Les strobiles portent les organes reproducteurs, les gamétophytes mâles (cônes mâles) ou les ovules (cônes femelles), qui sont responsables de la production des gamètes (cellules reproductrices) pour la reproduction sexuée. Les cônes mâles contiennent les organes reproducteurs mâles appelés microsporophylles, qui portent les sacs polliniques (microsporangies) contenant les grains de pollen. Les cônes femelles  contiennent les organes reproducteurs femelles appelés mégasporophylles, qui portent les ovules (mégasporanges) où se forment les gamètes femelles.

Lors de la pollinisation, le pollen est transporté des cônes mâles vers les cônes femelles, où il féconde les ovules. Après la fécondation, les ovules se développent en graines à l'intérieur des cônes femelles. Une fois que les graines sont matures, les écailles des cônes femelles s'écartent et libèrent les graines, qui sont souvent dotées d'ailes ou d'autres adaptations pour faciliter leur dispersion par le vent.