Napoléon qui avait envahi l'Espagne en 1807-1808, s'y était trouvé confronté à une résistance inattendue, qui l'avait embourbé dans une guerre devenue rapidement  comme une plaie dévorante qui consumait la plus pure substance de ses armées. L'exemple de l'héroïsme espagnol ne fut pas perdu pour l'Allemagne. La « Ligue du courage » (Tugendbund) réunit peu à peu dans les mêmes espérances nationales les jeunes gens des universités. Les 40000 hommes de l'armée prussienne sont renouvelés tous les ans; les grades y deviennent accessibles aux roturiers. Quant à l'Autriche, en paix depuis quatre ans, elle s'illusionne sur la valeur de ses chefs et de ses troupes. Elle compte sur la rupture de l'accord franco-russe; elle trouve des subsides à Londres, arme fiévreusement et forme avec les pays, déjà en lutte contre la France, la cinquième coalition. Mais le conseil aulique de la guerre conserve la haute main sur les opérations militaires, et, comme dans les campagnes précédentes, accumule les fautes et les ordres donnés à contre-temps. 

L'Autriche avait cependant, suivant son compte, plus de 500 000 hommes sous les armes, y compris la landwehr, et la France n'en avait pas la moitié en ligne, même avec les contingents de la Confédération. En Italie, le prince Eugène, battu à Sacile, résiste péniblement à l'archiduc Jean, derrière le Livenza. En Allemagne, l'archiduc Charles passe l'Inn à Braunau, la Salza à Bürghausen; le maréchal Berthier, en l'absence de Napoléon, engage mal à propos le corps du maréchal Davout, encore isolé sur Ratisbonne; Davout, de qui dépend en ce moment le sort de la campagne, n'hésite pas à désobéir au chef de l'état-major et opère une marche de flanc de cette ville sur Abensberg; à Tann, il arrête le choc de l'armée autrichienne, et fait sa jonction avec le corps bavarois. L'armée autrichienne est ainsi coupée en deux parties, dans des directions contraires. L'empereur arrive le lendemain (20 avril), bat l'archiduc Louis avec le général Hiller à Abensberg, puis à Landshut (21) et atteint l'archiduc Charles à Eckmühl; celui-ci, après une honorable défensive, quitte sa position, mais prend Ratisbonne aux Français; il se retire au Nord du Danube en laissant 2000 prisonniers (22); le lendemain, Ratisbonne, qui n'a que de vieilles fortifications, est reprise d'assaut et partiellement incendiée. Napoléon fut légèrement blessé dans cette affaire. 
-

Napoléon harangue les troupes bavaroises et wurtembergeoises à Abensberg (20 avril 1809).

L'armée passe l'Inn, puis, sur deux ponts de bois improvisés, la Salza, sans que l'ennemi fasse mine de s'y opposer. Masséna, au Nord, avait traversé Passau et rejetait les corps autrichiens du côté des défilés de Bohème, afin de ménager à l'empereur la route la plus directe sur Vienne, route qui ne présente plus comme obstacles que les restes des corps de l'archiduc Louis et du général Hiller, et quelques hauteurs comme celle d'Ebersberg, à l'assaut de laquelle 5000 hommes sont inutilement sacrifiés, au moment même où Lannes réussissait à tourner cette position (4 mai). Le 13 mai, après un bombardement de deux jours Napoléon entrait à Vienne. Le prince Eugène avait réparé son échec du début par les victoires de Caldiero et de la Piave sur l'archiduc Jean. C'est de Vienne que l'empereur data le décret du 17 mai, par lequel l'État romain était réuni à l'Empire français; le pape conservera la faculté de résider à Rome, avec un revenu de 2 millions. Dans les considérants, Napoléon allègue que l'influence exercée dans son empire par un prince étranger, contrairement à ses vues, est menaçante pour sa sûreté, et c'est pourquoi il révoque la donation faite à l'évêque de Rome par «-Charlemagne, son illustre prédécesseur ». 

La campagne de 1809 avait bien commencé pour Napoléon; mais elle était loin d'avoir eu les résultats presque foudroyants de la campagne de 1805. Cette fois, les ponts du Danube avaient été coupés au Nord de Vienne. Il fallut franchir ce fleuve en présence de l'archiduc Charles, qui, de Bohème avait passé en Moravie. Napoléon occupe en aval de Vienne la grande île Lobau et essaie vainement, les 21 et 22 mai de déboucher sur la rive gauche. Une crue du fleuve ayant rompu les ponts jetés de la rive droite sur l'île, Lanne et Masséna se trouvèrent isolés, l'un à Aspern, l'autre Essling, et les deux maréchaux durent opérer leur retraite dans l'île Lobau, sous les feux convergent de l'artillerie autrichienne. Lannes fut mortellement blessé. Pendant un mois et demi, l'empereur fortifie l'île Lobau pour éviter toute surprise; il appelle à lui Eugène et Macdonald, d'Italie Marmont, de Dalmatie Charles rallie l'archiduc Jean, battu au Raab par Macdonald (14 juin), et l'archiduc Ferdinand, qui avait pris Varsovie. Mais la fausse attaque sur Aspern et Essling (Masséna) trompa l'archiduc Charles, qui perdit, le 5 juillet la bataille de Wagram. 

Dans le reste de l'Allemagne, les soulèvements partiels et spontanés du duc de Brunswick-Oels, du major Schill, avaient été réprimés. Le maréchal Lefebvre avait eu raison du Tyrol, révolté à la voix de l'aubergiste patriote et mystique, Andreas Hoefer Toutefois, l'armée de l'archiduc Charles se retirait en bon ordre le 6, et était arrivée à Znaïm sans se laisser entamer, lorsque l'empereur d'Autriche prit subitement le pari de demander la paix. Une suspension d'armes est conclue et les Autrichiens se retirent en Bohème. Il est vrai que la Russie avait déclaré, assez tard (3 mai), la guerre à son alliée d'Austerlitz, mais la seule intention d'Alexandre était d'épier la marche des Polonais de Poniatowski, plutôt que de les soutenir contre l'archiduc Ferdinand. L'archiduc Charles, qui pensait pouvoir très bien attirer en Bohème le gros des forces françaises et les user par une guerre de partisans, pendant que Vienne se soulèverait et appellerait les Hongrois au secours de la monarchie, ne l'emporta pas auprès du conseil aulique et déposa le commandement. 

L'empereur des Français sacrifiait les vies humaines à la conquête des territoires; l'empereur d'Autriche aimait mieux perdre du terrain que des soldats. Le 14 octobre fut signé le traité de Vienne. L'Autriche cède à la France Goritz, Montefalcone, Trieste, le cercle de Villach en Carinthie, et tous les pays situés à droite de la Saxe jusqu'à la frontière turque (cette région, avec la Dalmatie, forma les sept provinces illyriennes). Le roi de Bavière reçoit Salzbourg. Le roi de Saxe recouvre entièrement le duché de Varsovie, qui est agrandi de la Galicie occidentale (Cracovie) et du cercle de Zamox dans la Galicie orientale. La Russie gagne, à bon compte, le reste de la Galicie orientale (500 000 âmes environ). François I^er, reconnaît tous les changements survenus « ou à survenir » du fait de Napoléon, en Italie, en Espagne et Portugal. Il adhère au système continental.

A Rome, le décret de réunion avait été promulgué le 10 juin. Le 11, Napoléon fut excommunié. Le pape s'exprime comme un Grégoire VII ou un Innocent III : 

« Que les souverains apprennent encore une fois, porte la bulle, qu'ils sont soumis par la loi de Jésus-Christ à notre trône et à notre commandement. Car nous aussi nous exerçons une souveraineté, et qui est bien plus noble : à moins que l'on ne prétende que l'esprit doit céder à la chair, et les choses du ciel à celles de la terre. »

 « Vous avez appris le bien que je viens de faire au pape. » 

Le bourbier espagnol.
Dans la Péninsule ibérique, la campagne de 1809 avait bien débuté ; toutefois, Wellesley refit son armée, rejeta Soult en Galice, et poussa sur la route de Madrid jusqu'à Talavera de la Reina, ou Joseph Bonaparte lui livra une bataille indécise (17 juillet) : mais Mortier, Victor, Soult, Sébastiani opérèrent des mouvements convergents; Sébastiani fut vainqueur à Almonacid, Soult à Ocaña, et les Anglo-Espagnols regagnèrent le Portugal, où ils se maintinrent (novembre). En 1810, au lieu de les en chasser, tout l'effort de la campagne se porte sur les provinces méditerranéennes et sur l'Andalousie, dont les ressources supérieures, la fertilité relative, le climat attirent et fixent généraux et soldats. Il n'y a pas, il ne pouvait guère y avoir de plan d'ensemble. Soult, major général, agit à sa guise dans la vallée du Guadalquivir, où il aspire à un établissement particulier. Suchet s'est réservé le bassin de l'Ebre. Masséna tient à grand-peine, sous sa main, des lieutenants non moins ambitieux, Ney, Reynier, Junot surtout qui avait commandé en chef. Tous escomptent plus ou moins une parole imprudente que Napoléon avait laissé échapper à Madrid, dans un discours public (15 décembre 1808) :

« Il me serait facile de gouverner l'Espagne, si j'y étais obligé, en y établissant autant de vice-rois qu'il y a de provinces. »

Soult, occupé au siège de Cadix, reçut l'ordre de soutenir Masséna dans une nouvelle offensive contre Wellesley; il se contenta de prendre Badajoz, et Masséna, qui avait emporté Almeïda et Coïmbra, afin de tourner par la vallée du Mondego et par le littoral le bassin inférieur du Tage, ne put forcer les lignes que le général anglais avait établies à loisir au Nord de Lisbonne, à Torres Vedras (octobre 1810  février 1811), se retira par la route qu'il venait de conquérir pied à pied, et fut battu (3 mai) à Fuentes de Oñoro. La campagne de Suchet en Catalogne, où il occupait Lerida, Tortosa, Tarragone, et dans la vallée du Guadalaviar (prise de Valence), ne servait à rien, si pénible et si glorieuse qu'elle fût, pour couper les communications des patriotes de la péninsule avec les Anglais, d'où venaient les armes, les munitions, les subsides et les chefs les plus expérimentés. Cette situation pénible et incertaine, les pertes de plus en plus cruelles des armées napoléoniennes, la gravité, au point de vue de l'opinion catholique, des querelles avec le pape, déterminèrent l'Empereur à chercher, en Europe, une alliance plus voisine et plus sûre que celle de la Russie. (H. Monin).