Les estuaires forment des écosystèmes complexes et dynamiques, caractérisés par des gradients salins et des variations hydrologiques saisonnières. Ces milieux, parfois qualifiés de « poumons » ou de « reins » de la planète en raison de leur rôle dans la filtration des polluants et la régulation des nutriments, abritent une biodiversité exceptionnelle grâce à la combinaison de habitats variés : marais salants, mangroves, prairies d'herbiers, bancs de sable et zones humides. Ces habitats hétérogènes offrent des niches écologiques uniques, supportant des communautés d'espèces adaptées aux conditions fluctuantes de salinité, de température et de disponibilité en lumière. 

Les plantes halophiles, comme les roseaux ou les mangroves, ancrent les sols, réduisent l'érosion et créent des refuges pour la faune. Les estuaires constituent des zones de reproduction et de croissance pour de nombreux poissons, crustacés et mollusques marins, qui trouvent dans ces eaux protégées et riches en nutriments un environnement idéal pour leurs juvéniles. Ils accueillent également des oiseaux migrateurs en quête de nourriture ou de sites de nidification, et contribuent à des réseaux écologiques transfrontaliers. 

Leur productivité biologique élevée, liée à l'apport de matières organiques terrestres et à la richesse en éléments nutritifs (azote, phosphore), favorise une chaîne alimentaire dense, de la microfaune benthique aux grands prédateurs. Cependant, ces écosystèmes sont vulnérables aux pressions humaines : rejets polluants, surexploitation halieutique, artificialisation des berges et changements climatiques, menaçant leur résilience et leur capacité à fournir des services essentiels, comme la protection contre les inondations ou la régulation du carbone. Leur préservation repose sur une gestion intégrée, associant conservation de la biodiversité, restauration des habitats et gestion durable des ressources.

J. Hussenot - V. Buchet, Les estuaires français, évolution naturelle et artificielle, Ifremer, 2004.