.

Parallèlement à ces colonies anglaises, d'autres puissances européennes s'installaient, créant une tapisserie impériale complexe. Le long du fleuve Saint-Laurent et des Grands Lacs, la France avait établi une colonie fondée sur le commerce des fourrures. La Nouvelle-France (= Canada français + Louisianne française), bien que peu peuplée comparée aux colonies anglaises, déployait un immense arc territorial, depuis Québec jusqu'à La Nouvelle-Orléans, fondée en 1718. Les coureurs des bois et les missionnaires jésuites tissaient des liens diplomatiques et commerciaux profonds avec les nations autochtones, créant un système d'alliances souple mais qui enserrait les colonies britanniques. Sur la côte atlantique, les Néerlandais fondèrent la Nouvelle-Néerlande et sa capitale, La Nouvelle-Amsterdam, sur l'île de Manhattan, achetée aux Lenapes en 1626. Cette colonie, gérée par la Compagnie néerlandaise des Indes occidentales, était un comptoir commercial cosmopolite, moins préoccupé de pureté religieuse que de profits. Cette enclave au coeur du territoire revendiqué par l'Angleterre était une épine stratégique. En 1664, pendant une guerre anglo-néerlandaise, une flotte anglaise s'empara de la colonie sans combat. Renommée New York en l'honneur du duc d'York, elle devint une pièce maîtresse des colonies anglaises. Le système de patroons néerlandais, de grands domaines féodaux, et la diversité ethnique et religieuse persistèrent, donnant à New York un caractère singulier dès ses origines.

Le Sud connut un développement tout aussi distinct. La colonie de Caroline, accordée par charte à un groupe de nobles, les Lords Propriétaires, développa un système profondément esclavagiste. Ses colons vinrent en partie de la surpeuplée colonie anglaise de la Barbade, important avec eux un modèle de plantation sucrière brutal. Bien que le sucre ne s'y soit pas imposé, le riz et l'indigo, cultivés grâce au savoir-faire technique d'esclaves venus spécifiquement des régions rizicoles d'Afrique de l'Ouest, devinrent les piliers de l'économie. La ville de Charleston devint le centre d'une société esclavagiste où la majorité noire, dans les basses terres, vivait dans des conditions d'une extrême dureté, sous la menace constante de l'autorité des planteurs. Plus au nord, le philanthrope quaker William Penn reçut une immense concession de terres, la Pennsylvanie, en 1681. Il en fit une "sainte expérience" fondée sur la liberté de conscience, le pacifisme et des relations équitables avec les Lenapes. Philadelphie, la "cité de l'amour fraternel", devint rapidement l'une des villes les plus prospères et les plus cosmopolites d'Amérique du Nord. La dernière des treize colonies à être fondée fut la Géorgie, en 1732, conçue par James Oglethorpe comme une colonie tampon contre les Espagnols de Floride et comme un refuge pour les débiteurs incarcérés en Angleterre. On y interdisit d'abord l'alcool et l'esclavage, une prohibition utopique qui fut levée face aux impératifs économiques.

Le XVIII^e siècle fut marqué par une transformation profonde des colonies, que l'on nomme parfois anglicisation. Les élites coloniales se mirent à consommer les produits manufacturés britanniques, à construire des demeures de style géorgien, à lire les journaux de Londres et les oeuvres des Lumières. Ce fut aussi une ère de conflits impériaux incessants. Les rivalités franco-britanniques pour le contrôle du continent nord-américain éclataient en guerres successives, dont les noms résonnent dans les mémoires comme autant d'échos lointains : guerre du Roi Guillaume, guerre de la Reine Anne, guerre du Roi George. Ces conflits étaient des prolongements coloniaux des guerres dynastiques et commerciales européennes, et ils impliquaient systématiquement des alliances avec les nations autochtones, chacun jouant un camp contre l'autre. Le point culminant fut la guerre de Sept Ans, connue sous le nom de French and Indian War en Amérique. De 1754 à 1763, Britanniques et Français, avec leurs alliés autochtones respectifs, s'affrontèrent pour le contrôle de la riche vallée de l'Ohio. Un jeune officier de la milice virginienne, George Washington, connut ses premières armes lors d'un accrochage malheureux à Fort Necessity. La guerre, d'abord défavorable aux Britanniques, bascula avec la prise de Québec par le général James Wolfe en 1759. Le traité de Paris de 1763 expulsa la France de l'Amérique du Nord continentale. Le Canada et toute la région à l'est du Mississippi passèrent sous contrôle britannique.

Cette victoire totale, qui semblait ouvrir une ère de grandeur impériale sans partage, contenait en germe la rupture. Débarrassés de la menace française, les colons n'avaient plus le même besoin de la protection militaire de Londres. Le gouvernement britannique, lourdement endetté par la guerre, estima que les colonies devaient contribuer à leur propre défense et aux frais de l'Empire. La Proclamation royale de 1763, interdisant la colonisation à l'ouest des Appalaches pour apaiser les nations autochtones et éviter de nouveaux conflits, fut ressentie par les colons, spéculateurs et pionniers, comme un acte de tyrannie qui les privait des fruits de leur victoire. L'ère coloniale, qui avait vu s'implanter sur les rivages atlantiques une mosaïque de sociétés distinctes mais de plus en plus interconnectées (le Sud esclavagiste du tabac, le Nord commerçant et puritain, les enclaves de tolérance, et une cité marchande comme New York) touchait à sa fin. Le parfum de la révolte commençait à flotter dans l'air, nourri par des décennies d'autonomie locale, de pensée des Lumières et de ressentiment croissant contre un Parlement lointain qui prétendait désormais légiférer en maître absolu sur un peuple qui se voyait déjà comme autre.