Formé par la confluence de deux rivières majeures, le Kilombero et le Luwegu, dans le sud-ouest tanzanien, il entame ensuite un périple d'environ 600 kilomètres en direction de l'est, puis du nord-est, pour finalement se jeter dans l'océan Indien par un vaste delta situé au sud de Dar es Salaam. Son bassin versant couvre une superficie impressionnante de près de 177 500 kilomètres carrés, drainant une part considérable du territoire tanzanien. Avec un débit moyen d'environ 800 mètres cubes par seconde à son embouchure, le Rufiji se classe comme le deuxième plus grand fleuve se déversant dans l'océan Indien occidental, après le Zambèze. Son régime hydrologique est marqué par des contrastes saisonniers extrêmes, avec des crues soudaines et puissantes où les débits peuvent atteindre plus de 6600 mètres cubes par seconde, contrastant avec des périodes d'étiage où le flux peut chuter à seulement 69 mètres cubes par seconde.

Le delta du Rufiji, là où le fleuve rencontre l'océan, constitue un sanctuaire écologique d'importance mondiale. Il abrite la plus vaste forêt de mangroves d'Afrique de l'Est, s'étendant sur plus de 53 000 hectares, une étendue qui représente près de la moitié de la couverture totale de mangroves de la Tanzanie. Ce labyrinthe de canaux, d'îles et de vasières est un habitat essentiel pour une biodiversité exceptionnelle : il sert de refuge à au moins 437 espèces d'oiseaux, dont 13 sont menacées à l'échelle mondiale, et constitue une pouponnière essentielle pour les poissons et les crevettes, soutenant ainsi l'industrie halieutique et les moyens de subsistance des populations côtières. 

La région du delta était déjà un carrefour commercial important dans l'Antiquité, certains historiens identifiant le port de Rhapta, mentionné par les textes grecs et romains, dans cette zone. À la fin du XIX^e siècle, les forêts du Rufiji, riches en copal, en caoutchouc et en ivoire, attirèrent les convoitises des commerçants et des colons allemands, qui imposèrent des lois restrictives sur l'accès aux ressources forestières, bouleversant l'économie locale et les pratiques culturelles des populations. Les forêts, lieux sacrés supposés abriter les esprits des ancêtres et servant de cadre aux rites d'initiation, devinrent un enjeu de pouvoir, contribuant aux tensions qui menèrent à la révolte Maji Maji entre 1905 et 1907, une insurrection majeure contre l'autorité coloniale.

Plus d'un siècle plus tard, le Rufiji demeure au coeur de projets titanesques et de débats sur le développement national. Après des décennies de discussions depuis l'époque coloniale, le barrage hydroélectrique Julius Nyerere a été construit dans les gorges de Stiegler, à l'intérieur du parc national de Nyerere. Mis en service entre 2019 et 2024, cet ouvrage d'une capacité de 2115 mégawatts, le plus important d'Afrique de l'Est, vise à tripler la capacité électrique de la Tanzanie et à soutenir son industrialisation. Sa construction a suscité d'importantes préoccupations environnementales. Les études menées avant et après sa mise en eau montrent que la modification du régime naturel des crues par le barrage impacte déjà les écosystèmes en aval. La réduction des sédiments et des inondations saisonnières affecte la productivité des plaines inondables et des lacs du delta, menaçant la pêche et l'agriculture de subsistance de milliers de personnes. Les observations post-construction révèlent une salinité croissante et un déclin de la diversité halieutique dans certains lacs non connectés, tandis que les populations s'adaptent avec des pratiques de pêche plus intensives.

Reconnaissant l'importance vitale des mangroves, des initiatives de cogestion communautaire, comme celle de la zone de gestion collaborative de Salale, ont vu le jour. Depuis 2025, ces projets associent les villageois à la protection et à la restauration de cet écosystème, en combinant des actions de reboisement, de surveillance participative et le développement d'alternatives économiques durables comme l'apiculture ou l'écotourisme. Près de 4200 personnes ont déjà bénéficié de ces programmes, qui permettent d'allier conservation de la biodiversité et amélioration des conditions de vie.