Schelling est l'auteur d'un système qui égale la célébrité de ceux de Kant et de Fichte. L'idée fondamentale de ce système est que l'on doit cesser d'opposer, comme on l'avait fait jusque-là, le monde idéal et le monde réel, et de chercher comment l'esprit passe de l'un à l'autre, mais qu'il y a identité entre les idées et les choses, entre la pensée et l'être, le sujet et l'objet, le moi et le non moi, l'humain et la nature, que ce ne sont là que deux faces d'un seul et même être, l'Un, l'Absolu, Dieu, c'est ce qui fait nommer ce système Philosophie de l'identité; on le nomme aussi Philosophie de la nature, parce que l'auteur s'est surtout attaché à expliquer les lois de la nature physique, en montrant leur identité avec celles de la nature intellectuelle et morale. Du sein de l'Absolu, par une évolution nécessaire appelée procès, sortent la Nature et l'Esprit, les choses et les idées, qui coexistent et se développent parallèlement, mais dans une parfaite identité : l'électricité, par exemple, se confond avec l'irritabilité, le magnétisme avec la sensibilité. L'univers est l'expression de la pensée divine et lui est identique; la raison humaine est virtuellement l'image de l'intelligence absolue, ainsi que de l'univers; elle conçoit l'Absolu par une intuition intellectuelle. La philosophie a pour objet de connaître toutes choses par les idées de la raison; l'art en est la représentation sensible. Le but de la triple activité de la nature, de la philosophie et de l'art est de donner à Dieu conscience de lui-même. Ce système prétend concilier l'idéalisme et le réalisme, la nécessité et la liberté, le matérialisme et le spiritualisme, et veut reproduire, dans ses conceptions, l'ordre même des choses, aspirant à une science telle qu'elle peut se concevoir en Dieu même. La philosophie de la nature n'est au fond qu'un panthéisme, et il est facile d'y reconnaître les idées de Plotin, de Giordano Bruno ou de Spinoza; mais c'est le panthéisme le plus savant, s'aidant de toutes les découvertes de la science moderne. Néanmoins il reste en butte à toutes les objections qui ont de tout temps été faites contre le panthéisme. En outre ce système pèche par la méthode : dédaignant la marche lente et patiente de l'observation, l'auteur procède par voie de construction, c'est-à-dire par hypothèse, au risque d'être dupe de sa propre imagination.

Schelling a eu de chauds partisans et de violents adversaires : parmi les premiers, Oken, qui fit l'application de son système aux sciences naturelles; Baader, Kieser, Schubert, Burdach, Goerres, Krause; parmi les seconds, Fichte, son ancien maître, Jacobi, Bouterweck, Krug, enfin Hegel, qui avait d'abord été l'un de ses plus fermes appuis. Un monument lui a été élevé à Munich. (A19).

Les principaux ouvrages de Schelling sont : Idées sur la philosophie de la nature, 1797; De l'Ame du monde, 1798; Esquisse du système de la philosophie de la nature, 1799; Système de l'idéalisme transcendantal, 1800 (trad. par Grimblot, 1842); Bruno, dialogue sur le principe divin et le principe naturel des choses, 1801 (trad. par Husson, 1845) : De la méthode des études académiques, 1803 (trad. Par M. Bénard, 1847); Philosophie et religion, 1804; Du rapport des arts plastiques à la nature, 1807; Recherches philosophiques sur la liberté humaine, 1809. Éditions anciennes - Ses œuvres complètes, publ. à Stuttgart par ses fils, forment 12 vol. in-8, 1860 et ann. suiv. En 1834, dans un écrit intitulé Jugement sur la philosophie de M. Cousin (trad. par Wilm, 1835), Schelling annonça une philosophie nouvelle, la philosophie positive, qui devait réconcilier la spéculation idéaliste avec les grands intérêts de la religion et de la vie pratique: mais cette philosophie nouvelle, qui fit l'objet des leçons de Berlin, n'a pas vu le jour. On peut consulter sur ce philosophe l'Histoire de la philosophie allemande de Wilm, Paris, 1846-1849, Schelling et la Philosophie de la Nature, par Matter, 1842 et 1845, et surtout la Notice historique lue en 1858 par M. Mignet à l'Institut, dont Schelling était associé. En librairie - F.W.J. Schelling, Philosophie de la révélation (3 vol.), PUF, 2002. - Introduction à l'esquisse d'un système de philosophie de la Nature, Le Livre de Poche, 2001. - Les âges du monde, Aubier, 2001. - Contribution à l'histoire de la philosophie moderne, PUF, 2000. - Exposition de mon système de la philosophie, sur le  vrai concept de la philosophie de la nature, Vrin, 2000. - Philosophie de l'art, Jérôme Millon, 1999. - Leçons inédites sur la philosophie mythologique, Jérôme Millon, 1998. - Introduction à la philosophie de la mythologie, Gallimard, 1998. - Philosophie de la mythologie, Jérôme Millon, 1992.  - Introduction à la philosophie, Vrin, 1996.  Hegel, La différence entre les systèmes philosophiques de Fichte et de Schelling, Vrin. - Martin Heidegger, Schelling, Gallimard, 1993. Emmanuel Cattin, Schelling, Ellipses-Marketing, 2003. - Du même, Transformations de la métaphysique, commentaires sur la philosophie transcendantale de Schelling, Vrin, 2001. - Alexandra Roux et Veto Miklos, Schelling et l'élan du système de l'idéalisme transcendantal, L'Harmattan, 2001. - X. Tilliette, Schelling, Calman-Lévy, 1999. - Pascal David, Schelling, de l'absolu à l'histoire, PUF, 1998.