Ces protéines remplissent diverses fonctions biologiques importantes. Elles sont  impliquées dans la lubrification et la protection des surfaces des muqueuses, des voies respiratoires, du tractus gastro-intestinal, des voies urinaires et d'autres surfaces corporelles exposées à l'environnement. De plus, les mucoprotéines peuvent jouer un rôle dans la reconnaissance cellulaire, la signalisation cellulaire, la régulation des processus de croissance et de développement, ainsi que dans l'adhérence cellulaire et la migration.