Les langues nilo-sahariennes présentent une grande hétérogénéité, ce qui rend leur classification complexe. Il existe encore des débats parmi les linguistes quant à la validité même de cette famille et à la manière de la structurer. Certains groupes de langues traditionnellement inclus dans cette famille pourraient appartenir à d'autres familles linguistiques ou constituer des isolats. On distinguera ici plusieurs groupes  principaux :

• Les langues nilotiques. - Ce sous-groupe est parmi les plus connus. On y retrouve les langues parlées par les populations nilotiques, comme les Dinkas, les Nuers et les Luo. Ces langues sont principalement parlées au Soudan du Sud, au Kenya, en Ouganda et en Tanzanie.

• Les langues sahariennes. - Parlées principalement dans le désert du Sahara, ce sous-groupe comrend des langues comme le kanouri (parlé autour du lac Tchad) et le téda.

• Les langues soudaniques centrales. - Elles sont parlées au Tchad, en République centrafricaine, et dans certaines régions du Soudan. Le baguirmi et le sara en sont des exemples.

• Les langues komanes et kunamas. - Ces langues sont principalement parlées dans la région frontalière entre l'Éthiopie et le Soudan.

• Les langues songhaï. -  Surtout utilisées au Niger, au Mali, au Burkina Faso et en partie au Nigeria. On range notamment dans ce groupe le songhaï, le zarma et le koyraboro senni.

Les langues nilotiques
Les langues nilotiques sont principalement parlées en Afrique de l'Est par des populations vivant au Soudan, en Ouganda, au Kenya, en Tanzanie, en Éthiopie et au Soudan du Sud. Elles se divisent en trois groupes principaux : les langues nilotiques orientales, occidentales et méridionales.

• Langues nilotiques orientales. - Principalement parlées dans le nord-ouest du Kenya, le sud de l'Éthiopie et en Ouganda. Exemples : le turkana, le teso, le karimojong.

• Langues nilotiques occidentales. - Parlées au Soudan du Sud, en Ouganda et dans certaines régions du Kenya. Exemples : le luo (parlé au Kenya et en Tanzanie), le dinka, le nuer.

• Langues nilotiques méridionales. -  Parlées principalement dans le centre et le sud du Kenya ainsi qu'en Tanzanie. Exemples : le maasaï, le kalenjin, le samburu.

Les locuteurs des langues nilotiques sont généralement des populations pastorales, comme les Maasaï et les Dinka, qui jouent un rôle important dans la vie sociale et culturelle de l'Afrique de l'Est. Ces langues portent également une grande richesse de traditions orales.

Les langues sahariennes.
Les langues sahariennes sont principalement dans la région du Sahara central, notamment au Tchad, au Niger, en Libye et dans le sud de l'Algérie. Ce groupe linguistique est relativement restreint, mais comprend quelques langues importantes, dont certaines sont menacées. Les langues sahariennes se divisent en deux branches principales :

• Langues de l'Est.

+ Le kanouri. - C'est la plus importante des langues sahariennes en termes de nombre de locuteurs. Le kanouri est principalement parlé autour du lac Tchad, au Nigeria, au Niger, au Tchad et au Cameroun. Il existe plusieurs dialectes, dont le kanouri central et le manga kanouri.

+ Le kanembou. - Parlé principalement au Tchad, le kanembou est proche du kanouri et historiquement associé à l'empire du Kanem-Bornou.

• Langues de l'Ouest.

+ Le tedaga et le dazaga ( = toubou) . - Ces langues sont parlées par les Toubous, principalement au nord du Tchad, au sud de la Libye, au Niger et dans des zones frontalières de l'Algérie. Les Toubous sont un groupe nomade, ce qui explique la répartition géographique de ces langues.

Les peuples sahariens, tels que les Kanouri et les Toubous, ont une riche histoire, marquée par des civilisations anciennes comme l'empire du Kanem-Bornou. Les langues sahariennes sont liées à cette histoire et reflètent l'interaction entre les cultures subsahariennes et nord-africaines. Le kanouri, par exemple, a joué un rôle majeur comme langue de commerce et d'administration dans la région. Aujourd'hui, ces langues font face à l'influence croissante des langues majeures comme l'arabe et le français, ainsi que la marginalisation socio-économique des popuations sahariennes. Cela a entraîné une diminution du nombre de locuteurs dans certaines régions, rendant certaines de ces langues vulnérables à l'extinction.

Les langues soudaniques centrales.
Les langues soudaniques centrales sont principalement parlées en Afrique centrale, notamment en République centrafricaine, au Soudan du Sud, au Tchad, et dans certaines régions de la République démocratique du Congo. Ce groupe linguistique est très diversifié et comprend un grand nombre de langues, généralement parlées par des populations relativement petites. On distingue deux branches principales :

• Groupe sara-bongo-baguirmi. - C'est l'un des sous-groupes les plus importants. Il comprend plusieurs langues parlées dans le sud du Tchad, le nord de la République centrafricaine et les régions avoisinantes. Ex. : Le sara (avec plusieurs dialectes comme le ngambay, le madjingay, etc.), le bongo, le baguirmi, le mbay.

• Groupe kresh-ndu. - Ce groupe est principalement parlé au Soudan du Sud et dans les régions limitrophes. Ex. : Le kresh, le ndogo, le golo, le bai.

Les locuteurs des langues soudaniques centrales sont majoritairement des populations agricoles vivant dans des zones rurales. Ces langues véhiculent une riche tradition orale, incluant des récits, des chants, et des systèmes de croyances ancestrales. Certaines de ces langues, comme le sara ngambay au Tchad, sont relativement bien établies et parlées par de larges populations. Toutefois, beaucoup d'autres sont menacées en raison de la migration, de l'urbanisation et de l'influence croissante des langues dominantes telles que le français, l'arabe ou d'autres langues nationales. La marginalisation socio-économique des locuteurs, l'absence de reconnaissance officielle et le manque de ressources pour l'éducation dans ces langues compromettent leur survie. 

Les langues songhaï.
Les langues songhaï sont parlées principalement en Afrique de l'Ouest, autour du fleuve Niger. Elles sont surtout utilisées au Niger, au Mali, au Burkina Faso et en partie au Nigeria. Parmi les langues songhaï les plus connues, on trouve :

• Le songhaï - C'est la langue principale du groupe. Elle est parlée principalement dans la région de Gao au Mali et dans le nord du Niger. Elle a plusieurs dialectes, dont le dialecte de Gao et le dialecte de Niamey.

• Le koyraboro senni - Parlée au Mali, au sud de la région de Gao, cette langue est aussi connue sous le nom de songhaï du Sud.

• Le zarma (ou djerma) - Parlé principalement au Niger, notamment autour de Niamey, le zarma est l'une des principales langues utilisées dans la région.

Les langues komanes et kunamas.
Les langues komanes et kunamas sont principalement parlées dans des régions situées dans l'est de l'Afrique et ont des caractéristiques spécifiques qui les distinguent sensiblement des autres langues nilo-sahariennes. Elle sont généralement décrites comme étant assez isolées, avec peu de relations claires avec d'autres langues nilo-sahariennes.

• Les langues komanes ( = koman). - Ces langues sont principalement parlées dans la région qui borde le sud du Soudan et le nord du Soudan du Sud, ainsi que dans certaines parties de l'Éthiopie. Elles utilisent la tonalité pour différencier le sens des mots, ce qui est une caractéristique commune dans les langues nilo-sahariennes. Elles présentent des systèmes de classes nominales et des structures verbales complexes. Ex. : le Komo, parlé principalement dans la région de la vallée du Nil au Soudan; le Koma, une autre langue importante dans cette branche, parlée au Soudan du Sud et en Éthiopie. 

• Les langues kunamas. - Ces langues sont principalement parlées dans la région du Soudan du Sud et le nord-est du Tchad. Comme beaucoup de langues nilo-sahariennes, les langues kunamas utilisent des tons pour distinguer les significations. Elles présentent des structures grammaticales assez complexes avec des systèmes de classes nominales et des formes verbales riches. Exemples : le kunama, parlé principalement dans le sud de l'Érythrée et au nord-ouest du Tchad et qui est la langue la plus connue de ce groupe; le Kreda, arlé principalement dans certaines régions du Soudan du Sud et au nord du Soudan.