Les premiers habitants connus du territoire qui est devenu celui de la Slovaquie étaient des tribus celtes et, plus tard, des tribus germaniques. Au I^er siècle, l'Empire romain établit des avant-postes le long du Danube. Au IX^e siècle, la Slovaquie fait partie de la Grande Moravie, un puissant État slave qui adopte le christianisme sous l'influence des missionnaires Cyrille et Méthode. Après la chute de la Grande Moravie à la fin du IX^e siècle, les terres slovaques sont progressivement intégrées dans le Royaume de Hongrie au début du XI^e siècle. Durant le Moyen Âge, la région connaît une période de prospérité relative, avec l'essor des villes comme Bratislava (Presburg).

Après la bataille de Mohács en 1526, le Royaume de Hongrie est en grande partie dominé par les Habsbourg. Les terres slovaques deviennent une partie intégrante de la monarchie des Habsbourg. La Slovaquie est souvent le théâtre de conflits entre les Habsbourg et l'Empire ottoman, ainsi que de révoltes internes contre la domination Habsbourg. En 1867, l'Empire austro-hongrois est créé et la Slovaquie resta sous la juridiction hongroise. Cette période est marquée par une politique de magyarisation, visant à assimiler les Slovaques à la culture hongroise. Malgré la répression, un mouvement national slovaque émerge, défendant les droits et la culture slovaques.

Après la Première Guerre mondiale, l'Empire austro-hongrois se désintégre et la Tchécoslovaquie est créée en 1918. La Slovaquie en devient une partie intégrante. Les relations entre les Tchèques et les Slovaques étaient souvent tendues, les Slovaques se sentant marginalisés au sein du nouvel État. En 1939, sous la pression de l'Allemagne nazie, la Slovaquie déclare son indépendance. Elle devient alors un État satellite de l'Allemagne. En 1944, une insurrection majeure contre le régime pro-nazi a lieu, mais elle est réprimée par les forces allemandes.

La Tchécoslovaquie fut reconstituée après la Seconde Guerre mondiale et passe en 1948 sous le contrôle communiste. La Slovaquie est une république socialiste dans le cadre de la Tchécoslovaquie. En 1968, une invasion par les troupes du Pacte de Varsovie met fin au Printemps de Prague, c'est-à-dire aux efforts des dirigeants du pays pour libéraliser le régime communiste et créer un « socialisme à visage humain », inaugurant une période de répression connue sous le nom de « normalisation-».  En 1989, la Révolution de Velours met fin au régime communiste en Tchécoslovaquie.  Le 1^er janvier 1993, la Tchécoslovaquie connaît un « divorce de velours » non violent entre ses deux composantes nationales. Deux États se constituent : la Slovaquie et la République tchèque, qui deviennent ainsi les deux États que l'on connaît aujourd'hui.

Michal Kováč devient le premier président de la Slovaquie indépendante. En 1994, Vladimír Mečiar, du Mouvement pour une Slovaquie démocratique (HZDS), devient Premier ministre. Sa gouvernance est marquée par des accusations d'autoritarisme et de corruption. Afin d'apaiser les tensions entre la Hongrie et la Slovaquie concernant les droits de la minorité hongroise en Slovaquie, un traité d'amitié entre les deux pays est signé en 1995. Les élections législatives de 1998 marquent la fin de l'ère Mečiar. Mikuláš Dzurinda, de l'Union démocratique et chrétienne slovaque (SDK), devient Premier ministre. Le gouvernement Dzurinda entreprend des réformes économiques majeures. Il libéralise l'économie et favorise les investissements étrangers.

La Slovaquie devient membre de l'Organisation mondiale du commerce (OMC) en 2000. Mikuláš Dzurinda est réélu en 2002. Son gouvernement continue les réformes économiques et s'efforce de préparer le pays à l'adhésion à l'Union européenne. La Slovaquie rejoint l'OTAN en mars 2004 et l'Union européenne en mai. Robert Fico, du parti Direction-Social-démocratie (SMER-SD), devient Premier ministre. Son gouvernement adopte une politique économique plus interventionniste. Le 1^er janvier 2009, la Slovaquie adopte l'euro comme monnaie officielle, en remplacement de la couronne slovaque. Les élections législatives donnent la majorité à une coalition dirigée par Iveta Radičová, mais Fico revient au pouvoir en 2012 après la chute du gouvernement Radičová, mais son gouvernement est marqué par plusieurs scandales de corruption. En 2018, l'assassinat du journaliste d'investigation Ján Kuciak et de sa fiancée suscite une vague de protestations et conduit à la démission de Fico. Peter Pellegrini lui succède. Les élections législatives donnent la victoire au parti OĽaNO (Ordinary People and Independent Personalities), dirigé par Igor Matovič, qui devient Premier ministre. Le parti SMER-SD de Fico subit une lourde défaite. La gestion de la crise du covid-19 en 2020-2021 par le gouvernement est critiquée. Des tensions politiques internes au gouvernement mènent à la démission de Matovič, remplacé par Eduard Heger, également du parti OĽaNO.