Du temps de la domination espagnole (1580-1640) les Paulistas, qui ont été les pionniers du Brésil au centre et au Sud de l'Empire, s'étaient avancés très loin dans l'intérieur des terres, à la recherche de l'or et pour la chasse des Indiens qu'ils réduisaient en esclavage pour approvisionner les plantations de la côte. Ils fondèrent ainsi les premiers établissements de Minas Geraes, de Goyaz, du Piauhy (alors dépendant du Maranhão), de Matto Grosso, de Santa Catharina et du Nord de Rio Grande do Sul. Ils chassèrent les jésuites espagnols établis à I'Est du Paranà, reculant ainsi les limites du Brésil. En 1630-1631, dirigés par Raposo Tavares, ils s'emparèrent de la province espagnole de Guaira, entre l'Iguassü, le Paranà et le Paranapanema et forcèrent les jésuites et les Espagnols à abandonner leurs « réductions » et les deux villes de Ciudad Real et de Villa Rica et à se réfugier avec leurs Indiens auprès de leurs confrères, entre le Paranà et l'Uruguay et dans la province de Tape (Rio Grande do Sul). Les Paulistas les poursuivirent en 1636 jusque dans cette retraite et leur firent évacuer les missions du bassin du Jacuhy. Vainqueurs à Caaro (Martyres), à Caasapaguazu, à Caasapamini, à San Nicolas, ils chassèrent les Espagnols des bassins du Piratinim, de l'Ibicuhy et de tout le pays à l'Est de l'Uruguay (1638). Cependant les jésuites espagnols revinrent (1687-1709) et fondèrent sept nouvelles réductions à l'Est de l'Uruguay dans le territoire dont le Brésil n'a achevé la conquête qu'en 1801. 

On vit alors les Paulistas pousser leurs courses jusque dans la partie septentrionale du Paraguay, à Santa Cruz de la Sierra et dans la Cordillère du Pérou; en 1676, un de leurs chefs, Pedroso Xavier prit et détruisit Villa Rica (sur le Jejuy, Paraguay : celle qui était sur l'Ivahy ayant été détruite en 1631). Entre les Paulistas et les jésuites, une longue lutte s'engagea à cause des Indiens dont ces derniers défendaient la liberté, mais qu'ils étaient accusés d'exploiter à leur profit : à Rio, on essaya de faire sauter avec de la poudre la chambre du premier prélat de cette ville, Lourenço de Mendoça (1632), qui défendait la liberté des Indiens; à São Paulo, les habitants s'emparèrent de tous les Indiens qui travaillaient dans le collège des jésuites (1633) et expulsèrent ces religieux (1640) de la ville. Les bulles du pape et les ordres du roi obtenus par Montoya, Dias Taño, et L. de Mendoça, condamnant l'esclavage, n'étaient pas exécutés. En 1641, les Paulistas voulurent se séparer du Portugal et nommer roi Amador Bueno; celui-ci refusa et fit acclamer le roi Jean IV, déjà reconnu dans toute la partie du Brésil non occupée par les Hollandais. En 1653, les jésuites purent rentrer à São Paulo. En 1661, les habitants du Maranhão et de Parà chassèrent aussi les jésuites. L'animosité dura jusqu'à l'expulsion des jésuites par Pombal en 1759. En 1755 (6 juin), 1758 (8 mai), le même ministre obtint du roi Joseph Ier deux lois qui mirent fin à l'esclavage des Indiens, en rendant exécutoire dans tout le Brésil la loi du 1^er avril 1680.

A l'époque de la conquête du Pérou par Pizarro, Francisco de Orellana avait découvert et audacieusement descendu tout le cours de l'Amazone. Maîtres du pays, les Espagnols, désirant établir par ce fleuve une communication avec Lima, le firent explorer par une expédition partie de Parà, que commandait Pedro Teixeira (1637-1639). Après la libération du Portugal, la colonisation, qui ne se portait plus aux Indes, se développa plus rapidement au Brésil; la date de la fondation des évêchés marque à peu près les étapes du progrès : l'évêché de Bahia fut érigé en archevêché en 1676; Rio de Janeiro et Pernambuco devinrent des évêchés la même année, Maranhão en 1677, Parà en 1719, São Paulo et Minas (à Marianna) en 1745; Goyaz et Matto Grosso devinrent des prélatures en 1745.

En 1640, lorsque le Portugal recouvra son indépendance, le Brésil était partagé en deux grands gouvernements, dits Etats : au Nord du rio Grande do Norte était l'Etat du Maranhão, créé en 1624 et composé du Parà, du Maranhão et du Ceará (ce dernier territoire a été annexé au gouvernement de Pernambuco en 1663); au Sud était l'Etat du Brésil, capitale Bahia, qui s'étendait depuis le Rio Grande do Norte en 1646, et depuis le Ceará en 1663, jusqu'à Santa Catharina, et qui comprenait les gouvernements de Pernambuco, de Bahia et de Rio de Janeiro; ce dernier fut érigé en vice-royauté en 1640. Une partie des côtes était alors aux mains des Hollandais qui ont été, comme nous l'avons vu, chassés du pays en 1654. Aux XVII^e siècle, la colonisation portugaise s'était portée principalement vers Bahia et Pernambuco; depuis 1680, le gouvernement s'occupa de la diriger vers le Sud; au XVIII^e siècle, la découverte des mines amena beaucoup d'émigrants à Rio. 

En 1754, l'Etat de Maranhã fut réuni à celui du Brésil et le pays commença à être subdivisé par la création de nouvelles capitaineries : Parahyba (1684), Rio Grande do Norte (1701), Minas (1709), São Paulo (1740), Piauhy (1718), Santa Catharina (1738), Goyaz (1744), Matto Grosso (1748), Rio Negro (1755), Rio Grande do Sul (1760), Ceará (1799), Espirito Santo (1800), Alagoas (1817), Sergipe (1821).

Après de l'indépendance du Brésil, deux provinces seulement, celle d'Amazonas (1850), formée de l'ancienne capitainerie du Rio Negro qui avait été incorporée au Parà en 1822, et celle du Paranà (1853), ont été créées. Pendant l'occupation hollandaise, des métis (marrons) s'étaient rendus indépendants dans le district de Palmarès (Alagoas) ; ils avaient résisté aux Hollandais et ils ne furent complètement soumis par les colons qu'en 1697. En 1680, la colonie du Sacramento (la Colonia), avait été fondée par D. Manuel Loba, gouverneur de Rio, sur la rive gauche de la Plata, très loin de la partie peuplée du Brésil dont l'établissement le plus méridional était alors Laguna (Santa Catharina) : elle a été la source de nombreuses querelles avec l'Espagne à qui elle resta par le traité de Saint-lldefonse (1777). Durant cette période, les guerres européennes entravèrent le progrès de la colonie. En avril 1697, les Français de la Guyane, conduits par Ferrolles, détruisirent les forts portugais de Desterro et du Tohéré et s'emparèrent de celui de Macapa que les troupes du Parà reprirent la même année. En 1708, des conflits éclatèrent à Minas Geraes entre les Paulistas et les Portugais européens que les premiers désignaient par le nom d'Emboabas; ils furent apaisés à l'arrivée ,du gouverneur Antoine d'Albuquerque. Vers la même époque il y eut des troubles à Bahia et une guerre civile éclata entre les habitants d'Olinda et ceux de Recife (1710-1711).

Rio de Janeiro avait environ 12 000 habitants vers le commencement du XVIII^e siècle. Pendant la guerre de la succession d'Espagne, le Français Duclere essaya d'y pénétrer et fut fait prisonnier (1710). L'année suivante (1711), Duguay-Trouin s'en empara; la ville se racheta du pillage et la population déposa le gouverneur qui n'avait pas su la défendre. La Colonia do Sacramento avait été prise par les Espagnols de Buenos Aires l'année même de sa fondation (1680), puis rendue au Portugal; elle fut assiégée peu de temps après par les Espagnols, évacuée par ordre du roi du Portugal après une longue défense du général Veiga Cabral (1705) et rendue au Portugal par le traité de paix. La guerre ayant éclaté de nouveau en 1735, la Colonia, défendue par le général Vasconcellos, résista victorieusement à deux ans de siège; le général portugais Paes occupa et fortifia le Rio Grande do Sul (1737). La limite fixée par le traité de Tordesillas (1494) n'ayant été respectée ni par le Portugal au Brésil, ni par l'Espagne aux Philippines, on régla enfin le litige par le traité de Madrid, négocié par le brésilien Alexandre de Gusmão (1750); le Portugal céda la Colonia en échange du territoire des Missions jésuitiques établies sur la rive gauche de l'Uruguay. 

Les jésuites ayant excité les Indiens à résister, il fallut recourir à la guerre (1754-1756) pour soumettre ces derniers. Les Guaranis de l'Uruguay furent vaincus à la bataille de Caybaté par l'armée de Buenos Aires et du Brésil, commandée par Andonalgui et Gomes Freire d'Andrada, comte de Bobadella. C'est alors que Pombal prononça l'expulsion des jésuites (1759). Les commissaires n'ayant pu s'entendre pour la délimitation de la frontière, le traité fut rompu; les Espagnols, sous Ceballos, bloquèrent la Colonia (1761 -1762), qui dut capituler, et s'emparèrent des deux rives du rio Grande do Sul. Malgré les stipulations du traité de Paris (1763), ils ne rendirent que la Colonia, et les Brésiliens, sous la direction de Sà e Faria, reprirent la rive Nord du rio Grande (1767). La guerre éclata encore une fois en 1772. Quatre ans après, l'armée brésilienne, commandée par le général Böhm, s'empara des forts de la rive Sud du rio Grande, de celui de Santa Thecla et de tout le territoire que les Espagnols détenaient depuis 1762. Pour venger ces défaites, l'Espagne envoya contre le Brésil le général Ceballos avec une flotte nombreuse et une armée gui s'emparèrent de l'île Sainte-Catherine et de la Colonia (1777). Par le traité de Saint lldefonse (1777), l'Espagne garda la Colonia, rendit l'île Sainte-Catherine et renonça à ses prétentions sur la partie orientale du rio Grande do Sul, ainsi que sur tous les territoires occupés par les Brésiliens à l'occident de la ligne fixée par le traité de Tordesillas.

En 1763, Rio de Janeiro devint la capitale coloniale da Brésil au lieu de Bahia. La découverte des mines avait alors déplacé le courant d'immigration qui, après s'être d'abord porté vers le Nord, se dirigea ensuite vers Minas, Rio et São Paulo. Plusieurs vice-rois, le comte de Bobadella (1733-1763), le marquis de Lavradio (1769-1779), Vasconcellos e Sousa (1779-1790) favorisèrent ce mouvement de colonisation, ainsi que la recherche et l'exploitation des mines d'or, l'agriculture et les études littéraires. C'est du temps de Lavradio que la culture du café fut introduite à Rio. Le Brésil se développait et comptait déjà à cette époque des hommes distingués qui figuraient honorablement parmi les littérateurs et savants du Portugal. En 1789, une conspiration ayant pour but l'indépendance fut découverte à Minas Geraes. Les chefs du mouvement projeté, parmi lesquels étaient les poètes Gonzaga et Alvarenga Peixoto, furent exilés en Afrique. Une seule exécution eut lieu, celle d'un sous lieutenant, Silva Xavier, le Tiradentes, dont le nom devint, par ce fait, populaire au Brésil. En 1801, une invasion des Espagnols du Paraguay dans le Matto Grosso fut repoussée à Nova Coimbra et un corps de volontaires brésiliens commandés par Pedroso et Canto s'empara des Missions espagnoles de la rive gauche de l'Uruguay jusqu'au Quarahim, pendant que l'armée régulière faisait la conquête de la ligne du Jagnarão.

Le royaume du Brésil

En 1807, dom João (Jean), prince régent, au nom de sa mère Maria I, ne pouvant résister à l'invasion française, se réfugia avec toute la famille royale à Rio de Janeiro (7 mars 1808), qui devint capitale d'Etat. Ainsi fut réalisé par la force des circonstances le projet qu'avaient conçu dom Luiz da Cunha en 1736, le marquis de Pombal en 1761, de transporter en Amérique le siège du gouvernement portugais. Dans le manifeste du 1^er mai 1808 adressé aux puissances étrangères, le régent disait qu'il « levait la voix du sein du nouvel empire qu'il était venu créer ». Le Brésil cessa dès lors de subir les rigueurs du régime colonial. Le prince régent, suivant le conseil de l'économiste brésilien Silva Lisboa, vicomte de Cayrù, ouvrit les principaux ports du pays aux pays amis (28 janvier 1808, décret de Bahia, signé avant l'arrivée du régent à Rio), admit les étrangers à la propriété foncière et accorda (16 juin 1815) au Brésil le titre de royaume. La monarchie prit celui de Royaume-Uni du Portugal, du Brésil et des Algarves. Il créa une imprimerie royale (il y avait eu une imprimerie au Brésil au XVIII^e siècle, mais la métropole avait interdit l'exercice de cette industrie), il créa des écoles supérieures et attira des artistes français. 

En 1809, des troupes brésiliennes, sous le commandement de Marques d'Elvas, et quelques bâtiments de guerre portugais, partis du port de Parà et ralliés en route par une corvette anglaise, prirent Cayenne et la Guyane française que le Brésil rendit à la France en 1817. 

Les troubles de la Bande orientale attirèrent au Sud les Brésiliens et les Portugais (1811-1812 et 1815-1820) qui, la seconde fois, après les victoires de l'armée du général Curado à São Borja, à Ibiraocahi, à Carumbé (1816) et à Catalan (1817) et celle d'une division de l'armée de Lecor à India Muerta, entrèrent à Montevideo le 20 janvier 1817 et complétèrent leur triomphe par les victoires de Chagas Santos à San Carlos (1818), de Ribeiro (Bento Manoel) à Queguay et à Arroyo Grande, d'Abreu à ltacoruby (1819) et du comte de Tigueira à Taquarembé (1820). C'est après cette dernière défaite que le général Artigas, jusque-là chef de la confédération de l'Uruguay, vit son autorité méconnue dans l'Entre-Rios et le Corrientes, et se réfugia au Paraguay. La Bande Orientale s'unit par fédération au royaume da Brésil sous le nom d'Etat cisplatin (1821).

A l'intérieur, une révolution séparatiste éclata à Pernambuco (1817); elle ne rencontra pas un grand nombre de partisans et fut promptement réprimée par une petite armée envoyée de Bahia. (Rio Branco).