Saladin avait pris le pouvoir. Toutefois, ce ne fut pas sans une vive opposition que le nouveau régime fut accepté par les populations indigènes sincèrement attachées à la secte d'Alî (Chiites). Le parti dynastique comptait de nombreux défenseurs, et en 1173, une formidable conspiration éclata pour chasser Saladin et rétablir le califat en la personne de l'imâm El-Mostasim, cousin d'El-Adlhid. Conduite par le poète Ourâra, cette conspiration réunissait les Francs, les Assassins (Ismaéliens), les Noirs de la Haute-Égypte et tous les partisans des Fâtimides. Les Francs furent battus et chassés (Les Croisades); la conspiration formée au Caire fut étouffée; quant aux Ismaéliens, ils avaient tenté deux fois d'assassiner Saladin; celui-ci ne pouvant les atteindre jugera meilleur de s'allier avec leur chef Sinân (1177). Dès lors, la réaction fut réduite à l'impuissance, et Saladin s'appliqua par tous les moyens possibles à déraciner dans le pays les principes du chiisme : c'est ainsi qu'il détruisit les anciennes académies fâtimides pour les remplacer par des collèges selon le rite orthodoxe de l'imam Châfy. Dans le même temps, l'atâbek Noûr ed-Dîn, qui commençait à prendre ombrage de la trop grande puissance de son lieutenant, meurt (1174). Sous prétexte de sauvegarder les intérêts de son héritier au trône, Saladin occupe la Syrie militairement, puis, levant le masque, il se déclare indépendant tant en Égypte qu'en Syrie après avoir battu et chassé le fils de Noûr ed-Dîn et tous ses compétiteurs (1176). Les croisés deviennent alors ses ennemis directs et personnels. Ils ne lui laissent pas le loisir d'administrer par lui-même l'Egypte où il ne fait que deux courtes apparitions. Saladin en confie le gouvernement à son lieutenant, le légendaire Bahâ ed-Dîn Qarâqoûch (= l'Oiseau-Noir), qui s'acquitte de sa tache avec fidélité et intelligence, réglant les impôts, rétablissant les canaux d'inondation, les digues et les chemins, entourant Le Caire d'une nouvelle enceinte et commençant la construction du château de la Montagne où les maîtres de l'Egypte habiteront jusqu'au milieu du XIX^e siècle.

Saladin, fondateur de la dynastie ayyoûbite.

La révolution opérée par Saladin avait eu une portée immense : elle avait aggravé la situation des colonies chrétiennes en Orient et fait cesser, au point de vue politique, le grand schisme qui partageait l'Islam : il n'y aura plus désormais qu'un chef spirituel, qui sera sunnite, c.-à-d. orthodoxe. A la mort de Saladin (1193), ses fils, frères, oncles, neveux et cousins, toute la descendance d'Ayyoûb, en un mot, s'apprêtèrent à se partager son vaste empire. L'Égypte échut à son fils El-Malik el-Azîz (1193-98). Mais bientôt, d'alliées qu'elles étaient, les différentes branches de la famille ayyoûbite devinrent ennemies. El-Adil, frère de Saladin et prince de Karak, s'empara de la sultanie du Caire (1200) et réunit bientôt sous sa domination les apanages de ses neveux. Cet homme énergique et audacieux tint en échec les chrétiens des quatrième, cinquième et sixième croisades qui comptaient sur la division des Ayyoûbites. Son fils El-Kâmil (1218-38) ne put empêcher les Francs de remonter le Nil et de s'ouvrir, après un combat à El-Mansoûra, le chemin du Caire. Vainement il proposa un arrangement aux chefs croisés. Enfin, il reçut du renfort des princes syriens de sa famille. Un mouvement tournant, opéré par les musulmans qui rompirent les digues des canaux et livrèrent l'armée chrétienne an fléau de l'inondation, obligea les croisés à implorer la paix et à rendre Damiette sans compensation : l'Egypte fut évacuée (1221).

En 1240, Es-Sâlih, fils d'El-Kâmil, tua El-Adil Il, son propre frère, et usurpa le pouvoir. Son règne, comme celui de ses prédécesseurs, offrit le triste spectacle de luttes fratricides, mêlées an duel engagé depuis cent cinquante ans entre musulmans et chrétiens. Pour la septième fois, l'Europe chrétienne vint fondre en armes sur l'islam. A la tête de cette croisade marchaient saint Louis et la fine fleur la chevalerie française. Tout d'abord Damiette, clef de d'Egypte, est prise. L'armée sarrasine vient prendre position devant El-Mansoûra, lorsque Es-Sâlih succombe à une maladie; il venait de créer, pour la ruine de sa dynastie, la garde prétorienne (halqa) des Mamloûks (Mamelouks), esclaves turcs achetés à prix d'argent. Sa mort est tenue secrète jusqu'après l'arrivée de son fils El-Moazzam Toûrân Châh qui guerroie en Syrie. Le 6 avril 1250, un combat meurtrier est livré devant El-Mansoûra que les Francs mettent à sac. Mais la marche en avant de l'ennemi est arrêtée par les Mamelouks qui coupent ses communications avec Damiette. Poursuivis, harcelés, décimés, les Francs battent en retraite sur Fâriskoûr où Saint Louis, après une lutte héroïque, est capturé avec les princes et les barons de France survivants. 

Le 4 mai, Toûran Châh, qui s'était vite aliéné l'esprit de ses troupes par des rigueurs intempestives, meurt sous les yeux des prisonniers francs, assassiné par Baïbars el-Boundoukdâri, l'un des principaux émirs mamelouks. L'Égypte, ou plutôt les Mamelouks, n'avait plus de maître : Chadjarat ed-Dourr, mère du sultan massacré, se chargea de leur en donner un : elle se fit proclamer reine, événement unique dans les fastes musulmans, et choisit pour atâbek (= tuteur) Izz ed-Dîn Aïbek, comme elle Turc de naissance et ancien esclave, qui était son amant et qu'elle épousa. Mais bientôt le parti des Mamelouks conservateurs força le nouveau sultan à s'associer au pouvoir un descendant de Saladin, le jeune  El-Achraf Moûsâ, arrière-petit-fils da sultan El-Kâmil avec qui prit fin, quatre ans après (1254), la glorieuse dynastie des Ayyoûbites d'Égypte. Dans L'intervalle, saint Louis s'était retiré en Syrie avec ses troupes après avoir rendu Damiette pour sa rançon et pavé six millions pour celle des prisonniers chrétiens ( Les Croisades). (Paul Ravaisse).