Certains mythographes ont voulu reconnaître dans Malte l'antique Ogygie d'Homère, et l'on y montre encore une prétendue grotte de Calypso. Au début du premier millénaire av. JC, Malte passe à l'Âge du fer. Les vestiges archéologiques montrent des influences phéniciennes et punico-carthaginoises.  Malte devient un centre important pour les Phéniciens de Sidon (Saïda), qui y fondèrent un établissement. Ils y apportèrent de la terre végétale, établirent des champs et des vergers. Malte s'appelait alors Melite, et Gozzo, Gaulos. À partir du VII^e siècle av. JC, Malte est sous l'influence de Carthage, qui domine la Méditerranée occidentale. La culture carthaginoise laisse une empreinte significative sur l'île, notamment en termes de religion et de culture matérielle.
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Carte de Malte.

Après la Première Guerre punique, Malte tombe sous le contrôle de Rome  (218 av. JC). Les Romains intègrent Malte dans la province de Sicile et l'île devient un important centre administratif et commercial. Ses cotonnades, ses roses et son miel étaient célèbres. Ce fut un des refuges des pirates au I^er siècle av. J.-C. On conte aussi que saint Paul y fit naufrage en 56 ap. J.-C. Malte bénéficie de la paix relative de l'Empire romain, avec une prospérité accrue et des développements dans les infrastructures (routes, bâtiments publics).  Après la chute de l'Empire romain d'Occident en 476, Malte passe sous le contrôle de l'Empire byzantin. Elle tombe quelque temps sous  celui des Vandales (454) et des Ostrogoths (494), puis est recouvrée par Bélisaire (533) pour le compte de l'Empire Byzantin, Les Byzantins administrent Malte comme partie de la province de Sicile. L'île conserve une certaine autonomie et continue à jouer un rôle important dans la Méditerranée centrale. 

En 831, Malte est conquise par les Arabes (Omeyyades),  qui lui donnèrent le nom de Maltache. Les Arabes introduisent des innovations dans l'agriculture, l'architecture et la culture. Ils établissent une administration islamique sur l'île et y laissent une influence durable, bien que leur contrôle soit relativement court. En 1090, Malte passe sous le contrôle des  Normands qui en firent un marquisat. En 1284, les Aragonais de Loria y défirent la flotte angevine et s'en emparèrent pour la Sicile. Elle partagea dès lors les destinées de la Sicile jusqu'au jour où Charles-Quint y installa les chevaliers de l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem (Hospitaliers), que les Turcs venaient de chasser de Rhodes (1525). Une bulle pontificale de 1530 confirma cette donation, et, le 26 octobre, l'ordre prit possession de l'île et se nomma dès lors Ordre des Chevaliers de Malte. 

De 1530 à 1798, les chevaliers de Malte sont en guerre presque continuelle avec les Turcs ou les pirates barbaresques. Malte eut à subir des sièges nombreux meurtriers. Un des plus connus est celui de 1565, sous Soliman; Dragut, le célèbre corsaire, y laissa la vie Mustapha-Pacha, quoique maître du fort Saint-Elme, dut lever le siège.

En 1798, Bonaparte, se rendant en Égypte, s'empara de l'île et mit fin à l'existence de l'ordre des chevaliers de Saint-Jean; mais les habitants de l'île n'acceptèrent pas la domination française et s'unirent aux Anglais pour forcer le gouverneur Vaubois à capituler, après deux ans de siège (1800). Les Britanniques établissent une protectorat sur l'île, consolidant leur contrôle en 1814 avec le Traité de Paris, qui met officiellement fin à la période napoléonienne et cède Malte au Royaume-Uni. La législation qui substitua comme langue officielle l'anglais à la langue maltaise fut mal accueillie par la population. Au cours du XIX^e siècle, Malte devient une base navale stratégique pour la Royal Navy en Méditerranée. L'île est modernisée pour renforcer ses capacités militaires. A partir de l'ouverture du canal de Suez (1867), ce fut un point d'appui important au coeur de la Méditerranée, sur la route maritime menant en Inde. La Valette devint un grand dépôt de charbon où venaient s'approvisionner les navires. 

Les début du XX^e siècle voient une montée des sentiments nationalistes à Malte. Le Parti nationaliste maltais, dirigé par Domenico Mintoff, et le Parti travailliste militent pour des réformes politiques et une plus grande autonomie. Le mouvement pour l'autonomie commence à prendre de l'ampleur dans les années 1940, avec des appels croissants pour l'indépendance.

Malte, en tant que base stratégique pour les Alliés en Méditerranée, joue un rôle important pendant la Seconde Guerre mondiale. En juin 1940, les forces de l'Axe, dirigées par l'Italie fasciste, bombardent intensément l'île, entraînant le siège de Malte, qui dure jusqu'en 1942. La population de Malte endure de graves pénuries de nourriture et des bombardements constants. En avril 1942, Malte reçoit la Croix de George, la plus haute distinction militaire britannique pour bravoure, en reconnaissance de la résistance héroïque de ses habitants pendant le siège.

Après la guerre, le gouvernement britannique commence à envisager des réformes politiques pour Malte. Les discussions portent sur le degré d'autonomie que pourrait avoir l'île. En 1947, une nouvelle Constitution accorde à Malte un degré considérable d'autonomie, établissant un gouvernement semi-autonome avec un conseil exécutif et un parlement élu. Les années 1950 sont marquées par des tensions politiques internes. En 1958, les Partis travailliste et nationaliste s'affrontent sur des questions de politique intérieure et étrangère. Les tensions politiques et les grèves provoquent une crise qui conduit à l'intervention britannique.

Le 21 septembre 1964, Malte obtient l'indépendance du Royaume-Uni. L'île devient un Dominion au sein du Commonwealth avec Domenico Mintoff comme Premier ministre. L'indépendance est une étape cruciale dans l'affirmation de la souveraineté maltaise. En 1974, Malte adopte une nouvelle constitution qui transforme le pays en une République au sein du Commonwealth, avec Anthony Mamo comme président. La politique étrangère du pays est marquée par une neutralité active, reflétée dans la Constitution de 1980, qui déclare la neutralité permanente de Malte.

Les années 1970 et 1980 sont marquées par des efforts de modernisation économique sous la direction de Dom Mintoff, qui favorise la nationalisation de certaines industries et la diversification économique. Longtemps très déshéritée, et victime d'une forte émigration (vers l'Afrique du Nord principalement), Malte a commencé à consolider son économie à partir du milieu des années 1980, en développant de nouveau les activités de son port (transbordement de marchandises), et en se muant en centre financier et en destination touristique. Cependant, ces politiques rencontrent des critiques et des tensions économiques internes. En 1987, Eddie Fenech Adami du Parti nationaliste devient Premier ministre, et des réformes importantes sont mises en oeuvre. Le pays commence à se moderniser, avec une orientation vers une économie de marché et un renforcement de la coopération internationale.

Malte devient membre de l'Union européenne le 1^er mai 2004, après un référendum en 2003 qui approuve l'adhésion. L'intégration européenne apporte des bénéfices économiques et politiques, et Malte joue un rôle actif dans les affaires européennes. Le 1^er janvier 2008, Malte adopte l'euro comme monnaie officielle, remplaçant la lire maltaise. Cette transition facilite les échanges économiques avec les autres États membres de l'UE et renforce l'intégration économique.

Les années récentes voient des changements politiques avec les alternances entre le Parti travailliste et le Parti nationaliste. Les questions politiques incluent la lutte contre la corruption, la gestion des affaires européennes, et les réformes sociales et économiques. Malte est par ailleurs un point de passage pour de nombreux migrants et réfugiés en Méditerranée, ce qui pose des défis importants pour le pays en termes de politique migratoire et de gestion des ressources. Le gouvernement maltais travaille avec l'Union européenne et les organisations internationales pour faire face à cette crise. Malte doit également faire face à des défis liés au changement climatique, à la durabilité environnementale, et à la gestion des ressources. Aujourd'hui, le pays commence à s'engager dans des initiatives de développement durable et de protection de l'environnement.