Les Vazimba (ou Kimo) sont mentionnés dès 1652, par Flacourt, qui rapportait qu'ils avaient été exterminés une vingtaine d'années plus tôt. Déjà mythiques? Commerson cité par Buffon a assuré un peu plus tard qu'il survivait encore quelques groupes portant le nom de Vazimba disséminés au milieu des autres populations (au Ménabe, chez les Sakalava et dans le Nord-Ouest et le Nord-Est de l'Imerina). Ils cultivaient le riz et élevaient le zébu indien. Par ailleurs, on attribuait aux Vazimba l'érection des monuments mégalithiques, des dolmens et surtout des tumulus que l'on trouve sur l'île. 

Entre le VII^e et le XV^e siècle, les populations de Madagascar se sont progressivement organisées en petits royaumes et chefferies. Les principaux groupes ethniques malgaches, comme les Merina, les Betsileo, les Sakalava et les Betsimisaraka, commencent à émerger pendant cette période. Ces sociétés étaient principalement agricoles, cultivant du riz, du manioc et d'autres plantes et élevaient des bovins, en particulier les zébus. 

Les Malgaches développaient également des compétences maritimes. Ils échangeaient avec les îles voisines et établissaient des réseaux commerciaux à l'intérieur de l'île. La structure sociale reposait sur des clans, avec des chefs locaux appelés andriana qui dirigeaient des communautés organisées autour de lignages familiaux.

Dès le X^e siècle, les commerçants arabes commencent à visiter les côtes de l'île. Ils introduisent l'islam ainsi que des objets de luxe comme des perles, des tissus et des épices. Bien que l'islam ne se soit pas profondément implanté, ces contacts ont influencé les pratiques culturelles et commerciales des sociétés côtières. Les traditions orales malgaches, comme les épopées et les histoires des ancêtres, se développent durant cette période, ce qui contribue à structurer la mémoire collective et renforcer l'identité des clans.

Au cours du second millénaire de notre ère, certains groupes commencent à se consolider en royaumes plus structurés. Parmi les plus importants, on trouve les royaumes Sakalava à l'ouest, qui étendent leur influence sur de vastes territoires à partir du XIII^e siècle, et les Merina dans les hautes terres centrales, qui commencent à se structurer dès le XV^e siècle. Ces royaumes établissent des systèmes politiques plus centralisés, avec une hiérarchie sociale fondée sur la noblesse, les guerriers et les paysans.

Les Mérina, connus à l'époque coloniale du nom de Hova, qui est en fait seulement le nom de l'une des castes qui compose leur société, avaient leur fief, l'Imerina, dans la région d'Antananarivo (Tananarive). Son histoire remonte à la fin du XVI^e siècle, mais il ne deviendra  un État puissant qu'à partir du tout début du XIX^e siècle, sous le règne de Andrianampoinimerina (= le seigneur du coeur de l'Imerina). Les premiers touchés par sa politique d'expansion  seront les Betsileo, population elle aussi d'origine indonésienne, vivant un peu plus au Sud. Son fils, Radama I^er, bénéficiant de la concurrence que se livrent Français et Britanniques sur l'île, et choisissant le parti des seconds contre les premiers, va étendre ses conquêtes aux régions côtières et du Nord (Tamatave et Tsimiheti lui appartiennent dès 1817, puis en 1822, le pays Sakkalava, autour de Majunga). Radama réussit ainsi à faire de Madagascar pratiquement un seul royaume. Seul le pays d'Anossi et quelques districts échappèrent seuls à sa domination; il fit de Tananarive sa résidence. Sa veuve Ranavalo, qui lui succéda en 1828, signala son règne par une forte hostilité pour tous les étrangers. Son fils Radama II, parvenu au trône en 1861, s'était rapproché des Européens, mais il fut assassiné dès 1863.

Les Européens à Madagascar

L'île de Madagascar  fut occupée par les Portugais vers 1540, à un point opposé, dans un îlot situé en face de l'emplacement de l'actuelle Faradofay (et où les Français bâtiront un peu plus tard Fort-Dauphin). Ces divers essais de colonisation, de même que quelques tentatives des Hollandais et des Anglais, n'eurent aucune suite. A la même époque, les marins normands et bretons firent des voyages isolés à Madagascar; J. Parmentier en visita les côtes occidentales. En 1638 eut lieu le voyage de François Cauche. En 1637, le capitaine Rigault, de Dieppe, avait constitué, sous le nom de Compagnie de l'Orient, une société pour l'exploitation commerciale et coloniale de l'île, alors nommée l'île Dauphine. 

Richelieu fit signer par Louis XIII, le 28 juin 1642, des lettres patentes, concédant à cette compagnie, pour une durée de dix ans, le privilège exclusif de coloniser et de commercer dans l'île Dauphine et les îles adjacentes, à la seule charge d'en prendre possession au nom du roi. Louis XIV confirma ces lettres patentes le 20 septembre 1643. C'est là la base des droits que s'arrogera la France sur Madagascar.

Les agents de la Compagnie de l'Orient, Pronis et Foucquembourg, vinrent dès 1642 s'établir dans la baie de Sainte-Luce, aujourd'hui Manatiafy; ils prirent ensuite possession de l'île Sainte-Marie, de la baie d'Antongil, et installèrent des postes à Fenoarivo (Fénériffe) et à Mananara; enfin ils construisirent dans la presqu'île de Thalangar ou Taolanara une forteresse qui fut appelée Fort Dauphin. Mais Pronis fut mauvais administrateur et s'aliéna les sympathies des habitants. En 1646 ses propres compagnons l'emprisonnèrent. Six mois après, il fut délivré par de nouveaux colons, mais une seconde révolte éclata que Pronis réprima. La Compagnie le remplaça en 1648 par Etienne de Flacourt, administrateur intègre, mais brutal avec les populations locales. De Flacourt était resté sans aucun secours de la Métropole depuis plusieurs années, bien que le privilège ait été renouvelé en 1652, lorsqu'on 1654 arrivèrent à Fort-Dauphin deux navires envoyés par le duc de La Meilleraye qui venait d'obtenir la direction générale de la Compagnie. 

Flacourt partit et Pronis reprit le commandement; celui-ci mourut la même année et fut remplacé par Des Perriers qui recommença la politique de violence. Le 12 octobre 1656 fut constituée une nouvelle société, la compagnie Rigault, sous la direction du duc de La Meilleraye. Elle envoya une expédition à Madagascar sous le commandement de Champmargou, qui administra de 1660 à 1665. Celui-ci avait compris qu'on pouvait obtenir beaucoup par la douceur grâce à l'habileté d'un de ses agents, La Case, un grand nombre de chefs tribaux se lièrent d'amitié avec les Français. Malheureusement, Champmargou fut jaloux des succès de La Case qui alla offrir ses services à un roi de l'intérieur et épousa sa fille; Champmargou fit mettre à prix la tête de La Case et ne se réconcilia avec lui qu'à l'arrivée du capitaine de Kercadiou qui avait amené des renforts. En même temps, le prosélytisme religieux du P. Etienne avait aliéné à la France un de ses meilleurs alliés qui se mit à la tête d'un soulèvement et vint bloquer les colons français à Fort-Dauphin; ce fut La Case qui, par son intervention, réussit à les sauver.

Profitant du désarroi dans lequel était jetée la colonie, Colbert voulut substituer à l'initiative privée une colonisation officielle. Le duc de La Meilleraye étant mort en 1664, Colbert obtint de son fils, le duc de Mazarin, la cession de Madagascar au roi. C'est alors qu'il créa la grande Compagnie des Indes orientales. Madagascar devint le principal centre d'opérations des associés. Champmargou remit Madagascar aux mains de Souchet de Rennefort, porteur des ordres du roi. L'île fut appelée France orientale; mais un édit du 1^er juillet 1665 lui rendit son nom d'île Dauphine. L'un des marchands de la Compagnie, François Martin, fit d'importantes explorations dans l'île de 1665 à 1668. Une expédition, envoyée de France sous le commandement du marquis de Montdevergue, arriva en 1668; celui-ci conserva en sous-ordre Champmargou et La Case et essaya de se concilier les habitants. Mais la Compagnie trouvant trop onéreuse la colonisation de Madagascar, et ne voulant plus s'occuper que des Indes, obtint du roi qu'il reprit l'île Dauphine, moyennant 1 million de F. Madagascar fut donc réunie à la couronne.

En 1670, l'amiral Jacob Blanquet de La Haye fut nommé gouverneur et lieutenant général du roi; le 23 novembre 1670, il arrivait à Fort-Dauphin. Arrogant et dur, il recommença la guerre contre les indigènes, et il s'aliéna tout à la fois les Français et les Madécasses. Ces derniers lui infligèrent une défaite, et, le 14 août 1671, il quitta l'île. Champmargou et La Case luttèrent contre les malgaches avec des forces insuffisantes; ils furent tués l'un et l'autre. La Bretesche, gendre de La Case, qui avait pris le commandement, fut défait et s'enfuit. Après son départ, les Français qui étaient à Fort-Dauphin furent égorgés (1672). Le mauvais choix des gouverneurs avait été l'une des causes de l'insuccès des Français; un seul avait été réellement capable, La Case. Malgré cet échec, Louis XIV et Colbert ne paraissaient pas disposés à abandonner Madagascar. Colbert était même déjà mort quand un arrêt du conseil du 4 juin 1686 réunit solennellement cette île au domaine de la couronne. Cette réunion fut confirmée par les édits de mai 1719, juillet 1720 et juin 1721. Toutefois le désastre de 1672 avait été tel que, pendant près d'un siècle, on ne fit rien de Madagascar.  Il n'y a à signaler que les missions d'études de l'ingénieur Charpentier de Cossigny en 1733 et de Mahé de La Bourdonnais, gouverneur de l'île de France (île Maurice) en 1745-46, l'une et l'autre à la baie d'Antongil.

En 1750 un caporal de la Compagnie des Indes, Labigorne, épousa Bety, reine de Sainte-Marie et de Foulpointe, qui fit don aux Français de cette île et d'une partie de la côte orientale : Labigorne jouit pendant dix-sept ans d'une grande considération. Des ordonnances du gouverneur de l'île de France en 1750 et en 1767 avaient réservé le droit du roi au privilège exclusif du commerce sur toutes les côtes de la grande île; néanmoins le commerce français se fit librement sur presque toute la côte Est. En 1768, le comte de Maudave, ayant proposé au ministre Choiseul de relever les ruines de Fort-Dauphin, y fut envoyé avec le titre de commandant du roi. Mais par suite de l'hostilité du gouverneur de l'île de France, il se trouva sans ressources et dut abandonner l'île en 1769.

Trois ans après, l'aventurier Mauritius Beniovvski offrait au gouvernement français de fonder un établissement à Madagascar et il vint aborder à la baie d'Antongil en 1774. Il fonda Louisbourg, se fit l'allié des Malgaches qui combattirent pour lui, traça des routes et fit des affaires considérables. Son ascendant sur les habitants le fit nommer chef suprême d'une province. Son intention était de se placer sous la suzeraineté de la France; il s'embarqua le 10 décembre 1776 pour passer un traité, mais il ne fut pas écouté. Il fit alors des propositions à l'Autriche, à l'Angleterre puis aux États-Unis. Une maison de Baltimore lui fournit des marchandises et, en 1785, il vint débarquer en face de Nosy-Bé. Il fut reçu avec enthousiasme, mais il était poursuivi par la haine des gouverneurs de l'île Maurice qui envoyèrent un régiment contre lui et il fut tué dans une rencontre le 23 mai 1786.

Pendant la Révolution, il n'y a à signaler que les missions données, de 1791 à 1796, à Daniel Lescallier, en 1801 à Bory de Saint-Vincent. En 1804 le général Decaen, le défenseur de l'île Maurice, installa à Madagascar un représentant, Sylvain Roux, qui, après la reddition de l'île Maurice (alors encore île de France), dut capituler à son tour le 18 février 1814. Les Anglais ne cherchèrent à s'établir à Madagascar qu'après le traité du 30 mai 1814 qui rendait à la France l'île Bourbon (la Réunion). Par une interprétation abusive du traité, ils prétendaient faire de Madagascar une dépendance de l'île Maurice, dont le gouverneur, sir Robert Farquhar, fit occuper Tamatave et fonda au Nord de l'île la station de Port-Louquez. Bouvier de Lozier, gouverneur de Bourbon, protesta, et, le 15 octobre 1818, une commission française reprit possession de Sainte-Marie, puis de Tamatave, de Fort-Dauphin et de Sainte-Luce.

Lorsqu'il fut établi que Madagascar n'était pas une dépendance de l'île de France, les Anglais changèrent de tactique; ils soutinrent que l'île était un territoire indépendant sur lequel aucun peuple ne pouvait élever de prétention. Le gouverneur Farquhar, pour réaliser son plan, aida une des principales populations de l'île, les Merina, à s'emparer de l'île tout entière. Il n'y avait jamais eu, avant la domination merina, aucune confédération entre les diverses populations qui habitaient Madagascar. Au commencement du XVII^e siècle, le roi des Merina, Andrianjaka, avait repoussé les Vazimba du plateau d'Imerina et fondé Tananarive (Antananarivo). Son royaume fut morcelé au XVIII^esiècle, mais à la fin du même siècle le roi Andrianampoinimerina, chef d'Ambohimange, s'empara de Tananarive et d'Ambohidatrimo, capitales des deux autres royaumes, et restaura l'unité de la nation merina. Néanmoins, son fils Radama l^er qui lui succéda en 1810, n'exerçait encore son autorité que sur l'Imerina et le Betsileo. Farquhar envoya auprès de lui le capitaine Lesage qui le reconnut roi de Madagascar et dépendances; Radama accepta un résident anglais par le traité du 17 octobre 1817. 

Le gouverneur français ayant chargé un agent, Forestier, d'étudier la création d'un port de ravitaillement, l'Angleterre envoya de son côté Hastie, pour s'opposer, sous le couvert des Merina, à tout ce que la France entreprendrait. Néanmoins, les troupes françaises prirent possession effective de Sainte-Marie et de Fort-Dauphin en janvier 1822. L'armée merina, commandée par Hastie, s'empara alors de Foulpointe, et, le 31 mai 1823, un traité accorda aux navires anglais la police de toutes les côtes. 

Radama occupa ensuite Fondarare et Tintingue dont les chefs s'étaient mis sous le protectorat français, et enfin il prit d'assaut Fort-Daupliin lui-même le 14 mars 1825. Les Anglais se firent reconnaître par Radama tous les avantages, commerciaux ou autres, qu'ils voulaient avoir. Mais la mort d'Hastie (octobre 1826) et celle de Radama (27 juillet 1828) furent l'occasion d'une révolution. Les grands proclamèrent reine Ranavalo, l'une des femmes de Radama, et constituèrent un gouvernement oligarchique, hostile à tous les Européens, Anglais et Français. Le gouverneur de la Réunion ayant pressenti la reine au sujet des droits revendiqués par la France, la trouva intraitable. Une expédition commandée par le capitaine de vaisseau Gourbeyre, se présenta devant Tamatave à la fin de juillet 1829. L'ultimatum envoyé à Ranavalo étant resté sans réponse, les Français bombardèrent Tamatave. L'expédition éprouva devant Foulpointe un échec que ne répara pas la destruction du fort de Pointe à Larrée. Il leur aurait fallu envoyer des secours à l'expédition, mais les événements de 1830 firent laisser de côté les affaires de Madagascar.

Sous le gouvernement de Louis-Philippe, on abandonna Tintingue. En 1832 et 1833, la corvette la Nièvre explora bien la baie de Diego-Suarez (auj. Antsiranana), mais  aucun établissement n'y fut fait. A ce moment, la reine prenait des mesures draconiennes contre les étrangers; une loi de 1845 assujettit les commerçants fixés dans l'île aux mêmes obligations que les sujets merina; onze Français et douze Anglais furent expulsés de Tamatave (Toamasina). Les deux Etats européens s'entendirent alors pour protester et bombardèrent Tamatave le 15 juin 1845. Mais une tentative de débarquement échoua; la détermination des Merina en fut accrue, et ils massacrèrent les chrétiens indigènes. Madagascar resta pendant huit ans fermé au commerce européen. Cependant deux Français, Lastelle et Jean Laborde, parvinrent, de 1852 à 1855, à se créer une haute situation auprès de la reine et du prince Rakoto auquels ils avaient rendu d'importants services. Ils voulaient faire reconnaître par les Merina le protectorat de la France, et attirer dans l'île des capitaux et des ingénieurs. Mais de leur côté les Anglais cherchaient à renouer des relations avec Madagascar, évitant d'ailleurs d'agir de concert avec la France. 

Un autre Français, Joseph Lambert, domicilié à Maurice, vint seconder les projets et les efforts de Lastelle et Laborde. Il fut envoyé auprès de Napoléon III pour lui soumettre la demande de protectorat et le projet de constitution d'une société. Mais tous les plans fomentés par les Français échouèrent, et finalement Laborde et Lambert furent expulsés, tandis que des massacres de chrétiens étaient perpétrés sur l'île. Ranavalo mourut le 18 août 1861. Le prince héritier, devenu roi sous le nom de Radama II, rappela Laborde et Lambert, et ce dernier fut chargé d'organiser la Compagnie de Madagascar. Radama signa un traité avec la France qui nomma Laborde consul  à Tananarive le 12 septembre 1862. On pouvait se croire à l'entrée d'une ère nouvelle quand éclata dans la capitale, en mai 1863, une révolution conduite par les anciens partisans de Ranavalo que les réformes de Radama avaient froissés ou lésés et que le délégué anglais, William Ellis, avaient excités en sous main. Radama, ayant refusé de retirer les concessions faites aux étrangers, fut étranglé le 12 mai 1863. Sa veuve Rabouda fut proclamée reine sous le nom de Rasoherina, et elle dut épouser Rainilaiarivony, le fils du ministre et mari de Ranavalo. Il y eut une réaction contre la politique de Radama; néanmoins la Compagnie Lambert put se faire payer une indemnité. Ellis agit auprès de la reine et obtint, le 27 juin 1865, la signature d'un traité qui assurait la prépondérance des missionnaires britanniques dans l'île, ce qui leur donna une très grande influence au détriment des Français. 

Le comte de Louvières envoyé, vers la fin de 1866, pour négocier un nouveau traité, mourut sans avoir rien conclu. Laborde reprit ses fonctions de consul en 1867, et un nouvel envoyé de la France, Garnier, tenta des négociations. Rasoherina étant morte en 1868, fut remplacée par sa cousine Ramoma, proclamée reine sous le nom de Ranavalo II; elle eut aussi Rainilaiarivony comme époux et premier ministre. Garnier put enfin conclure, le 8 août 1868, un traité autorisant les Français à acquérir des terres et stipulant la liberté de l'enseignement catholique. Mais, en même temps, le premier ministre décrétait l'interdiction de vendre des terres aux étrangers et rendait l'enseignement protestant obligatoire. Les événements de 1870 ne permirent pas aux Français de s'occuper de Madagascar qui, pendant une dizaine d'années, subit l'influence anglaise.

Laborde était mort en 1878, laissant sa fortune à ses deux neveux, Edouard Laborde et Campan. Cette succession fut vainement réclamée, au nom des héritiers, par  le consul  de France, Cassas, puis par ses successeurs, Meyer et Baudais. Ceux-ci firent de grands efforts pour rétablir l'influence française, mais la situation devenait de plus en plus dangereuse. Les missionnaires anglais ne cessaient d'orienter les populations en direction des Anglais, et d'autre part les Merina avaient repris certains des territoires de la côte Nord-Ouest qui avaient été cédés à la France en 1840 et 1841. Freycinet, en 1882, puis Duclerc, envoyèrent des notes très fermes. La même année, le capitaine de vaisseau Le Timbre alla arracher les drapeaux que les Merina avaient plantés. A Tananarive, Campan, consul par intérim, était menacé de mort et dut quitter la capitale. Les Merina envoyèrent une ambassade à Paris, mais on résolut vite que la force seule aurait raison d'eux. Le 15 février 1883, le contre-amiral Pierre partait pour Madagascar sur la Flore. A partir du 7 mai, il bombarda divers points de la côte et le 16 mai, il s'empara de Mojanga (Mahajanga). De là il se rendit à Tamatave et adressa à la reine un ultimatum lui enjoignant 

« de reconnaître [les droits de la France] sur l'île et d'accorder pleine et entière satisfaction aux héritiers Laborde ». 

Panorama de Tananarive (Antananarivo) au début du XXe siècle.

Jules Ferry, ayant obtenu des subsides, prescrivit à l'amiral Miot une offensive vigoureuse. En avril 1885, Freycinet obtenait un crédit de 12 millions; l'amiral Miot reçut l'ordre de reprendre les hostilités jusqu'à complète satisfaction. Le 10 septembre, il attaqua les camps retranchés de Farafate, à 6 kilomètres de Tamatave, mais les Merina avaient eu le temps de préparer la résistance, et les Français éprouvèrent un échec. C'est dans ces conditions que fut signé le traité de paix du 17 décembre 1883. La France était représentée par le contre-amiral Miot et Patrimonio; la reine de Madagascar l'était par un sujet anglais, Digby Willoughby, commandant des troupes malgaches.

Aux termes de ce traité ratifié par les Chambres le 27 février 1886, les Merina s'engageaient à payer une indemnité de guerre de 10 millions, cédaient à la France, en toute propriété, la baie de Diego-Suarez et reconnaissaient la souveraineté française sur les territoires du Nord-Ouest. Un résident devait être installé à Tananarive, avec une escorte militaire, et présider aux relations extérieures de Madagascar. C'était, en réalité, un protectorat, moins le mot. Mais au lieu de pouvoir acquérir des droits de propriété immobilière, les Français ne pouvaient passer que des baux emphytéotiques. Le premier ministre avait obtenu des plénipotentiaires une lettre explicative qui dénaturait sur certains points le sens du traité et qui fut désavouée par Freycinet à la tribune. Le premier résident général, Le Myre de Vilers, arriva à Tananarive le 14 mai 1886 et il eut de suite à lutter contre l'opposition du gouvernement merina et les influences anglaises. Durant une réception qu'il donna, des soldats ivres conduits par le ministre de la guerre, fils du premier ministre, pénétrèrent dans les jardins de la résidence et enlevèrent les musiciens; le résident obtint réparation. En juin 1886, il eut à faire révoquer des contrats passés avec un sujet anglais, Kingdon, puis il obtint pour la France la concession d'un emprunt malgache et d'une ligne télégraphique de Tamatave à Tananarive, inaugurée le 15 septembre 1887. 

Sur les 15 millions prêtés par le Comptoir d'escompte de Paris, 10 furent versés au gouvernement français pour le paiement de la contribution de guerre. Le consul d'Angleterre ayant demandé l'exequatur, non au résident général, conformément au traité, mais au premier ministre, celui-ci opposa des fins de non-recevoir à Le Myre de Vilers; le résident amena son pavillon, ce qui rétablit la bonne entente. Le signataire du traité de 1885, Willoughby, accusé de malversations, fut condamné en mai 1888 par le tribunal suprême de Tananarive à être expulsé de l'île. A Le Myre de Vilers succéda, en juillet 1889, Bompard; il réussit lui aussi tout d'abord auprès du gouvernement merina, mais lorsque, par la convention du 5 août 1890, le gouvernement britannique reconnut le protectorat de la France sur Madagascar, la situation changea immédiatement.  Bompard eut à lutter deux ans contre l'hostilité des Merina et surtout contre la résitance du premier ministre Rainalaiarivony; il partit en octobre 1892. Larrouy, envoyé à son tour, eut pour mission de maintenir les relations le plus Iontemps possible, sans laisser humilier la France. Mais les Merina faisaient des commandes d'armes et se préparaient à résister, le cas échéant, en même temps que les attaques contre les biens et les personnes des Européens se multipliaient. Larrouy demanda à rentrer en France en septembre 1894. C'est alors qu'on envoya Le Myre de Vilers à Madagascar, porteur d'un ultimatum pour le gouvernement merina; la mission n'aboutit pas. Le Myre deVilers quitta Tananarive le 27 octobre et revint à Tamatave, pendant que son escorte et tous  les Français prenaient la route de Mojanga. Les crédits nécessaires ayant été votés par les Chambres, une expédition fut organisée.

Le général Metzinger arriva à Mojanga le 28 février 1895 à la tête d'une brigade formée de troupes d'Algérie; de concert avec la division navale, placée sous les ordres du capitaine de vaisseau Bienaimé, il enleva Marovoay et la ligne d'Amparilava. Le général Duchesne, commandant en chef du corps expéditionnaire, débarqua, le 6 mai, à Mojanga où il établit son quartier général. La brigade Metzinger continua sa marche en avant et occupa Majunga, puis Ambato; elle put franchir le Kamoro et marcha vers Amparihibe. De son côté, le général Duchesne partit de Mojanga le 29 mai, se dirigeant vers Suberbieville où il comptait établir son camp. Pour en assurer le ravitaillement, le service du génie construisit un pont à Ampakakely, sur le Betsiboka. La première brigade occupa Mevatanane et Suberbieville le 9 juin. Ainsi se trouva terminée la première partie de la campagne de Madagascar.

Le colonel Gillon, commandant le 200^e d'infanterie, était décédé par suite de dysenterie. Le général Duchesne réunit à Suberbieville des troupes, des vivres et du matériel en nombre et quantité suffisants pour être assuré de ne manquer de rien lorsqu'il reprendrait sa marche sur Tananarive. Les Merina se retiraient sur Andriba, qui est à environ 70 km de Suberbieville. Le 29 juin, le poste avancé  français de Tsarasaotra, à 20 km au Sud de Mevatanana, fut attaqué par plusieurs milliers de Merina; le commandant Lentonnet les repoussa. Le général Metzinger arriva à Tsarasaotra dans la soirée et attaqua à son tour les Merina, qui occupaient la mont Beritza, à 10 km, à l'Est de Tsarasaotra. La position fut enlevée et les Merina, rejetés dans les ravins, éprouvèrent de grandes pertes; les Français s'en tiraient avec seulement 2 tués et 45 blessés. Grâce à cette victoire, ils étaient maîtres de la ligne de faîte qui sépare le bassin de l'Ikopa de celui de son affluent, le Betsiboka.

La distance de Suberbieville à Tananarive ne demandait qu'un mois pour être franchie; mais, comme il n'existait encore que des sentiers à boeufs, il fallait créer une route avant de reprendre la marche en avant. Celle de Mojanga à Suberbieville avait pu être terminée facilement, mais on allait rencontrer de plus grandes difficultés au col d'Ampasiry et aux monts Ambohimena. On était obligé d'ouvrir le chemin par sections; les travaux étaient exécutés par le génie, les chasseurs, les tirailleurs et la légion. C'est parmi les troupes qui ont effectué ces ouvrages qu'il y a eu le plus de mortalité et de fièvres. 

Après avoir solidement organisé sa base de ravitaillement à Marololo-Suberbieville, le corps expéditionnaire a repris sa marche en avant le 14 juillet. Pendant que le génie militaire confectionnait la route entre Tsarasaotra et Ampasiry qui présentait des difficultés considérables, le général Metzinger avait envoyé une forte avant-garde à Anjiajia pour protéger les travailleurs. Le 15 août, les avant-postes français étaient à peu de distance de Soavinandriana, à 80 km, de Suberbieville. La nécessité de faire une route à travers un pays accidenté, la préoccupation des approvisionnements, l'impossibilité d'utiliser les voitures Lefebvre pour les transporter, avaient retardé la marche des troupes. Les effectifs étaient très réduits par la maladie; Les Européens avaient 4500 soldats environ et les Malgaches disposaient de 5000 combattants.

Cependant, la brigade Voyron occupait presque sans combat Andriba, le 22 août. Le général Duchesne décida d'arrêter là le travail de construction de la route carrossable et de poursuivre les opérations contre Tananarive avec une colonne légère dotée d'effectifs et de moyens de transports réduits. La colonne prit la route de Tananarive le 14 septembre. Le général Metzinger qui marchait en avant dut forcer le lendemain le défilé de Tsinainondry où s'étaient établis les Merina, Le 19 le passage des monts Ambohimena fut enlevé. Dès lors, la marche devint très rapide. Enfin le 30 septembre, après une action brillante, le général Duchesne est entré à la tête de la colonne volante dans la capitale de l'Imerina que les Merina avaient vainement tenté de défendre. 

La reine Ranavalo était restée dans son palais où le commandant en chef lui fit signer le 1^er octobre, un traité mettant fin à la guerre et établissant un protectorat français sur toute l'île. Le général Metzinger fut nommé gouverneur militaire de Tananarive. Peu de jours après, Farafate, près de Tamatave, se rendait également. Le premier ministre Rainalaiarivony, qui avait toujours été le plus ardent adversaire de la France, ayant cherché à éluder les ordres donnés, le général Duchesne fit nommer par la reine, le 15 octobre, premier ministre Rainitsimbazafy antérieurement ministre de l'intérieur. L'ancien premier ministre fut interné sous garde militaire aux environs de Tananarive.

Le traité dont le général Duchesne était porteur et qu'il avait fait signer à la reine fut diversement apprécié et assez vivement critiqué dès qu'il fut connu en France. On lui reprochait notamment de n'avoir pas établi sur l'île un protectorat assez étroit; beaucoup auraient voulu que Madagascar fût annexé purement et simplement. Le ministère Bourgeois, dès sa constitution, décida de modifier ce pacte, Il nomma résident général à Madagascar un dénommé Laroche, ancien lieutenant de vaisseau et ancien préfet, et secrétaire général de la résidence Paul Bourde. Par un décret du 14 décembre, l'administration de Madagascar fut détachée du ministère des affaires étrangères et rattachée à celui des colonies. Le gouvernement a complété depuis l'organisation administrative et judiciaire du pays. Laroche est arrivé à Tananarive au mois de janvier 1896; c'est lui qui a fait signer à la reine Ranavalo III le nouveau traité consacrant la souveraineté de la France sur l'île. La monarchie fut abolie. La reine est exilée. Mais une forte rébellion (rébellion de Menalamba) éclata presque aussitôt qui fut matée avec une violence extrême. Le 20 juin, Madagascar était considérée comme annexée. Puis le général Gallieni y fut nommé gouverneur général, pourvu des pleins-pouvoirs. (G. Regesperger).

La colonisation introduit des réformes économiques, comme le développement de grandes plantations agricoles (café, vanille, riz), ainsi que des infrastructures (routes, chemins de fer). Cependant, ces réformes profitent principalement aux colons français et créent des inégalités importantes. Les Malgaches subissent une forte exploitation et une marginalisation politique, ce qui alimente progressivement un sentiment nationaliste.

En 1942 et 1943, pendant la Seconde Guerre Mondiale, des troupes britanniques occupent Madagascar, qui est restituée ensuite à la France. En 1945, une nouvelle révolte éclata (29 mars), puis une autre en 1947. Cette rébellion, initiée par le Mouvement démocratique de la rénovation malgache (MDRM), un parti indépendantiste, éclate dans l'est de l'île. Elle est violemment réprimée par l'administration coloniale française, faisant entre 30 000 et 100 000 morts. Bien que la révolte soit écrasée, elle joue un rôle important dans la montée des revendications indépendantistes.

Madagascar depuis l'indépendance

La situation, très tendue, porte au pouvoir le général Ramantsoa, qui obtient, par référendum, les pleins pouvoirs  au mois d'octobre suivant. La constitution est abrogée. En 1975, Ramantsoa est remplacé par le colonel Ratsimandrava, qui meurt assassiné peu de temps après. Le général Andriamahoza prend la tête d'une junte militaire qui, dès le 15 juin 1975, place à la tête de l'Etat Didier Ratsiraka, un officier naval. Un référendum, le 21 décembre 1975,  permet l'adoption d'une nouvelle nouvelle constitution, instituant la République démocratique de Madagascar (Deuxième république); premier ministre : Désiré Rakotoarijaona.  Ratsiraka adopte une idéologie socialiste inspirée du modèle marxiste-léniniste, avec un programme de « Révolution socialiste ». Sous son régime, Madagascar se rapproche des pays du bloc de l'Est et nationalise de nombreux secteurs économiques. Ratsiraka met en place un État centralisé, avec une économie planifiée. Cependant, les réformes socialistes provoquent un déclin économique, avec une baisse de la production agricole et industrielle, ainsi qu'une augmentation de la pauvreté. Le régime devient de plus en plus autoritaire, mais fait face à une opposition croissante.

En 1991, après des mois de protestations populaires et de pressions internationales, Ratsiraka accepte de partager le pouvoir dans le cadre d'une transition vers la démocratie. Une nouvelle constitution est adoptée en 1992, inaugurant la Troisième République. Les élections de 1993 portent Albert Zafy à la présidence, mais son mandat est marqué par l'instabilité politique et des conflits avec le Parlement. En 1996, Zafy est destitué, et Ratsiraka revient au pouvoir après des élections controversées. Durant son deuxième mandat (1997-2002), Ratsiraka assouplit son programme socialiste et adopte des réformes économiques libérales sous la pression des institutions financières internationales. Cependant, la corruption et les tensions politiques persistent.

L'élection présidentielle de 2001 est disputée entre les partisans de Didier Ratsiraka et de Marc Ravalomanana, qui chacun revendique la victoire, provoquant presque la sécession de la moitié du pays. du pays, Ravalomanana prend le contrôle d'Antananarivo, la capitale, et se déclare président. Ratsiraka fuit en exil en France, et Ravalomanana consolide son pouvoir. En 2002, la Haute Cour Constitutionnelle proclame Ravalomanana vainqueur. Sous la présidence de Ravalomanana, Madagascar connaît une période de croissance économique, grâce à des investissements dans les infrastructures et à l'ouverture aux marchés internationaux. Toutefois, son régime est accusé de dérive autoritaire et de népotisme. En 2009, une crise politique éclate lorsque Ravalomanana est contesté par Andry Rajoelina, le maire d'Antananarivo. En mars Ravalomanana est contraint de démissionner sous la pression militaire, et Andry Rajoelina prend le pouvoir avec le soutien de l'armée. Cette prise de pouvoir est condamnée par la communauté internationale, qui impose des sanctions au pays. 

Madagascar traverse une période d'instabilité, marquée par une crise économique et une détérioration des conditions de vie. À la suite d'un long processus de médiation mené par la Communauté de développement de l'Afrique australe (CDAA ou SADC), Madagascar organise des élections présidentielles et parlementaires soutenues par l'ONU en 2013. L'ancien ministre des Finances de facto, Hery Rajaonarimampianina, a remporté un second tour en décembre 2013 et a été investi en janvier 2014. 

Madagascar entre ensuite dans une phase de stabilité relative, bien que les tensions politiques restent présentes. En 2019, Andry Rajoelina revient au pouvoir après des élections, battant Marc Ravalomanana, revenu de son exil. (Ratsiraka et Rajaonarimampianina s'étaient également présentés au premier tour de l'élection, qui avait eu lieu en novembre 2018).Depuis lors, Madagascar continue de faire face à des défis économiques, sociaux et environnementaux, notamment en raison des cyclones, de la pauvreté persistante et de l'insécurité alimentaire.