Le Niger est la grande artère qui recueille les eaux du Soudan occidental. Il a une certaine ressemblance avec le Nil. Comme lui, il coule successivement sous plusieurs zones climatiques, et relie par son cours des pays d'aspect très différent. Seulement, au lieu de traverser le désert de part en part, le Niger ne fait que décrire une courbe à travers la partie méridionale, et après être rentré dans la région soudaienne, il finit par aboutir à un point bien plus méridional que ses sources, dans une région qui, par son climat et sa végétation, fait déjà partie de l'Afrique équatoriale.
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Carte du fleuve Niger et des régions avoisinantes.

Le fleuve prend sa source en Guinée, non loin de Faranah, dans le pays de Soulimana, coule au Nord-Est, traverse, le pays des Mandingues, baigne Ségou, Mopti, Tombouctou, descend ensuite brusquement au Sud, arrose diverses régions, telles que le Borgou, le Yarriba, le Kakanda, le Benin, et se jette dans l'Atlantique par plusieurs branches qui forment un vaste delta et dont les principales sont au Nord-Est l'Ouère, au centre la rivière de Noun ou Niger proprement dit, au Sud-Est la rivière de Bonny et le Nouveau Calabar. 

Le cours de ce fleuve a été longtemps mal connu. Les Anciens paraissent en avoir soupçonné l'existence : ils lui donnaient le nom de Niger; les Arabes, qui le connaissaient en partie, le nommaient le « Nil des Nègres ». Les Modernes crurent longtemps que ce fleuve allait se perdre dans le lac Tchad; d'autres s'imaginaient qu'il se réunissait au Nil; les découvertes de Mungo Park, de Clapperton, de Caillié, de Barth et d'autres, ont fini par apprendre son véritable cours, et ont confirmé l'hypothèse de Reichard, qui dès 1803 proclamait l'identité du Niger et du fleuve de Guinée. 

Le cours du Niger

Cours supérieur du Niger. 
Le cours supérieur du Niger s'étend de sa source à Koulikoro, - en aval de Bamako. Le Niger, connu dans ces pays sous le nom de Diolibâ, prend sa source presque sous le parallèle de Freetown dans la chaîne du Loma; c'est là, au milieu de croupes de 1100 à 1400 mètres, que Zweifel et Moustier ont vu en 1879, pour la première fois, le ruisseau qui deviendra le Niger. Il coule d'abord vers le nord pendant 140 kilomètres, puis descend rapidement le versant nord-est du plateau en recevant chemin faisant de nombreux affluents, entre autres le Tankisso, rivière considérable venant du Fouta Djalon. Le Diolibâ continue à descendre en longeant de très près la base des collines qui le séparent du fleuve Sénégal; il reçoit à droite divers affluents, et suit désormais cette direction nord-est qu'il conservera jusqu'à Tombouctou. 

Toute cette partie de son cours est extrêmement rapide. A Siguiri, 430 kilomètres de la source, un peu avant d'entrer au Mali, il est déjà descendu de 510 mètres et n'est plus qu'à 540 mètres au-dessus de la mer. Il descend encore 30 mètres de Siguiri à Bamako par une série de rapides; enfin, entre Bamako et Koulikoro, c'est la fin de son cours de montagne et c'est là que commence la partie navigable du Niger.

Cours moyen du Niger. 
Cette partie du cours du Niger va de Koulikoro à Kabara, port de Tombouctou. Le Niger coulant dans un pays presque absolument plat - il n'est plus qu'à environ 250 mètres au-dessus de la mer - s'étale en larges nappes ou se ramifie comme le Nil dans la région du Sudd en d'innombrables marigots. Ses deux bras principaux forment en aval de Sansandig une Mésopotamie longue de 200 kilomètres et coupée d'innombrables canaux; un des marécages, le Déboé, devient en temps de crue un véritable lac, dont les bateaux ont à craindre les tempêtes. Le Niger reçoit dans cette partie de son cours un affluent aussi considérable que lui-même, le Bani formé par les eaux du Baoulé et du Bagoé. Ce Bani se ramifie lui-même en cinquante bras différents autour de Djenné, avant de rejoindre le Niger.
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Le fleuve Niger au Mali, vu depuis l'espace. Cette image en fausses couleurs montre le confluent du Bani et du Niger au Mali, qui forme un vaste delta intérieur, le Macina, de la taille de la Belgique et composé de cours étroits et tortueux, des lagunes et de  petites îles (dont certains sont visibles ici). En raison de l'évaporation et de l'infiltration de l'eau, le fleuve perd sur son cours les deux tiers de son écoulement potentiel. Source : Nasa.

Jusqu'en aval de Tombouctou le Niger continue à n'être qu'un labyrinthe d'îles et de marigots, bras du fleuve pendant la crue, lacs d'eau stagnante et malsaine pendant le resté de l'année. Mais alors le fleuve change à la fois de physionomie et de direction. La végétation, qui s'est faite de plus en plus pauvre, a maintenant le caractère des steppes, et la verdure tropicale est bornée aux bas-fonds périodiquement inondés par le fleuve. En même temps le Niger se heurte aux plateaux du Sahara et ces terrasses, bien que très peu prononcées, le font dévier vers l'est. A Bamba, à 260 kilomètres de Tombouctou, il s'engage même dans ces plateaux, qu'il traverse par une série de gorges où le fleuve écume entre des parois à pic et des écueils. Au passage de Tossaï il n'a que 90 mètres de large, mais il est d'autant plus profond. Le pays à droite et à gauche appartient au désert. Mais le Niger, arrêté par un plateau plus compact et plus élevé, le Kidal (Adrar des Iforas), se replie dans le district de Bourroum vers le sud-est par une nouvelle série de gorges et de rapides - que Mungo Park put franchir néanmoins - et rentre ainsi peu à peu dans la région soudanienne. En aval de Gao la végétation reparaît sur ses rives. Peu après, à Labbezanga, le fleuve quitte le Mali pour le Niger, arrose Niamey, puis,  juste avant le confluent avec le Mekrou qui lui vient de la gauche,  il longe quelque temps la frontière entre le Niger et le Bénin.

Jusque là, et tout ce long parcours, le Niger, comme le Nil en aval de Khartoum, était dépourvu d'affluent, car on ne peut compter comme tels les oueds Terarart, Tafassasset, etc., coulées à sec qui viennent du désert. Un peu en Amont de Lollo, le Niger entre au Nigéria. A Gomba, il reçoit de nouveau une rivière véritable, le Goulbi, Kebbi ou fleuve de Sokoto. C'est ce cours d'eau, prolongé en droite ligne vers le Tchad par le Komadougou Yoobé, dont il n'est séparé que par un seuil imperceptible, qui avait fait naître dans l'imagination des géographes arabes la légende d'un Niger allant d'ouest en est rejoindre le Tchad, et de là le Nil. En tout cas c'est dans cette dépression qu'est passée de longue date la grande route commerciale du Tchad au Niger. Le Goulbi de Sokoto, comme le Yoobé, subit l'influence de la longue saison sèche : son lit ne renferme plus que des mares quand reviennent les pluies. Le Niger reçoit d'autres cours d'eau encore du pays des Mossi et du Boussa. 

Quoique à une très faible altitude, le Niger n'en a pas encore fini avec les rapides; il est obligé de se frayer un passage à travers les collines qui couvrent cette partie très accidentée du Yaouri et du Noupé. Un de ces rapides, celui de Boussa, formait autrefois une chute infranchissable; c'est là que, selon toute apparence, l'intrépide Mungo Park fit naufrage et trouva la mort en 1806, après avoir descendu les deux tiers du Niger. Ces rapides (et la ville de Boussa elle-même) ont disparu depuis la construction, en1968, du barrage de Kainji qui a créé un premier lac (le réservoir de Kainji) sur le grand fleuve; peu après, une autre barrage, à Jebba, forme un second lac. Cependant, entre Rabba et Eggan le fleuve franchit encore de derniers rapides, et bien qu'il coule encore quelque temps entre des falaises d'une centaine de mètres, il est désormais navigable jusqu'à la mer.

Cours inférieur du Niger. 
Au point où commence la partie maritime de son cours, le Niger n'est plus qu'à 136 mètres d'altitude, et il a encore 750 kilomètres à parcourir jusqu'à la mer. C'est alors une nappe majestueuse, profonde en toute saison d'une vingtaine de mètres, d'une trentaine après les crues.

Il reçoit à Lokodja (Lokoja) son grand affluent, la Bénoué, qui l'égale par la masse des eaux et le dépasse par l'importance commerciale. ortie des monts de l'Amadaoua à une altitude d'environ 300 mètres seulement, grossie immédiatement par le Mayo Kebbi, déversoir des marais de Toubouri, la Bénoué devient dès Yola un grand fleuve et coule d'est en ouest sur plus de 1000 kilomètres à travers une région déjà presque équatoriale par l'abondance des pluies. A Yola, à 1000 kilomètres du confluent, elle n'est déjà plus qu'à 200 mètres d'altitude, et son courant a 800 à 1000 mètres de largeur. Aussi, malgré les écueils et les bancs de sable, les bateaux de faible tirant d'eau peuvent-ils remonter jusqu'à Yola même, pendant les hautes eaux d'août et de septembre. La Bénoué permet donc de pénétrer plus loin dans l'intérieur que le Niger lui-même.

Le Niger en aval de Lokodja a quitté le Soudan proprement dit, et ses rives sont désormais celles d'un fleuve de l'Afrique équatoriale. A la végétation soudanienne a succédé la forêt pluviale, avec ses fourrés impénétrables et son humidité étouffante.

4° Delta.
A 200 kilomètres de la côte commence le delta, immense agglomération de boues semi-liquides, coupées de milliers de canaux, couvertes à l'intérieur par la forêt vierge, et sur le pourtour par les fourrés de mangliers qu'on rencontre partout au point de rencontre de l'eau salée et de l'eau douce dans les contrées équatoriales. Le delta du Niger couvre environ 25 000 kilomètres carrés. On compte dans ce dédale une douzaine de bouches principales; les plus importantes sont, à partir de l'ouest la rivière de Benin (ancien rio Formoso), profond de 5 mètres à marée basse, mais d'entrée difficile; le rio Forcados, plus accessible ; la rivière d'Akassa ou de Noun, actuellement la plus importante et suivie par des navires de 4 mètres de tirant d'eau; la rivière Brass, d'accès facile, enfin les entrées de New-Calabar et de Bonny.  (A19).