Géologiquement active, Flores porte une chaîne de volcans, dont le plus célèbre est le Kelimutu, connu pour ses trois lacs de cratère aux couleurs changeantes (turquoise, vert foncé et rouge brique) en raison de variations minéralogiques et de l'activité volcanique. Le climat y est tropical, avec une saison sèche d'avril à octobre et une saison des pluies de novembre à mars, ce qui façonne une végétation diversifiée allant des forêts tropicales humides aux savanes côtières.

Les défis environnementaux sont réels : déforestation due à l'agriculture itinérante, menaces sur les récifs coralliens, gestion des déchets plastiques à Labuan Bajo, et risques volcaniques et sismiques élevés. Cependant, des initiatives de conservation se développent, comme le parc national de Komodo (classé au patrimoine mondial de l'Unesco) et des projets communautaires d'écotourisme. 

Culturellement, Flores est un véritable kaléidoscope. On y distingue huit groupes ethnolinguistiques principaux. Les Ngada, par exemple, sont connus pour leurs villages traditionnels comme Bena et Wogo, où se dressent des mégalithes (ngadhu et bhaga) symbolisant les ancêtres et les clans. Les Manggarai à l'ouest pratiquent des danses de cérémonie comme le caci, une danse de combat au fouet. Les Lio et les Sikka à l'est possèdent des rituels complexes autour de la fabrication du tissu ikat, une technique de teinture par nœuds qui produit des motifs géométriques aux significations spirituelles. Les populations de l'est, comme les Lamaholot, ont une tradition de chasse à la baleine et de pêche en eaux profondes. La vie sociale reste fortement structurée autour de la famille élargie, des chefs de village et des rites agraires liés à la culture du maïs, du riz, du café et de la noix de cajou.

Sur le plan économique, Flores demeure l'une des îles les moins développées d'Indonésie, mais le tourisme, la pêche et l'agriculture sont les piliers. Le café arabica de la région de Bajawa, cultivé sur les pentes du volcan Inerie, est réputé internationalement pour sa saveur chocolatée et peu acide. Les rizières en terrasses du haut plateau de Ruteng offrent des paysages spectaculaires. Labuan Bajo, à l'extrémité ouest, est la porte d'entrée principale pour les touristes, grâce à son aéroport international et ses infrastructures en pleine croissance. À l'est, la ville de Maumere, bien que touchée par un séisme majeur en 1992, reste un centre de plongée et de restauration de récifs coralliens. Enfin, Larantuka, à la pointe orientale se signale par confrérie religieuse catholique et son rituel de la Semaine sainte qui attire des milliers de pèlerins.

Histoire de Flores.
Bien avant l'arrivée des humains modernes, Flores a été le foyer de l'espèce Homo floresiensis, qui vivait il y a encore 50 000 ans. 

Homo floresiensis. - Découverte en 2003 dans la grotte de Liang Bua sur l'île indonésienne de Flores, l'espèce Homo floresiensis, plus connue sous le surnom de Hobbit, a bouleversé notre compréhension de l'évolution humaine. Les premiers fossiles, dont le squelette partiel d'une femme adulte d'environ trente ans baptisé LB1 (Little Lady of Flores ou Flo), ont été mis au jour par une équipe archéologique australo-indonésienne. Ce squelette, exceptionnellement bien conservé pour des ossements non fossilisés décrits comme ayant "la consistance de papier buvard", est devenu l'holotype de la nouvelle espèce, officiellement nommée Homo floresiensis en 2004. Cette espèce se distingue par sa très petite taille : les adultes ne mesuraient qu'environ 1,05 à 1,10 mètre pour un poids estimé à environ 25 à 30 kilogrammes. Leur cerveau était également minuscule, avec un volume endocrânien d'environ 400 à 420 cm³, soit à peine un tiers de celui d'un humain moderne. Leur morphologie était unique : ils possédaient un front fuyant, des sourcils proéminents, l'absence de menton, des épaules tombantes et des pieds étonnamment grands et plats par rapport à la taille de leurs jambes. Cette combinaison de traits a immédiatement suscité un débat scientifique intense, certains chercheurs y voyant un mélange singulier de caractéristiques primitives (rappelant les australopithèques comme Lucy) et dérivées (comme la taille réduite des dents).

Les analyses stratigraphiques et chronologiques les plus récentes placent l'existence d'Homo floresiensis entre 100 000 et 60 000 ans pour les fossiles, et entre 190 000 et 50 000 ans pour les outils de pierre qui leur sont associés. On estime donc que l'espèce a disparu il y a environ 50 000 ans, ce qui la rend contemporaine des premiers Homo sapiens dans la région, bien qu'aucune preuve de contact direct n'ait été établie. La découverte initiale, qui suggérait une disparition aussi récente qu'il y a 12.000 ans, avait laissé entrevoir la possibilité fascinante que cette espèce primitive ait survécu jusqu'à une époque très proche de la nôtre. L'origine et la place d'Homo floresiensis dans l'arbre généalogique humain font l'objet de vifs débats. L'hypothèse la plus communément admise est celle du nanisme insulaire : une population d'Homo erectus, arrivée sur l'île isolée de Flores il y a plus d'un million d'années (comme en témoignent des outils de pierre vieux de 1,27 million d'années), aurait vu sa taille diminuer sur des centaines de milliers d'années en raison des ressources limitées et de l'absence de grands prédateurs, un phénomène observé chez d'autres espèces animales sur l'île. La découverte en 2016 de fossiles datés de 700 000 ans à Mata Menge, une autre localité de Flores, présentant des traits encore plus petits que ceux de Liang Bua, renforce l'idée d'une lignée locale ayant évolué sur place. Cependant, d'autres scientifiques proposent une origine plus ancienne, suggérant que le caractère archaïque de certains os du poignet, du pied et de la mâchoire indique qu'Homo floresiensis serait un descendant d'une migration bien plus précoce hors d'Afrique, peut-être antérieure à l'apparition d'Homo erectus, et apparenté à des espèces comme Homo habilis ou même aux australopithèques. Une analyse phylogénétique de 2017 suggère ainsi qu'il serait un taxon frère d'Homo habilis.

Une controverse majeure a entouré la validité de la nouvelle espèce. Certains chercheurs ont avancé que les fossiles n'étaient que ceux d'Homo sapiens souffrant de pathologies congénitales, comme la microcéphalie (un développement anormalement petit du cerveau) ou le crétinisme myxoedémateux endémique. Ces hypothèses ont été rigoureusement examinées et sont aujourd'hui largement rejetées par la communauté scientifique. Des études comparatives détaillées du crâne, de l'endocrâne virtuel, de la morphologie de la mâchoire et des dents n'ont trouvé aucune des caractéristiques pathognomoniques de ces maladies, concluant qu'Homo floresiensis est bien une espèce distincte et non un humain moderne malformé. La controverse ne s'est pas limitée au débat scientifique. Les fossiles, propriété de l'État indonésien, ont été retirés du dépôt sécurisé par le paléoanthropologue Teuku Jacob en décembre 2004 et conservés pendant trois mois dans son laboratoire. À leur retour, les ossements présentaient des dommages importants : des coupes profondes sur la mâchoire, un menton cassé et mal recollé, et un bassin brisé, ce qui a suscité l'indignation de l'équipe de recherche. Cet épisode a conduit à une restriction temporaire d'accès à la grotte de Liang Bua.

Malgré leur petit cerveau, Homo floresiensis était un hominidé technologiquement compétent. Plus de dix mille artefacts en pierre, principalement des éclats, ont été retrouvés dans la grotte, dont des pointes, des perçoirs et des micro-lames. L'analyse des résidus sur ces outils montre qu'ils étaient utilisés pour travailler le bois et les plantes (peut-être pour fabriquer des hampes de lance ou des pièges) ainsi que pour la boucherie. Des ossements de stégodon (un éléphant nain), de dragons de Komodo et de rats géants trouvés à proximité suggèrent que ces petits humains chassaient ou se nourrissaient de ces animaux. Des traces sur certains os indiquent qu'ils découpaient leur viande, bien qu'il soit débattu de savoir s'ils chassaient activement le stégodon ou s'ils profitaient surtout de carcasses. Les preuves d'une maîtrise du feu par H. floresiensis sont aujourd'hui considérées comme peu fiables. La présence d'une si large gamme d'outils sophistiqués associée à un cerveau aussi petit est l'une des caractéristiques les plus étonnantes de cette espèce, remettant en question les idées préconçues sur le lien entre taille du cerveau et complexité comportementale. L'arrivée de l'homme moderne sur l'archipel indonésien, il y a environ 50 000 ans, est souvent pointée comme un facteur possible de leur extinction, que ce soit par compétition directe, par introduction de maladies ou par modification de l'environnement, mais la question reste ouverte.

Après une brève occupation japonaise pendant la Seconde Guerre mondiale, Flores intégra la République d'Indonésie unie en 1949, suite à l'indépendance du pays. L'île a alors joué un rôle discret mais crucial dans la naissance de l'État indonésien. Avant la guerre, le futur père fondateur et premier président de l'Indonésie, Sukarno, y avait été exilé par les Néerlandais. C'est durant son exil forcé sur l'île, entre 1934 et 1938, que Sukarno médita et commença à développer le Pancasila, la philosophie fondamentale et la charte des cinq principes qui constituent encore aujourd'hui le socle idéologique de l'Indonésie. Flores est ainsi fièrement considérée comme le "lieu de naissance" de cette doctrine unificatrice. 

Plus récemment, l'histoire de Flores a été marquée par des événements naturels et des efforts de modernisation. En 1992, un séisme majeur a dévasté la ville de Maumere, sur la côte nord, un traumatisme qui a depuis été suivi d'une phase de reconstruction et de développement, notamment dans le secteur touristique, la ville de Labuan Bajo à l'ouest devenant une porte d'entrée majeure pour le parc national de Komodo et les plages de sable rose.