Les migrations austronésiennes ont également joué un rôle essentiel dans le peuplement des Comores. Les Austronésiens, originaires de l'Asie du Sud-Est, ont apporté avec eux des techniques de navigation et de culture, notamment la culture du riz et la domestication du zébu. Ces populations se sont mélangées avec les populations bantoues locales, créant ainsi une société mêlant des influences culturelles et linguistiques variées.

À partir du IX^e siècle, les Comores commencent à se structurer politiquement avec l'apparition de petites chefferies et de royaumes locaux. Chaque île était divisée en plusieurs principautés dirigées par des chefs locaux (mwalis ou sultans). Les premières cités-États apparaissent, notamment sur les côtes, où les échanges commerciaux se développent. Dès le X^e siècle, les marchands arabes, persans et indiens établissent des comptoirs commerciaux sur les îles, introduisant l'islam, qui se répand progressivement parmi les élites locales.

L'islamisation des Comores s'intensifie entre le XIII^e et le XV^e siècle. Les sultans locaux adoptent la religion musulmane, ce qui renforce leur pouvoir et leur prestige. L'influence swahilie venant de la côte est-africaine, notamment de Kilwa, est également très forte. Les mosquées en pierre construites à cette époque témoignent de l'importance croissante de l'islam et de l'influence culturelle arabe.

La société comorienne était alors organisée en clans et en lignages. Le pouvoir politique était souvent partagé entre les chefs traditionnels et les autorités religieuses. 
Les relations entre les différentes îles des Comores étaient souvent marquées par des rivalités et des conflits, en particulier entre les différents sultanats. Chaque île cherchait à étendre son influence sur ses voisines, menant parfois à des guerres locales pour le contrôle des terres, des ressources et des routes commerciales. L'économie reposait principalement sur l'agriculture (igname, banane, manioc) et la pêche, mais le commerce avec les marchands étrangers (or, esclaves, épices) jouait un rôle croissant. La langue comorienne, le shikomori, issue du bantou, a intégré de nombreux emprunts à l'arabe et au persan, reflétant ces interactions. La culture comorienne s'est ainsi enrichie d'influences africaines, malgaches, arabes et persanes.

A une époque dont on ignore la date, un habitant arabe de la Grande-Comore qui s'était fait remarquer dans de nombreuses occasions par son intrépidité, se fit donner le titre de chef et ensuite celui de sultan avec des pouvoirs limités.  Peu de temps après l'apparition des Portugais dans cette région  (XVI^e siècle), une riche et nombreuse population de Schiraziens (de Schiraz en Perse), déjà établie sur la côte de Zanzibar et ayant pour chef Mohammed-ben-Aïssa, s'empara de la Grande-Comore, puis des îles Hinzouan (Anjouan) et Mouéli (Mohéli) , et leur donna pour chefs ses deux fils.

Ce même Aïssa, ayant entendu beaucoup vanter Mayotte, vint la visiter il y fut accueilli en ami, et quelque temps après, la préférant à Anjouan, il s'y établit et épousa la fille du sultan. A la mort de son beau-père, il lui succéda, et fit bâtir une ville, qui fut appelée Tchinzgomi, sur l'emplacement de laquelle on voit encore aujourd'hui les restes d'une mosquée et un tombeau que l'on dit être celui de Moïna-Singa, la fille du sultan qui lui succéda dans le gouvernement de Mayotte, et dont la postérité directe régna seule à Mayotte, jusqu'à Andrian Souli exclusivement. Voici comment on dispose la liste de ces petits souverains, dont verra plus loin l'histoire  :

1° Le fondateur de la dynastique, dont le nom nous reste inconnu; 
2° Aïssa, fils de Mohammed-ben-Aïssa; 
3° Moïna-Singa;
4°Buona Fournon; 
5° Sultan Ali; 
6° Sultan Omar; 
7° Sultan Ali-ben-Omar;
8° Moïna-Aïcha; 
9° Sultan Bakari; 
10° Manaon; 
11° Selim;
12° Buona Ambo;
13° Sultan Saley;
14° Maouana-Madi;
15°Buonacombo-ben-Sultan-Amadi; 
16° Andrian Souli. 

Cinq sultans régnèrent, suivant William Jones , dans l'intervalle de 170 ans qui sépare l'époque où Cornelis Houtman et Plyton trouvèrent, à Anjouan, cette sultane Halîmah, jusqu'à l'avènement du sultan Ahmed, dont le règne paraît avoir commencé vers 1760 et s'être prolongé jusqu'en 1785. Dans la seconde moitié du XVIII^e siècle, les Comores devinrent le but des incursions des Sakkalavas de Boueni, peuple qui occupe toute la partie nord-ouest de Madagascar. Les Comorois, si puissants à la Grande-Comore, toujours nombreux dans les autres îles, semblaient tout à fait impuissants devant l'audace de ces hardis pirates, et la plupart du temps ils ne voyaient d'autre moyen de leur échapper que de prendre la fuite, en abandonnant tout ce qu'ils possédaient à la discrétion de leurs ennemis. 

« Les Johannais [habitants d'Anjouan]; disait en 1809 le capitaine Tomlinson, ont dernièrement fait de grandes pertes causées par les Madécasses qui envahissent l'île tous les ans pour s'y procurer des esclaves. Les autres îles Comores, Mohilla [Mohéli] et Mayotte, sont presque dépeuplées par les attaques de ces pirates, et Johanna [Anjouan], de douze bourgades, est réduite à deux. Ils arrivent à la fin de la mousson du sud-ouest, construisent des huttes autour des bourgades murées de l'île, et comme ils ne tentent jamais le passage qu'avec un temps favorable , ils les bloquent ainsi jusqu'à la fin de la mousson du nord-est, ce qui fait un espace de huit mois.

 J'ai vu une de leurs pirogues : elle avait environ quarante-cinq pieds de long sur dix à douze de large. La construction en était ingénieuse et fort semblable à celle des barques employées à la pêche de la baleine, et les différences pièces étaient jointes ensemble par des chevilles de bois. Ce peuple fait, tous les cinq ans, une expédition composée d'au moins cent pirogues, qui contiennent chacune de quinze à trente-cinq hommes, armés de mousquets. Chacune des quatre autres années, ils ne détachent que trente pirogues, pour qu'elles ne manquent pas de vivres, et pour laisser le temps aux plantations de se rétablir. Le roi me dit que, durant le siège de l'année précédente, près de deux cents femmes et enfants qui n'osèrent sortir des murs pour aller chercher des vivres, moururent de faim, et que plusieurs mères mangèrent leurs propres enfants.-»

Mayotte

« L'île de Mayotte, si l'on en croit les princes d'Anjouan, aurait toujours été vassale des rois de ce dernier pays; mais les Mayottais [Mahorais] paraissent n'avoir prononcé la khot'ba en leur nom qu'en de certains intervalles, et lorsqu'ils y ont été forcés par les événements. Pendant le règne du sultan Ahmed, qui gouverna Anjouan de 1760 à 1785, la puissance des Anjouanais avait déjà considérablement souffert des incursions annuelles des Sakhalavas dans leur île, et leur autorité sur Mayotte n'était plus qu'illusoire. Mayotte était alors dans un état de troubles continuels; sa population essentiellement hétérogène, et la position de Tchingoni, son ancienne capitale, au centre de cette population, laissaient les rois qui y faisaient leur résidence exposés à toutes les conséquences des révolutions que les sultans d'Anjouan ne manquaient pas de provoquer toutes les fois que les premiers prenaient des allures d'indépendance trop significatives. C'est dans ces circonstances qu'une famille arabe de Zanzibar, famille originaire de l'Oman, s'établit à Tchingoni, où elle acquit bientôt une grande considération par l'emploi qu'elle faisait des richesses que lui procurait son commerce. Le roi de Mayotte donna sa fille en mariage à celui de ses membres qui jouissait de la plus grande influence, jeune homme appelé Salih ben-Mohammed ben-Béchir el-Mondzary el-Omany. Le roi de Mayotte étant mort vers 1790, Salih ben-Mohammed abandonna la secte des Ibadhites, qui est celle des Arabes de l'Oman, et embrassa la secte orthodoxe de Chaféy, à laquelle appartiennent les Comorois; toutes les voix le désignèrent alors pour remplacer au pouvoir son beau-père. »

« Après quelques années de règne, poursuit Yousouf Ben-el-Moallem-Mousa; Mouana-Mâddi épousa une femme sakkalava de Mouzangaïe, et fit à cette occasion la connaissance de plusieurs princes sakkaiavas, et entre autres de Tsi-Lévâlou, appelé depuis Andrian Souli. Lors de la conversion de celui-ci à l'islam en 1823, Mouana-Mâddi lui écrivit pour le féliciter à ce sujet, et, peu de temps après, lui proposa une convention dont les clauses principales étaient :

Que si l'un des deux chefs mourait sans héritier légitime, son pays appartiendrait, de droit au survivant; que dans le cas où l'un serait forcé d'abandonner ses États, l'autre devrait employer tous les moyens pour l'y rétablir; et que s'il ne pouvait parvenir à ce, résultat, il devrait admettre le prince dépossédé au partage de la souveraineté de son pays, et lui céder la moitié de son. territoire.

L'exécution des articles de cette convention était obligatoire pour les successeurs légitimes des parties contractantes. Les circonstances allaient bientôt permettre à Andrian Souli de donner des preuves de sa bonne foi.

En 1829, Mouana-Mâddi fut assassiné par les ordres de sa propre soeur, qui mit sur le trône son fils Moûgni-Monkoû, jeune homme de quinze ans. Le fils de Mouana-Mâddi, Bana-Kombo, alors âgé de douze ans, eut le temps de s'embarquer, et se rendit à Mouroun-Sunga, auprès d'Andrian Souli, et réclama de ce prince l'exécution du traité qu'il avait conclu avec son père. Quelque difficile que fût sa position, Andrian Souli n'hésita pas, et confia au fils de son ami une flottille et quelques centaines de Sakkalavas. Ces forces jetèrent l'épouvante parmi les habitants de Dzaoudzi, qui, pour se faire pardonner la faute qu'ils avaient commise en acceptant pour roi Moûgni-Moukoû, s'empressèrent de le mettre à mort et de proclamer Bana-Kombo.

Les rigueurs que l'humeur belliqueuse d'Andrian Souli lui fit exercer
sur les Anti-Bouéni, lui aliéna ce peuple, qui le déposa pour élire sa propre soeur. Andrian Souli, après avoir pris conseil des Antalotes et des Sakkalavas qui lui étaient restés fidèles, sur ce qui restait à faire, s'embarqua avec eux pour Mayotte, où ils arrivèrent en 1832. Bana-Kombo reçut bien celui auquel il devait son trône, et, conformément au traité conclu entre Maouana-Mâddi et le roi de Bouéni, il lui abandonna en toute souveraineté le pays compris entre Moussappéré et une baie à laquelle les réfugiés donnèrent, en souvenir de leur berceau, le nom de Baie de Bouéni. Quelque amical qu'ait été l'accueil fait à Andrian Souli par Bana-Kombo, la mésintelligence ne tarda pas à éclater entre ces deux chefs, à la suite de la jalousie qu'avait excitée chez les Mayottais une prospérité que les Sakkalavas devaient à un travail assidu. Les Mayottais demandèrent à Bana-Kombo l'expulsion d'Andrian Souli et de ses adhérents, qui avaient montré jusque-là une excessive modération. Les Sakkalavas, exaspérés de l'ingratitude de Bana-Kombo, coururent aux armes, défirent les Mayottais dans plusieurs rencontres, et se vengèrent de Bana-Kombo en le chassant lui-même de l'île. »

« Ramanateka devait à la ruse et à la mauvaise foi la position qu'il occupait alors. Parent de Radama, gouverneur de Mouzangaïe dans le pays des Sakkalavas, il avait été obligé de s'enfuir avec soixante officiers et soldats, tous voués comme lui à la mort par Ranavalo. C'était vers la fin de 1832. Les fugitifs abordèrent à Anjouan, et y furent bien reçus par le sultan Abd-Allah, qui leur abandonna le quart de son île. Un an après leur arrivée dans ce pays, l'un des frères du sultan, Seyd-Ali, leva l'étendard de la révolte. Ramanateka, oubliant la généreuse hospitalité d'Abd-Allah, se ligua avec le prince rebelle, auquel sa coopération procura la victoire. Mais peu de temps après, Ramanateka ayant senti que sa présence à Anjouan devenait importune, il se rendit à Mohéli avec tous les siens, s'imposa comme roi du pays aux habitants, stupéfiés de tant d'audace, entoura de murailles Fomboni, la capitale de l'île, se fit musulman ainsi que ses compagnons, et attendit de pied ferme ses ennemis.

Tel était l'homme entre les mains duquel Bana-Kombo , chassé de Mayotte en 1833, allait remettre ses intérêts. Ramanateka écrivit à Andrian Souli, et l'invita à se rendre à Mohéli, ce que celui-ci fit sans hésiter. Les deux Malgaches s'entendirent au détriment de Bana-Kombo ; il fut convenu entre eux que Ramanateka serait mis en possession de Dzaoudzi, et qu'Andrian Souli conserverait la souveraineté de la partie de la grande île qu'il occupait. Une ruse mit bientôt après Ramanateka en possession du reste, et lui facilita les moyens de chasser, à quelque temps delà, son allié du territoire dont il venait de lui faire cession. A la tête d'une petite armée, il envahit en 1836 Mayotte, en chasse Andrian Souli, laisse le commandement à un officier, et retourne à Mohéli. Andrian Souli, qui s'était réfugié chez Abdallah, sultan d'Anjouan, s'empare de Mayotte avec l'assistance de ce prince. Ensuite il vient bloquer, à Mohéli, Ramanateka, lequel, à la faveur d'un coup de vent qui jette à la côte la flottille d'Anjouan, s'empare d'Abdallah et le laisse mourir de faim en prison. Depuis lors, à l'instigation de Ramanateka, Salim, oncle d'Alaouy; chasse d'Anjouan son neveu, qui fuit à Comore, de là à Mozambique, à Mascate, et qui, en dernier lieu, se réfugie à Maurice. Salim devient l'ennemi naturel d'Andrian Souli, à cause des liaisons de ce dernier avec Alaouy; il manifeste quelques prétentions à la souveraineté de Mayotte, sous prétexte qu'elle aurait été autrefois, ainsi que les autres Comores, une des dépendances d'Anjouan. Salim se borne toutefois, de concert avec Ramanateka, à favoriser, à Mayotte, la rébellion d'un jeune chef de la province d'Antankare, accueilli par Andrian Souli, et qui, depuis lors, après avoir réuni autour de lui les Sakkalavas mécontents et quelques Mayottais, finit par succomber dans la lutte. »

A la fin du XIX^e siècle, Mayotte était devenu un point d'appui important des Français dans l'Océan indien. Les paquebots des Messageries touchaient à Mayotte. Il y avait quatre bureaux de postes, et jusqu'en 1896, Mayotte eut un gouverneur, résidant à Dzaoudzi. Le décret du 28 janvier 1896 remplaça le gouverneur par un administrateur dépendant du gouverneur de la Réunion et assisté d'un conseil consultatif (composé du chef du service de l'intérieur, du chef du service judiciaire et de deux notables). L'île était divisée en quatre quartiers. Les chefs de village étaient nommés par l'administration française. Il y avait un tribunal de première instance (avec un juge-président, un procureur de la République, un greffier-notaire), deux écoles à Dzaoudzi, une école mixte à Mamoudzou. A Dzaoudzi résidait par ailleurs le supérieur ecclésiastique. (d'Avezac).

Les Comores au XX^e siècle

Après la Seconde Guerre mondiale, les mouvements indépendantistes se développent aux Comores, en écho aux revendications similaires dans d'autres colonies françaises. En 1946, les Comores deviennent un territoire d'outre-mer (TOM) distinct de Madagascar, avec une représentation au parlement français. Dans les années 1960, la pression pour l'indépendance s'intensifie. Les partis politiques comoriens, notamment le Mouvement de Libération Nationale des Comores (MOLINACO) et le Parti Vert, militent pour la fin de la domination coloniale. En 1974, un référendum sur l'indépendance est organisé. Trois des îles (Grande Comore, Mohéli et Anjouan) votent majoritairement pour l'indépendance, tandis que Mayotte choisit de rester sous administration française.

Les Comores déclarent leur indépendance unilatéralement le 6 juillet 1975. Ahmed Abdallah devient le premier président de la nouvelle république, mais son gouvernement est rapidement renversé par un coup d'État dirigé par Ali Soilih, un leader révolutionnaire socialiste. Ali Soilih mène une politique de modernisation radicale, mais son régime autoritaire et ses réformes controversées provoquent des tensions. En 1978, il est renversé par un autre coup d'État soutenu par des mercenaires européens, dirigés par Bob Denard. Ahmed Abdallah revient au pouvoir et établit un régime autoritaire, s'appuyant sur ces mercenaires pour maintenir son contrôle.

Dans les années 1990, les Comores sont confrontées à une série de crises politiques. En 1989, Ahmed Abdallah est assassiné, ce qui plonge le pays dans l'instabilité. Sa succession est marquée par une alternance de coups d'État et de régimes de transition. En 1997, les îles d'Anjouan et de Mohéli tentent de faire sécession, souhaitant réintégrer la France. Cette crise conduit à une intervention de l'Organisation de l'Unité Africaine (OUA), qui mène des négociations pour maintenir l'unité du pays. En 2001, un accord est conclu pour créer l'Union des Comores, avec une plus grande autonomie pour chaque île. L'accord de 2001 aboutit aussi à une nouvelle constitution instaurant une présidence tournante entre les trois îles principales. Cette structure vise à réduire les tensions séparatistes. Cependant, la vie politique reste marquée par des rivalités et des tentatives de coups d'État.

En 2008, la crise s'aggrave lorsque le président d'Anjouan, Mohamed Bacar, refuse de quitter le pouvoir. Le gouvernement fédéral, avec le soutien de l'Union africaine, intervient militairement pour rétablir l'autorité centrale. Depuis, bien que la situation se soit globalement stabilisée, les Comores continuent de faire face à des défis économiques, à la pauvreté et à des tensions politiques. Les relations avec la France restent complexes, surtout en raison du statut de Mayotte, qui est devenue un département français en 2011, malgré les revendications comoriennes.

Aujourd'hui, les Comores dépendent principalement de l'agriculture (ylang-ylang, vanille, clous de girofle) et des transferts d'argent des diasporas. Le pays reste toutefois l'un des plus pauvres au monde, avec des infrastructures limitées et un chômage élevé. L'instabilité politique récurrente, combinée à une corruption endémique, freine le développement économique.

Nakidine Mattoir, Les Comores, de 1975 à 1990, une histoire politique mouvementée, L'Harmattan, 2004. Christophe Grosdidier, Djoumbe Fatima, reine de Moheli, L'Harmattan, 2004. - En 1847, pour asseoir l'influence française: dans la région des Comores, le commandant de Mayotte, Passot, conçoit l'idée d'envoyer une gouvernante française faire l'éducation de la fille d'un pirate, héritière du trône de Mohéli. Voilà déjà qui pouvait donner à l'auteur l'idée de ce roman historique... Malgache de haute naissance, reine d'une île adossée à l'Afrique, mariée à un Arabe de Zanzibar. Djoumbe Fatima ira jusqu'à Paris défendre l'indépendance de son petit sultanat. Ses contemporains n'ont trop souvent voulu voir en cette souveraine qu'un cas pathologique d'indécision féminine. La littérature coloniale et cléricale de l'époque ne cultivait pas que les préjugés misogynes : la duplicité naturelle aux Arabes, la traîtrise inscrite dans le sang malgache, expliqueraient une attitude qui n'était pas toujours fidèle aux intérêts français... Il est possible aujourd'hui de comprendre la politique fluctuante de la reine de Mohéli comme la résultante des formidables tensions exercées autour de sa petite île par les puissances coloniales à l'oeuvre dans la région. Une reine, mais aussi une femme... Il suffit de suivre le fil authentique de sa vie, où raisons de cour et raison d'État sont inextricablement mêlées, pour y croiser le docteur Livingstone, ou bien l'aventurier Joseph Lambert avec qui elle entretiendra une relation passionnée. (couv.).