La partie interne des amygdales est visible à l'intérieur de l'arrière-bouche où on peut l'apercevoir sous forme d'une saillie rosée parsemée de dix à douze orifices de forme variable; cette partie est en rapport avec la langue et les piliers. La portion externe répond plus ou moins directement aux parties molles du cou, ce qui permet de sentir la glande à l'extérieur, lorsque son volume se trouve notablement accru par suite d'un état pathologique. 

Des organes importants, tels que l'artère carotide, la veine jugulaire, les nerfs pneuno-gastriques, et le grand sympathique, se trouvent situés entre la glande et les parties molles, mais le rapport est encore assez indirect pour qu'il y ait peu de risques de les léser lorsqu'on agit sur la glande avec un bistouri ou un autre instrument tranchant, introduit avec quelque précaution par la bouche. 

La structure de l'amygdale n'est connue que depuis le XIX^e siècle; on croyait autrefois, en effet, que cet organe était formé, soit de grandes cellules agglomérées, soit exclusivement de glandules en cul-de-sac accolées les unes aux autres; il a été ensuite établi que la structure de l'amygdale est celle des organes lymphoïdes, c. -à-d. se réduit à une sorte de feutrage contenant dans son épaisseur des cellules lymphatiques, réunies en groupes, dits vésicules closes. A ces éléments essentiels il faut ajouter en outre des glandes en cul-de-sac, des artères, des veines, des nerfs et une muqueuse recouvrant le tout. (Dr G. Alphandéry).