En face des protestants, qui s'associaient et s'organisaient contre les catholiques, ceux-ci avaient de bonne heure formé des unions locales pour résister aux entreprises des hérétiques. En 1563 à Toulouse, à Angers en  1565, à Dijon en 1567, à Bourges et à Troyes en 1568 s'étaient créées des ligues catholiques. Ces premières ligues ont seulement un but religieux. Elles sont généralement composées de bourgeois dévoués à la royauté et sincèrement émus des dangers auxquels est exposé le catholicisme. A partir de 1576 la noblesse se met à la tête du mouvement. A cette date, le maréchal d'Humières, gouverneur de Péronne, Roye et Montdidier, organise en Picardie la première ligue dirigée par l'aristocratie. Cette ligue a bien comme premier but le maintien de la religion catholique; mais au moment où, par la paix de Beaulieu (1576), Henri la vient de faire aux protestants d'importantes concessions et de tenter une pacification, d'Humières, en encourageant par ses projets un retour aux hostilités, prend par là même l'initiative d'une révolte contre la royauté. A son programme religieux viennent d'ailleurs s'ajouter des revendications très nettes contre l'absolutisme royal. La Sainte Ligue est dès lors constituée. Un grand nombre de provinces imitent l'exemple de la Picardie et sous la direction de l'avocat Pierre Hennequin et des Labruyère père et fils, la Ligue s'organise à Paris. Les ligueurs promettent, il est vrai, obéissance à Henri III.

Mais, fait significatif, le mouvement recrute bientôt ses plus zélés adhérents parmi ceux surtout qui ont quelques griefs, à invoquer contre la royauté : parmi le bas clergé, dans le parlement, dans la populace. En réalité, le roi n'est que te chef nominal de la Ligue. C'est au duc Henri de Guise que vont toutes les sympathies des catholiques; c'est lui qui se prépare déjà à assurer à la Ligue l'appui de l'étranger, du pape et de l'Espagne. Le premier acte des ligueurs est d'ailleurs une protestation solennelle coutre la politique royale. Aux Etats généraux de Blois (novembre-décembre 1576), le clergé et la noblesse demandent énergiquement l'annulation de la paix de Beaulieu et la reprise de la guerre contre l'hérésie. La cour est obligée de céder à ces prétentions (édit du 1^er janvier). Bien plus, Henri III, désespérant de resister aux ligueurs, entre dans leurs rangs, ne comprenant pas qu'il se fait ainsi l'instrument de l'ambition de Henri de Guise. Les deux guerres religieuses qui suivent (1576-1577, 1579-1580) consacrent en effet la réputation de ce dernier, qui devient décidément le chef du parti catholique, au moment où Henri de Navarre, celui qui sera Henri IV se pose de son côté comme la champion de la Réforme française. La mort de François de Valois, frère du roi, et l'absence d'héritiers directs à la couronne fournissent ensuite à Guise l'occasion d'élargir ses projets, et bientôt il va rêver de monter sur le trône de France. Ces mêmes événements marquent la date des premières violences de la Ligne, de la Ligue parisienne surtout. Les avances faites, par Henri III à Henri de Navarre, pour l'engager à changer de religion et à venir à la cour, en, sont l'origine : les catholiques frémissent à la pensée que le roi va peut être désigner pour son successeur un prince huguenot. 

Le signal des excès de la Ligue est dès lors donné. Un comité secret se forme à Paris. Ses membres, dont le nombre d'abord de cinq est fixé plus tard à seize (au commencement de 1587 seulement), se distribuent les quartiers de Paris, déclarent la religion en danger, recrutent des affidés, arment la populace et se mettent en relations avec les comités des grandes villes de France. En même temps des prédicateurs commencent à lancer du haut de la chaire des attaques violentes contre Henri de Navarre et même contre Henri III. Tous ces exaltés proclament bien comme héritier présomptif du trône le vieux cardinal de Bourbon, mais au fond leurs faveurs sont acquises à Henri de Guise. C'est au moment où le Balafré obtient décidément ainsi l'appui du parti catholique intransigeant: qu'il se résout à une alliance formelle avec l'Espagne (traité de Joinville, 1584), dans le dessein d'assurer la réussite de son audacieux projet de ceindre la couronne royale. La huitième guerre religieuse lui garantit une popularité durable (1587). Il est ouvertement désigné alors par le parti catholique exalté comme le successeur de Henri III; les meneurs de la Ligue parisienne l'appellent et lui offrent une armée populaire de 30,000 hommes. Henri III lui défend vainement l'entrée de la capitale. Sans tenir compte de cet ordre, Guise arrive à Paris, où il est reçu par une foule en délire (9 mai 1588). 

Le lendemain, il se rend au Louvre, escorté de 400 gentilshommes, et somme le roi d'établir en France l'Inquisition et les décrets du concile de Trente. Henri III proteste contre les prétentions de la Ligue et appelle à Paris les troupes qui sont campées aux environs. Aussitôt le peuple de la capitale se soulève, le tocsin sonne, des barricades se dressent, les révoltés parlent de marcher sur le Louvre (journée des Barricades, 12 mai 1588). Guise, se croyant dès lors maître de la cour, se décide à calmer l'émeute. Il sort de son hôtel à cheval, sans armes, parcourt les quartiers de Paris et recommande le calme aux habitants. Puis il se rend au Louvre où la cour lui fait les plus belles promesses. Malgré tout, le lendemain, en guise de protestation, le roi quitte Paris et se retire à Chartres. Guise est dès lors le maître de la capitale. Il se fait immédiatement livrer la Bastille, l'Arsenal et le château de Vincennes. Mais il est bientôt débordé par les excès des Seize qui occupent les municipalités, s'emparent du Châtelet et gouvernent la milice urbaine, en même temps que de fougueux prédicateurs, Boucher, Pighenat, Lincestre, tonnent du matin au soir, hurlant la guerre civile du haut de la chaire. Si bien que Guise effrayé cherche à négocier avec le roi qui, malade, accepte ses avances. 

Par l'édit d'union (10 juillet 1588), Henri III accorde aux ligueurs des places de sûreté, donne à Guise le commandement des armées contre les protestants avec le titre de lieutenant général du royaume et promet la convocation immédiate des Etats généraux. C'était un dernier essai tenté par le roi de gouverner avec la Ligue. Mais l'attitude et les réclamations des Etats généraux réunis à Blois (septembre-décembre 1588) lui prouvent bientôt que toute conciliation est impossible. Les Etats sont composés presque exclusivement de ligueurs, et alors s'affirment nettement les tendances de la Ligue. A côté de leurs réclamations religienses, les Etats font entendre. d'audacieuses revendications contre la souveraineté et les prérogatives de la royauté. Et ainsi apparaît une fois de plus ce double caractère de la Ligue, à la fois mouvement religieux contre le protestantisme, et réaction aussi bien aristocratique que démocratique contre l'absolutisme royal. Après les Etats de Blois, Henri III, humilié et irrité, se  sépare définitivement de la Ligue, se résout au meurtre du duc et du cardinal de Guise (23 et 24 décembre 1588), et s'unit ensuite à Henri de Navarre pour venir assiéger Paris. La mort du Balafré a déterminé en effet la capitale à une ouverte rébellion.

Le roi est dénoncé en chaire par les prédicateurs comme traître, comme hérétique et ex communié; on force la Sorbonne et le Parlement à prononcer sa déchéance. Par contre, de pompeux services funèbres et des processions sont célébrés en l'honneur du duc et du cardinal de Guise. En même temps, la Ligue se réorganise. Le duc de Mayenne, frère cadet du Balafré, préside un conseil de quarante membres, dit « Conseil général de l'Union », qui se prépare à soutenir le siège, se met ouvertement à la solde de Philippe II, invoque l'appui du pape et encourage les provinces à imiter l'exemple de Paris. La plupart des grandes villes du royaume répondent à cet appel. Mais les fureurs de la Ligne ne sont nulle part comparables à celles de la Ligue parisienne. Un régime de terreur s'établit dans la ville. Les suspects sont arrêtés à la première dénonciation; des visites domiciliaires sont organisées; des listes de prescriptions sont dressées dans chaque quartier. Un acte odieux couronne tous ces excès : l'assassinat de Henri III par le moine dominicain Jacques Clément (1^er août 1589).

La mort de Henri III laisse Henri de Navarre seul maître de l'armée royale, et alors s'opère l'union des catholiques modérés (les « Politiques ») et des huguenots contre les ligueurs. Le 4 août 1589, le roi de Navarre accepte et signe avec les généraux de l'armée royaliste un traité par lequel ceux-ci le reconnaissent comme héritier de la couronne, ou, en revanche, il s'engage à soumettre dans les six mois la question religieuse à un concile et à n'entraver jusque-là eu rien l'exercice du catholicisme. Henri de Navarre peut être dès ce moment considéré comme le chef de tous les patriotes. Le pape Sixte-Quint lui-même se sépare à ce moment de la Ligue et de l'Espagne. Au contraire, après le crime de Jacques Clément, la Ligue se divise, le vieux cardinal de Bourbon, le duc de Mayenne, le jeune duc de Guise, fils du Balafré, Philippe II, Charles-Emmanuel de Savoie, se posent en prétendants à la couronne. Toutes ces compétitions augmentent le désordre dans la France entière, à Paris surtout. Néanmoins, Henri de Navarre n'ose tenter l'attaque de la capitale. Il se retire en Normandie. Mais après les victoires qu'il remporte sur Mayenne à Arques (septembre 1589) et à Ivry (mars 1590), il investit de nouveau Paris et le 27 juillet 1590, il donne l'assaut de trois côtés à la fois. Cependant les assiégés repoussent cette attaque. Ils se défendent d'ailleurs avec l'énergie la plus extraordinaire. L'on connaît les épisodes célèbres de ce siège : la fameuse procession au tombeau de sainte Geneviève; les sanglantes moissons faites par les Parisiens au commencement de juillet à la faveur d'une sortie; les violentes perquisitions de vivres ordonnées par les Seize; la fabrication du « pain de Mme de Montpensier » avec des ossements pilés. C'est au moment où Paris semble prêt à se rendre que l'arrivée du duc de Parme, Alexandre Farnèse, vient retarder la victoire définitive de Henri de Navarre. Farnèse accourt des Pays-Bas, fait sa jonction à Meaux avec Mayenne et réussit à ravitailler Paris. L'assiégeant est obligé de se retirer. L'année suivante, il échoue encore devant Rouen.
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Pourtant, malgré ses succès, la Ligue n'a pas pour longtemps à vivre. Ses fureurs la condamnent. L'exécution du président Brisson et des conseillers au parlement, Larcher et Tardif, les violences croissantes de la démocratie obligent Mayenne à faire exécuter quatre des Seize; les autres se cachent. Tout le monde est las de la guerre. Le cardinal de Bourbon est mort depuis deux ans. Quel va donc être le roi de France? La question ne peut se résoudre aux Etats généraux de 1593. Cependant le parti des Politiques gagne du terrain. En même temps qu'un pamphlet célèbre, la satire Ménippée déconsidère les menées des ligueurs, une conférence s'ouvre à Suresnes entre les représentants les plus modérés de la Ligue et les catholiques partisans de Henri de Navarre (avril 1593). Une entente s'établit bientôt pour reconnaître Henri IV. L'abjuration du prince à Saint-Denis (25 juillet 1593) achève de lui assurer l'appui de tous ceux, - et ils sont nombreux, - qui souhaitent la fin des troubles. Le 22 mars 1591, le roi entre à Paris; les gouverneurs des provinces et les principales villes de France ne tardent pas à lui faire leur soumission. Le pape lui envoie ensuite l'absolution pontificale. L'heureuse guerre contre l'Espagne qui s'achève par la paix de Vervins (mai 1598) et l'édit de Nantes (avril 1598) terminent la période troublée que vient de traverser la France. (P. de Vaissière).