Plusieurs groupes indigènes, appartenant principalement à la famille des langues guarani, habitaient la région du Paraguay moderne avant l'arrivée des Européens au début du XVI^e siècle. Sébastien Cabot, le premier entre eux, remonta le rio Parana et le rio Paraguay (1527); puis cette contrée fut conquise par Ayolas, qui fonda la ville d'Asuncion. Les compétitions entre conquistadores et les expéditions contre les tribus indigènes ensanglantèrent la colonie pendant tout le XVI^e siècle. En 1608, Philippe III chargea les jésuites d'établir pacifiquement son autorité, et ils fondèrent des centres d'évangélisation et de colonisation, les réductions. 

Les Indiens y vivaient en paix, de l'agriculture, courbés sous une réglementation inflexible. Le Paraguay formait alors un gouvernement, que l'ordre des jésuites dirigeait, non sans de violents conflits avec l'autorité civile, et, qui dépendait de la vice-royauté du Pérou. Les jésuites furent expulsés en 1767, et le Paraguay fut rattaché à la viceroyauté du rio de la Plata (Argentine), créée en 1776. Il ne prit aucune part au mouvement d'émancipation qui, en 1810, agitait Bueuos-Aires. repoussa Belgrano (1811) accouru pour imposer la révolution, puis, à la suite d'un pronunciamiento, institua une junte, qui proclama l'indépendance à l'égard de l'Espagne et aussi de l'Etat argentin. 

Francia se fit décerner la dictature pour trois ans (1814), puis à vie (1817); il l'exerça dans toute sa rigueur, isola systématiquement le Paraguay, mais y maintint la paix et une relative prospérité économique. A sa mort (1840), son neveu, Carlos Lopez, réussit à prendre le pouvoir. Il administra despotiquement, mais sagement, répandit l'instruction et résista par les armes au tyran argentin Rosas (1845-1852). Son fils, Francisco Solano Lopez, lui succéda (10 septembre 1862); à la suite de difficultés avec le Brésil, il soutint contre la triple alliance du Brésil, de l'Uruguay et de la république Argentine une guerre acharnée (1865-1870), qui décima la population. Il fut tué dans un combat (1870). 

Le Paraguay, vaincu, sauvegarda son indépendance au prix de quelques concessions territoriales. Il eut depuis lors pour présidents : Rivarola (1870), Jovellanos (1871), Gill (1874), assassiné en 1877; Uriarte (1877), Bareiro (1878), dont l'administration fut réparatrice; Caballero (1880), Escobar (1886), Gonzalez (1890), Morinigo (1894), Aceval (1898). 

Le 9 janvier 1902, un pronunciamiento éclata à Assomption, parce que le président Aceval, dont le mandat arrivait à expiration, ne voulait pas appuyer, dans la campagne présidentielle, le candidat de l'armée. Le président fut emprisonné, forcé de donner sa démission, que le Congrès, envahi, dut accepter. Le pouvoir exécutif fut remis au vice-président, Andres Hector Carvallo.

Le pays a stagné économiquement pendant plusieurs décennies et a connu une série tumultueuse de régimes politiques. Après la guerre du Chaco de 1932-1935 avec la Bolivie, le Paraguay a gagné une grande partie de la région des basses terres du Chaco. La dictature militaire de 35 ans d'Alfredo Stroessner a pris fin en 1989, et le Paraguay a organisé des élections présidentielles relativement libres et régulières depuis son retour à la démocratie.