Ces îles figuraient dans les anciens itinéraires romains sous la simple appellation de Trois Iles, ad tres lnsulae, et ont pris, depuis la conquête arabe, le nom de la tribu à laquelle elles sont échues, savoir, celle des Béni-Gja'far ou Gja'farin; ce nom, écrit encore Jaffarim en 1876 sur la carte catalane de la bibliothèque du roi Charles V, et Jafarin en 1442 dans le portulan de Jean d'Uzzano, est défiguré, dans les documents des siècles ultérieurs, en Zafarinos, Chafarinas, Chafelines, et Zapharines. 

On n'a donné longtemps à chacune de ces trois îles d'autre dénomination spéciale que celle qui résulte de la position relative (l'île de l'Ouest, celle du Milieu et celle de l'Est); mais Webb et Berthelot, qui les ont visitées en 1830, ont cru pouvoir leur appliquer respectivement trois noms de scientifiques; et ils ont, en conséquence, proposé d'appeler îles Brongniart celle de l'Ouest; île de Buch celle du milieu; et île Buckland celle de l'Est. Devenues un territoire espagnol à partir de 1848, elles ont pris les noms d'île du Congrès, d'île d'Isabelle II et d'île du Roi, qui leurs sont restés, comme d'ailleurs est restée la revendication de souveraineté du Maroc sur ces îles, malgré la signature en 1860, d'un traité dont l'Espagne considère qu'il lui accorde la possession des Chafarines et d'autres territoires contestés.

Topographie générale.
L'île du Congrès, la plus occidentale  (superficie : 25,6 hectares), qui a cent trente-sept mètres de hauteur à son point culminant (Cerro Nido de las Águilas), est la plus élevée. Elle est séparée de celle du milieu, par un canal d'un tiers de mille, à travers lequel les bateaux peuvent passer, mais en rangeant de plus près l'île du milieu, à cause d'un haut-fond de roches où l'on ne trouve que quatre mètres d'eau.

L'île d'Isabelle II, l'île du milieu (15,3 ha), a quarante et un mètres de hauteur; sa forme est celle d'un triangle aux pointes arrondies; le petit canal qui la sépare de l'île la plus orientale est profond et sans véritable danger pour la navigation.

l'île de Est, l'île du Roi (11,6 ha), n'a pas un demi-mille dans sa plus grande dimension; elle est très découpée, et fort étroite en certains endroits. Elle a plusieurs sommets qui, de loin, ressemblent à autant d'ilots, et dont le plus élevé peut avoir quarante mètres. Elles offrent un mouillage assez sûr; le fond y est très bon.

Lors de l'exploration hydrographique des côtes de l'Algérie, exécutée de 1831 à 1833 par Bérard et Dortet de Tessan, ceux-ci ont également reconnu les îles Chafarines et en ont levé le plan dans leur troisième campagne. Ils y firent les observations suivantes-:

« Le canal qui les sépare de la terre ferme est presque de deux milles; on peut y louvoyer anciens crainte. Quelques pilotes anciens disent que les vents pénètrent rarement dans le fond du golfe où elles sont placées, et que les bâtiments marchands ont toujours craint d'y être entraînés par les courants, étant alors exposés aux attaques des pirates de la côte marocaine voisine. Nous voyons cependant sur les vieux plans des îles Zafarines, faits par les Espagnols, que ces courants portent ordinairement à l'est.

Notre séjour dans ces parages a été signalé par des calmes constants, avec un ciel vaporeux et de fortes chaleurs, qui ont eu une grande influence sur la santé de l'équipage, car tout le monde à bord a été plus ou moins atteint de maux de gorge, de coliques et de migraines.

On ne trouve de l'eau sur aucune des trois îles. Cependant, quelques cartes espagnoles marquent une aiguade à la partie sud de la plus grande (celle de l'ouest), dans un endroit où d'énormes roches viennent aboutir à la mer. Leur sol granitique au couvert d'une petite couche de terre végétale, où l'on voit quelques plantes rabougries. On a essayé de les cultiver : nous y avons vu le chaume d'un blé qui n'était pas très ancien.

 L'île du milieu était couverte d'un nombre prodigieux de petits escargots blancs, qui avaient dévoré toutes les plantes vivantes. Sur la plus grande, il y a beaucoup de figuiers de Barbarie. Les environs abondent en poissons et en coquillages. Les rochers qui sont exposés au nord sont couverts de moules d'une très grosse espèce. »

On connaît, sur les îles Chafarines 90 espèces d'Oiseaux, 12 espèces de Reptiles  et plus de 150 espèces d'Invertébrés, dont 11 espèces de Gastéropodes, et parmi eux deux espèces d'hélices remarquables : l'une a été nommée hélice intermédiaire, parce qu'elle tient le milieu entre l'hélice candidissime et l'hélice vermiculée; l'autre, a été appelée hélice resplendissante, et qui est voisine de l'hélice splendide.

Par ailleurs, 180 espèces de végétaux ont été répertories sur ces îles. Les principales plantes sont : les asphodèles rameux et fistuleux; l'asperge horride, la bette marine, la coloquinte, la carotte de Mauritanie, la férule glauque, la frankénie à corymbes, le genévrier oxycèdre (dans l'île du Congrès), la nivéole trichophylle, le liciet d'Europe, la momordique elaterium à racines très renflées (dans l'île Isabelle II), l'olivier d'Europe très rabougri (dans l'lle du Congrès), la phelipée jaune, la scille maritime et quelques autres liliacées, la pyrole, et la stapélie d'Espagne, peut-être la même que la stapélie européenne que l'on trouve à Lampedusa. (D'Avezac / Berthelot).