L'arrivée des Portugais au début du XVI^e siècle marque un tournant. En 1498, Vasco de Gama atteint la côte du Mozambique lors de son voyage vers l'Inde. Ce contact initial conduit à l'établissement de comptoirs commerciaux portugais, notamment à Sofala, Ilha de Moçambique et Lourenço Marques (aujourd'hui Maputo). Ces comptoirs servent d'escales pour le commerce maritime et pour les expéditions vers l'intérieur. Les Portugais se concentrent initialement sur l'exploitation des ressources, notamment l'or et les esclaves. Ils font face à une forte résistance locale, mais parviennent à s'imposer grâce à leurs alliances avec certains chefs locaux. 

Les campagnes de colonisation sont renforcées au XIX^e siècle lorsque les Portugais cherchent à étendre leur contrôle sur l'intérieur du territoire pour contrer l'influence britannique et allemande dans la région. Au XX^e siècle, le Mozambique devient une colonie d'exploitation pour le Portugal, qui impose une domination stricte à travers des politiques de ségrégation raciale, de travail forcé et de monopole économique. Les infrastructures, comme les chemins de fer, sont développées principalement pour l'exploitation des ressources et l'exportation.

Le mécontentement grandit au sein de la population, exacerbée par les conditions de travail inhumaines et la discrimination. Après la Seconde Guerre mondiale, l'idéologie anticoloniale prend de l'ampleur dans toute l'Afrique. En 1962, le Front de libération du Mozambique (FRELIMO) est fondé sous la direction d'Eduardo Mondlane, avec pour objectif l'indépendance du pays. Le FRELIMO lance une guerre de guérilla contre le régime colonial en 1964. Cette lutte dure une décennie, au cours de laquelle le FRELIMO reçoit le soutien de plusieurs pays socialistes et des mouvements de libération d'autres colonies portugaises en Afrique. La révolution des Oeillets au Portugal en 1974 met fin à la dictature de l'Estado Novo et conduit à la décolonisation rapide de ses colonies africaines. En 1975, après des négociations entre le FRELIMO et le gouvernement portugais, le Mozambique accède à l'indépendance le 25 juin 1975. 

Le FRELIMO prend le pouvoir sous la présidence de Samora Machel. Le FRELIMO adopte un régime marxiste-léniniste et met en place un État à parti unique. Le gouvernement nationalise les terres, les industries et les services, tout en mettant l'accent sur l'éducation, la santé et la réduction des inégalités. Cependant, la politique de collectivisation et de nationalisation rencontre des résistances internes et des difficultés économiques, exacerbées par le départ massif des colons portugais, qui laisse un vide dans les compétences techniques et économiques. Dès 1977, le Mozambique plonge dans une guerre civile opposant le FRELIMO au mouvement rebelle de la Résistance nationale mozambicaine (RENAMO). La RENAMO, soutenue par le régime raciste de l'Afrique du Sud et la Rhodésie (aujourd'hui Zimbabwe), mène une guerre de guérilla contre le gouvernement central. Le conflit, marqué par des atrocités contre les civils, des destructions massives d'infrastructures et une économie en ruine, dure 15 ans et fait près d'un million de morts. Les années 1980 voient également une grande famine et une dépendance croissante à l'aide internationale.

Le FRELIMO abandonn abandonne officiellement le marxisme en 1989, et une nouvelle constitution, l'année suivante, prévoit des élections multipartites et la mise en place d'une économie de marché. En 1992, sous la médiation de la communauté internationale, le FRELIMO et la RENAMO signent l'Accord général de paix à Rome, mettant fin à la guerre civile. Le pays adopte un système multipartite et organise ses premières élections démocratiques en 1994, qui sont remportées par le FRELIMO sous la présidence de Joaquim Chissano, successeur de Samora Machel (mort dans un accident d'avion en 1986).

La fin de la guerre civile permet une certaine stabilité politique et une reprise économique. Le Mozambique devient un exemple de reconstruction post-conflit en Afrique, attirant des investissements étrangers et enregistrant une croissance économique soutenue. Les années 2000 vont être marquées par un fort développement économique, porté par les investissements dans les ressources naturelles (gaz, charbon) et l'aide internationale. Cependant, cette croissance reste inégale, profitant principalement aux élites urbaines, tandis que la pauvreté et les inégalités persistent dans les zones rurales. 

En 2004, le Mozambique a connu une transition délicate avec la démission de Joaquim Chissano après 18 ans de mandat. Son successeur élu, Armando Guebuza, a rempli deux mandats puis a transmis le pouvoir exécutif à Filipe Nyusi en 2015. Les forces armées résiduelles de la RENAMO se sont engagées par intermittence dans une insurrection de bas niveau après 2012, mais un cessez-le-feu fin décembre 2016 a finalement conduit les deux parties à signer un accord de paix global en août 2019. Les élections d'octobre 2019, jugées problématiques par les observateurs occidentaux et la société civile, ont abouti à des victoires retentissantes pour Nyusi et le FRELIMO dans tout le pays.

À partir de 2015, le Mozambique fait face à de nouveaux défis sécuritaires avec l'émergence d'une insurrection islamiste dans la province de Cabo Delgado, au nord du pays. Ce groupe, connu sous le nom d'Ansar al-Sunna ou Al-Shabab (sans lien direct avec le groupe somalien), mène des attaques meurtrières, provoquant des déplacements massifs de populations et une crise humanitaire. Parallèlement, une crise de la dette éclate en 2016, lorsque des prêts secrets contractés par le gouvernement sont révélés, plongeant le pays dans une grave crise économique et ternissant l'image de l'État. La corruption au sein des élites politiques et économiques reste un problème majeur.

L'insurrection islamiste se poursuit dans le nord du pays. Depuis octobre 2017, des extrémistes violents - qu'un média officiel de l'Etat islamique (= Daesh) a reconnus pour la première fois en juin 2019 comme le réseau de l'Etat islamique au Mozambique - ont mené des attaques contre des civils et des services de sécurité dans la province septentrionale de Cabo Delgado. En 2021, le Rwanda et la Communauté de développement de l'Afrique australe ont déployé des forces pour soutenir les efforts du Mozambique pour contrer le groupe extrémiste. 

Aujourd'hui, le Mozambique continue de faire face à des défis multiples : l'instabilité politique et sociale toujours présente, la pauvreté, l'insécurité dans le nord du pays, les impacts des catastrophes naturelles (comme les cyclones Idai et Kenneth en 2019) et la dépendance à l'aide internationale. Toutefois, le pays mise sur l'exploitation de ses ressources en gaz naturel, notamment les gisements de Cabo Delgado, pour relancer son économie et financer son développement.