De nombreuses espèces de bactéries sont des décomposeurs efficaces. Elles dégradent les matières organiques en produisant des enzymes qui décomposent les molécules complexes en molécules plus simples. Les bactéries sont abondantes dans les sols, les sédiments et les eaux douces et salées. Les champignons, tels que les moisissures et les champignons filamenteux, sont également d'importants décomposeurs. Ils se nourrissent de matières organiques mortes en sécrétant des enzymes qui dégradent les polymères organiques en composés plus simples, qui sont ensuite absorbés par les hyphes fongiques. Les vers de terre sont des décomposeurs très efficaces dans les écosystèmes terrestres. Ils ingèrent des matières organiques mortes et les décomposent dans leur système digestif, produisant du vermicompost riche en nutriments qui améliore la fertilité du sol. Les isopodes ( = cloportes), ainsi que certains insectes comme les larves de mouches, les scarabées et les coléoptères, jouent aussi un rôle important dans la décomposition des matières organiques mortes. Ils se nourrissent de débris végétaux, de carcasses d'animaux et d'autres matières organiques en décomposition. 

Dans les environnements aquatiques, tels que les océans, les rivières et les lacs, les vers marins, les crustacés décomposeurs et divers microorganismes, tels que les bactéries et les protozoaires, contribuent à la décomposition de la matière organique morte.