Le fleuve prend sa source à Mahabaleshwar, dans le district de Satara au Maharashtra, où il émerge d'un bec en forme de tête de vache (Gaumukh) au temple de la Panchganga. C'est en ce lieu que cinq rivières (la Krishna, la Koyna, la Venna, la Savitri et la Gayatri) trouvent leur origine, ce qui en fait un site à la fois géologiquement remarquable et profondément vénéré. La source se situe à une altitude d'environ 1300 mètres dans les Ghats occidentaux, à seulement 64 kilomètres de la mer d'Arabie. Il est saisissant de constater que le fleuve tourne aussitôt le dos à la côte toute proche pour entamer un immense périple vers l'est en direction du golfe du Bengale, traversant tout le Deccan.

Le fleuve coule d'abord vers l'est jusqu'à Wai, puis s'oriente globalement vers le sud-est en passant par Sangli jusqu'à la frontière du Karnataka. Il tourne ensuite vers l'est et traverse le nord-centre du Karnataka selon un tracé irrégulier, puis oblique vers le sud-est et entre dans le Télangana. Après avoir constitué une partie de la frontière avec l'Andhra Pradesh, il se dirige vers l'est pour atteindre la tête de son delta à Vijayawada, avant de rejoindre le golfe du Bengale. Sur ses 1400 kilomètres de parcours, il s'écoule sur 305 km dans le Maharashtra, 483 km dans le Karnataka et 612 km dans l'Andhra Pradesh. 

Le bassin de la Krishna est délimité par la chaîne des Balaghat au nord, par les Ghats orientaux au sud et à l'est, et par les Ghats occidentaux à l'ouest. Il couvre une superficie totale de 258 948 km², soit environ 8 % de la superficie géographique totale du pays. Sa longueur maximale est d'environ 701 km et sa largeur de 672 km. 

Les principaux affluents de rive droite sont la Ghataprabha, la Malaprabha et la Tungabhadra, tandis que ceux de rive gauche comprennent la Bhima, la Musi et la Munneru. La Tungabhadra, le plus grand affluent, se forme par la réunion des rivières Tunga et Bhadra, tandis que la Bhima est l'affluent le plus long du système. Au total, le fleuve compte treize affluents majeurs. 

La pluviométrie annuelle moyenne sur le bassin de la Krishna est de 784 mm. La mousson du sud-ouest s'installe à la mi-juin et se retire à la mi-octobre. Le régime du fleuve est donc très contrasté : sa dépendance aux pluies saisonnières de mousson entraîne des fluctuations considérables du débit au cours de l'année, ce qui limite son efficacité pour l'irrigation. Les zones deltaïques sont soumises aux crues, aggravées par les cyclones côtiers à fortes précipitations, et le lit du fleuve dans le delta se surélève continuellement par dépôt de sédiments, réduisant la capacité d'écoulement des chenaux. 

À son embouchure en Andhra Pradesh, le fleuve forme un delta fertile d'environ 16 000 km². Ce delta se déploie en une multitude de bras qui rejoignent le golfe du Bengale, créant un littoral riche en forêts de mangroves et en espèces marines variées. Le delta commun formé par la Krishna et la Godavari est connu comme le  grenier à riz de l'Inde. 

Trois grands barrages ont été construits sur le fleuve : le barrage d'Almatti, le barrage de Srisailam, et le barrage de Nagarjuna Sagar, qui retient l'un des plus grands lacs artificiels du monde. Le potentiel en eau de surface annuel moyen du bassin est évalué à 78,1 km³, dont 58,0 km³ sont mobilisables. La superficie cultivable du bassin est d'environ 203 000 km², soit 10,4 % de la superficie cultivable totale du pays. Les fortes dénivelées du cours dans les Ghats occidentaux et les collines de Nallamala permettent également de générer des milliers de mégawatts d'énergie hydroélectrique. 

Le bassin est riche en gisements minéraux : pétrole et gaz, charbon, fer, calcaire, dolomite, or, granite, latérite, uranium et diamants. C'est précisément ce dernier minéral qui a conféré à ce fleuve une célébrité internationale inattendue. Le célèbre diamant Koh-i-Noor pourrait en effet provenir de l'ancienne mine de Kollur à Golconde, située sur la rive droite du fleuve Krishna en Andhra Pradesh. Des alluvions du fleuve qui auraient, selon la légende, charrié cette pierre jusqu'à Golconde avant qu'elle n'entame son périple vers l'Afghanistan, puis la couronne de la reine Victoria. 

La Krishna occupe une place considérable dans la tradition hindoue. Selon la légende, le fleuve est une manifestation de Vishnu lui-même, et ses affluents Koyna et Venna seraient respectivement Shiva et Brahma. La rivière est connue sous le nom de Krsnavena dans les Puranas et de Krsnaveni dans le Yoginitantra, et est également citée sous le nom de Kanhapenna dans les Jatakasbouddhistes. Dans le Maharashtra, le fleuve est personnifié sous le nom de Lokmata (la Mère du Peuple) et un festival appelé Krishnabai Utsav est célébré au mois de Baisakh pour le vénérer. Les rives du fleuve sont ponctuées de grands lieux de pèlerinage, du temple de Mahabaleshwar à sa source jusqu'au temple de Kanaka Durga à Vijayawada, attirant chaque année des millions de fidèles.

La Krishna et ses nombreux affluents traversent les parties occidentales et méridionales du sous-continent indien, façonnant des plaines fertiles et soutenant des écosystèmes diversifiés tout au long de leur cours. Elle est une source d'irrigation vitale pour les États du Maharashtra, du Karnataka, du Télangana et de l'Andhra Pradesh. Elle abrite également plusieurs espèces remarquables, dont le gavial du Gange et la loutre lisse, tandis que le sanctuaire naturel de Krishna à l'embouchure du fleuve constitue un refuge pour les oiseaux migrateurs et des plantes rares.