L'Egypte avait souffert des dernières guerres : El- Mouïzz et son successeur El-Azîz réussirent à lui rendre la prospérité d'autrefois. A partir de cette époque, les Fâtimides soutinrent avec avantage la lutte spirituelle engagée de longue date avec les califes orthodoxes de Bagdad. Leur profession de foi, prononcée du haut des chaires dans toutes les mosquées de l'Afrique, de la Syrie et de l'Arabie, gravée sur leurs monnaies; brodée sur leurs étendards blancs, fut :

 Il n'y a d'autre dieu qu'Allâh, Mohammed (Mahomet) est l'envoyé d'Allâh, Alî le chéri d'Allâh! 

En 1068, la dynastie des Zeïrites, qui gouvernait l'Afrique fâtimide depuis 972, s'était déclarée indépendante. La Syrie allait bientôt se morceler à la suite des invasions franques. Châhinchâh el-Afdal, fils et successeur de Bedr au vizirat, eut en effet à guerroyer contre les Ortoqides et les Francs de la première croisade qui lui prirent Jérusalem (1099). Les progrès des chrétiens en Syrie et en Mésopotamie furent d'ailleurs singulièrement favorisés par la rivalité entre les différents princes seldjoukides et par le schisme qui divisait Abbâsides et Fâtimides. Quant à l'Egypte, défendue qu'elle était par ses déserts de l'Est, elle resta pour le moment en dehors de la lutte. Ce ne fut qu'en 1117, sous le calife El-Amir, que Baudouin I^er fit à l'improviste une pointe sur Faramâ, qu'il mit à feu et à sang. Mais la mort le surprit près d'El Arich et l'Égypte fut pour cette fois épargnée. Après El-Amir, poignardé en 1130 par un émissaire du Vieux de la Montagne (le chef des Ismaéliens) qui commençait à faire trembler les monarques de l'Orient, la décadence des Fâtimides s'accentue d'année en année. Les quatre derniers califes (1130-1171), réduits à la nullité, renfermés dans le harem où ils se livrent à de petites intrigues entre leurs femmes et leurs mignons, abandonnent toute l'autorité à leurs vizirs, qui s'arrogent, du reste, avec la plénitude du pouvoir, le titre de malik, roi. Ces ministres-rois ont pour noms : Roudwân, Ibn Sallâr, Abbâs qui tue le calife Ez-Zâfir pour venger son fils du déshonneur, Talaï, son fils Rouzzik, Châwar, Dirgham, Chirkoûh, enfin Salâh ed-Dîn (Saladin). En cette dernière période, l'Égypte est ensanglantée par les discordes de ces émirs turbulents et ambitieux qui se disputent le gouvernement, mais ne savent ni conserver Ascalon, prise par les croisés, ni empêcher les Normands de Sicile de brûler Tinnis et de menacer Alexandrie (1153). En 1163, sous El-Adhid, dernier prince de cette dynastie moribonde, Châwar, supplanté par Dirgham, sollicita le concours de l'atâbek de Syrie, Noûr ed-Dîn, fils de Zenguî. Celui-ci, heureux de pouvoir s'immiscer dans les affaires d'Égypte, envoya une armée commandée par Chirkoûh ibn Châdî, un des principaux émirs de sa cour, qui emmena avec lui son neveu Yoûsouf Salâh ed-Din ibn Ayyoûb. 

Saladin marchait sans le savoir à la conquête d'un trône. Mais bientôt Châwar, rétabli par les armes des Syriens, se brouilla avec ses protecteurs. Pour s'en mieux débarrasser, il appela à son aide Amaury, roi de Jérusalem, qui avait autant d'intérêt que l'atâbek à s'emparer de l'Égypte. Aussi ce pays devint-il, de 1164 à 1169, le théâtre d'une guerre acharnée. Amaury, après avoir ravagé le Delta, fut bien vite aux portes du Caire, qu'il espérait prendre et  piller, pour se le faire racheter ensuite à prix d'or. Ce fut le tour du calife de réclamer l'aide de Chîrkoûh contre son vizir et contre les Francs. Ceux-ci sont battus et chassés d'Égypte, Châwar est assassiné et le généralissime de Noûr ed-Dîn est mis à sa place. Mais il meurt peu de mois après (1169), léguant son pouvoir à son neveu Saladin, qui relègue El-Adhid au fond de son harem, proclame sa déchéance et substitue à son nom, dans la khotba, celui du calife abbâside. Sur ces entrefaites, El-Adhid, malade depuis longtemps, meurt (1171) se croyant toujours calife; Saladin ne lui donne pas de successeur, mais gouverne au nom de l'atâbek de Syrie. Ainsi s'éteignit, entre les mains d'un soldat kurde, cette dynastie fâtimide qu'un sectaire ambitieux avait fondée deux siècles et demi auparavant. (Paul Ravaisse).