Le 8 juillet 1805, l'Angleterre avait signé avec la Russie une alliance offensive et défensive à laquelle l'Autriche adhéra le 9 août. Cette puissance mit en ligne trois armées : l'archiduc Charles, avec 100 000 hommes, devait franchir l'Adige; l'archiduc Ferdinand, dirigé par Mack, remonter le Danube (90000 hommes); la jonction (Tyrol) était faite par les 30000 hommes de l'archiduc Jean. En France, un simple sénatus-consulte met « en activité » les conscrits des années 1801 à 1805 et ordonne la levée anticipée de 80000 conscrits de l'année 1806; la garde nationale est réorganisée pour la défense des frontières, des côtes et le maintien de l'ordre intérieur. 

1805.
L'attitude partout agressive de la diplomatie impériale, pendant l'été de 1805, démontre, d'ailleurs, que Napoléon prévoyait, provoquait peut-être la guerre continentale, donc se préparait à la soutenir. Dès le 17 septembre, il disposa la Grande Armée, qui comptait alors 190 000 hommes, en 7 corps (Bernadotte, Marmont, Davout, Soult, Lannes, Ney, Augereau), plus la garde et la cavalerie de Murat; ils furent échelonnés de Strasbourg à Würzbourg, et Mack, qui s'était avancé jusqu'à l'Ouest de la Bavière, put se figurer, que la campagne allait commencer, comme en 1800, dans les défilés de la Forêt-Noire. Mais Napoléon avait préparé une immense conversion par la droite (Ney), dont les ordres de marche, minutieusement réglés, s'accomplirent à la lettre; le 6 octobre, il atteignait le Danube à Donauweeth, à égale distance d'Ulm et de Ratisbonne : Mack était coupé de sa base d'opération et de Vienne, comme il le vit avec terreur par les combats de Wertingen (Murat) et de Günzbourg (Ney), pour lesquels il dut faire volte-face, Il ne songea plus qu'à la retraite; mais Soult occupait Augsbourg, Bernadotte était à Munich, Ney et Murat remontaient vers Ulm, son quartier général. Il tente successivement diverses routes et, chaque fois, est arrêté, à Memmigen, Elchingen, Neresbourg, Nordlingen (12 au 18 octobre). Le «-malheureux-» - c'est l'épithète qu'il se donne - perd la tête, s'enferme dans Ulm et y capitule avec 27000 hommes : ses autres corps étaient décimés, captifs ou dispersés dans la Haute-Bavière. « Ce n'est pas avec nos bras, c'est avec nos jambes, que l'empereur bat les Autrichiens », disaient les soldats émerveillés.
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Hommage de Napoléon au courage de ses troupes quittant Ulm.

Le lendemain, à Trafalgar (21 octobre 1805), Villeneuve, qui n'était sorti de Cadix, malgré le désarroi de sa flotte combinée, que sur l'ordre formel de Napoléon, perdit 18 vaisseaux et 7000 hommes; les Anglais en perdirent eux-mêmes 3000, et Nelson, «-qui valait une escadre-»; Villeneuve, qui avait fait tout son devoir, fut traité de lâche par son souverain, et se tua de désespoir. Dès lors, Napoléon ne compta plus sur sa marine. Il s'enfonça dans son idée de « rétablir l'Empire d'Occident » et de fermer le continent à l'Angleterre, pour en avoir raison. Vienne était une ville ouverte, il y entra le 13 novembre, et s'étonna que les habitants, qu'il traita bien, ne lui fissent pas le même accueil que les Milanais en 1796. En même temps, l'archiduc Charles, que l'armée d'Italie (Masséna) avait repoussé, eut, de plus, affaire à Ney, et s'arrêta derrière la ligne du Raab. Au Nord du Danube, le tsar Alexandre avait rejoint l'empereur François II, et la Prusse, encore neutre, mobilisait ses forces. L'empereur arriva à Brünn avec 65000 hommes contre 90000. C'est dans ces conditions que fut gagnée par les Français la bataille d'Austerlitz (2 décembre 1805). Le ministre Haugwitz, envoyé de Berlin au quartier général des alliés, se rendit au bivouac de Napoléon et le félicita. Lorsqu'il se fut retiré-: 

« Voilà, dit le vainqueur, un compliment dont la fortune a changé l'adresse. »

Le 15 décembre, la Prusse dut céder à la France Anspach, Bayreuth, Clèves, Neuchâtel, en échange de l'électorat de Hanovre, qui devait lui servir d'indemnité aux dépens du roi d'Angleterre. La paix avec l'Autriche fut signée le 26 décembre 1805, à Presbourg. 

1806.
En conséquences du Traité de Presbourg, les anciens États vénitiens, y compris la Dalmatieet l'Albanie, sont cédés au royaume d'Italie. Une partie de l'ancien évêché de Passau, Augsbourg, le Tyrol, toutes les possessions de l'Autriche en Souabe, dans le Brisgau et l'Ortenau, sont partagés entre l'électeur de Bavière, le duc de Württemberg et le margrave de Bade. Les deux premiers sont créés rois, le troisième grand-duc ; ils entrent dans le « système » de l'Empire (1^er janvier 1806). Murat, beau-frère de Napoléon, devint grand-duc de Berg. Ferdinand, roi de Naples, avait violé le traité de neutralité auquel il avait dû consentir le 21 septembre 1805 : Masséna, avec Gouvion Saint-Cyr et Régnier, occupe le royaume de Naples, moins la Sicile, que défend la flotte anglaise, et Joseph Bonaparte est proclamé roi des Deux-Siciles (30 mars 1806). En vertu d'un traité conclu le 25 mai avec la République batave, Louis Bonaparte est à son tour déclaré roi de Hollande (5 juin). Le même jour, Talleyrand, ministre des relations extérieures, reçut la principauté de Bénévent, comme « fief immédiat » de la couronne impériale. Le 12, les protégés allemands de Napoléon (Bade, Würtemberg, Bavière, Hesse, Saxe, etc.) se séparent «-à perpétuité-» du territoire de l'empire germanique, et s'unissent entre eux et avec la France (Confédération du Rhin). Le contingent à fournir au « protecteur » par chacun des confédérés est déterminé. Le traité sanctionne en leur faveur diverses sécularisations et annexions. Le 1^er août, à la diète de Ratisbonne, quatorze princes allemands déclarent leur séparation du corps germanique : leur diète particulière siégera à Francfort-sur-le-Main (la Confédération reste ouverte; elle finira par comprendre tous les petits princes ou États allemands, sauf le Brunswick et l'Oldenbourg). Le 6 août, François II renonce au titre d'empereur d'Allemagne : il se désigne sous celui d'empereur d'Autriche et sous le nom de François I^er. Le 15, le tsar de Russie, Alexandre, se refuse à ratifier les préliminaires de paix signés à Paris le 20  juillet et se rapproche de la Prusse. Depuis la mort de Pitt (23 janvier), le ministre britannique' Foxavait ouvert avec la France des négociations : sa propre mort (13 septembre) les rompit définitivement.

Dès novembre 1805, la Prusse était liée à la Russie par un traité secret dirigé contre la France. Depuis, Napoléon n'avait consenti, ni à lui livrer le Hanovre, qu'il se réservait comme gage de la paix avec l'Angleterre, ni à lui laisser former une «-confédération du Nord » avec les petits États que celle du Rhin laissait encore sans cohésion. Entraîné par le parti militaire (le prince Louis, la reine Louise-Amélie), Frédéric-Guillaume III somma Napoléon d'évacuer l'Allemagne, après avoir formé avec l'Angleterre, la Russie et la Suède la quatrième coalition. Il avait 230 000 hommes bien équipés et bien disciplinés, une excellente cavalerie, une artillerie nombreuse. Mais l'avantage de la position était pour les Français. Les sept corps de l'armée impériale sont commandés par Bernadotte, Lannes, Davout, Ney, Soult, Augereau, Lefebvre (contingent des alliés, en Bavière); la réserve de cavalerie, par Murat. La majeure partie de cette armée est au centre même de l'Allemagne; ses avant-postes ne sont séparés des Prussiens que par le Main et la Rednitz; en Westphalie, un huitième corps est en formation sous les ordres de Mortier. 

L'armée prussienne, commandée par le vieux duc de Brunswick et par le prince de Hohenlohe, au lieu de garder l'Elbe, sa ligne naturelle de défense, prit imprudemment l'offensive et se porta jusqu'à la forêt de Thuringe : elle fut tournée par la gauche. Le 6 octobre 1806, la première rencontre eut lieu à Schleitz; elle fut à l'avantage de Bernadotte. Le 10, à Saalfeld; la division Suchet (corps de Lannes) rencontra l'avant-garde de Hohenlohe, commandée par le prince Louis de Prusse : celui-ci fut tué; Suchet s'empara de 30 canons et fit 1000 prisonniers. Les coups décisifs furent portés à Auerstaedt par Davout, à Iéna par Napoléon lui-même le 14 juin. La cavalerie de Murat se hâta de prévenir les ennemis qui se repliaient sur l'Elbe. Erfürt capitule avec 14000 Prussiens et un parc de cent pièces d'artillerie. Davout occupe Leipzig et y saisit une quantité énorme de marchandises anglaises. Avec Lannes, il force le passage de l'Elbe à Wittemberg et à Dessau. Lannes occupe Potsdam (24 octobre); Bernadotte, Brandebourg (25). La forteresse de Spandau, pourvue abondamment de vivres, munitions et canons, se rend à la première sommation de Lannes, Davout entre à Berlin. A Prenzlau, Murat et ses 10000 cavaliers font mettre bas les armes à la garde royale de Prusse commandée par Hohenlohe et font prisonniers le prince Auguste de Prusse et le prince de Mecklembourg. Lassalle prend Stettin. Küstrin se rend, sans se défendre, à Davout. Blücher, qui s'était échappé d'léna en invoquant un prétendu armistice, est coupé de la Poméranie et rejeté sur Lubeck, ville démantelée. Il se défend pied à pied contre Bernadotte, Soult et Murat, mais leur laisse 4000 prisonniers et capitule avec les débris de son corps d'armée à Ratkau (6 et 7 novembre). La campagne de l'Elbe est terminée, au bout d'un mois, par la prise de Magdebourg : 20 généraux et 20000 hommes se rendent au maréchal Ney, qui n'en avait que 10000. Du Rhin à l'Oder, il n'y avait plus de garnison prussienne qu'à Hamclo et Nienbourg. Napoléon exige une contribution de guerre de 150 millions de la Prusse et de ses alliés. A Potsdam, il avait pris comme trophée l'épée de Frédéric le Grand; à Berlin, où il fit une entrée triomphale, il avait laissé au prince de Hatzfeld le gouvernement civil de la place. Hatzfeld envoya à Blücher des renseignements militaires dans une lettre qui fut saisie. Pendant que le conseil de guerre se réunissait et que le prince se cachait dans le palais même, sa femme accourut se jeter aux pieds de l'empereur : 

« Reconnaissez-vous, lui dit-il, l'écriture de votre mari? » Et comme elle se taisait : « Eh bien! Madame, brûlez cette lettre, et la commission militaire ne pourra le condamner. »

Cet acte de clémence fut célébré dans de nombreux écrits populaires et par d'innombrables images. C'est aussi de Berlin que Napoléon data, le 21 novembre 1806, le décret par lequel, en représailles de la tyrannie que les Anglais exerçaient sur les mers, il déclara les îles Britanniques elles-mêmes en état de blocus; et celui par lequel, organisant la garde nationale en légions et en cohortes, il la déclarait destinée soit au service de l'intérieur, soit au service militaire actif (12 novembre). A la fin du mois, Hameln et Nienbourg avaient succombé : Mortier était entré à Hambourg et à Brême, et y avait confisqué les fonds ou marchandises appartenant à des Anglais; enfin les duchés de Mecklembourg avaient été occupés et Murat était entré à Varsovie. Pendant le mois de décembre, la Silésie fut entamée par la prise de Glogan (Vandamme); Thorn fut occupé; Davout passa le Boug près de l'embouchure de l'Ukra. Les Russes, qui n'avaient pas eu le temps d'intervenir pour sauver la monarchie prussienne, furent chassés de Czarnovo par la division Morand. Mais la victoire mince, la nécessité d'échelonner des garnisons dans de nombreuses places, l'étendue énorme du théâtre de la guerre, obligèrent Napoléon de lever 80000 conscrits de l'année 1807, et de se cantonner en avant de la Vistule entre le Boug, la Narew, l'Orezyc et l'Ukra, pendant que se poursuivaient les sièges de Koenigsberg et de Dantzig. Les Russes, sous Benningsen, tentèrent de couper l'aile gauche des Français; avec moins de 10000 hommes, Bernadotte les arrêta au début de leur offensive, à Mohrungen (25 décembre). Mais les combats de Pultusk (Lannes) et de Golymin (Augereau et Murat) sont très disputés. La rigueur de l'hiver détermine les belligérants à garder leurs positions, sans suspension explicita d'hostilité. 

1807.
En Silésie, Vandamme s'empara de Breslau (5 janvier 1807), de Brieg (16 janvier) et de Schweidnitz (7 février). Les opérations avaient repris le même mois dans la Pologne prussienne. La sanglante bataille d'Eylau peut être considérée comme indécise : si Napoléon échoua dans son coup de main sur  Koenigsberg, il garda la ligne de la Vistule (8 février); Essen fut battu à Ostrolenka par Suchet et Oudinot (16 février), et, par le combat de Braunsberg (26 février), Bernadotte raffermit l'extrême gauche des troupes françaises. A ce moment, les deux armées se touchaient sur toute la ligne. Les pertes énormes des Français sont dissimulées avec soin dans les bulletins officiels. Ordre est donné, à Paris, de célébrer l'affreuse boucherie d'Eylau par des fêtes et des représentations de gala :

« L'empereur ne badine pas, disait Talleyrand au monde officiel, il veut qu'on s'amuse. »

La cantate chantée à l'Opéra, au milieu de tant de deuils privés, fut exécrable, et Napoléon prit le temps d'en exprimer son mécontentement à de Luçay, chambellan, à Fouché, au ministre de l'intérieur Champagny. Dès le 7 avril 1807, une nouvelle levée anticipée fut nécessaire (80000 conscrits de l'année 1808, dont 60000 seront mis aussitôt en service actif). Les réfractaires, les déserteurs commencent à inquiéter le chef du recrutement, Lacuée. Cependant les Russes, soit fatigue, soit incurie, avaient laissé l'empereur se reposer et réorganiser ses forces au camp de Finkenstein; le 20 mai 1807, le général prussien Kalkreuth capitulait à Dantzig entre les mains du maréchal Lefebvre, mais après plus de deux mois d'attaques et cinquante et un jours de tranchée ouverte et après avoir perdu la moitié de sa garnison de 18000 hommes.

Au mois de juin, après les combats préliminaires de Spanden, de Güttstadt et de Heilsberg, Napoléon gagne enfin sur Benningsen (14 juin) la victoire décisive de Friedland. Le maréchal Soult entre dans la seconde capitale de l'État prussien, Koenigsberg, hors d'état de résister après Friedland. Il y trouve d'immenses approvisionnements, 100 000 fusils de fabrication anglaise, et, dans le port, un grand nombre de bâtiments anglais et russes (16 juin). En même temps, la conquête de la Silésie s'achevait par les capitulations de Neisse, de Glatz, etc. Le quartier général de la Grande Armée est transféré à Tilsit, sur le Niémen, limite de la Russie. Un armistice y fut conclu le 21, et le 23 eut lieu une première entrevue entre Napoléon et Alexandre, dans un radeau. Les conversations continuèrent les jours suivants, et le roi de Prusse obtint l'autorisation d'y participer. Une des premières paroles du tsar fut :

« Je hais les Anglais autant que vous. » - « En ce cas, répondit Napoléon, la paix est faite.-» 

La paix fut signée, à Tilsit même, le 8 juillet 1807 avec le tsar, le 9 avec la Prusse. L'empereur Napoléon, « par égard pour l'empereur Alexandre »,  voulait bien restituer au roi de Prusse une partie de ses États, soit les quatre provinces de Brandebourg, Poméranie, Silésie, Prusse orientale (180 lieues de l'Est à l'Ouest, 40 du Nord au Sud), environ 6 millions de sujets sur 10 et demi qu'il comptait avant léna. Dantzig et son territoire forment une enclave soi-disant indépendante. L'électeur de Saxe, devenu roi de Saxe depuis son entrée dans la Confédération du Rhin, reçoit le grand-duché de Varsovie, et plusieurs routes militaires seront ouvertes à travers les provinces prussiennes pour faire communiquer la Saxe et le grand-duché. D'autres dépouilles de la Prusse, avec le Hanovre, le Brunswick, la Hesse-Cassel, Fulde, Paderborn, formeront le royaume de Westphalie; ce royaume, organisé par une régence de conseillers d'État (Beugnot, Siméon, etc.) et par le général Lagrange (décret du 18 août 1807), fut attribué (8 décembre) à Jérôme Bonaparte. Tous les pays restant à la Prusse seront fermés à la navigation et au commerce anglais; ils ne seront évacués qu'une fois les contributions de guerre acquittées. Un abaissement aussi inouï devait faire de la nation prussienne l'ennemie implacable de la France et lui permettre de se dire la martyre de la «-patrie allemande-». La Pologne, en dépit de ses espérances, n'était pas reconstituée. Les nouvelles créations d'États avaient un caractère artificiel et éphémère. 

« On ne s'appuie pas sur des débris, et, du Rhin au Niémen, Napoléon n'avait semé que des débris d'États. » (Victor Duruy).

Napoléon avait refusé de partager avec la Prusse l'hégémonie de l'Allemagne; il parut se prêter à partager avec Alexandre celle de l'Europe. En effet, si, par les clauses connues du traité, il acceptait simplement la médiation du tsar entre la France et l'Angleterre et lui imposait l'évacuation de la Moldavie et de la Valachie récemment enlevées par les Russes au sultan, allié de la France, il l'autorisait secrètement à conserver ces dernières provinces, et à prendre à la Suède, alliée de la Prusse, la Finlande, moyennant qu'à la première occasion il adhérât au système continental. Talleyrand, ministre des relations extérieures, désespéra de l'avenir; un mois après, il demandait à être relevé de ses fonctions.

L'imprudence du roi de Suède Gustave IV, qui, après Tilsit, avait rompu subitement, leurré par les Anglais, la convention d'un armistice conclu le 18 avril, fournit au maréchal Brune la facile occasion de s'emparer de Stralsund (20 août) et de Rügen (7 septembre). Maître également de Hambourg, de Lubeck, l'empereur menace le Holstein, afin d'obliger le Danemark à fermer ses ports au commerce britannique. Les Anglais, de leur côté, n'ayant pu entraîner ce pays dans la guerre contre la France, bombardent Copenhague (7 septembre), où six cents maisons sont incendiées, et s'emparent de la flotte danoise. Le 14 octobre, Napoléon déclare qu'il s'opposera à toutes liaisons, soit politiques, soit commerciales, des puissances continentales avec l'Angleterre; le 16, Alexandre rompt décidément avec l'Angleterre, et proclame de nouveau « les principes de la neutralité armée, ce monument de la sagesse de l'impératrice Catherine». (H. Monin).