Les Kouchans, un peuple nomade d'origine indo-européenne, contrôlent du I^er au IV^e siècle ap. JC une vaste région incluant le Tadjikistan actuel. Ils favorisent le bouddhisme, le commerce et les échanges culturels le long de la route de la soie. Les Hephtalites, aux V^e et VI^e siècles, contrôlent aux  une grande partie de l'Asie centrale, dont le Tadjikistan. Ils sont finalement vaincus par les Sassanides et les Göktürks. Les Sassanides (224-651) dominent la région avant l'arrivée des Arabes. La culture et la religion zoroastrienne s'épanouissent sous leur règne. Les Arabes conquièrent la région au VII^e siècle et y introduisant l'islam. La région devient une partie du califat omeyyade, puis abbasside. Le royaume samanide  (IX^e - X^e siècle), avec Boukhara comme capitale, représente un âge d'or de la culture et de la science persanes. Les Samanides jouent un rôle clé dans la promotion de l'islam et de la culture persane en Asie centrale.

Les invasions de Gengis Khan et des Mongols dévastent la région au XIII^e siècle. Les Mongols contrôlent la région pendant plus d'un siècle, contribuant à la destruction de nombreuses villes et centres culturels. Sous le règne de Tamerlan et de ses successeurs (XIV^e - XV^e siècles), la région connaît une renaissance culturelle, avec Samarcande (Ouzbékistan) et Hérat (Afghanistan) comme centres culturels et intellectuels. Les tribus ouzbèkes dominent la région à partir du XVI^e siècle. Celle-ci est divisée en plusieurs khanats, dont celui de Boukhara et celui de Kokand. 

Le Tadjikistan actuel est progressivement annexé par l'Empire russe au cours du XIX^e siècle, après plusieurs guerres et traités avec les khanats locaux et les empires concurrents. Après la révolution soviétique, des bandes de guérillas indigènes (appelées basmachi) contestent férocement le contrôle bolchevique de la région, qui n'est entièrement rétabli qu'en 1925. La République socialiste soviétique du Tadjikistan est créée en 1929, d'abord en tant qu'autonomie au sein de la RSS d'Ouzbékistan, puis comme république à part entière de l'Union soviétique, et lui transfère une grande partie de l'actuelle province de Sughd. Les Ouzbeks ethniques forment depuis une minorité substantielle au Tadjikistan, et les Tadjiks ethniques une minorité encore plus importante en Ouzbékistan. Comme dans d'autres parties de l'URSS, la période stalinienne est marquée par des répressions politiques, des purges et des déportations. Cependant, le Tadjikistan connaît également des développements économiques et infrastructurels significatifs sous le régime soviétique.

Le Tadjikistan est devenu indépendant en 1991 à la suite de l'éclatement de l'Union soviétique et a connu une guerre civile entre factions politiques, régionales et religieuses de 1992 à 1997. Depuis, bien que le pays organise des élections générales à la fois pour la présidence (une fois tous les sept ans) et le parlement (une fois tous les cinq ans), les observateurs constatent chaque fois des scrutins truffés d'irrégularités et d'abus, avec des résultats qui ne sont ni libres ni équitables. Le président Emomali Rahmon, qui est arrivé au pouvoir en 1992 pendant la guerre civile et a été élu président pour la première fois en 1994, a profité d'une attaque planifiée par un vice-ministre de la Défense mécontent en 2015 pour interdire le dernier grand parti politique d'opposition au Tadjikistan. 

En décembre 2015, Rahmon a encore renforcé sa position en se faisant désigner comme « Fondateur de la paix et de l'unité nationale, chef de la nation », avec des mandats illimités et une immunité à vie par le biais d'amendements constitutionnels ratifiés par un référendum. Ce référendum a également abaissé l'âge minimum requis pour se présenter à la présidence de 35 à 30 ans, ce qui a rendu le fils aîné de Rahmon, Rustam Emomali, maire de la capitale Douchanbé, éligible pour se présenter à la présidence en 2020. En avril 2020, Rahmon a orchestré la sélection d'Emomali comme président du Majlisi Milli (sénat du Tadjikistan), positionnant Emomali comme prochain successeur à la présidence. Rahmon a choisi de se présenter à l'élection présidentielle d'octobre 2020 et a « obtenu » 91 % des voix.

Le Tadjikistan a subi plusieurs incidents de sécurité intérieure depuis 2010. De ce point de vue, on doit signaler un conflit armé entre les forces gouvernementales et les chefs de guerre locaux dans la vallée de Rasht, ainsi que des affrontements entre les forces gouvernementales et les groupes criminels dans l'oblast autonome de Gorno-Badakhshan. En 2015, le Parti de la Renaissance Islamique du Tadjikistan (PRIT), le principal parti d'opposition, a été interdit et désigné comme organisation terroriste. Ses dirigeants ont été emprisonnés ou ont fui le pays. Le Tadjikistan a subi sa première attaque revendiquée par l'Etat islamique (Etat islamique au Khorassan) en 2018, lorsque des assaillants ont attaqué un groupe de cyclistes occidentaux avec des véhicules et des couteaux, tuant quatre personnes.

Le Tadjikistan a investi dans de grands projets d'infrastructure, notamment la centrale hydroélectrique de Rogun, destinée à devenir la plus haute du monde. Le barrage de Rogun, achevé en partie en 2018, est un élément central de la stratégie du pays pour devenir autosuffisant en énergie et exporter de l'électricité vers ses voisins.

Comme le reste du monde, le Tadjikistan a été touché par la pandémie de covid-19. Le gouvernement a initialement nié la présence du virus dans le pays, mais a finalement reconnu des cas et pris des mesures pour contrôler la propagation. Des tensions récurrentes avec ses voisins, en particulier le Kirghizistan se sont exprimées en avril 2021, avec des affrontements frontaliers entre les deux pays, causant des dizaines de morts et des centaines de blessés de chaque côté.