Arrivés il y a environ 3500 ans, les premiers habitants de la Nouvelle-Calédonie, étaient issus de populations principalement d'origine mélanésienne. Les Lapita étaient d'habiles navigateurs et les traces de leurs poteries dans le Pacifique ont servi de guide pour comprendre l'expansion humaine dans la région. Des vagues successives de migrants venus d'autres îles de Mélanésie se sont mariées avec les Lapita, donnant naissance au groupe ethnique Canaque (ou Kanak) considéré comme indigène en Nouvelle-Calédonie. Les Kanaks ont développé une culture distincte, basée sur l'agriculture (notamment la culture de l'igname, du taro et de la banane), la pêche et l'élevage de porcs. Ils vivaient dans des clans organisés en chefferies. Les échanges entre les différentes tribus étaient courants, tout comme les conflits pour le contrôle des ressources. Les Kanaks avaient également développé des pratiques artisanales, notamment dans la sculpture sur bois, qui reste un aspect important de leur culture.

L'Europe a connu cette île grâce à James Cook qui découvrit la Nouvelle-Calédonie, à laquelle il donna le nom latin de l'Ecosse, le 4 septembre 1774, ainsi que l'île des Pins, le 26. Il avait abordé à Balade. Ce fut en ce même point que mouilla, le 17 avril 1793, Entrecasteaux, après avoir reconnu en 1792 l'île des Pins et exploré ces parages, tandis que Beautemps-Beaupré en dressait les cartes hydrographiques. II faut placer ici les nombreuses explorations dans l'île et sur ses côtes par les navigateurs baleiniers et sandaliers : les vexations que subirent alors les habitants expliquent leurs sanglantes représailles et ont inauguré une histoire politique souvent mouvementée. 

Le commerce du bois de santal, très recherché en Chine pour la fabrication d'encens et de meubles, a attiré les premiers commerçants européens vers la Nouvelle-Calédonie dans les années 1800. Les premiers missionnaires, notamment de la London Missionary Society, ont débarqué en Nouvelle-Calédonie en 1840. En 1843, Jules Dumont d'Urville a effectué une visite détaillée de l'archipel, soulignant son importance stratégique dans le Pacifique Sud. La même année, le Bucéphale y amena des missionnaires français, et hissa le drapeau français sur l'île. Le commandant, La Ferrière, dut être désavoué par son gouvernement, par suite des réclamations de l'Angleterre. La Seine fut expédiée pour faire retirer le pavillon français. Dans cette mission ce bâtiment se perdit sur les récifs de Pouébo (4 juilet 1846), l'équipage revint en France sur un navire anglais, comme pour combler la mesure. 

En 1851, la corvette française l'Alcmène, commandée par le comte d'Harcourt, étant au mouillage de Balade, une de ses embarcations fut attaquée par les Canaques, et ses officiers et matelots furent tués et dévorés; seul, un jeune novice de la marine échappa au massacre. Ce fait détermina la prise de possession de l'île, qui, d'ailleurs, semblait convenir, aux yeux des moralistes de l'époque, pour l'internement des condamnés. Ce fut encore à Balade qu'elle eut lieu, par l'amiral Febvrier Despointes le 24 septembre 1853. A ce moment, un commodore anglais, Taylor, commandant d'une mission scientifique sur l'Herald, négociait à l'autre extrémité, avec le chef Vandégou de l'île des Pins, le protectorat de cette île. Sur ces entrefaites, arrive, avec sa corvette le Phoque, l'amiral français, prévenu par le P. Montrouzier à Balade. Il agit sur Vandégou, mis dans les intérêts de la France par les missionnaires français; et ce fut le pavillon tricolore qui définitivement fut arboré sur ce point. Le drapeau anglais, qui avait été déjà hissé par un des compagnons de Taylor, un des savants, nommé Clarke, fut amené. Le malheureux commodore, sensible aux reproches de son état-major, à cause de sa faiblesse, se brûla la cervelle à l'arrivée de l'Herald à Sydney.

Au mois de janvier 1854, le capitaine de vaisseau Tardy de Montravel, commandant la Constantine, découvrait l'excellente rade de Nouméa et choisissait ce port naturel, le plus rapproché de Sydney, pour y établir le chef-lieu ou capitale de la colonie : la ville reçut le nom de Port-de-France, qu'elle ne garda pas. De 1853 à 1860, la Nouvelle-Calédonie fut placée sous les ordres du gouverneur des établissements français de l'Océanie et dirigée pendant ses absences, par un commandant particulier. Un décret du 14 juillet 1860 l'érigea en colonie distincte, sous l'autorité d'un commandant, à dater du 1^er juillet. Ce titre fut changé peu après en celui de gouverneur. Le capitaine de vaisseau Guillain fut le premier gouverneur de la Nouvelle-Calédonie et dépendances, ayant été nommé par décret du 14 décembre 1861. Il dut pourvoir à l'organisation, entreprendre des travaux, réprimer des soulèvements des Canaques, un entre autres, en 1868. 

Du nickel a été découvert en 1864. La France a fait venir alors des travailleurs sous contrat et de la main-d'oeuvre asservie d'autres régions d'Asie du Sud-Est pour travailler dans les mines, empêchant ainsi les Kanaks d'accéder à la partie la plus rentable de l'économie locale. Mais ce sont les prisonniers français qui ont été chargés d'exploiter cette nouvelle ressource.  La société Le Nickel (SLN), fondée en 1880, est devenue une entreprise centrale dans l'exploitation du nickel, un minerai qui reste aujourd'hui une ressource clé pour l'économie calédonienne. Ce fut dès 1864, en mai, que le premier convoi de condamnés, au nombre de 250 arriva et forma le noyau du pénitencier de l'île Nou. Par la suite, le nombre des condamnés expatriés a progressé rapidement, il était; à la fin de 1884, de 14 358 individus; en 1875, il y en avait déjà 6 647, sans compter 3937 déportés. La déportation remontait à l'année 1871 (Commune) et a pris naissance dans des circonstances exceptionnelles. Environ 4000 de ces condamnés politiques furent placés, les uns à la presqu'île Ducos, enceinte fortifiée, les autres à l'île des Pins, déportation simple (4 octobre 1872). Leur concours pour la colonisation promettait de bons résultats; nulle évasion, quoique facile, ne se produisit avant celle de Rochefort; bientôt la perspective d'une amnistie prochaine annula tout service de leur part pour le développement de la colonie jusqu'à la fin de leur séjour, en 1880.

En 1878, le 25 juin, une insurrection plus sérieuse que les précédentes, menée par le grand chef Ataï, éclata, déterminée par les préjudices causés, dans leurs propriétés et dans leurs idées religieuses, aux Canaques, malentendus qu'on aurait pu éviter. Ceux-ci, étant divisés, ils furent rapidement réprimés par les troupes, sous le haut commandement du gouverneur Olry. Cette insurrection n'en eut pas moins une répercussion fâcheuse sur la colonisation en montrant son insécurité.  Les Kanaks furent relégués dans des réserves, ce qui a encore donné lieu à des soulèvements périodiques de moindre ampleur et aboutira à une grande révolte en 1917, brutalement réprimée par les autorités coloniales.

Après le départ des déportés, des condamnés et libérés, bientôt au nombre de 750, vinrent prendre leur place, qu'ils cédèrent à leur tour à la fin de 1886, car cette malheureuse petite île annexe reçut, le 28 janvier 1887, les 300 premiers relégués collectifs, un nouvel élément pénal, les récidivistes ou les incorrigibles, relégués loin de France, moins criminels que déshérités et misérables, privés de toute énergie, «-parasites sociaux », selon les termes de l'époque, et qui s'avérèrent constituer  une cause d'encombrement et une gêne plutôt qu'une aide pour la colonisation, qui allait prendre un nouveau tournant après la dissolution complète de la colonie pénitentiaire en 1897, mais aussi accentuer les tensions et les conflits entre les anciens habitants de l'île et les nouveaux.

Au début du XX^e siècle, la population européenne (ou caldoche) a continué à croître grâce à l'immigration de colons français, mais aussi d'autres Européens. Ces colons ont développé l'agriculture, notamment l'élevage, et ont consolidé leur position dans l'administration et l'économie de l'île. La ségrégation entre les Européens et les Kanaks s'est renforcée, les Kanaks étant de plus en plus marginalisés dans leur propre pays.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, la Nouvelle-Calédonie, ralliée à la France Libre dès 1940, est devenue une base importante pour les troupes alliées. Les États-Unis y ont transféré en 1942 leur quartier général du Pacifique Sud.  Ce contact avec les forces alliées a accéléré la modernisation de l'île et a ouvert les Kanaks à de nouvelles idées, notamment celles liées à l'autodétermination.  En 1946, après la guerre, la Nouvelle-Calédonie a bénéficié d'un début d'autonomie en devenant un territoire d'outre-mer. La citoyenneté française a été accordée à tous les habitants en 1953, ce qui a permis aux Kanaks de quitter les réserves.  Mais cela n'a en rien permis de résoudre le conflit foncier latent entre Canaques et Caldoches. Dans la pratique, les Kanaks continuaient aussi à être largement exclus du pouvoir politique et économique.

Dans les années 1950 et 1960, les inégalités persistantes et la marginalisation ont conduit à la formation de mouvements autonomistes et indépendantistes. En 1956, l'Union Calédonienne (UC) a été fondée, initialement un mouvement multiracial, qui prônait l'autonomie au sein de la République française. Cependant, au fil du temps, l'UC s'est orientée de plus en plus vers un agenda pro-indépendance sous l'influence de leaders kanaks comme Jean-Marie Tjibaou. Mais la plupart des électeurs ont choisi de rester un territoire lors d'un référendum sur l'indépendance en 1958. 

La population européenne de la Nouvelle-Calédonie a connu un boom dans les années 1970, avec un regain d'intérêt pour l'exploitation du nickel, ce qui a ravivé le nationalisme kanak.  Les tensions ont progressivement conduit à une polarisation politique, avec d'un côté les mouvements indépendantistes kanaks, et de l'autre, les partisans du maintien de la Nouvelle-Calédonie dans la République française.  Le Front de Libération Nationale Kanak et Socialiste (FLNKS),  dirigé par Jean-Marie Tjibaou, a été créé en 1984, regroupant plusieurs partis indépendantistes sous une même bannière. Ce mouvement demandait l'indépendance complète de la Nouvelle-Calédonie, mettant en avant les revendications des Kanaks pour la reconnaissance de leur identité, de leurs terres, et de leurs droits.

Cette période, connue sous le nom des Événements, a été marquée par une série de conflits violents entre les indépendantistes et les loyalistes, ainsi qu'avec les forces de l'ordre françaises. Les tensions ont culminé en 1988 avec la prise d'otages d'Ouvéa, où des militants du FLNKS ont attaqué une gendarmerie et retenu des gendarmes en otage dans une grotte. L'assaut final des forces spéciales françaises pour libérer les otages a conduit à la mort de 19 militants kanaks et de deux gendarmes, exacerbant encore les tensions.

Après la crise d'Ouvéa, des négociations ont été entamées sous l'égide du Premier ministre français Michel Rocard. Elles ont abouti aux Accords de Matignon en juin 1988. Ces accords, signés par Jean-Marie Tjibaou pour le FLNKS et Jacques Lafleur pour les loyalistes, ont instauré une période de paix relative et prévu un processus de développement économique et social pour réduire les inégalités entre Kanaks et non-Kanaks. Ils ont également prévu un référendum sur l'indépendance à l'issue d'une période de dix ans.

Des accords ont été signés à Paris en 1988 (accords de Matignon), et qui allaient dans le sens d'une plus grande équité dans la répartitions des pouvoirs et des ressources dans l'île. Ils ont en particulier conduit à la création des trois provinces (Sud, Nord, et Îles Loyauté), avec un certain degré d'autonomie, permettant une gestion plus décentralisée des affaires locales. Un an après, le 4 mai 1989, Jean-Marie Tjibaou et Yeiwéné Yeiwéné, un autre leader du FLNKS, ont été assassinés par un Kanak indépendantiste. Cela n'a cependant pas empêché la poursuite du processus d'apaisement.

L'accord de Nouméa, signé dix ans après les Accords de Matignon, le 5 mai 1998, a consolidé et approfondit le processus engagé par les Accords de Matignon. Il a reconnu officiellement l'identité kanak et a prévu un transfert progressif des compétences de l'État français vers la Nouvelle-Calédonie sur une période de 20 ans. Il a également prévu un ou plusieurs référendums d'autodétermination après 2014. 

• Le 4 novembre 2018, le premier référendum sur l'indépendance a eu lieu. La question posée aux électeurs était : « Voulez-vous que la Nouvelle-Calédonie accède à la pleine souveraineté et devienne indépendante? » Le "non" l'a emporté avec 56,7 % des voix, tandis que le "oui" a obtenu 43,3 %. Bien que le "non" l'ait emporté, le résultat a montré un soutien important à l'indépendance, en particulier dans les provinces Nord et Îles Loyauté, où la majorité des Kanaks résident.

• Le 4 octobre 2020, un deuxième référendum a été organisé, comme prévu par l'Accord de Nouméa. Le "non" a de nouveau remporté la majorité avec 53,3 % des voix, tandis que le "oui" a progressé, obtenant 46,7 % des suffrages. Ce résultat a confirmé la division persistante de la population entre indépendantistes et loyalistes.

• Le 12 décembre 2021, un troisième référendum s'est tenu. Cette fois, le "non" à l'indépendance a largement triomphé avec 96,5 % des voix, mais le scrutin a été marqué par un fort taux d'abstention (56 %) en raison du boycott des indépendantistes, qui estimaient que la pandémie de covid-19 empêchait un vote équitable.