Un des traits les plus notables des langues nigéro-congolaises est le système de classes nominales. Ce système, qui organise les noms en séries catégorielles marqués par des préfixes (ou parfois des suffixes), influence l'accord grammatical dans toute la phrase : verbes, adjectifs, pronoms et démonstratifs s'ajustent en fonction de la classe du nom auquel ils se réfèrent. Bien que ce trait soit particulièrement développé dans les langues bantoues, où il peut compter jusqu'à 20 classes ou plus, il apparaît, sous des formes plus ou moins réduites ou fossilisées, dans de nombreuses autres branches de la famille, telles que les langues voltaïco-congolaises (comme le yoruba, l'ewe ou le mooré) ou certaines langues atlantiques (comme le fulfulde). Cependant, certaines branches, comme les langues mandé (bambara, mandingue, dioula), ne présentent plus de système de classes nominales actif, ce qui a conduit à des débats sur leur place exacte au sein de la famille.

La famille nigéro-congolaise est traditionnellement divisée en plusieurs branches majeures, bien que la structure interne de cette classification soit encore sujette à révision en raison de la complexité des données et de l'insuffisance de certaines recherches comparatives. La branche la plus vaste et la mieux documentée est celle des langues bantoues, parlées par des centaines de millions de personnes dans la moitié sud du continent. Leur expansion, souvent associée à la diffusion de l'agriculture il y a environ 3000 à 4000 ans à partir d'une région située près de la frontière actuelle entre le Nigeria et le Cameroun, a profondément modelé le paysage linguistique de l'Afrique centrale et australe.

Outre les langues bantoues, d'autres groupes importants comprennent les langues atlantiques (comme le wolof au Sénégal, le fulfulde dans le Sahel, ou le créole de Guinée-Bissau), les langues mandé (répandues en Afrique de l'Ouest, du Mali à la Côte d'Ivoire en passant par la Guinée), les langues voltaïco-congolaises (parmi lesquelles sont notamment les langues kwa comme l'akan, les langues gur comme le mooré, et les langues benoué-congo non bantoues comme l'igbo ou le yoruba), ainsi que les langues ivoiriennes, comme les langues krou (bété, baoulé). Chacune de ces branches possède ses propres spécificités phonologiques, morphologiques et syntaxiques, tout en partageant certains héritages communs.

Sur le plan phonologique, les langues nigéro-congolaises présentent une grande variété, mais certaines tendances sont récurrentes. La plupart d'entre elles sont tonales, c'est-à-dire que le sens des mots peut varier selon la hauteur ou le contour de la voix (ton haut, bas, montant, descendant, etc.). Le ton joue souvent un rôle lexical (distinguer des mots différents) mais aussi grammatical (marquer le temps, l'aspect ou le mode). Les systèmes consonantiques sont généralement assez riches, avec des occlusives, des nasales, des fricatives, et parfois des consonnes labio-vélaires (comme /kp/ et /gb/), très fréquentes en Afrique de l'Ouest. Les voyelles sont souvent organisées en systèmes à cinq ou sept qualités, parfois avec distinctions de longueur ou d'harmonie vocalique.

Du point de vue morphologique, les langues nigéro-congolaises sont majoritairement de type agglutinant, avec des affixes clairement segmentables qui s'ajoutent aux racines pour exprimer la dérivation ou la flexion. La verbalisation est souvent complexe, avec des marques pour le temps, l'aspect, le mode, la voix, ainsi que des extensions verbales (causatif, réciproque, intensif, etc.). La syntaxe tend à suivre un ordre SVO (sujet-verbe-objet), bien que certaines langues, comme le baoulé ou le dioula, puissent présenter des variations selon le type de construction.

Malgré cette cohérence apparente, la reconstruction du proto-nigéro-congolais reste un défi majeur pour les linguistes comparatistes. Les différences entre les branches sont considérables, et les données historiques lacunaires. De plus, les contacts linguistiques, les emprunts lexicaux massifs et les changements structurels profonds rendent difficile l'établissement de correspondances régulières fiables. Cela explique pourquoi certaines classifications récentes, notamment celles fondées sur des méthodes computationnelles ou phylogénétiques, proposent des regroupements différents ou remettent en cause l'unité même de la famille. Néanmoins, la majorité des spécialistes continue de reconnaître la validité générale de la famille nigéro-congolaise, même si ses contours internes restent flous.

De nombreuses langues nigéro-congolaises jouent un rôle central dans la vie politique, économique et culturelle de leurs régions. Le swahili, langue bantoue fortement influencée par l'arabe, est aujourd'hui une des langues les plus parlées en Afrique, avec plus de 200 millions de locuteurs, et sert de lingua franca en Afrique orientale. Le yoruba, l'igbo, le wolof, le fulfulde ou le lingala sont également des langues de communication, d'enseignement, de médias et de création littéraire. Certaines d'entre elles sont même utilisées dans des contextes religieux au-delà du continent, notamment dans les diasporas afro-américaines.

La situation sociolinguistique des langues nigéro-congolaises est caractérisée par de fortes inégalités. Si certaines bénéficient d'un statut officiel ou semi-officiel et d'une codification développée, la majorité sont des langues minoritaires, souvent transmises oralement, menacées par la domination des langues coloniales (français, anglais, portugais) et par l'urbanisation. De nombreuses initiatives de revitalisation, de documentation linguistique et d'éducation bilingue sont en cours, portées par des institutions universitaires, des organisations locales et des communautés elles-mêmes, dans un effort pour préserver cette richesse linguistique exceptionnelle. 

Classification interne des langues nigéro-congolaises

Par exemple, Pozdniakov a suggéré que le noyau du nigéro-congolais pourrait être divisé en deux grands groupes principaux : l'un comprenant les langues mandé et peut-être d'autres groupes anciens, et l'autre regroupant ce qu'il appelle « le noyau voltaïco-congolais », incluant les langues gur, kwa, benoué-congo, et atlantiques (avec des réserves). Selon cette vision, les langues bantoues ne seraient qu'une expansion récente et spectaculaire d'une branche du benoué-congo.

En dépit de ces débats, un consensus relatif existe sur le fait que les langues bantoues, les langues benoué-congo non bantoues, les langues gur, les langues kwa (dans un sens restreint), les langues atlantiques et les langues mandé constituent les principaux piliers de la famille nigéro-congolaise. Cependant, l'absence de reconstruction solide du proto-nigéro-congolais, les lacunes documentaires pour certaines langues, et l'impact profond des contacts linguistiques rendent la classification interne encore partiellement hypothétique. Les recherches futures, notamment en phonologie historique, en lexicostatistique et en typologie comparative, devraient permettre de préciser davantage les relations entre ces groupes et d'approfondir notre compréhension de l'histoire linguistique de l'Afrique subsaharienne.

Groupe Congo-Bénoué.
Le groupe benoué-congo, qui englobe deux principaux ensembles : les langues bantoïdes (langues bantoues, langies bantoïdes du Nord et du Sud) et les langues de la rivière Cross, ainsi que d'autres langues difficiles à classer. Ce groupe est parfois considéré comme le cÅoeur du nigéro-congolais, car il montre une continuité structurale avec les langues bantoues.

Langues bantoïdes.
Les langues bantoïdes regroupent non seulement les langues bantoues mais aussi deux ensembles de langues apparentées (langues bantoïdes du Nord et langues bantoïdes du Sud) parlées principalement au Cameroun, au Nigeria et dans quelques zones frontalières. 

• Les langues bantoues constituent l'un des sous-groupes les plus vastes et les plus cohérents du phylum nigéro-congolais. Elles sont parlées sur une immense aire allant du Cameroun et du sud du Nigeria jusqu'aux régions les plus australes du continent africain, incluant la RDC, le Kenya, la Tanzanie, le Mozambique, l'Angola et l'Afrique du Sud. Parmi ces langues, on nommera : le swahili, le zoulou, le lingala, le tswana, le sotho, xhosa, le kongo, le mongo, l'angbetu, etc. L'unité de toute ces langues repose largement sur un système de classes nominales très élaboré, marqué par des préfixes qui catégorisent les noms selon des critères sémantiques ou morphologiques et gouvernent des accords dans toute la phrase. Les verbes bantous présentent des systèmes de dérivation très développés, incluant des extensions exprimant la réciprocité, la causativité, l'applicatif, le statif ou le passif, permettant d'exprimer de nombreuses nuances sans recourir à des propositions subordonnées. Les langues bantoues sont également tonales, bien que le rôle du ton varie selon les zones : dans certaines, il distingue essentiellement des lexèmes, alors que dans d'autres il constitue un élément morphologique central. La phonologie y est souvent caractérisée par des consonnes prénasalisées, des voyelles ATR et des structures syllabiques relativement simples. L'expansion bantoue, dont les phases restent partiellement discutées, a favorisé une diversité linguistique importante mais maintient par ailleurs des traits communs suffisamment réguliers pour que le groupe soit considéré comme une sous-branche solide et typologiquement homogène. Le proto-bantou a été reconstruit avec un bon degré de fiabilité, et l'histoire de leur expansion est relativement bien comprise, grâce à la combinaison de données linguistiques, archéologiques et génétiques.

• Les langues  bantoïdes du Nord sont généralement moins documentées et présentent une plus grande diversité interne, avec des systèmes de classes nominales souvent réduits, altérés ou en voie d'érosion, ainsi que des structures verbales moins régulières que dans le bantou strict. Elles montrent cependant divers vestiges des traits proto-bénoué-congolais, notamment certaines caractéristiques tonales, des systèmes pronominaux complexes ou des reliques de préfixation nominale. 

• Les langues bantoïdes du Sud, en revanche, constituent la zone où se rattachent les langues bantoues proprement dites, et montrent donc plus clairement une transition progressive depuis des systèmes à classes nominales nombreuses vers la sophistication observée dans le bantou. 

Langues de la rivière Cross et langues diverses.
Les langues de la rivière Cross, parlées dans le sud-est du Nigeria comprennent des langues comme l'abureni, l'obolo, ebughi ou le Mbembe. Elles présentent des systèmes de classes nominales hérités du proto-bénoué-congolais, bien que souvent réduits par rapport aux langues bantoues. Leurs structures verbales comprennent des morphèmes indiquant l'aspect, la direction ou la valence, ainsi qu'un usage important de la dérivation. Elles montrent souvent une richesse phonologique notable, avec des tons multiples, des consonnes implosives et un contraste marqué entre voyelles formant des systèmes ATR (+/– avancées de la racine de la langue).

Langues de l'Adamaoua et de l'Oubangui.
Langues de l'Adamaoua.
Les langues de l'Adamaoua (Nbum, mundang, tupuri, duru, leko, vere, mumuye, yandang, nimbari, oblo, waja, yungur, etc.) sont parlées principalement au centre du Cameroun, dans le sud-est du Nigeria, dans certaines zones de la République centrafricaine et du Tchad. Cet ensemble est très fragmenté et comprend de nombreuses langues parfois peu documentées. Les communautés qui les utilisent sont souvent de petite taille, et la dispersion géographique a favorisé une grande diversité interne. Ces langues présentent des systèmes tonals complexes, des distinctions nominales variées et des structures verbales qui peuvent inclure des extensions marquant des nuances aspectuelles ou directionnelles. Certaines d'entre elles montrent également des influences de langues tchadiques ou bantoues voisines.

Langues de l'Oubangui.
Les langues de l'Oubangui constituent l'autre grand sous-ensemble adamawa-oubanguien. Ces langues sont parlées surtout en République centrafricaine, dans le nord de la RDC, au Congo, au Soudan du Sud et dans les zones frontalières du Cameroun. Elles regroupent des langues comme le zandé (largement utilisé comme langue véhiculaire), le gbaya ou le banda. Leur morphosyntaxe se caractérise souvent par des systèmes pronominaux riches, des verbes fortement marqués par l'aspect plutôt que par le temps, et l'usage de particules grammaticales pour structurer la phrase. La flexion nominale y est généralement limitée, mais la tonalité joue un rôle central pour distinguer les unités lexicales et grammaticales.

Langues d'Afriques de l'Ouest.
Langues gur.
Les langues gur (ou voltaïques) forment un autre groupe important, principalement réparti au Burkina Faso, au Ghana, au Togo, au Bénin et au Mali. On y distingue plusieurs sous-ensembles comme le gur central (sissala, bouamou, koromfé, etc.), le groupe du mossi (moussi, gourmantché, dagbani, etc.), et d'autres. Le rattachement de certaines langues parfois rangées ici, peut être sujet à débats. C'est le cas des langues Sénoufo (karaboro, senari, kpalaga, etc.), qui pourraient être une branche indépendante, ou encore des langues dogon, par exemple,  qui restent difficiles à classifier en raison de leur isolement relatif et de leur structure unique.  Les langues gur sont caractérisées par des systèmes tonals complexes, une morphologie verbale riche, et souvent un ordre SOV (sujet-objet-verbe), ce qui les distingue de nombreuses autres langues nigéro-congolaises. Certaines possèdent des systèmes de classes nominales rudimentaires, bien que moins développés que dans les langues bantoues. Leur position au sein de la famille est généralement considérée comme solide, bien que leur relation exacte avec d'autres groupes reste à préciser.

Langues kru.
Les langues kru, parlées en Côte d'Ivoire et au Liberia, forment un sous-groupe du nigéro-congolais connu pour l'absence presque totale de classes nominales, en contraste avec les langues bantoues. Elles sont composées de plusieurs dizaines de langues dont le bété, le dida ou le kru proprement dit (ou kpelle). Leur système verbal repose ordinairement sur des alternances tonales ou vocaliques pour exprimer l'aspect ou la transitivité, et leur phonologie comprend fréquemment des voyelles nasales et des consonnes labiovélaires. Les langues kru montrent aussi des structures syllabiques relativement simples mais une complexité prosodique notable, avec des tons multiples et parfois des registres supplémentaires.

Langues kwa.
Les langues kwa, dans leur sens traditionnel, comprennent des langues parlées principalement en Côte d'Ivoire, au Ghana, au Togo, au Bénin et dans l'ouest du Nigeria. Elles incluent l'akan (fanti; ashanti, agona, etc.), le gbé (éwé, le fon, ikposo, etc.), le nyo (ga, baoulé, etc.) ou encore le yoruba. Ces langues partagent généralement des systèmes tonals riches, des ordres verbaux de base (souvent SVO), et certaines présentent encore des vestiges de classes nominales, bien que souvent réduits ou fonctionnant différemment des systèmes bantous. Toutefois, des études récentes suggèrent que le kwa tel que défini par Greenberg n'est pas monophylétique, c'est-à-dire qu'il ne constitue pas un groupe dérivant d'un ancêtre unique exclusif, et que certaines de ces langues pourraient être plus étroitement liées à d'autres branches, comme le benoué-congo.

Langues atlantiques.
Les langues atlantiques constituent une autre branche reconnue, bien que leur unité elle aussi soit parfois contestée. Elles sont réparties du Sénégal à la Sierra Leone, avec des extensions vers le nord du Liberia et l'ouest de la Guinée. Ce groupe inclut le wolof (langue nationale du Sénégal), les langues peul (ou fulfulde, parlé sur une vaste aire sahélienne), le sérère (serer), le diola et le créole de Guinée-Bissau (dérivé du portugais mais fortement influencé par des substrats atlantiques). Les langues atlantiques présentent souvent des systèmes consonantiques très riches, incluant des consonnes pré-nasalisées, des implosives, et dans certains cas des consonnes géminées avec fonction distinctive. Leur morphologie est généralement moins dépendante des préfixes que celle des langues bantoues, et elles montrent une variété d'ordres syntaxiques. Certaines, comme le peul, ont connu une large expansion grâce à la migration des pasteurs peuls et à l'islamisation de l'Afrique de l'Ouest.

Langues mandé.
Les langues mandé représentent un cas particulier au sein de la famille nigéro-congolaise. Parlées principalement au Mali, en Guinée, en Côte d'Ivoire, au Burkina Faso, en Sierra Leone et au Liberia, elles incluent des langues majeures comme le bambara, le mandingue, le dioula, le soninké et le mende. Contrairement à la plupart des autres langues nigéro-congolaises, les langues mandé ne possèdent pas de système actif de classes nominales, ce qui a conduit certains linguistes à remettre en question leur appartenance à la famille nigéro-congolaise. Toutefois, des études lexicales et phonologiques comparatives soutiennent leur inclusion, même si elles pourraient représenter l'une des branches les plus anciennement divergentes du groupe. Leur structure syntaxique est typiquement SOV, et elles présentent des systèmes tonals souvent à deux ou trois tons, avec des fonctions à la fois lexicales et grammaticales.

Langues ijo.
Les langues ijo, parlées dans le delta du Niger au Nigeria, forment un groupe particulier du nigéro-congolais dont les caractéristiques les distinguent nettement du reste de la famille. Elles incluent notamment le kalabari, l'izon et le kirike. Ces langues sont remarquables pour leur ordre de mots de type SOV, atypique dans le nigéro-congolais généralement SVO. Elles possèdent des systèmes de pronoms complexes et des distinctions de genre qui rappellent certaines propriétés des langues non nigéro-congolaises de la région, probablement en raison de contacts anciens. Leur morphologie est globalement analytique, mais la prosodie joue un rôle important : les tons y sont contrastifs et interagissent avec la morphologie verbale pour marquer des distinctions aspectuelles ou pragmatiques. L'ensemble des langues ijo témoigne d'une longue histoire d'isolement linguistique dans la zone du delta, avec une grande stabilité de traits inhabituels pour leur famille.

Autres langues.
En dehors de ces grands groupes, d'autres langues ou petits groupes sont parfois inclus dans le nigéro-congolais, bien que leur position soit incertaine. C'est le cas notamment des langues dogon, parlées au Mali, De même, certaines langues parlées au sud du Tchad ou dans l'est du Nigeria, comme les langues jarawan occupent des positions périphériques dans la classification.