Avec l'expansion de l'islam au VII^e siècle, la région de Djibouti a progressivement adopté cette religion. Les commerçants arabes jouèrent un rôle central dans la diffusion de l'islam. Djibouti faisait alors partie de la grande région islamique de la Corne de l'Afrique, marquée par l'influence de cités-États musulmanes comme Zeila (en actuelle Somalie). Djibouti est intégré à plusieurs sultanats locaux, notamment le sultanat d'Ifat, puis le sultanat d'Adal. Ces royaumes avaient des relations tendues avec les royaumes chrétiens d'Abyssinie (Éthiopie) voisins, avec lesquels ils menaient souvent des guerres.

À partir du XVI^e siècle, les puissances européennes commencent à s'intéresser à la région, notamment les Portugais qui explorent la mer Rouge et l'océan Indien. Cependant, c'est au XIX^e siècle que les Européens établissent une véritable présence coloniale. En 1862, la France signe un traité avec les chefs locaux afar pour acquérir le port d'Obock. Ce petit territoire constitue le point de départ de la colonisation française dans la région. En 1888, la France transfère son administration à Djibouti ville, qui devient un port stratégique en raison de sa position sur la route maritime vers l'Indochine et l'Extrême-Orient.

En 1896, Djibouti devient officiellement la Côte française des Somalis (CFS). Le chemin de fer Djibouti-Addis-Abeba, construit au début du XX^e siècle, renforce l'importance stratégique de Djibouti, facilitant le commerce entre l'Éthiopie enclavée et le reste du monde. Au fil des décennies,  l'agitation politique grandit parmi les populations locales, en particulier après la Seconde Guerre mondiale. Le sentiment nationaliste commence à émerger, avec des revendications pour l'indépendance. En 1958, un référendum est organisé pour décider du maintien sous souveraineté française. Une majorité vote en faveur du maintien, mais les tensions restent vives. En 1967, un autre référendum est organisé sous forte pression. Malgré les accusations de fraude, le résultat officialise le maintien de Djibouti sous contrôle français, mais la colonie est rebaptisée Territoire français des Afars et des Issas. En 1975, la pression internationale et locale pour l'indépendance s'accentue. En 1977, un nouveau référendum est organisé où plus de 98 % des votants optent pour l'indépendance. 

Le 27 juin 1977, Djibouti (qui a prend désormais le nom de sa capitale) devient officiellement indépendant, avec Hassan Gouled Aptidon, chef du Rassemblement populaire pour le progrès (RPP), comme premier président. Celui-ci instaure un régime autoritaire où le parti unique domine. Sous son leadership, Djibouti cherche à maintenir l'équilibre entre les communautés afars et issas, tout en consolidant l'unité nationale. Cette période est toutefois marquée par des tensions internes. En 1991, une guerre civile éclate, principalement alimentée par la frustration des Afars qui se sentent marginalisés. Le Front pour la restauration de l'unité et de la démocratie (FRUD), une organisation rebelle afar, prend les armes contre le gouvernement dominé par les Issas. Ce conflit dure jusqu'en 1994, date à laquelle un accord de paix est signé, bien que la réconciliation reste fragile.

En 1999, Hassan Gouled Aptidon se retire du pouvoir pour des raisons de santé et désigne son neveu, Ismaïl Omar Guelleh (IOG), comme successeur. IOG est élu président lors d'un scrutin controversé et devient ainsi le deuxième président de Djibouti. Sous sa présidence, Djibouti renforce sa position stratégique, en profitant de son emplacement au carrefour de la mer Rouge et de l'océan Indien. Le pays, qui accueillait déjà une base militaire française, ouvre ses portes à plusieurs autres bases militaires étrangères, notamment américaines, et plus récemment chinoises, ce qui lui permet de bénéficier d'une aide économique tout en jouant un rôle pivot dans la lutte contre le terrorisme dans la région.

Malgré la stabilité relative, le régime d'IOG est régulièrement critiqué pour son autoritarisme. Les élections, régulièrement marquées par des accusations de fraude, maintiennent le RPP au pouvoir. En 2010, une réforme constitutionnelle permet à IOG de se présenter pour un troisième mandat, ce qui déclenche des protestations de l'opposition. Il remporte toutefois les élections de 2011, puis celles de 2016 et de 2021, bien que le processus électoral soit toujours contesté.

Djibouti, malgré sa petite taille, est devenu aujourd'hui un hub logistique et commercial majeur en Afrique de l'Est. Son port, modernisé avec l'aide de la Chine, sert de point d'entrée pour les marchandises à destination de l'Éthiopie voisine, qui dépend de Djibouti pour ses échanges extérieurs. Cependant, la population reste confrontée à des problèmes économiques comme le chômage élevé et la pauvreté. Le développement économique est inégal, profitant surtout à une élite proche du pouvoir.

En plus de son rôle militaire stratégique, Djibouti joue un rôle diplomatique important en abritant des pourparlers de paix pour les conflits dans la région, notamment en Somalie et au Soudan du Sud. Toutefois, Djibouti doit gérer des relations parfois tendues avec ses voisins, notamment l'Érythrée, avec qui il a eu des différends frontaliers.