Les individus homozygotes pour un allèle donné auront donc le même génotype pour ce gène particulier. Cela signifie que les deux allèles présents dans leurs cellules sont identiques, ce qui entraîne souvent une expression phénotypique spécifique pour ce gène. Par exemple, dans le cas du gène pour la couleur des fleurs chez les pois selon les expériences de Gregor Mendel, les pois à fleurs blanches sont homozygotes pour l'allèle récessif (aa), tandis que les pois à fleurs violettes peuvent être homozygotes dominants (AA) ou hétérozygotes (Aa), car l'allèle dominant masque l'effet de l'allèle récessif.