En 1606, l'explorateur Pedro Fernandes de Queiros fut le premier Européen à voir les îles Banks et Espiritu Santo (qu'il nomma Terre australe du Saint-Esprit), établissant une colonie de courte durée sur cette dernière. Les explorateurs européens suivants ont été Bougainville, qui les explora en 1768 et les nomma Grandes Cyclades; puis Cook, qui les visita en 1773, et les regardait comme les plus occidentales de l'Océan Pacifique. C'est en raison de cette analogie avec les Hébrides d'Europe, qu'il les nomma Nouvelles-Hébrides, appellation qu'elles ont gardé pendant toute l'époque coloniale.

Les îles étaient fréquentées par les baleiniers dans les années 1800 et l'intérêt pour la récolte des arbres de bois de santal des îles a provoqué un conflit entre les Européens et les Ni-Vanuatu locaux. Les missionnaires catholiques et protestants sont arrivés dans les années 1840 mais ont eu du mal à convertir les habitants. Dans les années 1860, des planteurs européens en Australie, aux Fidji, en Nouvelle-Calédonie et aux Samoa avaient besoin de main-d'oeuvre et ont kidnappé près de la moitié des hommes adultes des îles et les ont forcés à travailler comme travailleurs sous contrat.
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Habitants du Vanuatu au début du XX^e siècle.

Avec des intérêts croissants et qui se chevauchent dans les îles, la France et le Royaume-Uni ont convenu que les Nouvelles-Hébrides seraient neutres en 1878 et ont créé une commission navale conjointe en 1887. En 1906, ces deux pays ont convenu de gérer conjointement l'archipel sous la forme d'un condominium, un système de gouvernance unique où les deux nations exerçaient simultanément leur souveraineté. Ils ont établi des lois, des forces de police, des monnaies et des systèmes d'éducation et de santé distincts. L'accord était dysfonctionnel et le Royaume-Uni a utilisé la défaite de la France face à l'Allemagne pendant la Seconde Guerre mondiale pour affirmer un plus grand contrôle sur les îles. Alors que le Japon pénétrait en Mélanésie, les États-Unis ont stationné jusqu'à 50.000 soldats à Vanuatu pour empêcher de nouvelles avancées. En 1945, les troupes américaines se sont retirées et ont vendu leur équipement, entraînant la montée de cultes politiques et religieux du cargo, comme le mouvement John Frum.

Le condominium franco-britannique a été rétabli après la Seconde Guerre mondiale. La montée des mouvements nationalistes qui s'observait alors dans les colonies européennes à travers le monde a également touché les Nouvelles-Hébrides. Les Mélanésiens ont commencé à réclamer davantage de droits et d'autonomie, inspirés par les mouvements d'indépendance dans d'autres régions du monde.  Le Royaume-Uni était intéressé à faire évoluer le condominium vers l'indépendance dès les années 1960, mais la France était hésitante et des partis politiques prônant l'indépendance, tels que le Parti National des Nouvelles-Hébrides (Vanua'aku Pati), dirigé par  le pasteur Walter Lini, ont commencé à se former, largement divisés selon des critères linguistiques. Les tensions ont augmenté au fur et à mesure que les Mélanésiens exigeaient la fin de la domination coloniale franco-britannique. La France a finalement cédé et des élections ont eu lieu en 1974. 

Le 30 juillet 1980, après des années de négociations et de préparatifs, les Nouvelles-Hébrides sont devenues indépendantes sous le nom de République de Vanuatu. Lini est devenu le premier Premier ministre du pays.  À l'indépendance, le mouvement Nagriamel, avec le soutien des propriétaires terriens francophones, a déclaré Espiritu Santo indépendant. Cette rébellion, connue sous le nom de la Crise de Santo, a été rapidement réprimée avec l'aide de troupes envoyées par la Papouasie-Nouvelle-Guinée à la demande du nouveau gouvernement de Vanuatu.  l'État éphémère a été dissous après seulement 12 semaines d'existence.

Les premières années d'indépendance ont été dominées par le leadership de Walter Lini et le Vanua'aku Pati, qui prônait une politique de non-alignement et d'indépendance économique, refusant toute dépendance excessive à l'égard des anciennes puissances coloniales. Sur le plan interne, Lini a cherché à renforcer l'unité nationale, mais les tensions entre les différentes communautés linguistiques (francophone et anglophone) et les diverses îles de l'archipel ont persisté. Les politiques du gouvernement, parfois autoritaires, ont été critiquées pour leur centralisation du pouvoir et la marginalisation des opposants politiques.

Les années 1990 ont été marquées par une instabilité politique croissante. Après le départ de Walter Lini de son parti en 1991, celui-ci a commencé à se diviser. Plusieurs gouvernements de coalition se sont succédé, avec des alliances fragiles. Cette période a également vu une augmentation de la corruption et des luttes pour le pouvoir au sein du gouvernement. En 1996, Maxime Carlot Korman, un francophone, est devenu le premier Premier ministre de Vanuatu d'origine non anglophone, une étape importante dans l'équilibre des pouvoirs entre les communautés linguistiques. Cependant, l'instabilité politique a persisté avec des changements fréquents de gouvernement.

Au début des années 2000, Vanuatu a cherché à stabiliser son système politique et à promouvoir le développement économique. Le pays a reçu une aide internationale pour renforcer ses institutions démocratiques, et des efforts ont été faits pour diversifier l'économie, qui dépendait principalement de l'agriculture, du tourisme et de l'aide internationale. En 2002, Edward Natapei, du Vanua'aku Pati, a été élu Premier ministre, et son gouvernement a travaillé sur des réformes visant à améliorer la gouvernance et à réduire la corruption. Cependant, la politique de Vanuatu est restée marquée par une volatilité avec des votes de défiance fréquents et des changements de leadership.

Le pays a également fait face à des défis environnementaux majeurs, comme des cyclones dévastateurs (le cyclone Pam en 2015, par exemple), qui ont causé des dommages importants à l'infrastructure et à l'économie. Ces événements ont mis en lumière la vulnérabilité de Vanuatu aux catastrophes naturelles et ont renforcé l'engagement du pays dans la lutte contre le changement climatique sur la scène internationale. Aujourd'hui, le Vanuatu continue de se concentrer sur le développement durable, la résilience face aux catastrophes naturelles, et l'amélioration des infrastructures. Le pays reste actif dans les forums internationaux, particulièrement sur les questions liées au changement climatique et aux droits des petits États insulaires en développement.