Vers le IV^e siècle av. JC, les Nabatéens, un peuple arabe, établissent un royaume centré autour de Pétra, une ville remarquable pour son architecture taillée dans la roche. Les Nabatéens prospèrent grâce au commerce des épices et des parfums.
Empire Romain et Byzantin. En 106 ap. JC, les Romains annexent le royaume nabatéen et l'incorporent dans la province d'Arabie Pétrée. Après la division de l'Empire romain, la région devient une partie de l'Empire byzantin. Plusieurs villes jordaniennes actuelles, comme Jérash (anciennement Gérasa), prospèrent durant cette période.

Avec l'expansion de l'Islam au VII^e siècle, la région est conquise par les Arabes musulmans sous le califat orthodoxe de Médine, puis des Omeyyades. Sous les Omeyyades (661-750), la région voit la construction de nombreux palais et bâtiments, dont le célèbre château du désert de Qusair Amra. La dynastie abbasside prend le contrôle en 750, mais le pouvoir central se déplace progressivement vers Bagdad. La région passe ensuite sous la domination des Fatimides, des Croisés, des Ayyoubides et finalement des Mamelouks, qui contrôlent la région jusqu'à l'arrivée des Ottomans.

La Jordanie fait partie de l'Empire ottoman à partir de 1516. La région est divisée en plusieurs sandjaks (districts administratifs). Durant la majeure partie de la période ottomane, la région est relativement périphérique et sous-développée, avec une population majoritairement bédouine. Durant la Première Guerre mondiale, la Révolte arabe, encouragée par les Britanniques et dirigée par le chérif Hussein de La Mecque, éclate contre les Ottomans. Le fils de Hussein, l'émir Fayçal, joue un rôle clé dans la révolte. Après la guerre, le Traité de Sèvres et le Traité de Lausanne redéfinissent les frontières du Moyen-Orient. La Société des Nations confie à la Grande-Bretagne un mandat sur la Palestine et la Transjordanie. En 1921, la Grande-Bretagne délimite de la Palestine une région semi-autonome,  l'Émirat de Transjordanie, et  nomme Abdallah I^er de la famille hachémite comme premier dirigeant du pays. Les Hachémites ont également contrôlé le Hidjaz, ou la zone côtière occidentale de l'Arabie saoudite actuelle, jusqu'en 1925, date à laquelle ils ont été chassés par Ibn Saoud et les tribus wahhabites.

En 1928, la Grande-Bretagne reconnaît l'indépendance partielle de la Transjordanie sous l'émirat d'Abdallah, bien que la sécurité et les affaires étrangères restent sous contrôle britannique. Finalement, le 22 mars 1946, le Royaume-Uni signe le Traité anglo-jordanien, reconnaissant l'indépendance complète de la Transjordanie. Abdallah devient roi et le pays prend le nom de Royaume hachémite de Transjordanie. En 1948, après la fin du mandat britannique en Palestine et la première guerre israélo-arabe, le pays sera renommé Royaume hachémite de Jordanie. 

En 1949, les forces jordaniennes occupent la Cisjordanie, dont Jérusalem-Est. Le roi Abdallah I^er annexe la Cisjordanie en 1950, une décision reconnue uniquement par le Royaume-Uni et le Pakistan. En 1951, le roi Abdallah I^er est assassiné à Jérusalem. Son fils, le roi Talal, lui succède, mais en raison de sa santé mentale fragile, il abdique en 1952 en faveur de son fils Hussein. Le roi Hussein monte sur le trône en 1952 à l'âge de 17 ans. Son règne marque une période de stabilité relative, bien qu'il soit ponctué de crises. En 1967, durant la Guerre des Six Jours, Israël conquiert la Cisjordanie et Jérusalem-Est, infligeant une lourde défaite aux forces jordaniennes. Cette perte est un coup dur pour la Jordanie et entraîne un afflux massif de réfugiés palestiniens. En septembre 1970, des tensions éclatent entre le gouvernement jordanien et les factions palestiniennes, notamment l'OLP. Cette période, connue sous le nom de Septembre Noir, aboutit à des combats violents et à l'expulsion des forces de l'OLP vers le Liban.

La Jordanie participe à la guerre du Kippour de 1973 aux côtés des autres pays arabes, bien que de manière limitée. Après cette guerre, la Jordanie se concentre davantage sur le développement intérieur et la consolidation du régime. En 1988, le roi Hussein renonce défiitivement aux revendications jordaniennes sur la Cisjordanie. Après qu'Israël et l'Organisation de libération de la Palestine (OLP) aient signé les accords d'Oslo en 1993, la Jordanie signe, le 26 octobre 1994, un traité de paix avec Israël, devenant le deuxième pays arabe, après l'Égypte, à le faire. Ce traité normalise les relations bilatérales et ouvre la voie à des collaborations économiques et sécuritaires. 

Après la mort du roi Hussein en 1999, son fils Abdallah II lui succède. Le roi Abdallah II met en oeuvre plusieurs réformes politiques et économiques pour moderniser le pays et attirer les investissements étrangers. Ces réformes sont parfois accueillies par des mouvements de protestation, notamment lors du Printemps arabe en 2011, mais le régime parvient à maintenir la stabilité.

Les rois jordaniens continuent de revendiquer la garde des sites religieux musulmans de Jérusalem en vertu de leur héritage hachémite et en tant que descendants du prophète Mahomet, en vertu aussi d'accords avec Israël et les dirigeants religieux et palestiniens basés à Jérusalem. Israël a autorisé le Waqf (organisme islamique jordanien),  à gérer les affaires de l'enceinte religieuse d'Al Haram ash Sharif (Mont du Temple), et le traité de paix entre la Jordanie et Israël a réaffirmé le « rôle spécial» de la Jordanie dans l'administration des sites musulmans de Jérusalem.