En  41 av. J.-C, le consul Lucius Munatius Plancus fonda sur le plateau de Fourvière, au-dessus du confluent de la Saône et du Rhône, une colonie romaine dont les
premiers citoyens furent des colons chassés de Vienne par les Allobroges, tribu importante qui habitait les Alpes du Dauphiné et de la Savoie. Cette ville reçut le nom gaulois de Lugdunum. Favorablement située, elle ne devait pas tarder à prendre un développement considérable. Agrippa en fit le point de jonction de quatre grandes voies dont il ordonna la construction à travers la Gaule. L'empereur Auguste y séjourna pendant trois ans dans un palais où devaient naître plus tard Claude et Caracalla. Des aqueducs y amenèrent l'eau des campagnes environnantes; des temples et un théâtre y furent édifiés, et cette ville, fondée à peine, devint l'émule pacifique de Rome et la capitale de la Celtique, province romaine qui prit bientôt le nom de Lyonnaise. Claude accorda de nombreux privilèges aux habitants. Entièrement détruite par un incendie, en 59 de notre ère, sous le règne de Néron, la cité renaquit plus belle de ses cendres. En 102, Trajan y fit élever un grand édifice, le Forum Vetus, nom qui, par corruption, s'est transformé plus tard en celui de Fourvière. Ce forum s'écroula en 840. Hadrien et Antonin le Pieux y créèrent des foires annuelles qui accrurent considérablement son commerce et sa prospérité.

Le christianisme, prêché par un apôtre venu de la Grèce, saint Pothin, fit des prosélytes à Lugdunum. Une première persécution eut lieu sous Marc Aurèle, et l'apôtre de la foi nouvelle en fut la première victime. Vingt ans après, Septime Sévère livra la ville à feu et à sang pour la punir d'avoir soutenu Albinus, son compétiteur à l'Empire. Saint Irénée et 18,000 chrétiens (le chiffre est certainement très exagéré) périrent dans ces massacres.

Lorsque la puissance romaine, divisée à l'intérieur, pressée à l'extérieur par le flot des Barbares du nord, se fut écroulée, les Burgondes, ou Bourguignons, s'établirent à Lyon et en firent la capitale de leur royaume (478). Bien que ces nouveaux maîtres traitassent le pays conquis avec assez de douceur, leurs moeurs grossières parurent étranges dans une ville raffinée par cinq siècles de civilisation romaine. Le poète Sidoine Apollinaire, qui vivait à Lyon pendant le V^e siècle, se plaint de « ces hommes puants dont la longue chevelure est imprégnée de beurre aigre, et qui mangent par jour dix bottes d'oignons. »

En 500, Clovis vainquit près de Dijon leur roi Gondebaud et l'obligea à se reconnaître son tributaire. Ses deux fils, Clotaire et Childebert, continuèrent son oeuvre : ils assiégèrent Autun, et, ayant mis en fuite le roi des Burgondes, Gondemar, ils s'emparèrent de tout le pays (554). Childebert en demeura le possesseur, et, en 558, Clotaire le réunit au reste de la monarchie franque.

Au VIII^e siècle, les Sarrasins, maîtres du midi de la France, s'emparèrent de Lyon, qu'ils livrèrent à la flamme et au pillage jusqu'à ce que Charles Martel stoppe à  Poitiers, leur avancée (732).

Sous Charlemagne, Lyon se releva de ses ruines et fut, à la mort de ce monarque, la capitale du royaume de Provence, pour devenir plus tard un fief de l'empire d'Allemagne (1024). Mais, à la mort de Rodolphe le Fainéant (1052), un grand nombre de vassaux, les dauphins du Viennois, les comtes de Savoie, les sires de Beaujeu, les seigneurs de Villars, les comtes du Lyonnais et Forez, se rendirent indépendants, et l'archevêque de Lyon, Burchard II, primat des Gaules et neveu de Rodolphe le Fainéant, usurpa le pouvoir temporel et devint de fait le souverain de la ville. Les comtes de Forez protestèrent contre cette usurpation. Aussi cette époque est remplie de luttes sourdes, de guerres déclarées, dont les principaux acteurs sont les comtes qui se prétendent suzerains de Lyon en droit, les archevêques de Lyon, qui sont les vrais maîtres de la ville, et les bourgeois lyonnais, hostiles à leurs évêques.

En 1269, saint Louis mit un terme à ces querelles, en rattachant le territoire et la ville de Lyon à la couronne de France. En 1310, l'archevêque, Pierre de Savoie, dut céder à Philippe le Bel la justice séculière, et, vers le même temps, les bourgeois obtinrent de ce prélat l'émancipation de la commune lyonnaise, qui se gouverna elle-même par douze consuls de son choix. En 1305, eut lieu à Lyon, le couronnement du pape Clément V.

A partir de l'année 1520, l'industrie et le commerce, favorisés par une liberté entière, prirent à Lyon des développements considérables. Les guerres civiles de l'Italie y amenèrent un grand nombre de familles qui lui apportèrent tout à la fois des procédés de fabrication pour les étoffes de soie, et d'immenses capitaux pour les exploiter. Des foires, instituées par Charles VII, organisées par Louis XI, augmentèrent encore sa prospérité croissante. Aussi au XIV^e, au XV^e et au XVI^e siècle, Lyon devint l'une des villes les plus importantes de France, par ses imprimeries, ses chapelleries, ses tanneries, ses fabriques de drap d'or, d'argent et de soie.

Les guerres d'Italie, si ruineuses pour la France, furent d'abord favorables à Lyon, qui resta pendant longtemps le séjour de la cour; mais la défaite de François l^er à Pavie ruina le commerce et l'industrie de cette cité florissante.

En 1560, les protestants s'en emparèrent par surprise; mais ils ne purent s'y maintenir. En 1562, ils l'occupèrent de nouveau, sous la conduite du baron des Adrets, et jusqu'en 1572, ce fut entre eux et les catholiques une série de terribles représailles.

La nouvelle du massacre de la Saint-Barthélemy, qui avait eu lieu à Paris le 24 août 1572, détermina à Lyon une dernière et funeste explosion; plus de mille protestants furent traîtreusement égorgés par une populace fanatique.

En 1594, les Lyonnais, fatigués des luttes fratricides qui depuis trop longtemps ensanglantaient la France, se déclarèrent pour Henri IV et lui firent une splendide réception. La révocation de l'Édit de Nantes (1685), qui supprimait la liberté de conscience, provoqua l'émigration de plus de trois cent mille réformés. Lyon perdit ainsi les plus laborieux de ses habitants, et ses industries les plus productives furent gravement compromises.

Une effroyable inondation (1711), des émeutes occasionnées parla misère des ouvriers, des incendies, telles sont les tristes calamités que Lyon enregistre dans ses annales au XVIII^e siècle. Cependant les progrès technologiques donnent un nouvel essor à la fabrication lyonnaise.

En 1790 fut formé un département de Rhône-et-Loire aux dépens du Lyonnais et du Forez; territoire qu'on dédoubla, en 1793, en une Loire qui fut fait surtout du Forez, et un Rhône emprunté au Lyonnais, et composé, dans le détail :  des anciennes provinces du Lyonnais proprement dit et du Beaujolais; et, pour très peu, de portions du Forez (commune de Meyr, parties de celles de Haute-Rivoire, La Chapelle, Coise, Larajasse, Grézieu-le-Marché); du Mâconnais et de la Bourgogne (partie de Lancié, Fleurie et Saint-Igny-de-Vers); du Franc-Lyonnais (rive gauche de la Saône, parties de Caluire-et-Cuire, Fleurieu, Fontaine-sur-Saône, Rochetaillée, Neuville). Le département s'est accru, en 1854 (loi du 22 juin), des territoires dauphinois de Villeurbanne, Bron, Vaux-en-Velin, Saint-Fons et Vénissieux, appartenant jusque-là au département de l'Isère.

En 1795, la malheureuse cité fut menacée dans son existence même : les Lyonnais s'étant révoltés contre la Convention, trois corps d'armée, sous les ordres de Kellermann, les assiégèrent dans leur ville (22 août 1793). Après une sérieuse mais inutile résistance, les assiégés furent obligés de capituler (10 octobre) et de se rendre à la merci de la Convention. Celle-ci envoya à Lyon trois hommes sanguinaires, Couthon, Collot-d'Herbois et Fouché; la guillotine et la fusillade firent périr plus de cinquante habitants par jour; la mine détruisit les plus beaux quartiers, entre autres la place Bellecour, rétablie depuis, et la mitraille même fut employée contre les proscrits. La chute de Robespierre arrêta seule ces massacres et ces démolitions stupides.

Sous Napoléon l^er, Lyon se releva de ses ruines. Jacquard y inventa, en 1802, le métier qui porte son nom et qui exerça une si grande influence sur la fabrication des étoffes. Mais les défaites de l'empereur ayant amené une invasion étrangère, les
Autrichiens entrèrent à Lyon le 21 mars 1814. Un an après, Napoléon, évadé de l'île d'Elbe, y arrivait avec une petite armée; mais, vaincu à Waterloo (18 juin 1815), il laissa 12 France ouverte de toutes parts à l'ennemi, et le 17 juillet les Autrichiens reparurent à Lyon. Le général Mouton-Duvernet, qui s'était rallié à l'Empereur lors de son retour, fut traduit devant un conseil de guerre par le gouvernement de Louis XVIII, et fusillé sur le chemin des Étroits (1816). La Terreur blanche fit encore d'autres victimes à Lyon.

L'ovation faite à Lyon au général La Fayette, en 1829, par le peuple et la bourgeoisie, eût dû éclairer la Restauration sur l'état de l'opinion publique dans la seconde ville du pays. Mais de funestes conseils l'entraînaient à sa perte. La nouvelle de la révolution de Juillet fut accueillie avec satisfaction par la majorité de la population lyonnaise; le changement de gouvernement ne coûta pas une goutte de sang : après une heure de pourparlers, la garde nationale fut admise à prendre possession de l'hôtel de ville, conjointement avec la troupe de ligne. Malheureusement, une crise commerciale ne tarda pas à éclater, et quelques fabricants refusèrent de se soumettre à un tarif nouveau qui, rédigé avec l'approbation des autorités locales, avait été accepté par un grand nombre de leurs confrères. Les ouvriers s'insurgèrent au mois de novembre 1831 (le 21), arborant un drapeau noir qui portait cette inscription : 

« Vivre en travaillant ou mourir en combattant ! » et en poussant ces cris : « Du travail ou la mort ! » 

En 1834, une nouvelle insurrection eut lieu. Cette fois elle n'était pas seulement industrielle, elle était devenue politique. La Société des droits de l'homme prit fait et cause pour la Société des Mutuellistes, dont neuf membres étaient accusés de coalition. La lutte dura plus longtemps; elle fut acharnée ; le désastre fut immense; le nombre des morts et des blessés, tant du côté de la troupe que de celui des insurgés, s'éleva à plus de mille. Plusieurs quartiers furent entièrement détruits par le canon.

Lyon avait à peine effacé les traces de cette guerre civile qu'une inondation, plus terrible que toutes celles dont on avait gardé le souvenir, vint y causer d'affreux ravages. Le faubourg de Vaise presque tout entier fut emporté par les eaux; on alla en bateau dans la plupart des rues de la ville. Le Rhône et la Saône se rejoignirent sur les places Bellecour et de la Préfecture. Mais l'inondation de 1856 fut encore plus désastreuse. Le 18 mai, la Saône déborda et envahit toute la partie de la ville comprise entre les places des Terreaux et Bellecour. Le 21, elle atteignit son maximum d'élévation, puis elle baissa pour grossir de nouveau le 30. Malheureusement, la crue du Rhône prit des proportions formidables; le 31 mai, ses eaux, renver sant la levée de la Tête-d'Or, firent irruption sur le territoire des Charpennes et envahirent les Brotteaux et la Guillotière. De nombreuses maisons s'écroulèrent, engloutissant sous leurs ruines une partie des habitants. Vingt mille individus durent camper sur les points que l'inondation n'avait pu atteindre. Les pertes furent immenses ; mais des souscriptions furent ouvertes de tous côtés, et l'empereur Napoléon III vint apporter aux inondés des consolations et des secours.

Lyon, dont la tranquillité n'avait été qu'un instant troublée en 1849, par une émeute soulevée à la Croix-Rousse et bientôt réprimée, traversa de tristes épreuves en 1870 et 1871. Depuis le 4 septembre 1870, il fut plusieurs fois sur le point de passer de l'anarchie à la guerre civile. Les passions populaires, mal contenues pendant les jours néfastes de notre guerre avec la Prusse, finirent par éclater. Les élections du 30 avril servirent de prétexte à cette explosion préparée par les émissaires de la Commune de Paris. Les rues de la Guillotière furent ensanglantées. La lutte fut courte heureusement. Le lendemain l'ordre était rétabli, grâce à l'énergie de la troupe. 

Enn 1894, le président Carnot fut assassiné à Lyon. (A. Joanne).