Après la Campagne d'Italie, Napoléon Bonaparte revint à Paris, où il arriva le 5 décembre 1797, et où il fut accueilli en triomphateur par le gouvernement, les deux conseils et le peuple. Après une réception triomphale qui ne l'éblouit ni ne le trompa sur les vrais sentiments du Directoire à son égard, Bonaparte reçut le commandement d'une armée qui n'existait guère, celle des côtes de l'Océan. Il visita quelque temps les côtes de l'Océan, et reparu dans la capitale, où sa présence et ses prétentions jetèrent de nouveau le Directoire dans l'embarras. Lui-même croyait avoir à se plaindre du gouvernement, qui, disait-il, ne reconnaissait ses services que par d'injustes défiances. C'est à cette position du Directoire et du général qu'est due l'expédition d'Égypte. Le projet en avait été conçu par Bonaparte à la lecture d'un mémoire déposé sous Louis XIV au ministère des affaires étrangères, et tendant à former dans cette contrée d'Afrique une colonie destinée à l'entrepôt du commerce de l'Inde. Il avait conféré de ce projet avec Talleyrand, alors ministre des relations extérieures. 

Un tel projet parut d'abord plus gigantesque que raisonnable, mais les hommes d'État qui redoutaient son ambition et sa rivalité ne demandaient qu'à l'éloigner le plus possible, et de son côté il calculait qu'une fois maître de l'Égypte il ne recevrait plus ni ordres, ni instructions, et agirait en toute souveraineté; que son armée s'habituerait à ne plus connaître que lui; qu'enfin il fallait tenir l'opinion publique en haleine par le prestige de l'imprévu et de l'extraordinaire. Il avait d'ailleurs souvent songé aux conquérants asiatiques : 

« Il ne se fait rien de grand, disait-il, que dans l'Orient. »

Une grave objection était que l'Égypte appartenait à l'empire ottoman, vieil allié de la France depuis le XVI^e siècle (Les Capitulations). Mais elle lui appartenait si peu. L'expédition échapperait-elle aux croisières anglaises, et, si elle avait ce bonheur, n'aurait-elle pas affaire, après le débarquement, non seulement à la milice des mamelouks, dont le consul du Caire Magallon avait révélé la réelle faiblesse, mais aux forces combinées des Turcs et des Anglais? Après tout, si l'aventure ne réussissait pas, le public n'en accuserait que l'auteur responsable, et non le Directoire. A la veille d'un second coup d'État, celui de 22 floréal an VI, qu'il préparait contre les modérés, le Directoire ne résista d'ailleurs à aucune des demandes, des exigences du général en chef. A l'aide d'un comité qui siégeait rue Taranne sous la présidence du savant général Cafarelli-Dufalga, il recruta comme il l'entendit ses compagnons d'armes et ses agents d'investigation scientifique, d'administration, de colonisation, sans s'expliquer d'ailleurs plus qu'il n'était nécessaire sur son véritable objectif. 

Masséna et Moreau restaient en France, mais Napoléon Bonaparte emmenait son armée d'Italie, 35000 hommes, et, outre les lieutenants qui avaient combattu sous ses ordres et à son école, le modeste Desaix et le « géant » Kléber, son frère Louis, son beau-fils Eugène de Beauharnais. le médecin Desgenettes, le chirurgien Larrey, le financier Poussielgue, les savants Monge, Berthollet, Dolomieu, Geoffroy Saint-Hilaire, Hassenfratz, Jomard, Conté, Fourier : l'Institut de France, dont Napoléon faisait partie, était comme décimé au profit du futur Institut d'Égypte. Citons encore deux hommes de lettres, Arnaud et Parceval, et le dessinateur Devon. Le trésor suisse de Berne et le trésor romain (expéditions de Masséna et de Berthier) pourvurent en grande partie aux frais de l'aventure. La rupture avec l'Autriche était imminente lorsque, non sans hésitation au dernier moment, Bonaparte alla rejoindre (3 mai) à Toulon la flotte (10000 marins) commandée par l'amiral Brueys, avec Gantlheaume, Decrès et Villeneuve comme vice-amiraux. « L'aile gauche de l'armée d'Angleterre » partit le 19 mai. 

L'armée étant à bord, les transports et l'escorte arrivèrent devant Malte le 9 juin. La ville fut occupée le 13 en vertu d'une convention, et un gouvernement de l'île organisé à la place de celui des chevaliers de l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem (Les Hospitaliers). Le 1^er juillet, treize jours après le départ de Malte, l'expédition parut en vue des côtes d'Égypte. L'armée, débarquée dans la nuit du 1^er au 2, s'empara dans la matinée de la ville et du port d'Alexandrie. Trois jours, après, elle marcha sur le Caire, capitale de l'Égypte, battit les Mamelouks pour la première fois à Chebreiss, et , le 23 juillet entre Embabeh et Gizeh, gagna sur Mourad-Bey la bataille des Pyramides. Cette victoire lui ouvrit l'entrée du Caire.
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La bataille des Pyramides, par J. Swebach.

Le Nil fut traversé dans la journée du lendemain, et Napoléon Bonaparte fit son entrée dans la ville le 25. Il l'organisa aussitôt, et fonda au Caire un Institut qui a jeté les plus vives lumières sur les antiquités et l'histoire de l'Égypte ancienne; mais bientôt il se vit environné de dangers par l'impossibilité de recevoir des renforts. Néanmoins, après avoir comprimé une révolte au Caire, il essaya de joindre la Syrie à ses conquêtes (1799) : il prit El-Arich, Gaza, Jaffa, mais il mit en vain le siège devant Saint-Jean-d'Acre,  résidence du fameux pacha Ahmed-Djezar, ses troupes étant minées par la faim et décimées par la peste. De retour en Égypte, après avoir battu au Mont-Thabor 20 000 Turcs avec 2000 Français, il remporta encore la victoire d'Aboukir, qui sauva l'armée (25 juillet 1799). Privé de communications avec la mer et n'espérant pas de renforts, le général en chef abandonna secrètement son armée, dont Kléber reçut le commandement, et regagna la France.

Le 18 brumaire.
Pendant l'absence de Napoléon Bonaparte avait eu lieu un troisième coup d'État : Sieyès et Barras, appuyés par la majorité des conseils, avaient, le 30 prairial an VII (18 juin 1799), expulsé leurs trois collègues du gouvernement et s'étaient adjoint Roder-Ducos, Moulins et Gohier. Mais les événements intérieurs avaient une bien autre gravité. La République, si incertaine dans sa marche et si peu fidèle au principe de la souveraineté nationale et à sa propre Constitution, avait cependant poursuivi sur ses frontières, par suite de la prépondérance croissante de l'élément militaire, une politique d'envahissement et de propagande, qui lui donnait comme une cour de petites républiques vassales en Suisse, à Rome et à Naples; le Piémont avait été annexé. Par suite, le congrès de Rastadt avait été rompu, et cette rupture fut suivie de l'assassinat de plénipotentiaires français. L'Autriche avait formé contre nous la deuxième coalition. De mars à septembre 1799, les revers se succèdent sans interruption. La République batave est entamée; l'Italie péninsulaire, la Lombardie, sont perdues; les Français ne défendent plus que Gênes. 

Toutefois, lorsque Bonaparte débarqua à Fréjus (8 octobre), Brune venait de gagner la bataille de Bergen, Masséna celle de Zurich, et les Russes s'étaient retirés de la coalition. Dans ces circonstances, il était difficile à Bonaparte de se présenter comme un héros libérateur. Nul ne songea d'ailleurs, alors, à le traiter en déserteur. Il conspira. D'accord avec Sieyès et Roger-Ducos, sûr de la neutralité de Barras, il fit voter par les Anciens le transfert (légal) des deux conseils à Saint-Cloud, reçut, sous prétexte de dangers publics, le commandement (illégal) de la division militaire ou se trouvait Paris (18 brumaire an VIII); le lendemain, pendant que les deux autres directeurs étaient détenus au Luxembourg, Bonaparte, applaudi aux Anciens, hué comme un factieux par les Cinq-Cents, dispersa cette dernière assemblée par la force, avec l'aide de son frère Lucien, qui en était le président. Une commission formée des députés complices, ou ralliés au succès, abolit la Constitution de l'an III et nomma consuls provisoires Bonaparte, Sieyès et Roger-Ducos; ces derniers seront vite remplacés par Cambacérès et Lebrun. (H. Monin).
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Bonaparte débarque à Fréjus.

Joseph Laporte (préf. de Jean Tulard), Mon voyage en Egypte et en Syrie, Carnets d'un jeune soldat de Bonaparte, PUF, 2007. - Né en 1780, Jean Laporte sert comme sous-officier de 1798 à 1801 dans le 1er bataillon de la 69e demi-brigade. Fait remarquable, il décide de tenir un Journal illustré de sa main, où il retrace fidèlement la prise de Malte, le débarquement en Égypte, l'assaut d'Alexandrie, la bataille des Pyramides, l'entrée au Caire, le combat naval d'Aboukir... Il y observe scrupuleusement les faits et livre au quotidien de saisissantes considérations d'ordre géographique, économique et ethnique. Cet ouvrage est une fidèle réplique de l'ouvrage original (format 19,4 x 13,7 cm, 34 dessins coloriés de sa main, mise en page, etc.). Préface de Jean Tulard.  (couv.) Robert Solé, Le Grand voyage de l'obélisque, Points, 2006. - À la tête d'une expédition militaire, Bonaparte emmène avec lui en Égypte une «commission des sciences et arts» composée de quelque cent soixante techniciens civils, ingénieurs et savants, dont Gaspard Monge, Claude L. Berthollet, Étienne Geoffroy Saint-Hilaire et Joseph Fourier pour les plus connus. Héritière de celles qui viennent d'inventorier en Belgique et en Italie les objets à rapporter en France, cette commission se rattache surtout à la tradition des grandes expéditions maritimes qui, depuis Bougainville et Cook, embarquent naturalistes, savants ou dessinateurs, ainsi qu'ingénieurs géographes et astronomes. Mais l'échelle sans précédent est à la hauteur d'un projet à la fois savant et colonial, avec des interprètes, des imprimeurs publiant en langues locales, des chefs d'ateliers mécaniques... De leurs travaux et de ceux de militaires qui participent à l'exploration scientifique du pays naissent l'ouvrage monumental Description de l'Égypte (1809-1822), véritable encyclopédie des connaissances acquises sur l'Antiquité pharaonique et gréco-romaine, l'histoire naturelle et la société égyptienne de l'époque, et la carte de l'Égypte (1826). L'inventaire et la conquête du monde vont désormais de pair. (couv.). D. Vaxelaire, Mirages d'Egypte, Phébus (roman), 2005.