Magellan a traversé les îles Mariannes en 1521 et l'Espagne les a revendiquées en 1565. L'Espagne a officiellement colonisé ces îles en 1668 et les a administrées depuis Guam. Au XVIII^e siècle, la répression brutale de Chamorro par l'Espagne, ainsi que de nouvelles maladies et des guerres intermittentes, ont réduit la population indigène d'environ 90 %. Une dynamique similaire étant constatée à Guam, l'Espagne a forcé les Chamorro des îles Mariannes du Nord à se réinstaller à Guam et les a empêchés de retourner dans leurs îles d'origine. Au moment où le Chamorro des îles Mariannes du Nord sont revenus, de nombreux autres Micronésiens, venus de Chuukese ou de Yap (Etats fédérés de Micronésie), s'étaient déjà installés sur leurs îles.

En 1898, après la guerre hispano-américaine, l'Espagne a cédé Guam aux États-Unis, mais a vendu les îles Mariannes du Nord à l'Allemagne en vertu du traité germano-espagnol de 1899. L'Allemagne a administré le territoire depuis la Nouvelle-Guinée allemande mais a adopté une approche non interventionniste au jour le jour. Après la Première Guerre mondiale, le Japon a administré les îles sous mandat de la Société des Nations. Le Japon s'est concentré sur la production de sucre et a fait venir des milliers de travailleurs japonais, qui ont rapidement dépassé en nombre les Chamorro sur les îles.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Japon a envahi Guam depuis les îles Mariannes du Nord et a utilisé les Chamorro des Mariannes comme traducteurs avec les Chamorro de Guam, créant des frictions entre les deux communautés Chamorro qui se poursuivent à ce jour. Les États-Unis se sont emparés des îles Mariannes du Nord en 1944 après la bataille de Saipan et les ont administrées ensuite dans le cadre du Territoire sous tutelle des îles du Pacifique (TTIP). Ce régime a continué jusque dans les années 1970. À quatre reprises dans les années 1950 et 1960, les électeurs ont opté pour l'intégration à Guam, bien que Guam l'ait rejetée en 1969. Durant cette période, les îles étaient principalement sous l'influence américaine, et leur économie dépendait en grande partie de l'aide extérieure et des investissements militaires. 

Au milieu des années 1970, les habitants des Mariannes du Nord ont exprimé leur volonté de rester associés aux États-Unis, mais avec un degré d'autonomie plus élevé. Cela a abouti à la création du Commonwealth des Îles Mariannes du Nord (CNMI). En 1975, un référendum a été organisé, au cours duquel une majorité écrasante a voté en faveur de l'accord de Commonwealth avec les États-Unis. En 1976, la Constitution du CNMI a été adoptée, et en 1978, le Commonwealth a été officiellement établi.

Après l'établissement du Commonwealth, les Mariannes du Nord ont bénéficié d'un statut spécial qui leur a permis de contrôler leurs propres affaires internes tout en restant sous la souveraineté américaine pour les affaires de défense et de politique étrangère. Cette période a vu une augmentation significative des investissements étrangers, en particulier dans les secteurs du tourisme et de l'industrie textile. L'accès sans visa pour les touristes asiatiques a boosté l'économie locale.

Dans les années 1990, l'économie des Mariannes du Nord a été secouée par plusieurs crises. L'industrie du textile, autrefois florissante grâce à des lois favorables aux entreprises, a commencé à décliner en raison de la concurrence internationale et de nouvelles réglementations imposées par les États-Unis. De plus, des critiques croissantes sur les conditions de travail dans les usines ont terni l'image du Commonwealth. Par ailleurs, le tourisme a également souffert de la crise financière asiatique de 1997.

Le début du XXI^e siècle a vu des efforts pour diversifier l'économie des Mariannes du Nord, avec un accent sur le développement durable et la promotion du tourisme écologique. Cependant, les îles continuent de faire face à des défis économiques, notamment en raison de leur dépendance à un nombre limité de secteurs économiques. Les relations avec les États-Unis restent solides, mais les questions liées à l'immigration, au contrôle des ressources naturelles et à la préservation de l'identité culturelle locale continuent de susciter des débats. 

En 2009, le CIMN est devenu le dernier territoire américain à élire un délégué sans droit de vote au Congrès américain.