On demanda alors l'organisation de juntes provinciales dans les colonies. La première se forma à Quito en août 1809. Les vice-rois et les capitaines généraux espagnols furent très effrayés de cette tendance qui mettait en péril leur autorité émanée d'un pouvoir déchu. Ils la combattirent maladroitement et aggravèrent rapidement ce mouvement autonomiste. Le vice-roi de la Nouvelle-Grenade convoqua à Bogota une assemblée de notables qu'il voulait opposer à la junte de Quito. Contrairement à son attente, cette assemblée approuva la junte et résolut de l'imiter. On ne put la dissoudre par la force, et quand le vice-roi du Pérou eut dispersé la junte de Quito (septembre 1809), il s'en forma une autre à Bogota. Elle reconnut l'autorité de la junte centrale de Cadiz et fut d'abord présidée par le vice-roi Amar. Mais le mouvement révolutionnaire qui se dessinait au Venezuela gagna la Nouvelle-Grenade. Une querelle entre un Espagnol de la métropole et un créole du nom de Morales divisa toute la ville de Bogota; une émeute suivit et sur la proposition de D. Josef de Azevedo, le vice-roi fut renversé, renvoyé en Espagne, le pouvoir confié à une junte révolutionnaire de 37 membres (20 juillet 1810).

Nul ne songeait encore à une scission complète; on voulait seulement obtenir de la métropole qu'elle traitât les colonies sur le pied d'égalité au lieu de les exploiter à son profit. La junte adressa aux vingt-deux provinces du royaume un manifeste les invitant à envoyer à Bogota des délégués pour former un congrès. Plusieurs provinces, des plus importantes, adhérèrent à l'insurrection, notamment Carthagène Socorro, Pamplona; mais d'autres continuèrent d'obéir aux Espagnols; par exemple l'isthme, Santa Marta, Pasto; finalement sept seulement députèrent à Bogota où le premier congrès s'ouvrit le 25 décembre 1810. Ses résolutions furent assez hétérogènes. Il créa une république de Cundinamarca dont le président devait gouverner au nom du roi d'Espagne, Ferdinand VII, le seul que l'on voulut reconnaître. On élut président Jorge Lozano, vice-président Jose Maria Dominguez, qui ne purent établir leur autorité. Des juntes s'étaient formées dans les principaux centres, notamment à Carthagène et à Popayan, rivales de Bogota. Un conflit se dessinait entre le parti centraliste et le parti fédéraliste. Le chef du premier, le général Antonio Nariño, fut élu président et la guerre civile commença. Le congrès, où dominaient les fédéralistes, se retira à Tunja, puis à Leyva, où l'on élut président de la République Camilo Tores (1812). Tandis que les deux premiers presidents étaient originaires de Bogota, celui-ci était de Popayan. 

En 1813 le congrès, suivant l'exemple donné par les provinces de Carthagène et d'Antioquia, proclama l'indépendance absolue des anciennes colonies espagnoles. On allait avoir à combattre pour la défendre, car l'Espagne, débarrassée de Napoléon, allait consacrer toutes ses forces à l'Amérique. Au Venezuela les monarchistes avaient repris le dessus, Simon Bolivar vint à Carthagène demander du secours, l'obtint et délivra momentanément le Venezuela. Dans la Nouvelle-Grenade régnait l'anarchie. Chaque province s'organisait isolément et presque partout on avait abouti à la dictature. A Carthagène elle fut confiée à Manuel Rodriguez Torices; à Antioquia, à l'énergique Juan del Corral, pour qui le naturaliste Caldas fabriquait des armes; au Cauca commandait Mazuera; dans le Cundinamarca, Antonio Nariño. Tandis que celui-ci usait ses forces contre Camilo Tores, le chef des fédéralistes, la cause de l'indépendance était mise en sérieux péril même avant le retour offensif des Espagnols par les résistances qu'elle rencontrait dans certaines provinces. Au Nord, Carthagène était menacée par les royalistes de Santa Marta et dans l'intérieur le clergé soutenait Ferdinand VII. 

Le colonel français Labatut réussit à prendre Santa Marta, mais ne put s'y maintenir; Bolivar refoula les royalistes et occupa Ocana (Etat de Santander), mais sans rapporter d'avantage décisif. Au Sud ce fut pire, les gens de Pasto, obstinément dévoués à la cause espagnole qu'ils avaient déjà défendue lors de l'insurrection de Quito (août 1809), mirent en échec les indépendantistes; avec leur concours, le gouverneur espagnol de Popayan comprima l'insurrection. Une armée envoyée de Bogota le défit à Palacé (28 mars 1811), la première victoire des Colombiens; mais les Pastucians revinrent à la charge et en 1812 reprirent Popayan. Centralistes et fédéralistes se réconcilièrent et Nariño, nommé lieutenant, général des armées de l'Union, se mit en marche vers le Sud. C'était un bon capitaine et il avait organisé une artillerie. Il débuta par de brillants succès; le général espagnol Samano fut vaincu à Palacé (1813); la victoire de Calibio, la prise de Popayan, la victoire remportée sur le général espagnol Aymerich au col de Juanambu (1814) semblaient décisives. Mais quand Nariño mit le siège devant Pasto il fut fait prisonnier, probablement par trahison. Il fut envoyé en Espagne.

A la nouvelle de ce désastre le congrès nomma (septembre 1814) un triumvirat (Manuel Rodriguez Torices, Custodio Carcia Rovira, Jose Manuel Restrepo, suppléés par Jose Maria del Castilio y Rada, Joaquin Camacho et José Fernandez Madrid; plus tard Jose Miguel Pey et le général Antonio Villavicencio remplacèrent Rovira et Restrepo). Ce n'était pas en divisant l'autorité qu'on pouvait résister aux Espagnols. Ceux-ci avaient envoyé une armée commandée par D. Pablo Morillo qui se porta sur Carthagène. Il avait 56 navires et 10000 bons soldats; les indépendantistes n'étaient que 3000. Ils firent une résistance héroïque, mais au bout de 108 jours ayant épuisé tous leurs vivres, ils tentèrent de s'enfuir par mer; 400 à peine échappèrent. Morillo rétablit l'Inquisition, institua un tribunal militaire pour juger sommairement les « bandits », en attira quelques centaines dans la ville par une promesse d'amnistie générale et les fit aussitôt fusiller (1815). La chute de leur citadelle parut présager la ruine des indépendants. Abandonnant le triumvirat, ils revinrent au commandement unique : Camilo Tores fut nommé dictateur puis on élut président Jose Fernandez Madrid. 

Le 16 mail 1816, les Espagnols entrèrent à Bogota. Les indépendants furent dispersés à Cachiri. Le président Madrid se replia vers le Sud; les colonels Santander et Serviez se refugièrent dans les Llanos de Casanare. Madrid et Cabal, le chef des troupes de Popayan, cédèrent le pouvoir à Custodio Garcia Rovira. La dernière armée indépendante, commandée par Mejia, fut écrasée à la Cuchilla del Tambo au sud de Popayan; sauf les bandes refugiées dans les llanos qui donnaient la main sur le rio Apure à celles du Venezuela, et sauf les hardis partisans qui harcelaient encore les Espagnols dans les provinces de Socorro et de Pamplona, les indépendantistes avaient déposé les armes. La répression n'en fut pas moins terrible. Le « pacificateur » fit fusiller 7000 Colombiens, l'élite de la nation. Son successeur, D. Juan Samano, nommé en 1817 vice-roi de la Nouvelle-Grenade, ne fut pas moins cruel. L'audience était rétablie; il semblait que tout fut terminé. Les principaux chefs du mouvement avaient été fusillés, Miranda, Villavicensio, Baraya. Mais de l'excès du mal sortit le remède. 

L'union était imposée aux républicains, elle fit leur salut. Au Venezuela, Bolivar avait reparu secouru par les libéraux européens, il fut reconnu pour chef et organisa à Angostura un gouvernement provisoire. Santander, qui commandait le reste des Colombiens, s'entendit avec lui. Ils joignirent leurs forces. Santander amenait 2000 hommes dont 1000 cavaliers; Bolivar les 1800 hommes de la légion irlandaise et un millier de Vénézuéliens. Avec cette armée, ils traversèrent les Andes au paramo de Pisca (3900 m) le 6 juillet 1819, surprirent la garnison des Corrales de Bouza, chassèrent les Espagnols de Sogamoso, leur livrèrent à Pantano de Vargas un sanglant combat (25 juillet). Le 7 août 1819 eut lieu au pont de Boyaca une bataille décisive contre les 3500 vétérans espagnols du général Barreyro. Grâce aux talents de Bolivar, à la sauvage valeur des lanciers des Llanos, l'armée espagnole fut détruite; presque tous les Espagnols furent pris avec armes et bagages. La province de Tunja se souleva tout entière et fournit 9000 hommes aux indépendantistes. Ceux-ci rentrèrent le 10 août à Bogota. La terreur espagnole était finie. Le 17 décembre 1819, le congrès d'Angostura proclama l'union de la Nouvelle-Grenade et du Venezuela, sous le nom de République de Colombie.

La Grande Colombie (1821-1831)

Ce congrès n'était, à proprement parler, qu'une réunion des principaux chefs patriotes, en grande majorité originaires du Venezuela. Zea, vice-président sous Bolivar, le présidait; un autre néo-grenadin, Solazar, y siégeait, représentant le Casanare. L'assemblée d'Angostura, composée essentiellement de chefs militaires, prit des mesures qui devaient être plus tard la causé de difficultés sérieuses. Elle prépara la création d'une aristocratie des chefs militaires qui fut bientôt disposée à croire que la révolution faite par eux devait leur profiter et leur valoir une situation privilégiée. Ils se distribuèrent les plus grands honneurs, à Bolivar surtout, mais aussi aux principaux chefs; un ordre des « Libérateurs » fut institué pour les distinguer. Le dernier acte du congrès d'Angostura fut la convocation à Rosario del Cucuta d'un autre congrès général de la Colombie qui fut le premier régulièrement réuni. On eut tout le temps de s'organiser, parce qu'au moment où une nouvelle expédition espagnole allait, prendre la mer, elle fut arrêtée par la révolution dirigée en Espagne même  par Riego et Quiroga. Tous les détenus politiques internés à Cadiz furent mis en liberté. Parmi eux, se trouvait le général Nariño, le chef traditionnel des libéraux néo-grénadins. Dans la colonie, le général Francisco de Paula Santander avait organisé le Cundinamarca; le colonel Ortega, le Boyaca. Une armée formée sur les plateaux affranchit la vallée du Magdalena. Le 6 mai 1821, s'ouvrit, sous la présidence de Nariño, le congrès de Rosario del Cucuta où siégèrent à côté des survivants de la première insurrection les vainqueurs de la veille. 

« Le congrès décréta l'union des deux républiques de Nouvelle-Grenade et de Venezuela, sous la condition expresse qu'elles seraient régies par un gouvernement populaire et représentatif. Il décréta également la liberté des fils d'esclaves qui naîtraient dorénavant sur le territoire de la République; il abolit le tribunal de l'Inquisition rétabli à Carthagène par Morillo; il accorda la liberté religieuse aux étrangers et à leurs descendants; il supprima les impôts les plus impopulaires; il ordonna la fondation d'écoles primaires dans tous les villages et de lycées dans toutes les villes principales de la République; il organisa l'administration politique et judiciaire. Son oeuvre, inspirée des principes de la Révolution française, peut être comparée pour son importance fondamentale avec celle de notre assemblée constituante. A la fin du mois de juin, Bolivar gagna la sanglante bataille de Carabobo qui affranchit le Venezuela. Le 7 septembre 1821 eurent lieu des élections pour le président de la République. Le général Bolivar y fut élu avec le général Santander comme vice-président. Le 3 octobre ils prirent possession de leurs fonctions. Zea fut accrédité comme ministre plénipotentiaire et envoyé extraordinaire de Colombie auprès des cours de France, d'Angleterre et d'Espagne. Mais il fut expulsé de Madrid, la métropole ayant refusé de reconnaître l'indépendance de la Colombie (août 1821). Elle ne le fit que soixante ans plus tard (août 1881).

Il fallait donc achever l'oeuvre de la conquête de l'indépendance. Les provinces de la Colombie, restées fidèles à l'Espagne, cédèrent vite. Le 12 février 1820, la victoire remportée par le général Cordova sur Warletta à Chorros Blancos avait libéré Antioquia. Cordova, Maza et Padilla unirent ensuite leurs efforts pour reprendre Carthagène (4 octobre 1821). Padilla acheva ensuite la défaite des monarchistes de Santa-Marta et de Rio-Hacha; il força la barre du Maracaïbo et s'empara de la flotte espagnole; la région de l'Isthme (Etat de Panama), soulevée par Jose Fabreja (28 novembre 1821), se rallia à la Colombie. Restaient les provinces du Sud qui avaient brisé, en 1814, les forces des patriotes. De ce côté, tout était à faire, car elles s'appuyaient non seulement sur la province de Quito, mais sur le Pérou, où les Espagnols s'étaient victorieusement maintenus. Simon Bolivar et le jeune général vénézuélien, Antonio José de Sucre, conquirent les pays de l'Equateur; Bolivar fut vainqueur à Bombona, Sucre au Pichincha; ils occupèrent Quito et Guayaquil, et décidèrent la soumission de Pasto (1822). Alors eut lieu entre les deux plus célèbres chefs patriotes, Bolivar, libérateur de la Colombie, et San Martin, libérateur de la République argentine, l'entrevue de Guayaquil (26 juillet 1822), où ils s'entendirent pour chasser les Espagnols du Pérou.

Tandis que Bolivar s'immortalisait au Pérou, le général Santander, vice-président de la république de Colombie, organisait admirablement le nouvel Etat. C'est grâce à son administration que fut préparée et ravitaillée l'armée du Pérou. La justice, les finances, l'instruction publique ne furent pas l'objet d'une moindre sollicitude. Il est regrettable que des rivalités personnelles aient divisé Bolivar et Santander. L'absence prolongée du premier fut fatale à la grande république colombienne. Santander était néo-grénadin, et ne put contenir les désirs d'autonomie du Venezuela, où Paez poussait ouvertement à une scission. Bolivar, enfin revenu, parcourut toute la Colombie, de Quito à Caracas, sans pouvoir calmer les dissentiments. Bolivar fut poussé par les centralistes à la dictature; mais les fédéralistes avaient pour eux l'opinion; Santander lui-même se mit à leur tête dans la Nouvelle-Grenade. La révision de la constitution fut demandée, et on ne put y échapper; une convention nationale fut élue et convoquée à Ocaña où elle ouvrit ses séances le 7 août 1828. Dès qu'ils constatèrent que les fédéralistes disposaient de la majorité, les centralistes, partisans de Bolivar, se retirèrent. Le conseil des ministres confia au président des pouvoirs extraordinaires. Il fut proclamé dictateur. 

L'opposition était exaspérée, inquiète des projets qu'on avait eus de donner au «-Libérateur-» le titre d'empereur, décliné pourtant par lui. On complota la mort de Bolivar. Il put cependant s'échapper de son palais; le général Cordova le rétablit le jour même (septembre 1828). Il procéda à de sanglantes représailles. Padilla, le vainqueur de la flotte espagnole, fut fusillé. Santander condamné à mort; Bolivar commua cette peine en prison perpétuelle. Les Péruviens eurent l'ingratitude de déclarer la guerre à la Colombie, furent défaits au Portéte de Tarqui par Sucre (26 février 1829). Mais les dissensions intestines redoublèrent. Nulle part on n'était disposé à subir la dictature. Dans le Cauca, Lopez et Obando s'insurgèrent. A Antioquia, Cordova lui-même les imita; il fut vaincu au Santuario et assassiné par un officier irlandais. Peu après, Sucre, qui se rendait à Quito pour gouverner cette région, fut assassiné à son tour (à Berruecos); Paez remuait le Venezuela. Bolivar, découragé et malade, donna sa démission. On élut président Joaquin Mosquera (de Popayan), et vice-président, le général Domingo Caycedo (1830). Presque aussitôt, une insurrection militaire dirigée par le général Rafael Urdaneta les renversa (septembre 1830). Au Venezuela, Paez s'insurgea aussi, convoqua une assemblée des provinces de l'ancienne capitainerie générale de Venezuela, et mit Bolivar hors la loi. Dans la province de l'Equateur, le général Florez annonça de son côté la fondation d'une république indépendante (11 septembre 1830). Un congrès général, réuni à Bogota, conserva du moins l'ordre dans la plupart des provinces de la Nouvelle-Grenade; Bolivar, qui avait refusé de reprendre la dictature, était mort (17 décembre 1830); Urdaneta avait été vaincu par une contre-révolution que dirigeaient les généraux Lopez et Obando. 

On s'entendit pour procéder pacifiquement à la rupture de l'union colombienne. Les départements du Sud (Equateur, Azuay, Guayas), formèrent la république de l'Equateur; ceux du centre (Boyaca, Cundinamarca, l'Isthme, Magdalena, Cauca), la république de la Nouvelle-Grenade; ceux de l'Est (Orénoque, Venezuela, Apure, Zulia), la république du Venezuela (1831). Les trois républiques reconnurent leur indépendance réciproque et s'engagèrent au paiement des dettes contractées précédemment en commun, à ne pas gêner leurs relations commerciales par des lignes douanières, à se secourir contre un ennemi extérieur. Ainsi fut dissoute la grande Colombie créée par Bolivar. Les anciennes colonies espagnoles s'émiettaient. Le congrès de Panama, réuni en 1826, avait bien élaboré un projet de fédération des principales républiques latines (Mexique, Amérique centrale, Colombie, Pérou), mais seule la Colombie avait validé ses résolutions, et voici qu'à son tour elle se divisait en trois Etats souverains.

Le 17 novembre 1831, la convention de Bogota proclama l'indépendance de la Nouvelle-Grenade dans les limites de l'ancienne vice-royauté. Le pouvoir exécutif avait été exercé par intérim jusqu'à la réunion de la convention par le vice-président, le général Domingo Caycedo (de Bogota).