Les effets d'El Niño varient selon les régions du monde, mais en général, il peut provoquer des sécheresses, des précipitations abondantes et des tempêtes plus intenses. Par exemple, pendant un épisode El Niño, certaines régions du Pacifique tropical et de l'Amérique du Sud peuvent connaître des pluies excessives, tandis que certaines parties de l'Asie et de l'Afrique peuvent subir des sécheresses sévères.

Le nom El Niño (en espagnol = L'Enfant [Jésus]) a été donné à ce phénomène car il tend à commencer vers la fin décembre, c'est-à-dire autour des fêtes chrétiennes de Noël.

Ajoutons qu'il existe également un phénomène opposé au Niño (auquel on a donné le nom de appelé La Niña), qui se caractérise par des températures de surface de la mer plus froides que la normale dans la région centrale et orientale de l'océan Pacifique équatorial deviennent plus froides que la normale. Comme dans le cas du Niño, cela a des répercussions sur les schémas de circulation atmosphérique et les régimes de précipitations à travers le monde. Parmi les effets typiques de La Niña, on observe des pluies abondantes dans certaines parties de l'Asie et de l'Australie, des sécheresses en Amérique du Sud et des variations climatiques régionales.

El Niño et la Niña se manifestent en alternance et sont séparés par une  phase neutre, pendant laquelle, les températures de surface de la mer sont proches de leur moyenne à long terme dans l'océan Pacifique équatorial, sans tendance significative vers El Niño ou La Niña. Cependant, même pendant la phase neutre, des variations climatiques locales peuvent encore se produire en raison d'autres facteurs.

L'ensemble de ces phénomènes, qui affectent en premier lieu l'océan Pacifique, forme ce qu'on appelle l'ENSO (El Niño- oscillation australe), qui, comme on le voit, se caractérise par des variations périodiques des températures de surface de la mer, des courants océaniques et des schémas climatiques à l'échelle mondiale.