Arrivée de Zhabdrung Ngawang Namgyal, un chef religieux et politique exilé du Tibet, arrive en 1616 et unifie le Bhoutan sous une seule autorité religieuse et laïque. Il établit un système de gouvernement dual, avec le Je Khenpo (chef religieux) et le Druk Desi (chef séculier). Zhabdrung Ngawang Namgyal défait les forces tibétaines en 1634 à la bataille des Cinq lamas et consolide son pouvoir. Dans les années qui suivent, de nombreux dzongs (forteresses-monastères), servant de centres religieux, administratifs et militaires sont construits. Parmi les dzongs notables construits sous Zhabdrung, on trouve Punakha Dzong et Paro Dzong.

Le XVII^e siècle est une période de consolidation interne et de conflits avec le Tibet. Les invasions tibétaines sont repoussées, et le Bhoutan maintient son indépendance. Zhabdrung Ngawang Namgyal meurt en 1680. Il s'ensuit une période d'instabilité politique et de luttes pour le pouvoir. Vers 1700, une troupe de soldats tibétains soumirent quelque temps les Bhoutias Tephou, la dynastie alors au pouvoir au Bhoutan, et s'établirent dans le pays. A la tête du gouvernement Bhoutia il se forma deux autorités suprêmes, le Dharm-Rajab, chef spirituel, et le Deb-Rajah, gouverneur temporel. Pour aider ces rajahs à administrer le pays, il y eut un conseil de ministres permanents, le Lenehen. En réalité, il n'existait pas d'autorité centrale; les officiers subordonnés et les gouverneurs des forts détenaient tout le pouvoir, l'oppression et l'anarchie régnaient sur le pays entier. Le Dharm-Rajah était regardé comme une sorte de divinité. Quant au Deb-Rajab, il était élu, en théorie, par le conseil; mais en pratique, cette qualité est dévolue à celui des deux gouverneurs du Bhoutan Oriental ou Occidental qui semblait le plus puissant. 

Les relations des Anglais avec le Bhoutan commencèrent en 1772, quand les Bhoutias envahirent la principauté, de Koutch Behar, dépendant du Bengale. Le gouverneur du Koutch Behar appela à son aide; une armée, sous les ordres du capitaine James, envoyée à son secours, chassa les envahisseurs et les poursuivit jusque sur leur propre territoire. Sur l'intervention de Téchou-Lama, régent du Tibet, un traité de paix fut conclu en 1774 entre la Compagnie des Indes Orientales et le gouverneur du Bhoutan. Un traité de paix est signé en 1783 entre le Bhoutan et la Compagnie des Indes orientales, mais les relations restent tendues. A partir de 1815, le Bhoutan s'engage dans une série de conflits avec le Népal et le Sikkim. En 1827, commence aussi la première guerre anglo-bhoutanaise, avec des escarmouches et des tensions le long de la frontière indienne. La deuxième guerre anglo-bhoutanaise (1864-1865), aboutit à la signature du traité de Sinchula, par lequel il fut affirmé alors que les Bhoutias occupaient plusieurs territoires au pied de leurs montagnes, dits dwars (= doors, en anglais) ou défilés, qui ne leur appartenaient pas. Ils consentirent à payer aux Anglais un faible tribut. Mais des difficultés étant survenues au sujet des opérations tentées pour délimiter cette région, les Anglais finirent par s'emparer définitivement des dwars.

Les Bhoutias ne firent d'abord aucune résistance; mais soudainement, en janvier 1865, ils surprirent une garnison anglaise à Diwangiri, et celle-ci fut contrainte d'abandonner la position en perdant deux pièces d'artillerie de montagne. Ce désastre suscita une vive réplique par le général Thombs, et les Bhoutias furent contraints de demander la paix , qui fut conclue le 11 novembre 1865 (Traité de Sinchulu). Le gouvernement du Bhoutan céda officiellement les dix-huit dwars du Bengale et de l'Assam, ainsi que le territoire qu'ils y avaient adjoint, et consentirent à libérer tous les sujets anglais qu'ils maintenaient prisonniers. Comme les revenus du Bhoutan dépendaient en grande partie de ces dwars, le gouvernement britannique, en retour de ces concessions, accepta de payer au Deb et au Dharm Rajah, à condition que les relations demeurassent amicales, une somme annuelle de 2500 livres sterling, qu'il s'engageait à augmenter graduellement jusqu'à deux fois ce total.

Le dernier tiers du XIX^e siècle est une période de luttes internes pour le pouvoir entre les différentes factions nobles. Jigme Namgyal, un chef influent de la région de Trongsa, émerge comme une figure puissante et devient le Desi (régent) du Bhoutan. En 1885, Jigme Namgyal défait ses rivaux lors de la bataille de Changlimithang, consolidant son pouvoir et jetant les bases de la dynastie Wangchuck. En remplacement du système politique qui existait au Bhoutan depuis le XVIII^e siècle, une monarchie héréditaire est établie en 1907, sous l'influence des Anglais; Ugyen Wangchuck, qui avait été le dirigeant de facto d'un Bhoutan de plus en plus unifié et avait amélioré ses relations avec les Britanniques vers la fin du XIX^e siècle, a été nommé roi. 

En 1910, le traité de Punakha est signé avec les Britanniques. Il garantit l'autonomie interne du Bhoutan tout en cédant la gestion des affaires étrangères à la Grande-Bretagne. Jigme Wangchuck succède à son père comme roi du Bhoutan en 1926. Son règne est caractérisé par une continuation des politiques conservatrices et une ouverture limitée à l'influence étrangère. En 1947, l'Inde devient indépendante et le Bhoutan signe un traité de paix et d'amitié avec l'Inde en 1949, reconnaissant l'Inde comme son principal partenaire en matière de relations extérieures. Le traité a aussi officialisé les subventions annuelles que le pays recevait et a défini les responsabilités de l'Inde en matière de défense et de relations extérieures. Il est également prévu dans ce texte qui n'a commencé à être révisé qu'en février 2007, quels seront les subsides alloués au Bhoutan. 

A la mort du roi, en 1952, Jigme Dorji Wangchuck accède à la tête de l'État. Il met en place, la même année, un Parlement, le Tshogdu ou Assemblée nationale (150 députés élus pour trois ans; 105 élus par les autorités villageoises, 10 représentants des corps religieux, et 35, désignés par le monarque, et qui constituent le gouvernement). L'esclavage est aboli officiellement en 1958. Mais le train des réformes engagé, bien qu'il se poursuive au cours des années suivantes, est bientôt entravé par l'afflux de nombreux réfugiés qui ont fuit le Tibet après son annexion par la Chine en 1959. A partir de 1961, débutent des plans quinquennaux de développement. En 1968 l'Assemblée nationale (Tshogdu) est créée, tandis que des réformes administratives pour décentraliser le pouvoir sont introduites. Vers le milieu des années 1960, le Bhoutan connaît une période de violences politiques : assassinat du Premier ministre, attentat manqué contre le roi. Le Bhoutan devient membre de l'Organisation des Nations unies (ONU) en 1971.

Jigme Singye Wangchuck devient roi en 1972 à l'âge de 16 ans.  Au début de son règne, la même politique réformiste modérée est suivie. Le pays s'ouvre même pour la première fois au tourisme deux ans plus tard. Son règne est aussi marqué par la poursuite de la modernisation et le concept innovant de Bonheur National Brut (BNB), qui privilégie le bien-être des citoyens plutôt que la simple croissance économique. Le BNB se concentre sur quatre piliers : développement socio-économique durable, préservation et promotion de la culture, conservation de l'environnement, et bonne gouvernance. Ce concept est devenu depuis un cadre central pour les politiques publiques au Bhoutan et a attiré l'attention internationale comme modèle alternatif de développement.

En 1985, un nouvelle politique de citoyenneté provoque des tensions avec la minorité népalaise (Lhotshampa) du sud du Bhoutan. La politique du Driglam Namzha (code de conduite culturelle) est renforcée en 1989. Elle oblige l'usage de la langue dzongkha et le port du vêtement traditionnel, ce qui exacerbe encore davantage les tensions ethniques.  Aux protestations en appelant à une ouverture démocratique du régime s'ajoutent dès 1990 des violences entre les différentes minorités, orchestrées par le Parti populaire du Bhoutan. Au moins 100 000 Bhoutanais de langue népalaise se réfugient au Népal. 

Devant l'instabilité persistante dans laquelle se trouve le pays, le roi accepte en 1998 de transférer une partie de ses pouvoirs au gouvernement, qui devra désormais être approuvé par le Tshogdu. De nombreux prisonniers politiques sont libérés. Il est également prévu que le roi puisse être destitué sur une décision des deux-tiers des voix de l'Assemblée nationale. En mars 2005, Jigme Singye Wangchuck dévoile l'ébauche de la constitution préparée par le gouvernement, qui devrait introduire des réformes démocratiques importantes. Il s'engage également à organiser un référendum national pour son approbation. 

Le 14 décembre 2006, le roi a abdiqué et a été remplacé à la tête de l'État par le prince héritier Jigme Khesar Namgyel Wangchuck. Le processus de transition vers la démocratie commence. En 2007, l'Inde et le Bhoutan renégocient leur traité, éliminant la clause qui stipulait que le Bhoutan serait "guidé par" l'Inde dans la conduite de sa politique étrangère, bien que Thimphu continue de se coordonner étroitement avec New Delhi. Une nouvelle Constitution du Bhoutan est promulguée en 2008. Elle établit une monarchie constitutionnelle.  Les premières élections parlementaires sont organisées, avec la victoire du Parti de la paix et de la prospérité (DPT).  2013 : La deuxième élection parlementaire en 2013, donne la victoire du Parti démocratique populaire (PDP). En 2018, la troisième élection parlementaire est  marquée par la victoire du Druk Nyamrup Tshogpa (DNT). La question du retour des quelques 100 000 réfugiés encore au Népal reste à cette date la plus cruciale : 90% de ces réfugiés vivent dans sept camps du Haut commissariat des Nations Unies pour les réfugiés (UNHCR).